目的:探讨微小RNA（miR）-216a及其靶基因SerpinB5在组织水平的表达差异，及miR-216a通过调控SerpinB5表达对不同肝癌细胞增殖的影响。方法:通过生物信息学预测并选定调控SerpinB5的miR-216a，实时聚合酶链反应验证两者在肝癌与正常组织中的表达情况；利用脂质体分别转染miR-216a模拟物和抑制剂、si-SerpinB5和pcDNA3.1-SerpinB5至HepG2和MHCC97H（简称97H）细胞中，实时聚合酶链反应和Wester-Blot检测转染前后的miR-216a和SerpinB5的表达情况，CCK8检测两者对肝癌细胞增殖的影响。结果:miR-216a在人肝癌组织的表达高于癌旁组织，差异有统计学意义（ P<0.01）；SerpinB5在人肝癌组织的表达低于癌旁组织，差异有统计学意义（ P<0.01）。在HepG2与97H中，miR-216a抑制剂与过表达SerpinB5组miR-216a表达下调，与相应对照组相比差异有统计学意义（ P<0.01）。miR-216a抑制剂与pcDNA3.1-SerpinB5组细胞增殖均低于相应对照组，差异均有统计学意义（ P<0.01）。 结论:SerpinB5高表达能抑制肝癌细胞的增殖提示其可能具有抑癌基因作用；miR-216a可能通过负调控SerpinB5表达影响肝癌细胞增殖。

目的:观察微小RNA(miR)-7850在肾癌组织中的表达，探讨miR-7850对肾癌细胞增殖和迁移的影响以及对丝氨酸蛋白酶抑制剂因子B3(SERPINB3)基因表达的调控作用。方法:实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测肾癌组织和肾癌细胞系中miR-7850的表达。选择miR-7850表达最低的肾癌细胞系，采用Lipofectamine 2000转染试剂分别将阴性对照序列(miR-NC)和miR-7850模拟物转入肾癌细胞，定义为miR-NC组和miR-7850组。qRT-PCR检测转染后肾癌细胞内miR-7850的表达。采用CCK-8法和Transwell实验检测转染后细胞增殖和迁移能力。采用生物信息学技术预测和双荧光素酶报告基因实验验证miR-7850的靶基因。qRT-PCR和Western blot检测转染后肾癌细胞内SERPINB3的表达。结果:与癌旁组织(5.95±0.44)相比，miR-7850在肾癌组织(1.19±0.33)的表达较低( P<0.01)。与永生化近端肾小管上皮细胞(1.01±0.07)相比，miR-7850在肾癌细胞系的表达较低( P<0.05)，在A498细胞中(0.13±0.01)表达最低( P<0.01)。miR-7850组细胞内miR-7850的表达(7.46±0.93)较miR-NC组(1.01±0.08)明显增加( P<0.01)，表明转染成功。与miR-NC组相比，miR-7850组细胞增殖能力明显降低( P<0.05)。miR-NC组和miR-7850组迁移细胞数量分别为(139.50±12.31)个和(75.09±16.05)个，miR-7850组细胞迁移能力明显下降( P<0.01)。生物信息学技术显示miR-7850的靶基因是SERPINB3。双荧光素酶报告基因实验证实miR-7850可靶向结合SERPINB3基因( P<0.05)。qRT-PCR和Western blot检测显示，与miR-NC组相比，miR-7850组细胞中SERPINB3的表达明显降低( P<0.05)，CDK4、Cyclin D1、Snail、Vimentin蛋白表达均降低( P<0.05)。 结论:miR-7850在肾癌组织和细胞系中低表达，miR-7850可抑制肾癌A498细胞的增殖和迁移能力，可能与其抑制SERPINB3基因的表达有关。

目的:筛选头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)潜在的分子生物标志物,并确定其功能和临床意义.方法:从基因综合表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载GSE58911数据集,筛选正常样本和头颈鳞癌样本中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).使用GeneCards和比较毒理学基因组(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)数据库,进一步筛选HNSCC潜在生物标志物,针对HNSCC潜在生物标志物进行生物信息学分析.利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库作为外部验证,并用ssGSEA评估免疫细胞浸润情况.通过CCK-8、集落形成实验及实时荧光定量PCR(RT-PCR)验证数据库分析结果的准确性.结果:在GSE58911数据集中得到605个DEGs,从中开发并验证了 SERPINE1、PLAU、PLAUR和SERPINB2为HNSCC核心基因.与正常对照相比,HNSCC中SERPINE1,PLAU和PLAUR表达量显著上调,而SERPINB2表达量显著下调.核心基因与免疫细胞浸润关系,进一步提高对HNSCC免疫治疗的理解.RT-PCR结果与4个核心基因在数据集中的结果一致,体外实验结果表明,SERPINE1能促进HNSCC的进展.结论:SERPINE1、PLAU、PLAUR和SER-PINB2可作为诊断HNSCC的潜在生物标志物,但需进一步体外和体内研究,明确其在HNSCC中的作用及具体机制.

目的 旨在通过构建抗肿瘤蛋白53(P53)可介导线粒体动力学失调相关mRNA在乳腺癌(BC)中的预后模型,探索其在BC中的预后价值及黄芪甲苷(AS-IV)在BC预后治疗中的潜在意义.方法 通过NCBI GENE数据库获得P53介导线粒体动力学相关mRNA,从癌症基因组图谱数据集获得BC的RNAseq数据和相应的临床信息,并筛选数据.使用"survival"包通过单变量Cox回归和Log-rank检验P53介导线粒体动力学在癌症基因组图谱中的预后价值mRNA.使用"glmnet"包应用LASSO-Cox回归分析构建预后模型.通过使用"ggcorrplot"包,评估风险组与免疫浸润人群间Pearson相关性分析.风险组基因进行京都基因与基因组百科全书通路富集分析.通过分子对接评估AS-IV与预后模型mRNA的结合能力.结果 P53介导线粒体动力学相关的XIAP、VDAC1、UNG、SOCS3、SIRT4、SERPINB5、SERPINA1、S100B、RB1、NOS2、NFKBIA、NDRG1、IRF1、IGF1R、HDAC2、FOXO3、FLT3、CASP9 18个mRNA构建了BC的预后模型,其中8个为高风险基因,10个为低风险基因.与低风险组患者相比,高风险组患者的总生存期更短(P<0.001);对接结果推断高风险评分蛋白受体XIAP、VDAC1、SIRT4、RB1、NOS2、NFKBIA与配体小分子AS-IV具有强烈的结合活性,潜在生物活性较高.结论 构建了18个mRNA-P53介导线粒体动力学相关的BC预后模型,并且可以作为一个独立的预后因素.AS-IV是通过作用于XIAP、VDAC1、SIRT4、RB1、NOS2、NFKBIA mRNA治疗BC潜在药物.

慢性粒细胞白血病(慢粒)急变期的治疗是目前的重要问题,临床上亟需要找到新的分子治疗靶点.本研究使用基因集群富集分析软件(gene set enrichment analysis, GSEA)分析基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)中慢粒临床样本及小鼠细胞模型的基因表达谱数据,获得与慢粒急变期相关的基因集群,然后从中选择丝氨酸蛋白酶抑制剂家族成员B2 (SERPINB2)作为研究对象.应用分子克隆技术在空载质粒pAdtrack-CMV 的基础上构建pAdtrack-CMV-SERPINB2 重组质粒,使用电穿孔方法将上述质粒分别转入慢粒细胞系K562 细胞,运用细胞免疫荧光技术检测SERPINB2 在细胞内的表达与分布,采用CCK-8 实验和克隆形成实验检测细胞增殖和克隆形成能力,使用流式细胞术检测细胞周期,通过Western blotting 实验检测SERPINB2、BCR/ABL 以及RB1 的表达.结果表明,成功构建了pAdtrack-CMV-SERPINB2 并转入 K562 细胞,细胞免疫荧光实验显示SERPINB2 主要在细胞浆中分布.与对照组相比,在K562 细胞中过表达SERPINB2 可轻微抑制K562 细胞的增殖(p＜0.001),明显降低K562 细胞的克隆形成能力(p<0.01) 并导致 G0/G1期的细胞比例增多(p<0.001).Western blotting 显示BCR/ABL 表达无明显变化,SERPINB2、RB1 表达水平增高.综上所述,SERPINB2 可通过上调细胞内RB1 的水平,使细胞周期更多的停留在G1期,从而对 K562 细胞的增殖与克隆形成能力产生抑制作用.

目的 探讨中重度特应性皮炎(AD)患者皮损和非皮损组织转录组差异表达基因,并阐述差异表达基因在AD发病机制中的作用.方法 2016年7-10月于广州市皮肤病防治所/广州医科大学皮肤病研究所门诊收集5例汉族AD患者的皮损和非皮损组织,运用二代高通量RNA转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释及KEGG通路分析.实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证候选基因在皮损和非皮损组织中的表达差异.结果 10个样品测序平均获得10.96 Gb数据,共检测到21729条基因,其中19268条为已知基因,2545条为预测的新基因;共检测出23153个新转录本,其中18889个属于已知蛋白编码基因新的可变剪接亚型,2545个属于新的蛋白编码基因的转录本,其他1719个属于长链非编码RNA.78条基因在皮损和非皮损中表达差异有统计学意义,其中67条在皮损中高表达,11条低表达,包括已知与AD炎症(CXCL1/2/8、IL6/IL1β、MMP1、SERPINB4、S100A2、GZMB、OASL、OSM)、屏障(KRT16、FABP5、CYP1A1)、角质形成细胞分化(IL-20)等相关的基因.GO分析显示,72条差异基因获得功能注释.KEGG通路分析表明,差异表达基因共富集到132条信号通路中,其中13条通路显著富集,包括白细胞介素17通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路等.qRT-PCR结果显示,候选基因CXCL1、KRT6A、IL36A、SERPINB4和PSAPL1的mRNA表达与转录组测序结果趋势一致.结论 本研究在转录组水平上筛选出AD患者皮损和非皮损组织差异表达基因及相关重要调节信号通路,发现汉族AD患者白细胞介素17通路最为富集,为深入探讨AD发病机制提供重要的基础.

目的:构建巨噬细胞极化过程中竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其中关键lncRNA AK134492/miR-212-5p/Serpinb8轴在巨噬细胞极化中的作用.方法:构建巨噬细胞极化过程中ceRNA调控网络,通过体外功能实验筛选出其中关键轴lncRNA AK134492/miR-212-5p/Serpinb8,使用qRT-PCR、双荧光素酶报告系统及rescue实验等技术检测上述信号轴对巨噬细胞极化的调控作用.结果:体外功能实验证实miR-212-5p能促进巨噬细胞向M2极化.双荧光素酶实验证实miR-212-5p能够结合lncRNA AK134492及Serpinb8,rescue实验证实lncRNA AK134492能够调控miR-212-5p介导的靶基因Serpinb8沉默,从而影响巨噬细胞极化.结论:lncRNA AK134492通过ceRNA机制调控miR-212-5p靶基因Serpinb8的表达,影响巨噬细胞极化.

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)SNHG5对人类下咽癌细胞株FaDu转录组学的影响.方法 构建rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒和rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒,将感染rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒的FaDu细胞作为rLV-SNHG5组,将感染rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒的FaDu细胞作为rLV组.筛选差异基因集并进行基因转录能力、基因本体(GO)功能、京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路、Reactome通路、疾病本体(DO)功能分析.结果 rLV-SNHG5组SNHG5相对表达量显著高于rLV组(P<0.01).基因差异分析共筛选出1070个差异表达的基因,其中表达上调537个、表达下调533个.表达上调居前10位基因分别为LCP1、NT5E、CTGF、AXL、AKAP12、PXDN、THBS1、4-Mar、TMEM200A和RIPOR3,表达下调居前10位基因分别为PKP1、SERPINB13、KLK10、AC011473.4、NOTCH3、CA2、EGLN3、SLC6A8、KRT4和VAV3.功能分析结果显示,SNHG5改变了FaDu细胞部分基因的转录能力、参与调控GO功能、KEGG信号通路、Reactome通路和DO功能.结论 SNHG5对FaDu细胞的转录组学有一定的影响.

目的 运用生物信息学技术探讨人参皂苷调控乳腺癌潜在的作用机制.方法 从基因表达数据库(GEO)获取与乳腺癌相关的基因芯片GSE85871,并用GEO2R在线分析软件分析该芯片数据集,得到差异表达基因(DEGs).分别运用SangerBox和GraphPad Prism 8图像处理软件对差异表达基因进行可视化处理.在SRING平台上构建蛋白互作(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7软件分析该网络,获得核心基因.运用DAVID 6.8数据库对核心基因进行基因本体(GO)功能注释和京都基因百科全书(KEGG)通路富集.结果 从芯片数据集中筛选出182个差异基因,其中上调基因有110个,下调基因有72个.核心基因涉及VEGFA,BMP4,SPARC,PLG,ITGB2,TEK,SERP,INA1,SERPINB5和IGFBP7.GO生物过程包括细胞黏附、蛋白质磷酸化的正调控、细胞间信号转导、胶质细胞迁移和血管生成的负调控等;KEGG信号通路包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、阿米巴病、弓形体病和癌症中的微小RNA通路等.结论 人参皂苷通过多靶点、多条信号通路的共同作用,发挥抗乳腺癌的药理作用.

探究血小板活化因子(Platelet activating factor,PAF)对BV2细胞炎症因子分泌的影响及初步推测其调控机制.外源PAF(2×10-5M)作用于BV2细胞24h,36h,48h后,①CCK8实验检测空白对照组,Mock组和PAF处理组细胞活性;②ELISA实验测炎症因子TNFα、IL-6、Cxcl2、IL-1a的分泌;③Western Blot检测炎症介质COX-2蛋白水平;④对PAF处理24h的BV2细胞以及对应的Mock组细胞进行RNA测序得到转录组测序结果;⑤GO和KEGG富集分析后,运用String数据库配合Cytoscape软件找出炎症相关的Hub基因并挑选出以下基因(Ccl4、Ccl3、Ccl7、IL-1a、Cxcl2、IL1f9、IL34、COX-2、Serpinb1a)进行qPCR验证.实验结果表明,PAF作用时间为 24 h,36 h,48 h后,相比对照组:①BV2细胞活性降低;②上清液中的炎症因子TNFa,IL-6,IL-1a,Cxcl2分泌增加;③炎症介质COX-2蛋白表达水平上调;④从组学中筛选出炎症反应相关的Hub基因有:COX-2、Ccl3、Ccl4、Cxcl2、Ccl7、IL-1a、Mapk14、Cd80、Casp1、Src、Nos2、Serpinb1a、Serpinb9、Il1r1;⑤qPCR验证表达上调的基因包括Ccl3、Ccl4、Ccl7、IL-1a、Cxcl2、IL1f9、IL34、COX-2,表达下调的基因Serpinb1a.说明PAF可以诱导BV2细胞释放炎症因子,PAF可能是促进"细胞因子风暴"的重要介质,根据转录组学分析结果我们锁定了炎症反应密切相关的14种Hub基因,并对产生炎症因子的分子机制提出了初步推测.