目的:基于生物信息学方法筛选与胃癌预后、5-氟尿嘧啶疗效相关的生物标志物。方法:从基因表达综合（GEO）数据库下载基于GPL570平台的GSE54129、GSE79973、GSE51725胃癌数据集。从GEPIA2在线基因表达谱分析工具下载前500例胃癌患者总生存（OS）相关基因。利用GEO2R工具鉴别胃癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因，使用STRING数据库建立蛋白质互作网络（PPI）并鉴定关键基因，通过OmicShare平台进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。利用Kaplan-Meier Plotter计算关键基因对患者OS的预测价值，患者样本按基因表达量的最佳临界值分为高表达组和低表达组。结果:共筛选出59个差异表达基因，其中39个上调基因，20个下调基因。通过PPI分析，成对同源结构域转录因子2（PITX2）、肝细胞生长因子（HGF）、成纤维细胞生长因子1（FGF1）、转化生长因子β 2（TGFB2）、凝血酶反应蛋白1（THBS1）是上调基因PPI中的关键基因。生存分析结果显示，FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因低表达的胃癌患者OS均较好（均 P<0.01），THBS1基因低表达的胃癌患者OS较差，但差异无统计学意义（ P>0.05）。采用5-氟尿嘧啶为基础的化疗方案治疗的PITX2基因低表达患者OS较好（ P<0.01），THBS1、HGF基因低表达的患者OS较差（ P<0.05）。富集分析发现关键基因参与调控TGF-β信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路、Ras信号通路、黏着斑通路。 结论:FGF1、HGF、PITX2、TGFB2基因表达与胃癌预后相关，PITX2、THBS1、HGF表达与5-氟尿嘧啶疗效相关，可能作为胃癌患者氟尿嘧啶治疗敏感性的预测标志物。

目的:通过分析精神分裂症社会隔离饲养模型小鼠杏仁核基因转录水平的改变确定精神分裂症致病基因及相关通路。方法:29只3周龄SPF级C57BL/6J雄性小鼠按照随机数字表法分为对照组(16只)及模型组(13只)，对照组每个透明鼠笼里饲养4只，模型组每个透明鼠笼里饲养1只，每个笼里小鼠可见其周边小鼠，但是无法相互触碰到。2组小鼠均饲养4周，随后1周内完成旷场实验、前脉冲抑制实验及新物体识别实验。实验结束后采用脊椎脱臼法处死小鼠，取杏仁核行转录组测序，通过GO富集分析及KEGG富集分析明确模型组小鼠差异表达基因（DEGs）富集的功能及相关通路。结果:（1）动物实验部分：与对照组小鼠相比，模型组小鼠旷场实验中运动距离显著增加[（1 239.20±106.35） m vs. （1 845.53±143.65） m]，差异有统计学意义（ t=3.464， P=0.002）；实验前5 min在中心区域的活动时间显著减少[（13.15±1.41）s vs. （8.47±1.19） s]，差异有统计学意义（ t=2.464， P=0.020）。与对照组相比，模型组小鼠的78 dB前脉冲抑制缺失[（22.28±1.53）% vs. （14.59±2.76）%]，差异有统计学意义（ t=2.629， P=0.013）；88 dB前脉冲抑制缺失[（32.83±3.39）% vs.（18.44±3.07）%]，差异有统计学意义（ t=3.081， P=0.005）。与对照相比，模型组小鼠测试期新物体识别率显著下降[（80.5±2.2）% vs.（71.0±3.6）%]，差异有统计学意义（ t=2.356， P=0.026）。（2）生信分析部分：共找到96个DEGs，其中表达上调的42个，包含 Th、Crlf1等基因；表达下调的54个，包含 Prkcd等基因。 Th与 Crlf1为正强相关关系（ r=0.940， P=0.018）。GO基因富集分析结果提示DEGs富集在质膜边界细胞投影功能、神经元分化过程、细胞凋亡过程等方向，KEGG富集分析结果提示DEGs富集在WNT信号通路、细胞凋亡通路及酪氨酸代谢通路。蛋白质网络互作分析结果提示Wnt6、Tcf712、Pitx2、Tcf7、Cd4为关键蛋白。 结论:社会隔离饲养模型小鼠杏仁核中 Th、Prkcd、Lrrc74b、Fadd、Wnt6、Ror2、Notum、Tcf7l2等DEGs以及涉及的相关信号通路可能与精神分裂症相关。

Axenfeld-Rieger综合征(ARS)是一种罕见的、涉及眼前节发育异常的常染色体显性遗传病，可伴有颅面部发育异常、牙齿缺失或小牙、脐部皮肤突出等全身其他器官发育缺陷。ARS在眼部主要表现为角膜后胚胎环、虹膜发育异常和前粘连、瞳孔偏位或多瞳孔，以及上述的不同组合，青光眼发生率较高。ARS具有表型异质性，即使在同一家系中，具有相同基因型的人表型也不尽相同。目前报道的ARS相关遗传变异主要涉及编码转录因子的 PITX2、 FOXC1基因，基因内点突变和基因删除为常见变异类型，具体致病机制尚不明确，可能与基因突变导致的基因表达量异常和蛋白质功能改变有关。个别ARS患者携带 COL4A1、 PRDM5、 CYP1B1基因突变，但其致病性仍有待进一步研究证实。本文将对ARS临床特征、相关基因以及和临床表型的关系、基因功能研究现状等进行综述。

目的:探讨尼克酰胺(NIC)在人胚胎干细胞(hESCs)诱导分化为神经嵴细胞过程中的作用，为hESCs进一步分化为角膜内皮细胞提供实验基础。方法:取培养5~7 d的hESCs细胞系H1进行诱导，根据诱导培养基中干预组分的不同分为未添加NIC组(仅使用诱导培养基)、NIC添加组(含10 mmol/L NIC的诱导培养基)、NIC+白藜芦醇(Res)组(含10 mmol/L NIC、10 μmol/L Res的诱导培养基)和Sirtinol组(含10 μmol/L Sirtinol的诱导培养基)，其中Res和Sirtinol分别为SIRT1活性激动剂和抑制剂，各组连续诱导7 d。采用实时荧光定量PCR法检测诱导1、3、5、7 d hESCs及神经嵴细胞标志物mRNA相对表达量；诱导后7 d，采用免疫荧光染色法测定hESCs来源神经嵴细胞相关标志蛋白的表达，采用流式细胞术分析hESCs来源神经嵴细胞表面标志物神经生长因子受体(P75)和人自然杀伤因子1(HNK-1)阳性细胞比率，以评价NIC诱导效率及调控SIRT1对HNK-1表达的影响。结果:与未添加NIC组相比，NIC添加组处理5 d后全能性基因八聚体结合转录因子4(OCT4)和同源域蛋白(NANOG) mRNA相对表达量显著降低，神经嵴细胞标志物P75、HNK-1、SRY相关HMG盒9(SOX9)和SOX10 mRNA相对表达量显著升高，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。免疫荧光染色结果显示，未添加NIC组神经嵴细胞标志物P75表达较弱，HNK-1仅有零星表达，转录因子激活蛋白2β(AP-2β)及成对样同源域转录因子2(PITX2)均未见阳性着色；NIC添加组细胞中P75、HNK-1、AP-2β及PITX2均呈广泛的强阳性表达。NIC添加组P75 +HNK-1 +和P75 +细胞比率明显高于未添加NIC组，差异均有统计学意义( t＝8.481， P＝0.001； t＝2.987， P＝0.041)。未添加NIC组、NIC添加组、NIC+Res组和Sirtinol组HNK-1 +细胞比率分别为(34.267±12.522)%、(89.633±1.358)%、(64.667±6.429)%和(86.300±3.460)%，总体比较差异有统计学意义( F＝36.799， P<0.001)，其中，NIC+Res组HNK-1 +细胞比率均明显低于NIC添加组和Sirtinol组，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:NIC可通过抑制SIRT1的活性促进HNK-1表达，提高hESCs来源神经嵴细胞的分化效率，为神经嵴细胞相关疾病的治疗，如角膜内皮移植提供新的种子细胞来源。

目的:对Axenfeld-Rieger综合征(ARS)一家系进行临床检查和基因检测，寻找致病突变。方法:采用家系调查研究方法，纳入2018年于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊的中国汉族ARS一家系，该家系3代共15人，其中患者3例。详细记录家族史，进行眼科及全身一般检查。采集受检者外周静脉血2~5 ml并提取淋巴细胞基因组DNA和RNA。对先证者DNA进行外显子测序，利用人群数据库及生物信息学分析筛选可疑突变，Sanger测序和实时荧光定量PCR进行验证，对可疑突变进行保守性和有害性预测，参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南对候选罕见变异进行致病性评估。结果:3例患者均存在ARS典型的眼部、牙齿和肚脐发育异常，且均携带 PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs *)杂合突变，家系中其他人员无相应临床表型且未检测到该变异位点，符合家系共分离。3例患者PITX2 mRNA相对表达量为0.672±0.063，明显低于健康对照的1.015±0.179，差异有统计学意义( t＝8.847， P<0.001)。dbSNP、1000G、gnomeAD、ExAC、Korea1K、EVS数据库中均未收录该变异，MutationTaster评为有害，受影响的氨基酸序列在9种动物中保守存在。ACMG遗传变异分类标准和指南评价该变异位点为致病变异。 结论:PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs *)变异为该家系患者的致病变异，首次在中国ARS家系中报道。

本研究利用选择信号分析方法在美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪中筛选与重要经济性状相关的候选基因.选取健康状态良好、饲养管理水平一致的成年美系杜洛克公猪33头、丹系杜洛克公猪11头,提取DNA并重测序,利用Fst&Pi的联合分析,保留候选区域,对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与重要经济性状相关的相关候选基因.美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪的全基因组重测序平均测序深度在13×以上,测序数据平均效率为99.82％,Q30平均值分别为91.91％、91.93％,G+C含量分别在42.90％-43.83％和42.48％～43.55％,均表明本次测序数据质量较高.以5％为筛选阈值,关联Fst&Pi提取相关候选区域,采用选择性消除方法检测到相应的选择信号区域,美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪之间的Fst值为0.268,θπ比值分别为0.495和-1.415,Pi值分别为4.206和3.506.在美系杜洛克猪的选择性消除分析中有557个受选择区域,注释到1 323个基因;丹系杜洛克猪的选择性消除分析中有207个受选择区域,注释到338个基因.GO分析和KEGG通路富集分析发现,在美系和丹系杜洛克群体中初步筛选到ERLIN2、TMCO2、PITX2、SORCS3和SUFU等5个与精子发生、脂肪形成、生殖功能等性状相关的候选基因.在美系杜洛克猪中筛选到ATP1B1、LAMA4、EP300、ELOVL3、ECHS1、THEME5、PIP5K1A、PPT1、UBQLN1、1L2、CNTFR、ITGA10、SEC24D、MAP3K5 和 HSP90B1 等 15 个与肉质、脂肪合成与代谢、精子发生、生长发育、骨发生和饲料效率等性状相关的候选基因.在丹系杜洛克猪中筛选到PDIA3、CBLIN2、CYCS和CDH7等4个候选基因,分别与产奶量、肉质性状、骨骼肌、饲料效率相关;BMI1、LHX8、ELL3、CATSPER2和CSMD1等5个与繁殖性状相关的候选基因.本研究发现美系杜洛克猪群体和丹系杜洛克猪群体间存在较大的遗传分化,为进一步研究杜洛克公猪的遗传特性提供了基因组数据支撑.

Axenfeld-Rieger综合征(ARS)是一种罕见的、涉及眼前节发育异常的常染色体显性遗传病,可伴有颅面部发育异常、牙齿缺失或小牙、脐部皮肤突出等全身其他器官发育缺陷.ARS在眼部主要表现为角膜后胚胎环、虹膜发育异常和前粘连、瞳孔偏位或多瞳孔,以及上述的不同组合,青光眼发生率较高.ARS具有表型异质性,即使在同一家系中,具有相同基因型的人表型也不尽相同.目前报道的ARS相关遗传变异主要涉及编码转录因子的PITX2、FOXC1基因,基因内点突变和基因删除为常见变异类型,具体致病机制尚不明确,可能与基因突变导致的基因表达量异常和蛋白质功能改变有关.个别ARS患者携带COL4A1、PRDM5、CYP1B1基因突变,但其致病性仍有待进一步研究证实.本文将对ARS临床特征、相关基因以及和临床表型的关系、基因功能研究现状等进行综述.

目的:利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的可能机制,为临床化疗提供有效的依据.方法:①通过GEO在线GE02R工具从两组数据库(GSE15372和GSE33482)中,分别比较对顺铂耐药的A2780与对顺铂敏感的A2780中的基因表达差异,并筛选出高表达基因和低表达基因;使用维恩图确定两组数据库中耐药的高表达共同差异基因和低表达的共同差异基因.②利用GO分析和KEGG通路富集分析耐药基因的生物学功能.③利用蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络及Cytoscape软件筛选出A2780对顺铂耐药核心靶基因.④利用Kaplan-Meier Plotter工具对Hub基因进行总生存期分析.结果:①两组数据集的高表达共同耐药基因共37个,低表达共同耐药基因共2个.②GO分析结果显示:生物学过程(BP)分析结果表明,耐药基因主要参与着细胞间信号传导、趋化作用等;细胞组成(CC)分析表明,耐药基因主要位于细胞外区域、细胞间隙、细胞表面;分子功能(MF)分析表明,耐药基因参与着趋化因子相结合等作用.KEGG通路富集分析显示,耐药基因主要在细胞因子与细胞因子受体相互作用的信号通路、趋化因子信号通路上发挥作用.③PPI网络及 Hub 基因筛选结果显示:CCR5、POSTN、LOX、DACT1、RTN1、CCR1、CXCL6、PITX2、SNCA、AREG是核心耐药基因.④Hub基因中POSTN、LOX、DACT1、RTN1、PITX2的高表达与卵巢癌的不良预后有关(P＜0.05).结论:人卵巢癌细胞株A2780中顺铂耐药基因的异常表达,在卵巢癌化疗耐药中发挥着重要的作用,需要进一步的体外实验研究来证实其在临床化疗耐药中的作用.

左右不对称是两侧对称动物的重要特征,其形成机制一直是发育生物学领域备受关注的科学问题之一.脊椎动物的左右不对称发生经过3个重要阶段:左右对称性的打破,左右不对称信号的建立和维持,以及左右不对称器官的形态发生.多数脊椎动物在胚胎发育阶段依赖纤毛产生定向液流打破胚胎的左右对称性,随后建立Nodal-Pitx2左右不对称信号,最后由Pitx2等基因指导左右不对称器官的形态发生过程.无脊椎动物中存在不依赖纤毛介导的Nodal-Pitx不对称信号表达机制,甚至具有完全独立的左右不对称发育机制.本文结合最新的左右不对称器官发育机制的研究进展,综述了脊椎动物和无脊椎动物胚胎左右不对称的发生过程及相关基因和信号通路,有助于深入理解左右不对称器官发育的过程,以期为追溯左右不对称器官发育机制的起源演化提供参考.

目的 探讨DKK1通过靶基因调节Wnt/β-catenin信号通路对口腔鳞癌干细胞迁移及侵袭能力的作用.方法 培养并鉴定口腔鳞癌干细胞,并将细胞分为3组,分别为空白对照组(A组),未转染siRNA;阴性对照组(B组),转染StealthTM RNAi的阴性对照;DKK1 RNAi组(C组),转染DKK1 StealthTMSelect RNAi.利用实时定量PCR(RT-PCR)检测3组的转染效率及口腔鳞癌干细胞中Wnt3a、Pitx2、Oct4 mRNA的表达情况.运用划痕实验和Transwell侵袭实验检测DKK1对口腔鳞癌干细胞迁移和侵袭的影响.结果 流式细胞仪检测CD44及CD133表达量分别为88.0%及92.8%,提示所培养细胞为口腔鳞癌干细胞.瞬时转染后,应用RT-PCR检测提示,C组Wnt3a、Pitx2及Oct4 mRNA表达量较A组分别下降59.8%、70.7%和66.0%(P<0.05).细胞划痕实验结果显示,A、B、C组24 h的划痕愈合率分别为(54.32%±3.21%)、(49.46%±3.75%)和(14.13%±1.96%),组间比较,差异有统计学意义(P<0.05).Transwell实验结果显示,A、B、C组中穿透细胞膜的细胞数目分别为(115.6 ±14.3)个、(131.2 ±19.5)个和(37.3 ±6.8)个,组间比较,差异有统计学意义(P<0.05).结论 DKK1可以通过抑制Wnt3a,从而调控Wnt/β-catenin信号通路,进而抑制口腔鳞癌的转移及侵袭.