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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨5天前
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原发性肉碱缺乏症合并心肌病一例报道
编辑人员丨5天前
目的:强化对原发性肉碱缺乏症(PCD)合并心肌病的临床诊断、治疗和预后的认识。方法:回顾性分析2018年5月吉林大学第一医院儿科诊治的1例PCD患儿的临床及随访资料,采用串联质谱和基因检测进行病因分析。结果:患儿,男,4岁10个月,因发现心影增大入院。超声心动图提示左室舒张末内径(LVDd)47 cm、左室射血分数(LVEF)40%,左室壁不均匀增厚。外周血游离肉碱水平(0.76 μmol/L)及多种酰基肉碱显著降低。采用左旋肉碱治疗14 d复查,游离肉碱升高至正常(14.00 μmol/L),LVDd明显缩小(39 cm),LVEF恢复至正常(68%);1年后仅有左室后壁增厚。同时检测到SLC22A5基因突变。结论:提高临床医生重视PCD能够引起心肌病,扩展临床思维,必要时采用更多的检查手段明确诊断,如串联质谱、基因检测等。
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编辑人员丨5天前
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孕前扩展性携带者筛查在中国汉族育龄人群中的应用价值
编辑人员丨5天前
目的:探讨孕前扩展性携带者筛查(preconception expanded carrier screening,PECS)在中国汉族育龄人群中的临床应用价值。方法:回顾性研究2019年9月至2022年5月期间于郑州大学第二附属医院生殖医学中心采用序贯筛查模式进行PECS的不孕不育夫妇的基因检测结果,对单基因病致病基因携带率、高危夫妇携带率及高危夫妇的临床结局进行统计和分析。结果:共有1 565例患者接受PECS,均为汉族人群,其中接受扩展型108种单基因病检测的女性患者420例,男性患者84例,目标基因总体携带率为30.75%(129/420)。检出1对高危夫妇,携带率为1.19 %(1/84),检测基因中携带率较高的分别是 MMACHC[2.58%(13/504)]、 ATP7B[(2.38%(12/504)]、 SLC22A5[2.18%(11/504)]、 GALC[1.79%(9/504)]、 PAH[1.79%(9/504)]、 MLC1[1.19%(6/504)],余下均不足1%。接受脆性X综合征 FMR1基因检测的患者共555例, FMR1基因突变5例,占0.90%,对全突变患者直系亲属进行检测,其母亲为前突变携带者(CGG重复数为105)。接受脊髓型肌萎缩症 SMN1基因携带者筛查的患者共502例,女性阳性携带者14例,男性阳性携带者2例,总体携带率为3.19%。 结论:单基因隐性遗传病在人群中携带率较高,孕前进行筛查可以为患者提供优生优育指导,选择胚胎植入前单基因遗传学检测(preimplantation genetic testing for monogenic/single gene disorders,PGT-M)和产前诊断,可避免患儿的出生。
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编辑人员丨5天前
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MassARRAY基因分型技术在新生儿遗传代谢病诊断中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨MassARRAY基因分型技术应用于新生儿遗传代谢病诊断的准确性、时效性及可行性。方法:回顾性研究。收集2016年12月至2020年1月在浙江省新生儿筛查中心应用串联质谱筛查的疑似阳性患儿7 922例,采用MassARRAY技术进行27种遗传代谢病的常见变异位点检测,通过Sanger或二代测序验证并进一步寻找潜在变异。结果:共1 408份样本送检MassARRAY,307例确诊为遗传代谢病患儿,其中高苯丙氨酸血症检出率最高,其次为原发性肉碱缺乏症、短链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症和甲基丙二酸血症。经Sanger测序验证100%(307/307)符合。287例检测为携带者,49.1%(141/287)经Sanger测序确认为携带者,以 SLC22A5、 MCCC1基因为主。50.8%(146/287)还检测到另一个等位基因变异,以 PAH、 PTS和 ACADS基因为主。814例未发现变异,对其中158例复查后串联质谱特征性指标持续阳性、尿有机酸及其他生化检测等异常的样本进行二代测序,38%(60/158)检测到2个等位基因变异。最终确诊513例遗传代谢病患者,MassARRAY的总检出率为59.8%(307/513)。 结论:MassARRAY技术可作为新生儿遗传代谢病的早期分子筛查方法,在高苯丙氨酸血症、原发性肉碱缺乏症等热点变异集中的疾病中检出率较高,后期需不断优化新的疾病基因和变异位点从而进一步提升其潜在应用价值。
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编辑人员丨5天前
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以胆汁淤积、巨肝、高血酮为表现的原发性肉碱缺乏症1例
编辑人员丨5天前
1例7月龄患儿主诉"发现肝大1月,皮肤黄染半月",主要临床表现为短期进行性肝大、脂肪肝、胆汁淤积、凝血障碍、高氨血症、嗜睡、肌张力低、贫血、高血酮、心肌肥厚、肾小管受损等。血质谱游离肉碱降低,基因测序示 SLC22A5基因c.760C>T纯合突变。补充左旋肉碱治疗2个月,肝脏大小及肝功能恢复正常、心肌厚度趋于正常,治疗10个月生长发育趋于正常,肌力改善。
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编辑人员丨5天前
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新生儿高通量测序基因筛查的前瞻性研究
编辑人员丨5天前
目的:探索新生儿高通量测序(HTS)基因筛查在新生儿筛查疾病早期诊断中的临床价值。方法:选取2021年3月至2021年9月于宁波市妇女儿童医院出生的2 060例新生儿为研究对象。对其采用传统串联质谱和荧光免疫分析筛查后,再应用HTS技术对135个筛查疾病相关致病基因的明确致病高频变异位点进行检测,可疑变异位点进行Sanger测序或多重连接探针扩增技术家系验证。结果:2 060例新生儿中,基因阳性31例,基因携带557例,基因阴性1 472例。31例基因阳性新生儿中, G6PD基因变异5例,遗传性非综合征型耳聋相关基因( GJB2、GJB3、MT-RNR1)变异19例, PAH基因变异2例, GAA基因变异1例, SMN1基因变异1例, MTTL1基因变异2例, GH1基因变异1例。结合基因结果和临床资料确诊脊髓性肌肉萎缩症(SMA)1例,糖原贮积症Ⅱ型1例,耳聋2例,G6PD缺乏症5例,额外诊断患儿母亲SMA 1例。2 060例新生儿经传统串联质谱检测未发现确诊患者;经传统荧光免疫分析筛查发现G6PD缺乏症5例(基因筛查阳性),甲状腺功能减退症2例( DUOX2基因变异携带者)。宁波地区新生儿基因变异携带率前6位的基因分别为: DUOX2(3.93%)、 ATP7B(2.48%)、 SLC26A4(2.38%)、 GJB2(2.33%)、 PAH(2.09%)、 SLC22A5(2.09%)。 结论:新生儿基因筛查技术的疾病检测范围广泛,检出率高,与传统筛查联合可显著提高临床筛查效果,有助于患儿的二级预防、家系成员的疾病诊断和变异携带者的遗传咨询。
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编辑人员丨5天前
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原发性肉碱缺乏症新生儿17例的血液肉碱谱及 SLC22A5基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:对福建宁德地区的新生儿进行串联质谱筛查,分析17例疑似原发性肉碱缺乏症(primary carnitine deficiency,PCD)新生儿的血游离肉碱(C0)以及 SLC22A5基因的变异,了解本地区的发病情况,并探讨C0水平与基因型的相关性。 方法:选取2016年9月至2021年6月在宁德市9个县(市、区)出生的148 043例新生儿为研究对象,进行血游离肉碱和酰基肉碱谱分析,对其中血C0 < 10 μmol/L或C0在10 ~ 15 μmol/L的新生儿进行 SLC22A5基因检测,分析其游离肉碱水平与基因变异之间的相关性。 结果:共确诊17例PCD,折算新生儿患病率为1/8 707。共发现12种 SLC22A5基因变异,其中热点变异为c.760C>T、c.1400C>G、c.51C>G。相比于其他位点,携带c.760C>T变异者的C0值显著偏低( P<0.01)。 结论:宁德地区新生儿PCD的患病率较高,需制定干预措施积极防控。携带c.760C>T变异者C0水平明显偏低,可为临床诊断提供一定的依据。
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编辑人员丨5天前
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溶质载体转运蛋白22A3基因rs7758229多态性与胰腺癌预后的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨溶质载体转运蛋白22A3(SLC22A3)基因rs7758229位点多态性与胰腺癌预后相关性。方法:选取2014年3月30日至2016年3月30日宁夏医科大学总医院收治的100例接受手术治疗的可切除胰腺癌患者,年龄范围为35~79岁,年龄(49.1±5.7)岁;男61例,女39例;胰头颈癌66例,胰体尾癌34例,TNM分期参考第7版美国癌症联合委员会(AJCC)胰腺癌分期系统,其中Ⅰ期19例、Ⅱ期56例、Ⅲ期25例,于入院第2天抽取空腹静脉血5 ml,使用测序法检测SLC22A3基因rs7758229位点多态性。对患者进行随访,终点为全因死亡,观察rs7758229位点多态性与胰腺癌预后相关性。:应用SPSS 25.0统计软件分析,Hardy Weinberg平衡被用于检测患者基因型分布偏离情况,使用 χ2检验分析SLC22A3基因rs7758229位点多态性患者临床资料相关性,使用Kaplan-Meier法比较SLC22A3基因rs7758229位点多态性与OS相关性;使用Cox比例风险模型对影响OS的预后因素分析。 结果:基因型分析结果表明SLC22A3基因rs7758229位点3种基因型(GG型、GT型、TT型)在胰腺癌的分布频率不同,其中GG型28例(28.0%);GT型51例(51.0%);TT型21例(21.0%)。rs7758229单核甘酸多态性与肿瘤分化程度、临床分期间差异有统计学意义( χ2=10.209、10.826, P<0.05)。失访6例(GG型2例,GT型3例,TT型1例),中位随访时间为46个月,死亡73例。Kaplan-Meier分析并Log-rank检验显示,比较rs7758229 GG型患者,rs7758229 TT型患者总生存期(OS)缩短(Log-rank: χ2=11.254, P<0.05),差异有统计学意义。Cox比例风险模型结果显示,rs7758229单核甘酸多态性[TT型比GG型, P<0.05,比值比( OR):2.357,95%可信区间( CI):1.524~6.317]、TNM分期( P<0.05, OR:1.194,95% CI:0.031~3.491)、年龄( P<0.05, OR:1.354,95% CI:1.067~4.357)、肿瘤分化程度( P<0.05, OR:1.687,95% CI:1.108~4.217)、切缘情况( P<0.05, OR:1.947,95% CI:1.354~5.218)是影响胰腺癌患者OS的独立预后因素。 结论:SLC22A3基因rs7758229位点多态性与胰腺癌生存率相关,TT型患者的OS更短。
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编辑人员丨5天前
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广州市原发性肉碱缺乏症新生儿筛查评估及SLC22A5基因变异谱特征
编辑人员丨5天前
目的:评估原发性肉碱缺乏症(PCD)新生儿筛查性能、优化筛查指标,并探讨广州地区PCD发病率及SLC22A5基因变异特点。方法:广州市新生儿筛查中心采用串联质谱法对辖区内2015至2019年出生的200 180名新生儿进行多种遗传代谢病筛查,以游离肉碱(C0)<10 μmol/L伴多种酰基肉碱降低为PCD筛查阳性,召回新生儿及其母亲复查,复查仍阳性者进行SLC22A5基因测序确诊。回顾性分析筛查结果,同时以丙酰基肉碱与棕榈酰基肉碱之和(C3+C16)作为多种酰基肉碱的辅助量化指标,并评估其效果。PCD新生儿及PCD母亲所生新生儿血酰基肉碱水平比较采用独立样本 t检验。以广州地区2 395名健康儿童外显子测序中SLC22A5基因结果计算人群致病变异携带率,推算PCD发病率。 结果:在200 180名新生儿中筛查阳性239例,阳性率0.12%,确诊PCD 37例,其中PCD新生儿15例,PCD母亲22例,新生儿PCD发病率为1/13 345,分娩母亲人群PCD发病率约为1/9 099,阳性预测值15.5%。初筛C0<10 μmol/L共810例,增加量化指标(C3+C16),以C0<8.5 μmol/L或C0 8.5~9.9 μmol/L伴(C3+C16)<2 μmol/L为阳性切值,则筛查阳性224例,确诊37例,不增加假阴性。PCD新生儿与PCD母亲所生新生儿两组间初筛C0及(C3+C16)水平差异均无统计学意义[分别为(6.2±2.4)比(5.0±1.8)μmol/L,(1.4±0.4)比(1.2±0.5)μmol/L, t=3.826、0.326, P=0.058、0.572]。7例PCD母亲有不同程度的晨起头晕、疲劳,其中1例在妊娠期出现心肌病。SLC22A5基因分析显示,PCD新生儿常见3种变异为p.S467C、p.F17L、p.R254X;PCD母亲及健康儿童常见3种变异均为p.S467C、p.F17L及p.R399W,罕见重型变异p.R254X。健康儿童SLC22A5基因致病变异携带率为1/65,推算人群PCD发病率为1/16 500。 结论:PCD新生儿筛查可同时检出新生儿患者及母亲患者,增加多种酰基肉碱量化指标(C3+C16)<2 μmol/L可改善新生儿PCD筛查性能。重型变异p.R254X在PCD新生儿中常见,而在PCD母亲和健康儿童中罕见,提示低估了广州地区PCD患病率,可能漏检部分PCD新生儿。
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编辑人员丨5天前
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广西地区原发性肉碱缺乏症新生儿筛查代谢谱及基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:分析广西地区原发性肉碱缺乏症(primary carnitine deficiency,PCD)新生儿筛查代谢谱和基因变异谱,了解广西地区人群的患病率和基因变异特点。方法:采用串联质谱技术(MS/MS)对广西新生儿疾病筛查中心辖区内从2014年1月至2019年12月行新生儿遗传代谢病筛查的400 575份样本进行分析,初筛阳性者召回新生儿和其母亲复筛,复筛仍阳性者行 SLC22A5基因检测。 结果:共确诊PCD新生儿22例(患病率为1/18 208),母亲9例。对其中22例(18例新生儿和4例母亲)行基因检测,发现 SLC22A5基因14种44个变异位点,其中变异频率最高分别为c.51C>G(10/44,22.7%)、c.1195C>T(9/44,20.5%)和c.1400C>G (7/44,15.9%)变异,所有变异均为致病性;同时发现2种未报道的新变异c.1031C>T和c.517delC,根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,c.517delC(p.Leu173Cysfs*3)变异被评估为致病(PVS1+PM2_supporting+PM3+PP4),c.1031C>T(p.T344I)变异被评估为可能致病(PM1+PM2_supporting+PM3+PP3+PP4)。 结论:c.51C>G、c.1195C>T和c.1400C>G为广西地区的热点变异。
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编辑人员丨5天前
