目的:通过生物信息学方法研究去势抵抗性前列腺癌发展成为神经内分泌性前列腺癌的关键基因。方法:从cBioPortal数据库下载前列腺癌的转录本测序数据，使用R语言和加权基因共表达网络分析(WGCNA)软件包进行数据分析，明确癌症类型相关性最高的基因集。对该基因集进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析，明确该群基因和细胞周期及细胞分裂的相关性。再利用STRING数据库计算该基因集内基因的相关性，导入Cytoscape软件中构建基因网络，并计算出处于网络核心的前10个基因。然后在GSE105416数据集中验证这10个基因的表达。最后选择关键基因UBE2C和NUF2做GSEA分析。结果:鉴定了10个在前列腺癌神经内分泌转化中的关键基因，分别是BUB1、CDCA8、CENPF、HJURP、KIF23、KIF2C、NUF2、PTTG1、TPX2和UBE2C。结论:本研究对前列腺癌的神经内分泌转化提供了新视角，鉴定出关键基因可作用于影响前列腺癌细胞的细胞周期和AR信号通路来影响其神经内分泌转化。

目的:探讨沉默细胞分裂周期相关基因(NUF2)对食管鳞癌细胞增殖及转移能力的影响以及其相关的分子机制。方法:回顾性分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中食管癌患者原发病灶及其癌旁组织的NUF2基因表达差异，采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法分析食管鳞癌细胞系的NUF2基因表达，设计靶向NUF2基因的沉默RNA(siRNA)序列，构建慢病毒载体，Celigo法、噻唑蓝(MTT)法检测细胞增殖，荧光激活细胞分选法(FACS)法检测细胞凋亡，Transwell方法检测细胞迁移和侵袭能力，蛋白质印迹法(Western blot)检测蛋白表达，慢病毒转染过表达变化最明显的五个下游基因，再检测细胞增殖、迁移和侵袭能力的变化。组间比较采用 t检验。 结果:MTT法表明，沉默NUF2基因后细胞增殖低于对照组(0.33±0.01比0.55±0.07， t＝25.90， P<0.01)，Transwell法提示沉默NUF2基因后细胞迁移低于对照组(KYSE-150：9.00±1.67比36.00±4.84， t＝35.53， P<0.01；TE-1：52±1.86比246.00±9.79， t＝45.73， P<0.01)，沉默NUF2的食管癌细胞中、过表达SNAI1基因后，增殖、迁移和侵袭能力又有所恢复。 结论:NUF2基因在食管鳞癌中高表达，沉默其表达能够通过下调SNAI1基因来抑制细胞增殖、迁移和侵袭。

NUF2负责动粒-微管的附着，在细胞有丝分裂期间姐妹染色单体的正确分离中起关键作用。NUF2在肝细胞癌、胰腺癌、食管癌、非小细胞肺癌、乳腺癌等多种肿瘤组织及细胞中高表达，可作为预后评估的有效标志物。进一步阐述NUF2与肿瘤预后的关系，将为NUF2应用于临床肿瘤预后判断提供帮助。

目的 从分子层面分析研究三阴性乳腺癌(TNBC)的差异表达基因(DEGs),为其诊疗提供新的思路.方法 在美国国立生物技术信息中心(NCBI)的公共基因芯片数据库(GEO)中获取三阴性及非三阴性乳腺癌相关基因芯片数据,利用R软件筛选出二者的相关差异表达基因(DEGs),并利用DAVID在线数据库对上述基因数据进行相关基因功能富集分析.同时,通过String在线数据库构建蛋白互作网络(PPI).结果 按设定参数-基因差异表达倍数>1.0,P<0.05,筛选出298个差异表达基因,其中上调差异基因121个,下调差异基因177个.对差异表达基因编码的蛋白质间的相互作用进行网络绘制,发现这些基因编码的蛋白间的相互作用主要集中在FOXM1、RAD51AP1、CDCA2、EZH2、NDC80、PRC1、PTTG1、ASPM、TTK、ANLN、BUB1B、CDC20、TPX2、CEP55、MELK、NCAPD2、DLGAP5、NUF2、MCM10、FAM64A、SKA1等21个蛋白.最后进一步研究上述节点基因,发现部分基因可能与三阴性乳腺癌的形成、发展及预后相关.结论 利用生物信息学方法对三阴性与非三阴性乳腺癌进行差异表达基因的分析,可有效发掘这些差异表达基因的相互作用信息,为三阴性乳腺癌的诊疗提供新的思路.

目的 应用基于患者风险管理的统计质量控制程序Sigma-SQC诺曼图设计临床生物化学酶类检测项目的质量控制策略.方法 根据实验室酶类检测项目Sigma度量值大小不同,应用患者风险参数MaxE(NUF)相关联图形工具即Sigma-SQC诺曼图,设计日立7180生化分析仪酶类检测项目起始质控程序和过程监测质控程序.结果 Sigma度量值5.1～6.0的项目丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、碱性磷酸酶(ALP)和肌酸激酶(CK)起始候选质控程序:多规则MR N4,分析样本量=200,误差检出概率(Ped)=1.00;MR N2,分析样本量=200,Ped=0.94;过程监测候选质控程序:12.5s N1,分析批长度=200,假失控概率(Pfr)=0.01;13s N1,分析批长度=70,Pfr=0.00.Sigma度量值4.1～5.0的项目乳酸脱氢酶(LDH)、淀粉酶(AMY)和谷氨酰转肽酶(GGT),起始候选质控程序:多规则MR N4,分析样本量=200,Ped=1.00;MR N2,分析样本量=200,Ped=0.94;过程监测候选质控程序:13s N2,分析批长度=25,Pfr=0.00;MR N2,分析批长度=50,Pfr=0.01;13s N4,分析批长度=70,Pfr=0.01.结论 临床生物化学酶类检测项目ALT,AST,ALP,CK的起始质控程序MR N2,分析样本量=200,过程监测质控程序12.5s N1,分析批长度=200;LDH,AMY,GGT的起始质控程序MR N2,分析样本量=200,过程监测质控程序MR N2,分析批长度=50,MaxE(NUF)≤1可以最大程度地降低患者风险.

目的 探讨细胞分裂相关基因NUF2在乳腺癌的表达及临床意义.方法 利用Oncomine数据库检测NUF2在乳腺癌组织中的表达情况,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析NUF2表达与乳腺癌患者总生存期和无复发生存期的关系,利用GEO数据库及GSEA分析NUF2对基因集富集的影响.利用String数据库分析与NUF2相关的蛋白并通过TIMER数据库验证NUF2表达情况与BUB1、MAD2L1、MYC表达情况的相关性.利用q-PCR验证在8对乳腺癌组织与配对的癌旁正常乳腺组织中,NUF2的mRNA表达情况.结果 与正常乳腺组织相比,NUF2在乳腺癌中高表达(P<0.001),且高表达组比低表达组具有较短的总生存期(HR=1.52,P=0.015)和无复发生存期(HR=1.85,P<0.001).NUF2高表达组的乳腺癌样本主要富集在细胞周期、P53、G2/M、DNA修复、MYC和PI3K-AKT-MTOR信号通路,这些通路主要与肿瘤的增殖、侵袭、转移和干性相关.结合String、基因集富集以及TIMER的结果,NUF2可能与BUB1、MAD2L1、MYC直接相互结合作用,促进乳腺癌的进展.q-PCR实验结果显示在8对配对乳腺癌组织中,6例癌组织中NUF2表达上调,2例癌组织中NUF2表达下调.结论 NUF2基因在乳腺癌中高表达,其表达水平对预测乳腺癌患者的预后具有重要意义.

目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别肾透明细胞癌发生及进展过程中的枢纽基因.方法 从基因表达综合数据库下载GSE73731数据,通过WGCNA筛选枢纽基因,分析枢纽基因的表达水平及其与肿瘤分级、分期、预后的关系,使用GEPIA数据库和UALCAN数据库进行验证,并对枢纽模块基因进行GO和KEGG富集分析.结果 通过构建共表达网络,确定green模块(包括355个基因)为枢纽模块,进一步筛选得到CEP55、CCNB1、NUF2、BUB1B、KIF14共5个枢纽基因.各枢纽基因与肾透明细胞癌组织学分级密切相关(t=17.53～25.18,P＜0.01),且BUB1B基因对低级别与高级别肾透明细胞癌具有较高的诊断价值(AUC=0.706,P＜0.01).GEPIA和UALCAN数据库验证结果显示,各枢纽基因与肿瘤的分级及分期相关,且CEP55、BUB1B高表达与肿瘤的总生存期及无病生存期较差明显相关.基因功能富集分析结果显示,枢纽模块基因主要富集在细胞周期生物学过程及通路上.结论 本研究通过构建基因共表达网络筛选出5个枢纽基因,这5个基因与肿瘤的分期分级及预后密切相关;枢纽基因可能通过细胞周期相关通路来影响肾透明细胞癌的发生、进展及预后.

目的 对肝星状细胞(HSC)差异表达基因进行筛选及功能分析,为肝纤维化发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础.方法 从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE11954,利用GEO2R进行生物信息学分析,筛选差异表达基因,并利用DAVID对差异表达基因进行基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,利用MCC算法获取具有高度连接性的关键基因.结果 对HSC活化组与抑制组数据的差异表达基因进行筛选,共获得1 176个差异表达基因,包括上调基因616个、下调基因560个.差异表达基因主要涉及细胞外基质-受体相互作用,细胞周期、p53信号通路及黏着斑等信号通路,通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和Cytoscape软件筛选出10个具有高度连接性的关键基因,包括有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶B(BUB1B)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDKI)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶(BUB1)、细胞分裂周期蛋白8(CDCA8)、Aurora激酶B(AURKB)、Ndc80复合体(NUF2)、驱动蛋白家族成员2C(KIF2C).结论 HSC差异表达基因可能主要通过ECM受体相互作用通路、黏着斑信号通路、细胞周期通路、p53信号通路来调控肝纤维化的发生、发展.

目的:研究沉默细胞分裂相关基因NUF2的表达对卵巢癌细胞侵袭及迁移的影响,并初步探讨其潜在的分子作用机制.方法:用基因表达谱数据动态分析(GEPIA)和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分别检测卵巢癌组织和细胞中NUF2的表达情况;将卵巢癌HEY、SKOV3细胞分为空白对照组、control siRNA(si-control)组和NUF2 siRNA(si-NUF2)组,用qRT-PCR检测各组细胞的NUF2 mRNA表达水平以验证转染效果;Transwell小室实验和细胞划痕实验检测沉默NUF2后各组细胞侵袭、迁移能力的改变;蛋白印迹法检测各组细胞中Notch通路相关蛋白Notch1、Hes1的表达水平.结果:NUF2在卵巢癌组织或细胞中均高表达,差异均有统计学意义(P<0.05);与空白对照组和si-control组相比,si-NUF2组细胞中NUF2 mRNA表达水平显著下降(P<0.05),侵袭、迁移细胞数明显减少(P<0.05),Notch1和Hes1蛋白表达降低.结论:沉默NUF2表达可抑制卵巢癌细胞侵袭、迁移能力,其分子作用机制与抑制Notch信号通路有关.

目的:通过下载TCGA数据库中肝细胞癌(HCC)数据探究NUF2基因在HCC中的表达及临床意义.方法:从TCGA数据库下载正常肝组织和肿瘤组织测序数据及临床信息资料,采用R语言等软件分析NUF2基因的表达差异及其与临床病理特征的关系,单因素和多因素Cox回归模型分析HCC发生发展相关风险因素,GSEA软件预测NUF2基因可能的信号通路.结果:HCC组织中NUF2表达显著高于正常组织(P<0.05),且和年龄、临床分期、肿瘤分级及T分期显著相关,单、多因素Cox分析表明NUF2基因可作为HCC的独立预后因素(P<0.05).GSEA结果显示NUF2高表达与肿瘤相关通路显著相关.结论:HCC组织中NUF2基因高表达且和病理特征相关,可能是HCC诊断和治疗的潜在生物学标记物与治疗靶点.