[目的]为快速鉴定和利用文冠果种质资源,探明文冠果种质亲缘关系.[方法]从 20 对SSR引物筛选得到 11 对条带清晰、多态性好的引物,对 29 个文冠果品种(系)进行分析,采用荧光毛细管电泳技术进行多态检测,通过邻接法进行聚类分析,利用数字和字母赋值编码构建分子身份证.[结果]共检测到 66 个等位基因(Na),每对引物检测到 3-10 个Na.Shannon信息指数(I)变化范围介于 0.349-1.723 之间,平均值为 1.16.不同引物揭示的多态信息含量(PIC)变幅介于 0.276-0.841,平均为 0.66.观测杂合度(Ho)变幅为 0.137-0.958,平均值为 0.739;期望杂合度(He)变幅为 0.187-0.79,平均值为 0.648;在 11个位点中,有 7 个位点的平均观测杂合度大于平均期望杂合度.遗传相似系数变化范围为 0-1,平均为 0.31,遗传相似系数在 0.6以上的有 15 个,仅占全部数据的 5.17%.邻接法聚类分析结果显示,在遗传距离为 0.42 时,可将 29 份文冠果种质分为三大类群.构建了 0/1 形式的指纹数据库和分子身份证,除个别品种外均具有唯一性,可用于品种鉴定.[结论]29 份文冠果种质资源的遗传多样性相对较高,但也存在一定的近交现象.利用SSR标记构建文冠果分子身份证操作简便可行,可为文冠果品种真伪鉴定、权益保护、身份识别、溯源管理及新品种选育提供技术支撑和科学依据.

目的 基于赤霉素(gibberellin A3,GA3)处理下的南方红豆杉Taxus chinensis var.mairei转录组数据鉴定和分析SSR位点,开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记.方法 使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR位点.可搜索单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,最小重复数分别设置为10、6、5、5、5、5次.采用Primer 3(2.3.5版,默认参数)进行SSR引物设计.通过毛细管荧光电泳检测,最终选定多态性好,扩增成功率高的SSR引物用于后续数据分析;通过MEGA进行UPGMA聚类分析,构建聚类树.结果 转录组测序共获得202 361条Unigene,采用MISA软件搜索出12 008个SSR位点,分布在10 894条Unigenes上,发生频率为5.38％,平均距离为1/7.64 kb.单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点的51.74％,其次为三核苷酸(20.92％)和二核苷酸重复类型(20.88％).A/T、AG/CT是优势重复基序,分别占总SSR重复类型的49.60％和10.93％.随机抽选96对SSR引物,以4个地区12份南方红豆杉种质进行引物有效性和多态性验证,筛选出13对具多态性的SSR引物,多态性引物比率为13.54％.13对引物在东北红豆杉Taxus cuspidata扩增效率高达100％,但在曼地亚红豆杉Taxus × media扩增效率仅为23.08％.聚类分析表明太行山地区南方红豆杉聚为一类,浙江、福建和湖南等南方来源的南方红豆杉聚为一类,后三者彼此之间遗传距离更近.结论 南方红豆杉转录组测序产生的Unigene信息可以用来开发SSR分子标记,开发的13个标记将有助于南方红豆杉物种遗传多样性、分子育种、资源保护等方面的研究.

为研究茶树自然杂交后代遗传背景,分析不同茶树自然杂交后代遗传差异,利用24对EST-SSR标记对82个茶树自然杂交后代和34个福建主要栽培品种进行分子标记,研究茶树自然杂交后代的亲缘关系、群体遗传多样性并进行亲本模拟分析.结果表明,(1)24对SSR标记共检测到157个多态性位点,平均等位位点数为6.542个,Nei's多样性指数平均为0.588,Shannon's信息指数平均为1.182,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.577和0.591;(2)遗传距离聚类将各供试样品划分为4类,群体1主要为'丹桂'及其自然杂交后代;群体2主要为'丹桂'、'黄观音'自然杂交后代与福建省乌龙茶品种;群体3主要为'白鸡冠'及其自然杂交后代;群体4主要为福建省绿茶品种;(3)'丹桂'、'白鸡冠'和'黄观音'自然杂交后代群体与福建主要栽培品种的遗传距离分别为0.079、0.117、0.107;(4)群体1亚群b内'丹桂'自然杂交后代模拟亲本准确率为77.8％,模拟父本主要为福建乌龙茶品种,与群体2(亚群a)的遗传相似度、遗传分化系数、基因流分别为0.899、0.043、5.480;(5)AMOVA分析结果显示,有88.52％的遗传变异来自群体内部的个体间,表明遗传变异主要发生在群体内.

[目的]筛选适用于我国粘虫Mythimna separata种群遗传学研究的微卫星位点,从分子水平揭示粘虫种群的遗传多样性.[方法]利用已报道的微卫星标记及本实验室粘虫转录组测序的SSR序列,采用PCR产物荧光标记与自动扫描分型方法,分析各位点在我国河南、陕西、山西3个省份的7个粘虫地理种群200头试虫中的扩增稳定性和多态性.[结果]7个粘虫地理种群有7个位点能稳定扩增且具有较高的多态性.这7个位点等位基因丰富度(Ar)为4.167 ～12.402,观测杂合度(Ho)平均为0.640,期望杂合度(He)平均为0.752,多态信息含量(PIC)为0.547 ～0.884;各位点均存在无效等位基因且偏离哈迪-温伯格平衡,所有成对位点不存在显著连锁不平衡情况.[结论]从来自河南、陕西、山西的7个不同粘虫地理种群中成功筛选了7个能稳定扩增的SSR位点,且在这7个不同的粘虫地理种群中均具有较高的多态性,可用于我国粘虫种群遗传结构研究.粘虫不同地理种群间基因交流频繁,基因交流阻止了由遗传漂变引起的群体间分化,不同地理种群间遗传分化很低甚至不存在遗传分化.

利用荧光SSR分子标记,对新收集的苹果属栽培种楸子种质资源进行了遗传多样性和群体结构分析,明确群体内和群体间的遗传多样性和结构,为苹果属植物种质资源的收集保存和砧木育种亲本选择提供参考.利用荧光SSR构建研究材料的指纹数据,主要利用GenAlEx 6.501软件分析遗传多样性,利用POPULATION l.2软件基于Nei遗传距离构建Neighbour-Joining(NJ)树,并利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析.结果表明:19对SSR引物共检测出390个多态性等位变异,平均多态性等位基因数为20.526,平均有效等位基因数为9.399,观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.706和0.868,香农多样性指数为2.446,高于以往研究的苹果属植物的遗传多样性.基于Nei遗传距离的聚类分析,在遗传距离0.9167处155份材料可以分成3个类群,3个类群间的遗传距离较近,并没有完全按来源地划分为相应的类群.群体结构分析将155份材料划分成了2个稳定的群体,群体结构分组与NJ聚类有相似的结果,其中150份材料的Q值均大于0.6,血缘相对单一.

利用杜鹃红山茶(Camellia azalea)转录组数据和前人研究中获得的12个高多态性的SSR位点,采用荧光毛细管电泳分析了21个茶花杂交新品种的基因型.结果显示,12对SSR引物都能获得稳定清晰的扩增产物,且上述12个SSR位点的基因型能够完全区分上述21个茶花新品种.其中,来自同一杂交组合后代的多个品种,基因型间有差异的位点数为2-10个,来自不同杂交组合后代的品种间,其基因型有差异的位点数为5-12个.研究结果表明,上述21个茶花新品种均获得了独特的基因型标记,能准确地进行品种身份鉴定,这对以扦插或嫁接扩大生产的茶花品种的鉴定和品种权保护具有重要意义.

[目的]枣食芽象甲Scythropus yasumatsui是我国北方枣树Zizyphus jujuba上的一种重要的灾害性害虫,在陕西、山西、河北、河南等枣树主产区普遍发生.本研究旨在揭示我国枣食芽象甲不同种群间的遗传分化和基因交流规律.[方法]利用枣食芽象甲转录组测序的SSR序列,使用荧光标记PCR及毛细管电泳分型方法,筛选出8个微卫星位点,对我国5个省份(山西、陕西、宁夏、河北和河南)10个地理种群共308头枣食芽象甲样本进行种群遗传多样性分析.[结果]8个SSR位点均存在无效等位基因且偏离哈迪-温伯格平衡.各位点的有效等位基因数(Ne)为2.113 ～ 8.016,多态信息含量(PIC)为0.561 ～ 0.908,期望杂合度(He)为0.476～0.865;种群间遗传分化系数(Fst)平均值为0.151;基因流(Nm)平均值为1.594.枣食芽象甲种群间遗传分化系数与地理距离之间显著正相关(r =0.596,P=0.0035),基于Nei's遗传距离和Cavalli-Sforza&Edwards余弦遗传距离的系统进化树将10个地理种群均聚为3个相同的分支.[结论]结果说明,枣食芽象甲种群遗传多样性较高,不同地理种群间存在高度的遗传分化,且有一定的基因交流;地理隔离是影响枣食芽象甲地理种群遗传分化和基因交流的重要因素.

目的 研究三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系.方法 利用SSR 荧光标记对其进行PCR 扩增,利用 POPGENE32软件分析三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系,利用UPGMA 法构建其亲缘关系树状图,利用NTSYS软件构建其主成分分析二维图和三维散点图.结果 从14对引物中筛选出8对条带清晰、重复性好的引物,对64份供试材料的基因组DNA 进行扩增.8个SSR 标记的观察等位基因数(Na)变化范围为3～13,均值为7.875 0;有效等位基因数(Ne)变化范围为1.424 9～6.087 4,均值3.605 2;Shannon 信息指数(I)变化范围为0.689 5～2.082 4,均值1.424 0;观测杂合度(Ho)变化范围为0.206 3～0.734 4,均值0.524 7;期望杂合度(He)变化范围为0.300 6～0.842 4,均值0.658 4;Nei's 基因多样性(H)0.298 2～0.835 7,均值0.653 2;多态信息含量(PIC)变化范围为0.288 0～0.817 5,均值0.614 5,遗传相似系数变化范围为0.115 4～0.954 5,遗传距离变化范围为0.000 0～3.218 1,说明64份三叶青种质亲缘关系较远,遗传分化程度较大.在遗传距离1.018 9处,64份三叶青种质可分为5组.结论 地理差异与种质遗传差异无必然联系.三叶青种质资源具有丰富的遗传多样性,SSR 荧光标记分析结果可为三叶青种质资源的利用和品种选育提供一定的参考.

为解决DUS测试中特异性测试近似品种筛选难的问题,本研究基于2256份DUS测试小麦已知品种构建DNA指纹数据库.首先利用81对SSR引物对96份小麦品种进行遗传相似度分析.结果 表明,81对SSR引物扩增出84个位点,共检测到731个等位变异,每个位点的等位变异数在3～18之间,多态性信息指数(PIC)变化范围为0.29～0.89.选取42个SSR标记构建了2256份小麦品种DNA指纹数据库,共获得148493个数据,除引物barc14、xgwm341之外,其他引物数据缺失率在5％以内.对176份小麦品种进行DNA指纹数据采集和特异性测试,结果表明不具有特异性的申请品种与其最近似品种的遗传相似度都在90％以上;本研究基于42对SSR荧光标记引物构建了我国小麦DUS测试已知品种的DNA指纹数据库,确定近似品种筛选的遗传相似度阈值为80％,建议将与申请品种遗传相似度高于80％的已知品种作为近似品种进行田间种植和特异性评价.

选用30对SSR引物,利用毛细管电泳荧光检测技术对收集和引进的花椰菜、青花菜、宝塔菜(又叫罗马花椰菜)和近缘野生种及地方种共计187份材料的遗传多样性进行分析,进一步明确了花椰菜、青花菜、地方种和近缘野生种与如今栽培种间的遗传差异和亲缘关系,可为优异种质创新和新品种选育提供参考.研究结果表明:30对SSR引物在187份材料的DNA样品中共扩增出313个等位位点,平均每对引物为10.4333个.依据材料的花球性状,将其分为4个类群即花椰菜(类群1,P1～P81)、青花菜(类群2,P82～P147)、宝塔菜(类群3,P148～P154)、近缘野生种及地方种(类群4,P155～P187).总体来说,类群1、2和3之间的遗传多样性差异较小,类群4的遗传多样性最丰富.系统发育树和群体结构分析较为统一的将187份材料分为了3大组,花椰菜(G1)和青花菜(G2)被清晰地分到了两个极端,而宝塔菜与野生种聚在了一起,和地方种一起归为第3组(G3).