目的:分析7～14岁单纯性肥胖儿童与健康对照之间肠道拟杆菌属相似性及多样性差别，探讨儿童单纯性肥胖对肠道优势菌属的影响。方法:收集30例7～14岁单纯性肥胖和30例同年龄段健康儿童的粪便样品，提取粪便菌群总DNA，利用拟杆菌属16 s DNA种属特异性引物，进行聚合酶链式反应(PCR)扩增，通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离，获得肥胖儿童和健康儿童肠道拟杆菌属的分子指纹图谱，进行多样性及相似性分析；同时测量肥胖和健康儿童的体质量、身高、体质量指数(BMI)、血压、血脂、瘦素(LEP)、血浆脂联素(ADP)，探讨肥胖儿童与肠道优势菌属的关系及临床意义。结果:肥胖组儿童BMI[(25.71±3.28)kg/m 2]、收缩压(SBP)[(121±12.4)mmHg]、甘油三酯(TG)[(1.15±0.40)mmol/L]、总胆固醇(TC)[(4.20±0.73)mmol/L]、LEP[(18.94±1.68)μg/L]水平均高于正常组BMI[(17.38±3.54)kg/m 2]、SBP[(104±7.3)mmHg]、TG[(0.87±0.31)mmol/L]、TC[(3.37±0.86)mmol/L]、LEP[(11.29±2.41)μg/L](均 P<0.05)，HDL[(1.01±0.28)mmol/L]、ADP[(4.10±2.32)mg/L]水平均低于正常组HDL[(1.40±0.26)mmol/L]、ADP[(5.84±3.42)mg/L](均 P<0.05)，两组年龄、DBP及LDL水平差异均无统计学意义(均 P>0.05)；肥胖组拟杆菌属DGGE图谱的条带数目[(9.33±1.37)]、H＇指数[(2.07±0.16)]低于正常组样本[(17.33±2.80)、(2.67±0.20)]，聚类分析结果示拟杆菌属肥胖组内个体间及与正常组比较组间相似性均降低；拟杆菌属两组DGGE图谱中的S及H＇指数，与BMI和LEP均呈负相关(均 P<0.01)，与ADP均呈正相关(均 P<0.05)；正常组S、H＇指数与LEP均呈负相关(均 P<0.05)，而与BMI、ADP均无相关性(均 P>0.05)；肥胖组S及H＇指数与BMI和LEP均呈负相关，与ADP无相关(均 P>0.05)。 结论:人类肠道菌群拟杆菌属组成的变化与儿童肥胖相关，肥胖儿童肠道拟杆菌属的多样性及相似性降低；肥胖儿童肠道拟杆菌属的多样性与BMI、ADP和LEP相关。

为揭示天然林改为毛竹林过程中土壤微生物变化规律,在浙江省湖州市安吉县和长兴县两地选择不同种植历史的粗放经营毛竹林,分层采集0～20和20～40 cm的混合土壤样品,应用PCR-DGGE技术分析土壤细菌和真菌群落结构及多样性变化.结果表明:在马尾松林改种毛竹林或毛竹林入侵杂灌阔叶林形成毛竹纯林过程中,土壤细菌和真菌的群落结构均发生明显变化,且细菌结构对毛竹种植的响应更敏感;随着毛竹生长时间的延长,表层土壤细菌群落表现出抵抗干扰、最后向改种毛竹之前状态恢复的趋势.毛竹种植时间、样地和土层均对土壤细菌和真菌多样性产生显著影响,其中样地和土层的影响明显大于种植时间.土壤性质和细菌、真菌结构的冗余分析结果表明,不同地点、不同土层驱动土壤微生物结构随时间变化的主要因子没有一致规律,且第1、2轴对样地变化的解释率大多低于65.0％,说明除本研究分析的5个土壤化学指标外,可能还有其他土壤理化性质共同驱动微生物结构的变化.

目的 利用PCR-DGGE方法比较运动小鼠和正常小鼠肠道菌群的结构和数量变化,研究运动对肠道菌群的影响.方法 从5只正常Balb/c小鼠和5只运动C57BL/6J小鼠的粪便中提取细菌基因组总DNA,用聚合酶链式反应一变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法获得小鼠肠道菌群分布图谱,对图谱进行相似性、多样性以及优势条带的序列分析.结果 PCR-DGGE结果图显示运动小鼠肠道菌群的多样性明显增加,优势菌群发生转变,序列分析表明变形菌门明显减少,厚壁菌门成为优势菌型.结论 运动会对小鼠肠道菌群产生影响.

目的 应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增(ERIC-PCR)和聚合酶链式反应——变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析壳聚糖对抗生素致肠道菌群失调小鼠的影响.方法 SPF级昆明小鼠24只,每组8只,依次分为模型组(N)、壳聚糖高(CS-H)和低浓度组(CS-L),盐酸左氧氟沙星灌胃6d后使用相应药物灌胃24 d,收集鼠便,提取粪便细菌DNA,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE电泳获得肠道菌群指纹图谱,主成分分析(PCA)和聚类分析(UPGMA)研究肠道菌群整体差异,并鉴定优势条带序列.结果 ERIC-PCR表明菌群失调组小鼠肠道中细菌条带减少明显,以300 bp左右的条带为特征条带,PCR-DGGE显示屎肠球菌为优势菌型;壳聚糖灌胃小鼠肠道菌群结构组成发生改变,乳酸菌成为优势菌型.结论 壳聚糖扶持乳酸菌等益生菌、抑制肠球菌等病原菌的增殖,起到益生元的作用进而调节肠道微生态均衡.

高寒森林溪流不仅是区域河流的源头,而且是联系陆地与水域的生态纽带.微生物活动可能成为控制溪流生态系统过程的关键因子,但其结构与动态过程缺乏必要关注.因此,结合同步温度动态监测,采用实时荧光定量PCR和DGGE技术,在2014年到2015年冻融季节和生长季节关键时期对比研究了川西高寒森林溪流和森林林下土壤中微生物群落的动态特征.研究结果发现,高寒森林溪流具有较低的真菌和细菌群落丰度;与森林土壤相同,溪流在冻融季节表现出相对生长季节更高的真菌/细菌比,而且从冻融季节到生长季节,溪流微生物丰度动态也表现出明显的季节性变化特征.与森林土壤不同的是,溪流中细菌和真菌的丰度及其Shannon-Wiener多样性指数的最高值均出现在生长季节而不是冬季冻融季节,并且溪流中细菌丰度在季节性变化的不同时期具有显著差异(P＜0.05).此外,森林土壤细菌类群以芽孢杆菌属(Bacillus sp.)比例相对较高,真菌类群则以格孢菌属(Pleosporales sp.)、曲霉属(Aspergillus sp.)和其他一些子囊菌门(Ascomycota)的类群为优势;而溪流细菌类群以红球菌属(Rhodococcus sp.)为主,真菌类群则以曲霉属和空团菌属(Cenococcum sp.)为主.同时,季节性变化中温度、pH、水溶性有机碳和溶解氧等环境因子可显著影响溪流微生物群落结构及其组成,这些环境因子在高寒森林溪流微生物群落的季节性变化过程中具有重要的作用.

[背景]目前国内外对绿绒蒿内生放线菌的研究较为鲜见,利用可培养和免培养的方法可以丰富绿绒蒿内生放线菌资源.[目的]药用植物绿绒蒿生长于高海拔地区,而四川阿坝州生态环境适合绿绒蒿的生长,本研究旨在探究绿绒蒿内生放线菌的多样性及群落结构.[方法]从阿坝州6个不同地理位置采集的药用植物绿绒蒿,经严格的表面消毒后,用可培养和PCR-DGGE技术相结合的方法对其内生放线菌进行分析.[结果]可培养方法分析表明不同器官放线菌数量为根＞叶＞茎＞花;16S rDNA限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析将供试菌株分为7个遗传群,系统发育分析表明,绿绒蒿内生放线菌可分为3簇遗传群落,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌群,占总数的50％,还包括北里孢菌属(Kitasatospora)和厄氏菌属(Oerskovia),其中茎分离的放线菌多样性最好.不同地理位置的绿绒蒿经过PCR-DGGE技术分析表明,采样点松潘尕力台的根、茎、叶多样性指数最好,红原安曲乡的花多样性指数最好,而同一地理位置绿绒蒿内部组织之间总体来看茎和花的多样性指数最好,通过测序条带系统发育发现绿绒蒿内生放线菌可分为8簇遗传群落,红球菌属(Rhodococcus)为优势菌群,占总数的70％,还包括棒杆菌属(Corynebacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、微球菌属(Micrococcus)、栖霉菌属(Mycetocola)、微杆菌属(Mic robacterium)、假诺卡氏菌属Pseudonocardia)和链霉菌属(Streptomyces).[结论]绿绒蒿根、茎、叶、花组织中具有丰富的多样性,能够为以后活性物质和药用功效的研究奠定基础.

异裂菊属是广西喀斯特石山区典型的特有属,根际微生物是其能否有效吸收、有效利用土壤养分和适应石山恶劣土壤环境的最直接表征之一.该研究采用DGGE和Biolog两种方法对异裂菊属植物根际和非根际微生物多样性进行了研究.结果表明:(1)异裂菊属5个种根际pH、碱解氮等9个养分含量都高于非根际.(2)5个种的根际、非根际存在2个共有细菌类群,但在数量上存在差异,3个种的根际条带小于非根际;5个种的根际、非根际微生物群落较为相似,较易聚在一起.(3)绢叶异裂菊根际微生物对碳源利用能力最强,凹脉异裂菊非根际最弱,其他对碳源的利用能力较接近;异裂菊属种根际微生物利用碳源的能力都高于非根际,根际微生物多样性指数均高于非根际,优势度指数与非根际基本相同或略高于非根际,丰富度和均匀度指数与优势度指数规律相似;异裂菊属根际、非根际微生物利用的碳源主要是糖类、羧酸类和氨基酸类化合物,4个种根际微生物利用碳源的能力高于非根际.(4)阳离子交换量、黏粒含量百分率和碱解氮是影响异裂菊属根际微生物碳源利用模式的最重要因子.总体来说,土壤理化性质对异裂菊属植物根际微生物群落多样性具有重要影响,异裂菊属通过分泌羧酸、糖等多类化合物提高了根际微生物的活性,进而有效地提高了根际肥力水平.

[背景]膳食纤维被认为是第七类营养素,主要在单胃动物后肠被微生物利用.[目的]研究典型可溶性膳食纤维燕麦β-葡聚糖和典型不可溶性膳食纤维微晶纤维素(MCC)对小鼠结肠细菌群落结构和组成的影响.研究结果可为动物含纤维饲粮的科学配制提供参考,并为人类食品中不同类型膳食纤维的合理利用提供一定借鉴.[方法]选用27只6周龄健康雄性BALB/c小鼠(18.13*0.95 g),按体重无差异原则随机分为3组,分别饲喂含20％ MCC(纯度≥99％,M组),28％燕麦β-葡聚糖(纯度为70％,G组)和不含膳食纤维(对照组)的饲粮,试验期为21 d.试验结束后每个处理随机选取3只小鼠处死,收集结肠食糜,利用PCR-DGGE (Polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis)和高通量测序技术比较分析各组小鼠结肠食糜细菌群落结构的差异.[结果]3组小鼠结肠细菌PCR-DGGE图谱条带丰富度和Shannon指数存在明显差异,表现为G组低于M组和对照组(P=0.027,0.035);聚类分析发现,3组小鼠各有2个样品聚于一簇,各组条带相似性为:G组71％,M组55％,对照组67％.高通量测序发现,3组小鼠结肠细菌Shannon指数和β-多样性指数存在显著差异(P=0.047,0.035);Bacteroidetes、Firmicutes和Proteobacteria为小鼠结肠中的优势细菌门类,占总比例的95.9％-99.4％.与对照组相比,G组小鼠结肠Bacteroidetes相对丰度升高26.78％,M组降低15.62％,其中S27 4科属水平未分类细菌和Bacteroides属细菌对这种差异的贡献最大(P=0.099,0.051);G组Firmicutes 相对丰度较对照组降低28.99％,而M组比对照组高15.82％,且该差异主要由Clostridiales目某属细菌、Ruminococcaceae科某属细菌和Lactobacillus属细菌造成(P=0.027、0.061和0.079).[结论]两种类型的膳食纤维均对小鼠结肠细菌群落结构产生影响,饲粮中添加高水平燕麦β-葡聚糖降低了小鼠结肠细菌群落的多样性;小鼠结肠存在特异性利用两种纤维的菌群;S27 4科细菌更偏好于利用燕麦β-葡聚糖等植物性多糖,Clostridiales目可能存在特异性利用纤维素的细菌种群.

功能性便秘是一种常见的胃肠功能失调症.肠道菌群改变可能会导致便秘等肠道功能性疾病,而且肠道菌群的调节用于便秘等相关肠道功能性疾病的治疗疗效已得到确认.随着分子技术的发展,聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR)、荧光原位杂交技术(FISH)、16S rRNA高通量焦磷酸测序等分子生物学技术逐步取代传统的细菌培养法,被广泛用于肠道菌群分析.不同研究得出的功能性便秘患者肠道菌群变化结果不尽一致,但大部分研究指出,功能性便秘患者肠道双歧杆菌下降以及肠道菌群物种丰富度降低.另一方面,肠道菌群的调节对功能性便秘的治疗疗效也不尽相同.益生菌(probiotics)、益生元(prebiotics)和合生元(synbiotics)等微生态制剂以及粪便菌群移植可用于肠道微生态调节.大多数研究指出,益生菌等可以明显改善患者的排便次数,减轻患者其他的相关症状.该文对功能性便秘患者肠道菌群的特征性改变以及微生态制剂对便秘的治疗疗效进行综述.

目的 采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,通过观察鼻咽癌患者与健康对照者鼻咽灌洗液菌群的变化,初步探讨菌群异常在鼻咽癌发生中的作用.方法 以7例明确诊断且尚未治疗的鼻咽鳞癌患者和5例健康对照者为研究对象,提取鼻咽灌洗液DNA,观察两组研究对象菌群分布差异,进行相似性、多样性分析.结果 鼻咽癌患者与健康对照者之间鼻咽灌洗液的菌群分布存在差异,与健康对照者比较,咽颊炎链球菌和不动杆菌数量增加,但嗜热链球菌数量减少.结论 鼻咽癌患者鼻咽灌洗液菌群分布与健康对照者比较出现明显差异,可为鼻咽癌预防及治疗提供实验依据.