目的:构建反复种植失败（RIF）相关竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络并进行临床样本验证。方法:从高通量基因表达数据库（GEO）得到RIF相关的长链非编码RNA（lncRNA）、微小RNA（miRNA）和信使RNA（mRNA）表达谱数据集，构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。同时利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）探索网络中的枢纽基因。回顾性收集2020—2021年于郑州大学第一附属医院生殖医学中心行体外受精（IVF）/卵胞浆内单精子显微注射（ICSI）助孕的RIF患者和对照组（助孕后至少有1次妊娠史）患者的子宫内膜组织，应用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证RIF相关枢纽基因的mRNA表达水平，并应用Western印迹和免疫组化技术验证血管细胞黏附分子-1（VCAM1）的蛋白表达水平。结果:构建了由32个lncRNA、31个miRNA和88个mRNA组成的RIF相关ceRNA调控网络，并利用WGCNA鉴定出7个RIF相关枢纽基因。将ceRNA网络中的88个mRNA与枢纽基因取交集得到2个RIF相关关键基因：VCAM1和白细胞介素2受体α（IL-2RA）。临床验证中，对照组和RIF组的年龄［ M（ Q1， Q3）］分别为26.50（25.00，34.00）和30.50（25.75，35.25）岁（ P>0.05）。与对照组相比，RIF组子宫内膜中VCAM1的mRNA［ M（ Q1， Q3）］［0.30（0.15，0.42）比0.99（0.69，1.34）， P=0.001］和蛋白表达水平［ M（ Q1， Q3）］［0.44（0.16，1.27）比2.39（1.58，2.58）， P<0.001］均降低。 结论:本研究成功构建了RIF相关ceRNA调控网络，并通过临床样本证实RIF患者子宫内膜组织中VCAM1的表达水平降低。

目的 探索精神分裂症患者外周血中mRNA/微小核糖核酸(miRNA)网络综合分析.方法 纳入2022年12月至2023年2月就诊于该院的精神分裂患者6例作为实验组,志愿者4例作为对照组.收集两组人群血液样本,采用RNA-seq技术检测mRNA及miRNA的表达水平.最后利用基因表达综合数据库中GSE145554基因集进行生物信息学验证分析.结果 与对照组相比,实验组中共分析出差异mRNA 2 133个,其中包括上调mRNA 1 410个,下调mRNA 723个;差异miRNA 150个,其中包括上调miRNA 72个,下调miRNA 78个.京都基因与基因组百科全书和基因本体论富集的生物学过程和信号途径主要包括哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT)信号通路、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路等.结论 PI3K-AKT、mTOR、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路参与精神分裂的发生发展过程,为阐明精神分裂症的预防、诊断及治疗提供新的研究方向.

目的:研究刺五加有效组分对α-突触核蛋白(α-synuclein)高表达的帕金森病(PD)模型微小核糖核酸(microRNA)-mRNA-蛋白质网络的干预作用.方法:以人类α-synuclein转基因的小鼠模型为实验对象,采用qRT-PCR和Western blot分析方法,研究刺五加有效组分通过α-synuclein机制对PD产生的保护作用.小鼠分为空白对照组、α-synuclein转基因模型组、α-synuclein+刺五加有效组分组(45.5 mg·kg-1),每组6只.灌胃给药,1次/d,连续20 d.空白对照组和α-synuclein转基因模型组给予等量蒸馏水.结果:与空白对照组比较,模型组中miR-153、miR-1224、miR-205、miR-433、miR-133b、let-7a、miR-34a、miR-34b/c的表达显著增加,miR-7a水平显著减少(P<0.05);α-synuclein、Lrrk2、FGF20、DP1、E2F1的mRNA表达水平显著增加,Pitx3、parkin、DJ-1的mRNA水平显著减少(P<0.05);α-synuclein、Lrrk2、FGF20、DP1、E2F1的表达水平显著增加,Pitx3、par-kin、DJ-1的水平显著减少(P<0.05).与模型组比较,除let-7a、miR-34b/c外,α-synuclein+刺五加有效组分组均能显著回调以上各指标表达水平(P<0.05).结论:α-synuclein的过表达影响了中脑中与PD相关的microRNA-mRNA-蛋白质网络;刺五加有效组分对α-synuclein介导的PD有治疗作用,可以通过对多个microRNA/mRNA/蛋白质靶点的干预来实现.

目的 研究表明环状RNA在许多生物学过程及疾病中发挥了重要的功能.文中旨在研究由抗氧化基因SOD2转录而来的环状RNA hsa_circ_0004662的基本特征和功能预测.方法 通过PCR扩增和一代测序验证hsa_circ_0004662反向剪接位点,根据核糖核酸酶R(RNase R)处理分为RNase R组和对照组(ddH2O),细胞质细胞核RNA分离和定量PCR及蛋白翻译的潜能分析研究hsa_circ_0004662的基本特征.利用生物信息学方法预测hsa_circ_0004662上微小RNA(microR-NA,miRNA)的结合位点、AGO2结合位点以及miRNA的靶基因,并构建circRNA-miRNA-mRNA网络,随后对miRNA的靶基因进行功能富集分析以及信号通路富集分析.结果 序列分析显示,hsa_circ_0004662箭头左端为SOD2基因4号外显子末端序列,右侧为2号外显子的起始序列.环状RNA CDR1as、hsa_circ_0004662在细胞质中的表达量显著高于细胞核.RNase R组的环状RNA hsa_circ_0004662、CDR1as的表达与对照组比较差异无统计学意义(P>0.05),而GAPDH基因的线性mRNA的表达则明显降低(P<0.05).hsa_circ_0004662开放阅读框编码的多肽含149个氨基酸,起始密码子始于第456位核苷酸,终止密码子位于第443位核苷酸.hsa_circ_0004662含10个AGO2结合位点.GO分析结果显示,hsa-miR-224和hsa-miR-532的靶基因分别在12个生物学过程条目和13个分子功能条目中显著富集;其中最显著富集的生物学过程条目包括神经冲动传递、行为、蛋白氨基酸磷酸化;最显著的分子功能条目包括蛋白激酶活性、转录因子结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性.KEGG通路分析结果显示,该靶基因合集在Wnt信号通路和泛素介导的蛋白降解信号通路显著富集.结论 抗氧化基因SOD2的新型环状RNA hsa_circ_0004662的反向剪切位点、RNA酶的抵抗性和主要分布在细胞质等基本特征,从蛋白翻译角度和circRNA-miRNA-mRNA角度为hsa_circ_0004662的功能研究提供了新的方向.

目的 对系统性红斑狼疮(SLE)血中的微小核糖核酸(miRNA)和信使RNA(mRNA)相关的基因表达谱进行综合的生物信息学分析.方法 拟定检索策略,从数据库中下载与SLE相关的基因表达谱,通过软件/数据库进行差异基因筛选、miRNA靶基因预测、miRNA靶基因与mRNA取交集基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集、蛋白-蛋白互作网络和miRNA-mRNA互作网络.结果 共纳入3个数据集,miRNA靶基因与mRNA有720个交集基因,且这些基因富集到CXC趋化因子活性、B细胞分化等重要的功能,以及经典的Wnt、Toll样受体等通路;分析得出蛋白-蛋白和miRNA-mRNA相互作用网络.结论 miRNA可能通过直接靶向作用调控靶基因,进而影响SLE患者体内多种基因及信号通路的网络调控,从而参与SLE疾病的发生和发展.

目的 探究再生障碍性贫血(aplastic anemia,AA)患者骨髓T细胞差异表达的微小核糖核酸(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA)基因,构建互作调控网络并筛选药物,随后评估其治疗方案疗效.方法 在基因表达数据库检索并进行综合分析,使用R语言对AA相关miRNA与mRNA进行差异表达分析,并通过miRNet预测差异表达miRNAs(DE-miRNAs)的靶向mRNAs,并与差异表达mRNAs(DE-mRNAs)进行比较与负相关配对,得到失调mRNAs,再对失调mRNAs进行功能基因注释(GO)分析与通路富集(KEGG)分析,构建AA的miRNA-mRNA互作调控网络.采用自主研发的表观精准治疗平台(EpiMed)进行潜在治疗药物预测,并将盐酸二甲双胍纳入新型联合治疗方案中,对入组的40例难治性AA进行临床疗效评估,评估主要指标包括血红蛋白、中性粒细胞绝对值、血小板计数及输血依赖等.结果 差异分析最终获得26个DE-miRNA与168个靶向DE-mRNA,对其进行构建调控网络.GO和KEGG分析结果显示,AA相关失调mRNA可能参与T细胞分化、造血调控、物质代谢等过程,与病毒感染、细胞脂向分化、细胞凋亡以及物质代谢等信号通路相关.通过EpiMed预测得到环孢素A、吗替麦考酚酯、雷帕霉素、二甲双胍、维生素B、白藜芦醇等药物可能具有治疗AA的作用.研究共纳入难治性再生障碍性贫血患者40例,男17例,女23例,年龄14～83岁,治疗前后血红蛋白浓度、中性粒细胞绝对值计数、血小板计数分别为83.5 g/L vs.119.0 g/L、1.600×109/L vs.1.875×109/L、32.5×109/L vs.46.0×109/L,差异具有统计学意义(均P＜0.05).治疗后1、3、6、12个月分别有28例(70％)、28例(70％)、32例(80％)、35例(88％)患者获得血液学反应.结论 本研究构建的T细胞miRNA-mRNA 调控网络为研究AA提供了新的视角,临床研究初步验证含盐酸二甲双胍联合环孢素A方案治疗难治性AA安全有效,副作用可接受,为临床治疗再生障碍性贫血提供了新的方法.