目的:基于转录组测序并结合生物信息学技术分析多囊卵巢综合征(P-COS)患者与健康人群全血样本来源的微阵列数据,筛选差异表达基因及miRNA,为PCOS的临床诊疗提供新见解.方法:从GEO数据库筛选并下载GSE54248 数据集,利用R软件limma包筛选PCOS组与对照组的差异表达基因,并对其进行GO和KEGG富集分析.使用在线分析工具STRING数据库用于分析蛋白质-蛋白质相互作用,并通过Cytoscape构建PPI互作网络,使用CytoHubba插件中的MCC、Degree、Closeness、Bottleneck四种算法计算后取交集识别Hub基因.通过NetworkAnalyst构建Hub基因的靶向miRNA网络图.qRT-PCR法检测PCOS 组及对照组外周血中 IL-1β、FCGR3A、CD79B、CD27 和 CD52 表达.结果:从GSE54248 数据集中共筛选鉴定出 98 个差异表达基因,其中 55 个上调基因,43 个下调基因.GO富集分析表明,差异基因生物学过程主要集中于蛋白质自身磷酸化、白细胞介导的免疫、淋巴细胞介导的免疫、免疫反应调节信号通路等.KEGG显著富集了3 个信号通路,分别为原发性免疫缺陷、造血细胞系及Th17 细胞分化.结合PPI网络与CytoHubba的四种算法的结果,得到了IL-1β、FCGR3A、CD79B、CD27 和CD52 这 5个Hub基因.结合miRNA-靶基因的共表达网络,有5 种miRNAs,包括hsa-miR-375、hsa-miR-34a-p、hsa-miR-126-3p、hsa-miR-146a-5p及hsa-miR-449a等被预测可能是PCOS患者外周血中关键的miRNA分子.qRT-PCR结果证实,与对照组相比,PCOS组患者外周血中IL-1β表达升高(P<0.05),FCGR3A、CD79B、CD27 表达均显著升高(P<0.01).结论:本研究通过公共数据库挖掘鉴定出IL-1β、FCGR3A、CD79B、CD27 可能作为关键基因参与PCOS的病理生理过程,并通过生物信息学分析鉴定了5 个可能调控PCOS的miRNA.该结果将为进一步阐明PCOS的发生发展机制提供新思路,也将为PCOS提供新的药物靶点和诊疗思路.

目的 探索激素性股骨头坏死(SONFH)基因表达上的差异,筛选出关键致病基因,为SONFH诊疗提供新的靶点.方法 选取我院 2020 年 12 月至 2021 年 6 月SONFH患者和股骨颈骨折患者 18例作为研究对象,SONFH患者设为SONFH组(6 例),股骨颈骨折患者设为对照组(12 例),通过高通量测序筛选出 2 组患者骨组织中差异表达基因(DEGs)以及差异MicroRNAs(miRNAs),利用R软件Clusterprofiler包对DEGs进行富集分析.结合P值选取前 30 位DEGs进行文献调研,筛选关键致病基因,并通过实时荧光定量聚合酶联反应(qRT-PCR)验证其表达.使用MirSNPInTarget、miRWalk和miRDB数据库预测关键致病基因靶向的miRNAs.结果 共得到 735 个DEGs(482 个上调,253 个下调)和 111 个差异miRNAs(34 个上调,77 个下调).P值较低的前 30 位DEGs中,HMOX1 在SONFH组中呈下调表达.qRT-PCR结果显示HMOX1在SONFH组表达低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05).HMOX1 靶向的 2 个关键miRNAs为hsa-miR-21-5p、hsa-miR-148a-3p.结论 HMOX1 可能成为SONFH潜在的关键致病基因之一,参与了SONFH的发生与发展,为SONFH诊疗提供新靶点.

目的 探讨血清 hsa-miR-34a-3p 及 hsa-miR-206 表达对妊娠合并甲状腺功能减退(简称甲减)患者子代心肌损害的预测价值.方法 选取 2019 年 8 月至 2021 年 8 月宜宾市第二人民医院收治的妊娠合并甲减患者 248 例作为观察组,另选取同期健康体检孕妇 236 例为对照组,均采用实时荧光定量聚合酶链反应法检测血清hsa-miR-34a-3p 及hsa-miR-206 表达情况并进行比较;随访至妊娠结束,观察并比较两组子代心肌损害发生情况;观察组根据子代是否发生心肌损害将妊娠合并甲减患者进一步分为发生组和未发生组,比较此两组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平;采用多因素 Logistic 回归分析法分析妊娠合并甲减患者子代心肌损害的影响因素,受试者工作特征(ROC)曲线分析各血清指标单项及联合对妊娠合并甲减患者子代心肌损害的预测价值.结果 观察组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平高于对照组(P<0.05);随访至妊娠结束,观察组子代心肌损害的发生率为 20.97%(52/248),对照组子代心肌损害的发生率为 1.69%(4/236);发生组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平高于未发生组(P<0.05);多因素 Logistic 回归分析显示血清 hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206、促甲状腺激素(TSH)、游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)、游离甲状腺素(FT4)、总三碘甲状腺原氨酸(TT3)、总甲状腺素(TT4)均是影响妊娠合并甲减患者子代心肌损害的影响因素(P<0.05);ROC曲线分析显示,hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 联合预测妊娠合并甲减患者子代心肌损害的灵敏度均高于单独预测(P<0.05),曲线下面积(AUC)也高于单独预测(P<0.05),特异度与单独预测比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 妊娠合并甲减患者血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平异常升高,此可能会增加子代心肌损害发生风险,且二者对妊娠合并甲减患者子代心肌损害具有一定的预测价值.

目的 应用链脲佐菌素(STZ)诱导1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型,检测心肌组织miRNA表达谱,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测.方法 STZ诱导大鼠心肌纤维化,微距阵基因芯片技术筛选大鼠心肌组织差异表达的miRNA,对差异表达的miRNA调控的靶基因生物信息学分析.结果 与对照组比较,模型组大鼠心肌组织中差异倍数改变大于2倍的miRNA共有25个,其中hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-551a、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-885-5p等表达上调,hsa-miR-208a、hsa-miR-150-5p等表达下调.生物信息学分析,差异miRNA调控的靶基因多与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关.结论 STZ诱导的1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型心肌中,miRNA表达谱有明显差异,其中有些miRNA可能靶向与1型糖尿病心肌纤维化发生发展密切相关.

目的 筛选早期甲状腺乳头状癌(PTC)特征性微小RNA(miRNAs,miR)表达谱,旨在寻找一种无创早期诊断PTC标志物.方法 采用基于实时荧光定量聚合酶反应(PCR)的miRNA芯片分析10例早期PTC特征性miRNAs表达谱,采用10例甲状腺结节组织作对照鉴定和验证PTC特征性标记;同时在100例早期PTC患者术前和术后7d外周血、100例甲状腺结节患者外周血、以及100例健康人外周血标本中进行验证分析.结果 与癌旁正常组织比较,早期甲状腺乳头状癌组织中有20种miRNAs表达存在差异,其中11种miRNAs(hsa-miR-21-5p、hsa-miR-31-5p、miR-34a等)上调、9种miRNAs(hsa-miR-15a-Sp、hsa-miR-16-5p 、hsa-miR-26a-5p等)下调;hsa-miR-181 b-5p在良性甲状腺结节标本中表达上调.hsa-miR-21-5p、hsa-miR-146a-5 p、hsa-miR-155-5p、hsa-miR-221-3p、hsa-miR-222-3p、hsa-miR-181b 6种miRNAs在PTC患者术前血清中的表达显著高于健康对照组(六者在PTC组和健康对照组表达中位数分别为:hsa-miR-21-5p(8.25比3.38)、hsa-miR-146a-5p(13.63比3.42)、hsa-miR-155-5p(10.83比3.49)、hsa-miR-221-3p(18.63比3.82)、hsa-miR-222-3p(22.74比3.92)、hsa-miR-181b(9.52比3.43),均P=0.000.术后7d血清hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-221-3 p、hsa-miR-222-3p水平均显著下调(均P=0.000).结论 筛选出hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-221-3p、hsa-miR-222-3p 3种miRNAs分子组合作为早期PTC外周血循环miRNAs指纹图谱,有助于PTC早期诊断.

目的:探讨2型糖尿病前期患者循环血清中微小RNA(miR)-103b的表达变化与临床意义,并分析其靶基因生物信息学功能.方法:收集糖尿病前期患者(n=48)、糖尿病无并发症患者(n=47)及正常健康人群(n=50)的血清标本,用real-time PCR检测各血清样本中miR-103b的表达水平,并比较3组miR-103b表达水平的差异与临床病理特征之间的相关性,运用受试者工作特征(ROC)曲线评估诊断效率及特异性.利用生物信息学技术,对hsa-miR-103b的特征、进化保守性、靶基因功能以及GO信号通路等进行深入分析.结果:Real-time PCR结果显示,与健康人群相比,循环血清中miR-103b在糖尿病前期及糖尿病无并发症患者的表达显著降低(P<0.05).ROC曲线分析结果显示,糖尿病前期患者血清中miR-103b的ROC曲线下面积(AUC)达到0.877,提示miR-103b是糖尿病前期具有较高灵敏性和特异性的临床诊断标志物.生物信息学分析结果表明,hsa-miR-103b定位于人染色体5q34,并在10个物种间具有高度的保守性.靶基因预测共获得53个潜在的功能性靶向基因.进一步应用DAVID数据库和GO数据库进行靶基因功能富集分类,结果显示miR-103b靶基因功能主要涉及蛋白质氨基酸的磷酸化、RNA聚合酶II启动子转录调控和DNA依赖的转录调节,参与细胞周期、细胞生长增殖和细胞凋亡,调节功能蛋白结合并与PIP3结合激活下游信号通路.这些功能因子主要富集于MAPK、Wnt、胰岛素和Ras等信号通路,少量因子参与调节细胞周期和脂肪酸代谢等生理过程.结论:2型糖尿病前期患者血清中低水平miR-103b可能是潜在的2型糖尿病早期超前诊断标志物和治疗靶点.

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)在肝细胞癌(HCC)中的意义,并对TUG1进行靶基因预测,为TUG1在HCC中的进一步研究提供借鉴.方法 利用UALCAN数据库分析TUG1在HCC中的差异表达,并对 TUG1进行生存分析.利用 RegRNA 2.0生物学软件、HMDD、tar-getscan、microT-CDS进行TUG1的靶基因预测,构建lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络.并运用FunRich平台对预测的靶基因进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信号转导通路富集分析.结果 TUG1在HCC中表达明显增高,随着肿瘤分级增高TUG1的表达呈上升趋势.lncRNA TUG1低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长.TUG1上存在has-mir-122-5p、has-mir-200a-3p、has-mir-34c-3p、has-mir-629-3p这4个与 HCC相关microRNAs的可能结合位点,从而调节下游245个靶基因,形成了lncRNA TUG1-microR-Nas-mRNAs调控网络.在生物学过程中,microRNAs靶基因高度富集到碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢调节等过程.KEGG pathway分析中,microRNAs靶基因高度富集到Syndecan、TRAIL等介导的信号通路.结论 TUG1在HCC中表达水平增高,并与不良预后有关.利用生物信息学方法,可以从分子水平探究肿瘤发生机制,可为后续实验及临床诊疗提供有价值的信息.

急性淋巴细胞白血病(acute lymphocytic leukemia,ALL)是儿童时期最常见的血液系统恶性肿瘤,随着治疗技术的不断改进,疗效已经取得明显的进展,但仍有20％左右的病例复发难治,发生机制尚未完全阐明.微小RNA (miRNA)是一类通过抑制或降解mRNA的含有18～24个核苷酸的非编码小RNA分子,参与生物体生长、发育和疾病发生过程中相关基因表达.至今为止已经发现了3000多个miRNA,其中大部分在动物体内起着关键性的调控作用.研究人员对发现的microRNA制定了以下命名规则:(1) miRNA简写成miR,再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字,如miR-21;(2)高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母(a、b、c),如miR-181a和miR-34b;(3)由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA,则在后面加上阿拉伯数字以区分,如miR-199a-1和miR-199a-2;(4)如果一个前体的2个臂分别加工产生miRNA,在表达水平较低的miRNA后面加“*”,如miR-199a和miR-199a*,或进行如下命名,miR-142-5p(也可命名为miR-142-s,表示从5端的臂加工而来)和miR-142-3p(也可命名为miR-142-as,表示从3端的臂加工而来);(5)将物种缩写置于miRNA之前,如hsa-miR-195;(6)确定命名规则之前发现的miRNA,如let-7,则保留原来名字.

目的 研究miR-1908对脂源性多能干细胞基因表达谱的影响,并探讨其在肥胖发生过程中的可能作用.方法 构建miR-1908过表达的脂源性多能干细胞,利用基因表达谱芯片技术筛选得到与阴性对照组差异表达的基因.挑选3个差异表达基因,利用Real-time PCR技术验证miRNA芯片检测结果.结果 基因表达谱芯片结果显示,差异表达的123个基因中,2倍以上上调的基因有69个,下调的有54个,差异均有统计学意义(P均＜0.05).将这些基因按照功能分类,分为15组:高分子配合物亚基基因(18/123,14.63％),RNA结合相关基因(16/123,13.01％),凋亡相关基因(14/123,11.38％),细胞程序性死亡相关基因(14/123,11.38％),磷酸酶活性相关基因(9/123,7.32％),蛋白结构域结合相关基因(10/123,8.13％),蛋白磷酸酶活性相关基因(8/123,6.50％),分子成分分解相关基因(5/123,4.07％),肾脏发育相关基因(6/123,4.88％),RNA聚合酶Ⅱ转录启动子基因(9/123,7.32％),泌尿生殖系统发育相关基因(6/123,4.88％),依赖DNA的转录基因(9/123,7.32％),RNA合成相关基因(9/123,7.32％),Ⅰ型干扰素合成过程相关基因(2/123,1.63％)及Ⅰ型干扰素合成产物相关基因(2/123,1.63％).结论 miR-1908可能在肥胖发生的过程中发挥调控作用.在下调表达的基因中验证了miR-1908可能直接作用的靶基因,为研究miR-1908在肥胖发生中的作用奠定了基础,同时也为miRNA的生物学功能及其作用机制的研究提供了参考.

目的:检测白塞氏病(BD)患者和正常人群血浆中微小核糖核酸(microRNA,miRNA)的差异表达谱,探讨miRNA在BD发病中的作用,寻找与BD相关的血浆生物标记物.方法:收集15例活动期BD患者和15例正常人的抗凝静脉血,离心获得血浆,提取总RNA,经miRNA标记、miRNA阵列杂交、miRNA阵列扫描和分析获得BD患者异常表达的miRNA谱.通过miRTarBase(靶基因数据库)检索差异性表达的miRNA已经过验证的靶基因,并选取与免疫学相关的差异性表达的miRNA进行Real time-PCR验证.结果:活动期BD患者血浆中hsa-miR-34c-5p、hsa-miR-144-3p、hsa-miR-483-3p较正常人表达上调,hsa-miR-301a-3p、hsa-miR-224-5p、hsa-miR-454-3p、hsa-miR-17-5p、hsa-miR-199a-5p较正常人表达下调.结论:miRNA的差异性在BD的发生发展过程发挥重要作用,异常表达的miRNA可能通过Notch1和SMAD4信号通路促进BD发病.