-
基于加权基因共表达网络分析对前列腺癌淋巴结转移相关基因的鉴定及临床验证
编辑人员丨1周前
目的:基于生物信息学技术研究,挖掘前列腺癌(PCa)淋巴结转移相关的分子标志物并进行临床验证。方法:从基因表达综合数据库(GEO)数据筛选出淋巴结转移PCa的差异表达基因,构建基因共表达网络枢纽基因,将枢纽基因纳入支持向量机模型评估PCa淋巴结转移预测效能。在癌症基因组图谱(TCGA)数据集中对枢纽基因进行验证并进行免疫浸润分析。收集2019年1月至2022年12月就诊于河北医科大学第四医院的80例PCa患者的临床资料,采用logistic风险模型评估枢纽基因对PCa淋巴转移预测效能。结果:共鉴别出5个枢纽基因(GSK3B、TP53、PSMC6、SUMO1、PIK3CA),其构建的支持向量机模型有着良好的预测价值(准确率83.87%)。TCGA验证结果显示仅PSMC6在存在淋巴结转移PCa组织中表达差异有统计学意义( P<0.001)。免疫浸润分析结果显示PSMC6的表达量与9种免疫细胞(B细胞、树突状细胞、成熟树突状细胞等)有关联。临床信息分析示PSMC6的表达量与淋巴结转移、前列腺特异性抗原(PSA)、T分期、Gleason评分有相关性( P<0.01)。单因素logistic回归分析结果显示T分期( OR=3.230,95% CI:1.192~8.757, P=0.021)、Gleason评分( OR=4.627,95% CI:2.212~9.677, P<0.001)、PSMC6( OR=25.235,95% CI:5.326~119.560,, P<0.001)可作为淋巴结转移的预测因素。多因素logistic回归分析结果显示,PSMC6( OR=16.537,95% CI:2.928~93.393, P=0.001)可作为预测PCa淋巴结转移的危险因素。 结论:PSMC6可能可以作为判断PCa患者淋巴结转移情况潜在分子标志物。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
DNA损伤修复变异与三阴性乳腺癌辅助治疗的相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨早期三阴性乳腺癌(TNBC)含铂方案辅助化疗与DNA损伤修复(DDR)缺陷的相关性。方法:采用二代测序(NGS)方法对2009年6月至2015月10月中国医学科学院肿瘤医院的早期TNBC术后标本进行基因检测,分析DDR基因突变与含铂方案辅助化疗疗效的相关性。生存分析采用Kaplan-Meier法和Log rank检验,影响因素分析采用Cox比例风险回归模型。结果:149例患者成功获得NGS检测结果(其中TCb组74例,EC-T组75例),全组患者中DDR基因突变率达97.3%(145/149),中位基因突变数为4个。DDR基因突变与DDR基因野生型患者的5年无病生存(DFS)率分别为85.4%和75.0%( P=0.825)。同源重组修复(HRR)通路突变人群中,TCb组与EC-T组患者的5年DFS率分别为84.6%和84.9%( P=0.554);TCb组中HRR通路存在基因突变与无突变患者的5年DFS率分别为84.9%和85.0%( P=0.751)。存在突变的DDR通路数量以及DDR基因突变数与预后无关(均 P>0.05)。TCb组PIK3CA突变患者较野生型患者预后更差(5年DFS率分别为71.4%和88.1%, P=0.037),EC-T组中KMT2D突变较野生型患者的预后更差(5年DFS率分别为76.9%和86.8%, P=0.039)。 结论:DDR基因突变在TNBC中普遍存在,DDR突变是否能成为指导铂类药物治疗的有效生物标志物尚需更多临床研究加以论证。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
三阴性乳腺癌中PIK3CA基因状态与临床特征及预后的关系
编辑人员丨1周前
目的:检测三阴性乳腺癌(TNBC)组织中的PIK3CA状态,分析PIK3CA突变与临床特征的关系及对预后的影响。方法:收集2016年1月1日至2018年12月31日河南省新乡市中心医院收治的原发性TNBC患者50例,检测肿瘤组织PIK3CA突变状态,分析PIK3CA突变与TNBC患者临床特征的关系及对预后的影响。结果:50例TNBC患者中,检测到PIK3CA基因突变9例,突变频率18.0%;其中H1047R突变4例,E545K突变3例,E542K突变2例。PIK3CA基因突变与年龄( χ2=3.55, P=0.060)、肿瘤部位( χ2=1.01, P=0.315)、肿瘤大小( χ2<0.01, P>0.999)、淋巴结状态( χ2=0.76, P=0.385)、临床分期( χ2=0.65, P=0.420)、Ki-67值( χ2<0.01, P>0.999)、P53状态( χ2=0.02, P=0.894)以及人表皮生长因子受体-2(HER-2)状态( χ2=1.65, P=0.200)均无明显相关性。预后分析显示,PIK3CA野生型患者的3年无瘤生存率显著高于突变型患者(80.5%比11.1%, χ2=28.23, P<0.001)。 结论:TNBC患者的PIK3CA基因突变频率较高,TNBC患者PIK3CA突变与临床病理特征均无相关性,PIK3CA基因突变可能与TNBC不良预后显著相关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
卵巢上皮样滋养细胞肿瘤1例
编辑人员丨1周前
上皮样滋养细胞肿瘤(epithelioid trophoblastic tumor)是一种罕见的恶性妊娠滋养细胞肿瘤,绝大多数发生于子宫体。本文报道1例原发于卵巢的上皮样滋养细胞肿瘤。镜下肿瘤细胞呈巢状或条索状排列,肿瘤巢之间有嗜酸性玻璃样物质沉积;细胞大小较一致,胞质嗜酸性至透明,胞膜清晰,核圆或椭圆形,可见小核仁,部分核有异型,散在多核细胞,未见核分裂象。免疫组织化学示:肿瘤细胞表达p63、细胞角蛋白(CK)8/18,PTEN弱表达,散在弱表达人绒毛膜促性腺激素和胎盘碱性磷酸酶,Ki-67阳性指数约30%。测序PIK3CA基因第9、20号外显子未检出突变。短串联重复序列(short tandem repeats,STR)基因分型示肿瘤组织在大多数STR基因位点显示有过量的非母源性(即父源性)等位基因。通过复习相关文献及最新进展,总结该病的临床病理特征,提高对本病的认识,以减少误诊和漏诊。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
原发性肺上皮-肌上皮癌4例临床病理及分子特征分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨原发性肺上皮-肌上皮癌(pulmonary epithelial-myoepithelial carcinoma,P-EMC)临床病理及分子遗传学特征。方法:回顾性分析4例P-EMC临床病理资料并复习文献。结果:4例P-EMC男性2例,女性2例,年龄41~71岁,中位年龄64岁。肿瘤位于中央气管支气管,3例为腔内息肉型,1例为管壁全层浸润型,最大径13~48 mm。肿瘤由导管上皮及肌上皮2类细胞构成,组织学特征为外层胞质透亮或梭形的肌上皮细胞围绕内层导管上皮细胞排列成双层管状结构,2类细胞均可不同程度增生。免疫组织化学结果:导管上皮成分表达广谱细胞角蛋白(CKpan)、细胞角蛋白(CK)7、CK19等;肌上皮成分表达平滑肌肌动蛋白(SMA)、Calponin、p63等。二代测序检测发现3例有HRAS和PIK3CA基因突变。随访5~19个月均未发现局部复发或远处转移。结论:P-EMC大体多为腔内息肉型,双层管状结构是其特征性组织学特点,联合应用SMA、Calponin、p63肌上皮标志物有助于显示双层结构,HRAS基因突变对诊断及鉴别诊断有一定价值。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
遗传学与精准医疗时代的整形外科
编辑人员丨1周前
随着遗传学及在此基础上发展的精准医疗时代的来临,整形外科学科及整形外科医生将如何面对?该文以血管瘤与脉管畸形已有的遗传学和精准医学领域的初步成果为例,按病种分类系统阐述,着眼于血清标志物、相关危险因素、 GNAQ、 RASA1、 TEK等特定基因的发现过程及其对脉管畸形表现差异的影响,简述了以 PIK3CA基因作为诊断依据的新疾病分类和针对复杂脉管畸形靶向治疗的突破性进展。依靠基因测序、生物信息学分析、大数据3把钥匙,借助中国庞大的医疗样本,遗传学与精准医疗的进展,将为整形外科的永续发展提供不竭动力。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
应用甲基化芯片技术研究PM 2.5对人支气管上皮细胞DNA甲基化水平影响
编辑人员丨1周前
目的:应用甲基化芯片与生物信息技术,筛选大气污染细颗粒物(PM 2.5)对人支气管上皮(HBE)细胞的差异甲基化位点及其包含的基因和通路,为进一步研究PM 2.5对HBE细胞毒理学机制提供科学依据。 方法:于2020年8月,用10 μg/ml和50 μg/ml PM 2.5水溶物染毒HBE细胞24 h,即PM 2.5 10 μg/ml染毒组(低剂量组)和PM 2.5 50 μg/ml染毒组(高剂量组);用未染毒的HBE细胞作为对照组,将DNA片段与芯片进行杂交,芯片扫描读取数据后分析数据,筛选差异甲基化位点,进行差异甲基化位点的GO分析和KEGG分析,功能表观遗传模块(FEMs)分析整体差异甲基化位点的相互作用关系。 结果:与对照组比较,低剂量组共筛选出127个差异甲基化位点,包含89个基因,其中甲基化水平升高的有55个位点,甲基化水平降低的有72个,甲基化差异位点主要集中在Body区域和UTR区域。与对照组比较,高剂量组共筛选出238个差异甲基化位点,包含168个的基因,其中甲基化水平升高的有127个位点,甲基化水平降低的有111个,其差异位点也主要集中在Body区域和UTR区域。通过FEMs分析,筛选出8个相互作用最多的基因,其中6个基因有明显甲基化水平变化。在低剂量组的甲基化差异位点中找到与细胞凋亡相关的 MALT1基因;在高剂量组的甲基化差异位点中找到与癌变相关的 PIK3CA、 ARID1A基因;在FEMs分析结果中找到与肿瘤抑制相关的 TNF基因。 结论:PM 2.5染毒HBE细胞后,引起DNA甲基化水平明显变化,筛选出细胞凋亡和癌变相关基因,提示PM 2.5致癌致突变作用可能与DNA甲基化有关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
浸润性乳腺癌PELP1/MNAR表达与雌激素受体、人表皮生长因子受体2、Ki-67表达及PIK3CA基因突变的相关性分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨浸润性乳腺癌PELP1/MNAR表达与雌激素受体(ER)、Ki-67和人表皮生长因子受体2(HER2)表达及与PIK3CA基因突变的相关性。方法:收集山西省大同市第五人民医院2008年1月至2018年12月80例原发浸润性乳腺癌患者石蜡包埋组织标本,应用免疫组织化学EliVision二步法检测PELP1/MNAR蛋白表达,采用聚合酶链反应(PCR)-Sanger测序检测PIK3CA基因突变情况。比较ER、Ki-67、HER2不同表达状态及PIK3CA基因是否突变患者间PELP1/MNAR表达情况,分析各指标与PELP1/MNAR表达的相关性。结果:ER阳性[86.1%(31/36)比59.1%(26/44)]、Ki-67高表达[100.0%(13/13)比65.7%(44/67)]、HER2阳性[81.0%(34/42)比60.5%(23/38)]患者PELP1/MNAR蛋白高表达率较高,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。PIK3CA突变型和野生型患者PELP1/MNAR蛋白高表达率差异无统计学意义[60.0%(12/20)比75.0%(45/60), P=0.199]。PELP1/MNAR的表达与ER表达水平呈负相关( r=-0.195, P<0.05),与Ki-67表达水平呈正相关( r=0.198, P<0.05),与HER2表达水平呈正相关( r=0.225, P<0.05),与淋巴结转移呈负相关( r=-0.269, P<0.05)。 结论:浸润性乳腺癌PELP1/MNAR的表达与ER表达水平负相关,与Ki-67、HER2表达水平正相关。PELP1/MNAR表达与PIK3CA基因突变无相关性,二者可能在乳腺癌PI3K-AKT-mTOR调节途径中各自发挥作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
儿童H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤41例临床病理学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨儿童H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤的临床病理学特征并分析预后相关因素。方法:收集复旦大学附属儿科医院(39例)和西安交通大学附属西安市儿童医院(2例)2016年7月至2020年7月诊断为H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤、年龄≤18岁的病例41例,分析其临床表现、影像学特点、组织病理学特征、免疫表型及分子遗传学特征,并对肿瘤的大小、发生部位和病理组织学分级在诊断及判断预后方面的意义进行探讨。结果:41例患儿中,男性21例,女性20例;发病年龄为3~14岁,平均年龄和中位年龄分别为7.6岁和7.0岁。其中发生于脑干36例,非脑干部位5例。临床多表现为头晕、行走不稳和肢体乏力等。影像学表现多变。组织学表现多样,从低级别到高级别胶质瘤形态均可见到,还可伴有神经元分化。免疫组织化学显示肿瘤细胞均弥漫表达H3K27M、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)和Olig2。基因检测显示76%(16/21)病例肿瘤细胞H3F3A基因突变,多伴有TP53(62%,13/21)的错义突变;5例为(24%,5/21)HIST1H3B基因突变,均伴有ACVR1和磷酸肌醇3激酶(PI3K)途径基因(PIK3CA占4/5和PIK3R1占1/5)的错义突变。该肿瘤预后较差,随访显示仅1例患者存活,其余均死亡,平均总体生存时间7个月,中位总体生存时间为4个月。Cox多因素回归分析显示年龄、肿瘤部位、影像学肿瘤最大径、组织学级别和手术方式对患儿的总体生存时间影响均差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:儿童H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤具有独特的临床病理和分子遗传学特征,预后较差,肿瘤部位和病理组织学级别对预后无明显影响,需要新的特效药物和综合治疗方案来改善患儿的预后。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
激素受体阳性/HER2阴性女性乳腺癌PIK3CA基因突变特征分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨激素受体阳性/HER2阴性浸润性乳腺癌PIK3CA基因突变谱,为筛选潜在获益于靶向PI3K亚基特异性抑制剂的中国目标人群和制定检测策略提供参考。方法:收集2017年1月至10月存档于北京协和医院的乳腺癌手术标本365例,从中选取186例激素受体阳性/HER2阴性浸润性乳腺癌,以二代测序技术检测其PIK3CA基因突变,对比分析与已有报道变异类型之间的差异。结果:从186例激素受体阳性/HER2阴性乳腺癌中检出PIK3CA基因突变40例(21.5%,40/186)。其中位于第9号外显子和第20号外显子的突变占92.5%(37/40),包括E545K、E545G、Q546K、E542K、Q546R、P539R、E547D、H1047R、H1047L、H1047Q和N1044Y,仅有1例标本含有第7号外显子的C420R突变。另外,还发现2例涉及第1号外显子和第5号外显子罕见位点突变的标本,突变分别是F83C和G364R。研究共发现18种变异,根据数据,以伴随诊断方法可检出含已知突变的标本占比为85.0%(34/40)。在队列中,25.0%(10/40)的患者同时具有2种或3种突变,涉及的位点包括E726K/N345K、H1047Q/N345K、H1047R/G364R、H1047R/E453K、E545G/E726K、E542K/E726K、E542K/H1047R、E545K/H1047R/H1047L和E545K/E547D。PIK3CA突变型患者的淋巴结转移发生率明显高于PIK3CA野生型患者( P<0.05)。 结论:标本中除了常见位点占PIK3CA基因突变的绝大多数外,还有新的罕见位点突变,其临床意义尚待扩大样本量、开展多中心及临床疗效相关性等研究以进一步确认。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
