目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况，为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本，使用数字PCR方法对病毒载量进行测定，使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析，对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份，均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇，内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成，疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。

目的:构建新型冠状病毒感染儿童T细胞受体(T cell receptor，TCR)β链免疫组库，分析新冠病毒感染患儿和健康儿童TCR免疫组库差异。方法:收集新冠病毒Delta变异株感染儿童和健康对照儿童全血样本各五份，RNA质检和文库构建后，进行高通量测序，分析新冠病毒感染患儿和健康儿童TCR免疫组库克隆扩增和多样性指数的差异，统计TCRβ的VJ基因的使用频率，采用非配对T检验统计方法分析。结果:成功利用高通量测序技术构建新冠病毒感染儿童TCRβ免疫组库，与健康儿童相比，新冠病毒感染儿童的TCR免疫组库多样性指数(9.78±1.23)显著低于健康儿童(13.40±2.12)( P<0.05)，TCR克隆扩增指数(0.18±0.07)显著高于健康儿童(0.06±0.06)( P<0.05)。针对TCRβ免疫组库VJ基因使用频率初步比较发现，在新冠病毒感染儿童中，最常见的V基因和J基因分别是TRBV28和TRBJ2-1。 结论:利用高通量测序技术构建新冠病毒感染儿童TCRβ免疫组库，并发现新冠病毒感染儿童特征性的TCRβ免疫组库，阐述新冠病毒感染的T细胞免疫组库特征，对其他病毒感染后快速TCRβ免疫组库的构建具有重要参考意义。

目的:了解干扰素诱导跨膜蛋白3（IFITM3）基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法:选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA，使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果:无症状感染者、轻型病例、普通型病例中rs12252基因型分布频率与对照组无显著性差异（ P值均>0.05），但重型病例中基因型分布具有显著差异（ P<0.05）。60%的重型病例为CC基因型，明显高于其他类型病例、无症状感染者或健康人群。隐性遗传模型显示CC基因型个体比TT基因型和CT基因型个体有更高的风险发展为新冠肺炎重型或危重型（ OR=3.546，95% CI：1.084~11.595）。 结论:IFITM3 rs12252CC基因型会导致较高的新冠肺炎重症感染风险。

目的:对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS)，获取基因组序列并分析测序影响因素。方法:2020年1月，收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份，运用RNA建库的方法进行测序，获得新型冠状病毒的基因组序列，采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果:从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列，其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%～99.90%。Ct值低的样本，测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论:标本中新型冠状病毒的Ct值低，测序质量好。

目的:通过分析本土奥密克戎（Omicron）变异株新型冠状病毒（新冠病毒）感染患者临床特征及关键指标，掌握轻、重症患者的临床指标特征，为有效治疗及预防重症发生提供科学依据。方法:采用回顾性比较研究方法，分析2020年1月至2022年3月无锡市第五人民医院收治的新冠病毒感染患者的临床及实验室资料，包括病毒基因亚型、人口学信息、临床分型、主要临床症状、临床检验的关键指标，评价新冠病毒感染患者的临床特征变化。结果:共收治150例新冠病毒感染患者，2020、2021、2022年分别为78、52、20例，其中重症患者分别为10、1、1例，主要感染病毒株分别为L型、Delta型、Omicron变异株。Omicron变异株感染患者复阳率高达15.0%（3/20），腹泻发生率降至10.0%（2/20），重症发生率降至5.0%（1/20），轻症患者住院天数较2020年增加（d：20.43±1.78比15.84±1.12）；呼吸道症状减少，肺部病变比例下降至10.5%；重症患者Omicron变异株感染急性期（第3天）病毒滴度较L型毒株高（Ct值：23.92±1.16比28.19±1.54）；Omicron变异株新冠病毒感染重症患者急性期血浆细胞因子白细胞介素（IL-6、IL-10）及肿瘤坏死因子-α（TNF-α）显著低于轻症患者〔IL-6（ng/L）：3.92±0.24比6.02±0.41，IL-10（ng/L）：0.58±0.01比4.43±0.32，TNF-α（ng/L）：1.73±0.02比6.91±1.25，均 P<0.05〕，而γ-干扰素（IFN-γ）和IL-17A显著高于轻症患者〔IFN-γ（ng/L）：23.07±0.17比13.52±2.34，IL-17A（ng/L）：35.58±0.08比26.39±1.37，均 P<0.05〕。与既往疫情（2020、2021年）相比，2022年Omicron感染轻症患者中CD4/CD8比值、淋巴细胞计数、嗜酸粒细胞及血肌酐下降的患者比例大（36.8%比22.1%、9.8%，36.8%比23.5%、7.8%，42.1%比41.2%、15.7%，42.1%比19.1%、9.8%），单核细胞计数和降钙素原升高的患者比例大（42.1%比50.0%、23.5%，21.1%比5.9%、0）。 结论:Omicron变异株新冠病毒感染患者的重症发生率较既往明显降低，重症的发生仍与基础疾病有关。

目的:了解新型冠状病毒（SARS-CoV-2）灭活疫苗对奥密克戎变异株感染者临床结局的影响。方法:以2022年1月1日至5月31日广东省20家定点医院收治的1 403例奥密克戎变异株感染者为对象，基于中国疾病预防控制信息系统和广东省远程医疗平台收集对象人口学资料、基础疾病资料、疫苗接种情况、末次暴露日期、感染毒株基因测序和临床结局等资料，采用病例对照研究设计，将肺炎（普通型、重型和危重型）作为病例组，非肺炎（无症状感染者和轻型）作为对照组，分析SARS-CoV-2灭活疫苗对奥密克戎变异株感染者临床结局影响。结果:1 403例对象年龄的 M（ Q1， Q3）为36（27~47）岁，男性占52.25%（733例）。感染结局以非肺炎为主，占92.09%（1 292例），病程的 M（ Q1， Q3）为18（14~22）d。无免疫史或部分免疫、基础免疫90 d内、基础免疫90 d以上、完成加强免疫90 d内和完成加强免疫90 d以上者分别为134（9.55%）、39（2.78%）、403（28.72%）、437（31.15%）和390（27.80%）例。多因素logistic回归分析显示：调整性别、年龄、基础病和报告地等因素后，与无免疫史或部分免疫者比较，基础免疫90 d以上、加强免疫90 d内、加强免疫90 d以上者发展为肺炎风险较低［ OR（95% CI）值分别为0.52（0.28~0.98）、0.39（0.21~0.73）和0.40（0.21~0.77）］。Cox比例风险回归模型分析显示：调整性别、年龄、基础疾病和报告地等因素后，与无免疫史或部分免疫者相比，加强免疫90 d以上者病程较短［ HR（95% CI）：1.26（1.03~1.55）］。 结论:新冠病毒灭活疫苗接种史影响奥密克戎变异株感染者临床结局。

新型冠状病毒肺炎疫情正成为全球关注的焦点。作为一种新发现的病毒，新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的来源、是否变异、感染途径等问题尚待研究。此文通过对GISAID平台发布中的SARS-CoV-2核苷酸序列进行分析，并就目前关于SARS-CoV-2的病毒起源、核酸序列、遗传关系、传播途径和感染机制等分子生物学方面的研究结合笔者对基因组序列分析进行了综述。

目的:对一起在北京市顺义区局部地区发生的新冠肺炎本地聚集性疫情进行调查，分析其感染来源。方法:应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹，对活动轨迹涉及的点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样检测，对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测，对疫情早期报告的病例和环境核酸阳性标本进行全基因组测序、比对分析，分析感染来源和传播链。结果:2020年12月23日至2021年1月16日，顺义区局部地区聚集性疫情报告42例新型冠状病毒感染者。感染来源为1例从印度尼西亚入境的境外输入无症状感染者，2020年11月26日从印度尼西亚入境，11月26日至12月10日在集中观察期间5次新冠病毒核酸检测、1次血清抗体检测，结果均为阴性。12月10日隔离期满后到京，12月28日诊断为无症状感染者。在入京后传播给合租房屋的租户1人，在A商场购物期间传播给该商场服装售货员1人，同时传播给在A商场购物的同一家庭3人。随后在顺义区多个点位发生续发病例，并在顺义区某工业园区引发局部暴发疫情。结论:此次疫情为入境人员集中隔离期满、解除隔离后导致的聚集性疫情，提示应适当延长入境人员集中隔离时间，并加强对入境人员的样本采集检测。

新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）易发生变异。刺突（spike，S）蛋白是SARS-CoV-2与宿主细胞结合的重要结构，S蛋白的基因突变可能会改变病毒传染性、致病性、抗体应答等临床特征。世界卫生组织根据病毒的传染性、致病性和免疫逃逸能力，提出存疑变异株（variant of interest，VOI）和关切变异株（variant of concern，VOC）的分类。本文将对D614G变异株及流行的Alpha（B.1.1.7）、Beta（B.1.351）、Gamma（P.1）、Delta（B.1.617.2）和Epsilon（B.1.427/ B.1.429）变异株的最新研究进展进行概述。

目的:分析影响北京市新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者核酸复阳的危险因素，并初步建立预测模型。方法:收集2021年10月21日至2021年12月5日在首都医科大学附属北京地坛医院住院的45例COVID-19患者临床数据，根据出院后14 d新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸复查是否阳性分为复阳组（ n=9）和持续阴性组（ n=36），将两组患者临床指标进行单因素分析，筛选出影响COVID-19患者复阳的可能危险因素；进一步进行logistic回归分析并构建预测模型，绘制受试者工作特征（ROC）曲线评价预测价值。 结果:两组间病程、阴转时间（SARS-CoV-2核酸ORF或N单基因首次阴性日期至出院日期的间隔天数）、IgM、CRP、SAA、LYMP%、WBC、N-Ct（鼻咽拭子核酸RT-PCR的Ct值）、联合治疗方式、肺部病变时间（胸部CT提示病毒性肺炎的日期与提示病变吸收日期的间隔天数）等指标差异有统计学意义（ P<0.05）。logistic回归分析显示病程（ OR = 0.801，95% CI：0.660~0.973）、联合治疗方式（ OR = 0.346，95% CI：0.124~0.965）、肺部病变时间（ OR =0.787，95% CI：0.641~0.965）为COVID-19患者复阳的独立预测因素。创建预测模型：logit（P）= 7.053-0.222×病程-1.361×联合治疗-0.240×肺部病变好转时间。预测模型的ROC曲线下面积为0.872，95% CI [0.759，0.985]。此ROC曲线的约登指数为0.584，灵敏度为0.788，特异度为0.806。 结论:病程、联合治疗方式、肺部病变时间为预测COVID-19患者复阳的独立因素，所建立的预测模型对COVID-19患者复阳具有较好的预测价值。