目的:通过生物信息挖掘技术对前列腺癌基因表达谱进行分析后得到差异基因及所涉及生物学信号通路。方法:使用生物信息挖掘技术对GSE46602、GSE55945、GSE69223基因表达谱芯片数据集进行分析后取交集得到差异表达基因(DEGs)，后使用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)及生物信号通路(KEGG)富集分析，使用STRING数据库及Cytoscape的cytoHubba应用程序得到蛋白互作(PPI)网络及关键基因并进行排序，最后将所得关键基因在TCGA数据库中进行验证。结果:通过对GEO数据库前列腺癌的3个数据集使用R软件等工具进行分析，总共发现了225个DEGs，其中55个表达上调、170个表达下调。通过GO功能富集分析及KEGG通路分析发现这些基因富集在细胞迁移调节和血管生成等功能中，以及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶(PI3K/Akt)和p53等信号上。构建DEGs的PPI互作网络并通过cytoHubba筛选出最重要的10个基因并与TCGA数据库数据进行对比，发现碱性螺旋环螺旋转录因子1(TWIST1)、Snail家族转录抑制因子2(SNAI2)、血管内皮生长因子受体2(KDR)等在前列腺癌发生发展中起重要作用的关键基因。结论:通过深层次的生物信息挖掘或许可以让人们进一步了解前列腺癌的发生发展，为将来前列腺癌的诊断及治疗提供新的靶点。

目的:探讨在小鼠内毒素性急性肺损伤（ALI）中血红素加氧酶-1（HO-1）对bHLH亮氨酸拉链转录因子E3（TFE3）表达与核转位以及高尔基体应激反应的影响。方法:将24只雄性C57BL/6小鼠按随机数字表法分为4组（每组6只）:空白对照组（Ctrl组）、内毒素[脂多糖（lipopolysaccharide, LPS）]急性肺损伤组（LPS组）、内毒素性急性肺损伤+HO-1激动剂氯高铁血红素（Hemin）组（LPS+Hemin组）和Hemin组。Ctrl组尾静脉注射生理盐水0.5 ml；LPS组尾静脉注射LPS 10 mg/kg建立小鼠内毒素性ALI模型；LPS+Hemin组腹腔注射Hemin 50 mg/kg，1 h后尾静脉注射LPS 10 mg/kg建立内毒素性ALI模型；Hemin组腹腔注射Hemin 50 mg/kg。造模12 h后对小鼠进行断颈处死，收取肺组织。苏木精-伊红染色（H-E染色）观察小鼠肺组织病理学变化并行肺损伤评分；计算肺组织湿重/干重（W/D）值；脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法（TUNEL）检测肺组织细胞凋亡指数；酶联免疫吸附测定（ELISA）法检测肺组织白细胞介素（IL）-6、肿瘤坏死因子（TNF）-α含量；流式细胞仪检测肺组织活性氧（ROS）的含量；免疫荧光染色观察TFE3核转位情况；蛋白质免疫印迹法（Western blot）测定HO-1、TFE3、高尔基体基质蛋白130（GM130）、高尔基体重组和堆叠蛋白65（GRASP65）、囊泡转运蛋白小GTP酶20（RAB20）、突触融合蛋白3（STX3A）、WD重复结构域与磷酸肌醇相互作用蛋白1（WIPI1）的表达水平。结果:与Ctrl组比较，LPS组小鼠肺组织病理学损伤加重，肺损伤评分、W/D值及细胞凋亡指数升高，ROS、IL-6及TNF-α含量明显升高，TFE3表达及核转位增多，HO-1、GRASP65、RAB20、STX3A的表达水平增加，WIPI1、GM130表达水平减少（均 P<0.05），Hemin组小鼠上述各指标差异无统计学意义（均 P>0.05）。与LPS组比较，LPS+Hemin组小鼠肺组织病理学损伤减轻，肺损伤评分、W/D值及细胞凋亡指数下降，ROS、IL-6及TNF-α含量减少，TFE3表达及核转位减少，HO-1、WIPI1、GM130表达水平增加，GRASP65、RAB20、STX3A表达水平减少（均 P<0.05）。 结论:HO-1能够减轻内毒素诱导的小鼠ALI，其机制可能与其调控TFE3表达、核转位及高尔基体应激反应有关。

Atoh1基因编码一种碱性螺旋-环-螺旋型(bHLH)转录因子，参与哺乳动物听觉毛细胞和支持细胞的产生与分化、调节耳蜗上皮细胞增殖，在感音神经性耳聋发病和恢复中具有重要作用。本文拟就 Atoh1基因在听觉毛细胞再生中的最新研究进展进行阐述，以期为感音神经性耳聋的毛细胞再生基因疗法研究提供参考。

目的:比较在NMYC未扩增的且年龄大于1岁的神经母细胞瘤(neuroblastoma，NB)存活患儿与因NB死亡患儿所表达的mRNA差异，并筛选具有预测NMYC未扩增且儿童肿瘤学组分组为高危组预后功能的基因，分析其对预后的预测价值。方法:通过GEO数据库基于GSE49710和GSE16237数据集筛选出大于1岁且NMYC未扩增的NB存活患儿与死亡患儿的对比基因集，其中将|log 2FC|>1， P<0.05的基因作为差异基因。使用R语言筛选得到差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)，采用基因本体论(gene ontology，GO)富集分析方法来分析DEGs的主要功能。从TCGA数据库获得NB患儿临床资料及基因数据，筛选出NMYC未扩增且高危患儿(86例)并输入DEGs，通过lasso分析预后相关基因并构建预后模型。根据风险评分的中位值将患儿分为基因模型预测高风险组(43例)和基因模型预测低风险组(43例)，绘制Kaplan-Meier生存曲线比较两组之间的差异，两组间的Kaplan-Meier生存曲线差异采用log-rank检验和Cox单因素回归分析。绘制受试者操作特征曲线分析风险评分对NMYC未扩增且高危的预测价值。 结果:基因集GSE49710和GSE16237中共筛选出38个共同DEGs。DEGs主要富集在糖基化、糖蛋白、信号肽、拓扑域的细胞质及细胞外等；DEGs中基因ANKFN1和钙黏着蛋白9(cadherin 9，CDH9)与NMYC未扩增且危险度分组为高危组NB预后相关。预后模型的高、低风险组的风险比为0.5，95% CI为0.29~0.89， P＝0.0173；3年、5年生存曲线下面积分别为0.644和0.687。 结论:ANKFN1和CDH9基因的mRNA可被作为预测NMYC未扩增且危险度分组为高危组NB预后的生物标志物，有助于细化NB临床危险分层。

目的:评价电针对肝部分切除术后小鼠肝再生的影响及Notch信号通路在其中的作用。方法:SPF级健康雄性C57BL/6小鼠36只，6周龄，体质量20～22 g。采用随机数字表法分为6组( n＝6)：假手术组(S组)、肝部分切除术组(PH组)、非穴位电针＋肝部分切除术组(NPH组)、肝部分切除术＋Fli-06组(PH＋F组)、穴位电针＋肝部分切除术组(EPH组)和穴位电针＋肝部分切除术＋Fli-06组(EPH＋F组)。除S组以外，其余组小鼠均接受肝部分切除术；PH＋F组和EPH＋F组术前2 d开始腹腔注射Fli-06 4.8 mg/kg，1次/d，直至小鼠处死，其余组注射等体积0.9%氯化钠溶液；EPH组术后即刻开始电针刺激，选择双侧足三里穴，连续波，频率2 Hz，强度1 mA，以后肢出现轻微颤动为度，每次15 min，1次/d，连续3 d。肝部分切除术后第2天时麻醉小鼠，眼球取血样，采用全自动生化分析仪测定血清ALT和AST浓度，ELISA法测定表皮生长因子(EGF)和肝细胞生长因子(HGF)浓度。随后处死小鼠取肝组织，计算肝质量/体质量比，免疫组织化学染色法检测肝脏Ki-67表达；Western blot法检测增殖细胞核抗原(PCNA)、G1/S-物异性同期蛋白-D1(CCND1)、Notch胞内结构域(NICD)和缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)的表达；RT-PCR法检测Notch1、锯齿状典型Notch配体1(Jagged1)和Hes家族bHLH转录因子1(Hes1) mRNA表达。 结果:与S组比较，PH组血清ALT、AST、EGF和HGF浓度升高，肝脏Notch1、Jagged1、Hes1 mRNA表达和Ki-67、PCNA、CCND1、NICD表达上调( P<0.05或0.01)；与PH组比较，EPH组肝质量/体质量比、血清EGF和HGF浓度升高，血清ALT和AST浓度降低，肝脏Notch1、Jagged1、Hes1 mRNA表达和Ki-67、PCNA、CCND1、NICD、HIF-1α表达上调，PH＋F组肝质量/体质量比、血清HGF浓度降低，血清ALT和AST浓度升高，肝脏Jagged1、Hes1 mRNA和Ki-67、PCNA、CCND1、NICD、HIF-1α表达下调( P<0.05或0.01)；与EPH组比较，EPH＋F组肝质量/体质量比、血清EGF和HGF浓度降低，血清ALT和AST浓度升高，肝脏Notch1、Jagged1、Hes1 mRNA和Ki-67、PCNA、CCND1、NICD和HIF-1α表达下调( P<0.05或0.01)。 结论:电针足三里穴促进肝部分切除术后小鼠肝再生，其机制可能与激活Notch信号通路有关。

In response to insect attack,plants use intricate signaling pathways,including phytohormones,such as jasmonate(JA),ethylene(ET),and salicylic acid(SA),to activate defenses.Maize(Zea mays)is one of the most important staple food crops around the world.Previous studies have shown that the JA and ET signaling play important roles in maize defense against insects,but little is known about whether and how SA regulates maize resistance to insect herbivores.In this study,we ectopically expressed the NahG(salicylate hydroxylase)gene in maize plants(NahG maize)to block the accumulation of SA.It was found that compared with the wild-type(WT)maize,the NahG maize exhibited decreased resistance to the generalist insects Spodoptera litura and Spodoptera frugiperda and the specialist Mythimna separata,and the compromised resistance in the NahG maize was associated with decreased levels of defensive me-tabolites benzoxazinoids(Bxs)and chlorogenic acid(CA).Quantification of simulated S.litura feeding-induced JA,JA-isoleucine conjugate(JA-Ile),and ET in the WT and NahG maize indicated that SA does not regulate JA or JA-Ile,but positively controls ET.We provide evidence suggesting that the SA pathway does not crosstalk with the JA or the ET signaling in regulating the accumulation of Bxs and CA.Tran-scriptome analysis revealed that the bHLH,ERF,and WRKY transcription factors might be involved in SA-regulated defenses.This study uncovers a novel and important phytohormone pathway in maize defense against lepidopterous larvae.

为揭示赤皮青冈叶色黄化变异机制,该研究以赤皮青冈叶色变异植株和正常植株的叶片为试验材料,采用超高效液相色谱串联质谱法和高通量RNA测序技术分别进行代谢组和转录组分析.结果表明:(1)代谢组在正离子(POS)、负离子(NEG)模式下分别检测出正常植株和突变体之间存在 257 个和 357 个显著差异代谢物(SCMs),其中槲皮素、白矢车菊素、杨梅素等多种黄酮类化合物及其糖苷衍生物(吡喃酮啡肽A、异鼠李素 3-葡糖苷酸等)在突变体中显著上调,而叶绿素a、叶绿素b、类胡萝卜素等色素含量则显著下降.(2)转录组测序检测出 4 146 个差异表达基因(DEGs),其中 1 711 个基因上调表达,2 435 个基因下调表达.(3)KEGG富集分析表明,SCMs和DEGs显著富集到光合作用、卟啉与叶绿素代谢、类黄酮生物合成等途径.综上表明,突变体叶色黄化可能是受到叶绿素合成受阻、叶绿体发育异常及黄酮物质合成增加等因素的综合影响.此外,MYB和bHLH家族基因在突变体中显著上调,证实该两类转录因子参与调控类黄酮生物合成.该研究结果为植物黄化突变的分子机制研究提供了新的见解,也为叶色功能基因挖掘与园林植物育种工作提供了参考.

The number of trichomes significantly increased in CRISPR/Cas9-edited BrrTCP4b turnip(Brassica rapa var.rapa)plants.However,the underlying molecular mechanism remains to be uncovered.In this study,we performed the Y2H screen using BrrTCP4b as the bait,which unveiled an interaction between BrrTCP4b and BrrTTG1,a pivotal WD40-repeat protein transcription factor in the MYB-bHLH-WD40(MBW)complex.This physical interaction was further validated through bimolecular luciferase complementa-tion and co-immunoprecipitation.Furthermore,it was found that the interaction between BrrTCP4b and BrrTTG1 could inhibit the activity of MBW complex,resulting in decreased expression of BrrGL2,a positive regulator of trichomes development.In contrast,AtTCP4 is known to regulate trichomes development by interacting with AtGL3 in Arabidopsis thaliana.Overall,this study revealed that BrrTCP4b is involved in trichome development by interacting with BrrTTG1 in turnip,indicating a divergence from the mechanisms observed in model plant A.thaliana.The findings contribute to our understanding of the regulatory mechanisms governing trichome development in the non-model plants turnip.

[目的]bHLH转录因子数量众多,能够广泛参与植物的生长发育和逆境胁迫等过程.试验以蒺藜苜蓿R108为材料,克隆MtbHLH25基因并探究其功能,为研究蒺藜苜蓿bHLH转录因子的功能提供帮助.[方法]通过PCR扩增技术从蒺藜苜蓿中克隆MtbHLH25基因和启动子,构建酵母表达载体,并用LiAc转化法转移到Y2H Gold酵母菌株中进行酵母自激活检测,构建亚细胞定位载体,并通过冻融法转入农杆菌EHA105,菌液注射到烟草下表皮细胞后,用SP8激光共聚焦显微镜观察,通过实时荧光定量PCR技术研究MtbHLH25基因的时空表达水平.[结果](1)从蒺藜苜蓿中克隆出MtbHLH25基因和启动子,该基因总长882 bp,共编码293个氨基酸.启动子序列分析表明其包含ABA、MeJA、GA和SA等响应元件.(2)MtbHLH25蛋白与蚕豆和长柔毛野豌豆中bHLH蛋白高度同源.(3)MtbHLH25蛋白定位于细胞核.(4)酵母自激活检测结果显示MtbHLH25蛋白具有自激活活性.(5)MtbHLH25在蒺藜苜蓿根、茎、叶、花和果实中均有表达,其中在根中表达水平最高;外源SA、MeJA、ABA、GA以及盐胁迫使MtbHLH25基因表达量都呈下降趋势,表明SA、MeJA、ABA、GA以及盐胁迫对MtbHLH25基因表达起负调控作用.干旱胁迫能够显著诱导MtbHLH25基因表达量上调,说明该转录因子在干旱胁迫中起正调控作用.[结论]MtbHLH25基因对盐胁迫敏感,在干旱胁迫中发挥正调控作用;MtbHLH25蛋白具有自激活活性,对下游启动子调控的报告基因具有激活作用.

目的:克隆穿心莲转录因子ApbHLH80基因,并对其进行生物信息学分析和表达分析.方法:根据穿心莲转录组数据库设计引物,采用PCR扩增等方法克隆ApbHLH80全长序列,使用生物信息学在线分析工具,分析和预测该基因编码蛋白的理化性质,采用实时荧光定量PCR分析该基因在茉莉酸甲酯处理下的表达模式,并采用高效液相色谱法测定穿心莲内酯含量.结果:生物信息学分析表明,该基因开放阅读框长度包含1095 bp,共编码364个氨基酸;该基因的氨基酸序列分子量约为39.96 ku,理论等电点为5.73,无信号肽和无跨膜结构,属亲水性核蛋白;该蛋白与苏麻、丹参、一串红和芡欧鼠尾草等物种亲缘关系较为接近,都具有bHLH_AtbHLH_like保守结构域.实时荧光定量PCR分析结果表明,ApbHLH80的表达量在叶片中最高,并且响应茉莉酸甲酯的诱导,其表达模式与穿心莲内酯合成存在密切联系.结论:成功克隆得到的ApbHLH80基因可能参与调控穿心莲内酯合成,为进一步探讨其潜在的调控作用提供理论支撑.