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基于测序的肝细胞癌血浆外泌体微小RNA-1248的差异表达及功能分析
编辑人员丨1周前
目的:筛选血浆外泌体微小核糖核苷酸(microRNA)作为肝细胞癌(HCC)的诊断标志物,并分析候选miRNA在HCC进展中可能发挥的作用。方法:2018年10月至2019年2月收集12例于广州市第一人民医院初诊为"HCC"的患者及12例健康志愿者血浆样本,利用超速离心法收集血浆外泌体,经动态光散射法及蛋白质免疫印迹法鉴定后,提取RNA进行测序。通过定量聚合酶链反应(qPCR)验证候选外泌体miRNA差异表达量,使用 t检验分析各miRNA表达量差异。通过生物信息学方法预测候选miRNA的靶基因及可能调控的通路,分析其在HCC进展过程中发挥的作用,组间比较采用 t检验。 结果:以差异表达倍数2倍以上(Fold change>2.0或<0.5,且 P<0.05)作为标准,分别比较HCC患者术前、术后及健康志愿者血浆外泌体miRNA的差异表达结果,结合两次结果,筛选表达同时上/下调miRNA共12个。其中,表达上调6个(miR-2115-3p、miR-214-3p、miR-511-5p、miR-1299、miR-10a-5p、miR-375-3p),表达下调6个(miR-219a-2-3p、miR-127-3p、miR-9-5p、miR-383-5p、miR-212-5p、miR-1248)。qPCR验证候选miRNA在HCC患者及健康志愿者血浆外泌体中的表达差异,HCC组miR-1248表达低于健康志愿者组(9.046 ΔCt比7.597 ΔCt, t=2.849, P<0.05)。 结论:血浆外泌体miR-1248有作为HCC的诊断标志物的潜力。血浆外泌体miR-1248可通过调控受体细胞的细胞外基质受体相互作用、介导代谢重编程抑制HCC进展。
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编辑人员丨1周前
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长链非编码 RNA PCED1B-AS1 靶向 miR-383-5p调控结直肠癌进展的作用分析
编辑人员丨2023/10/28
[目的]探讨长链非编码 RNA(long non-coding RNA,lncRNA)PCED1B-AS1 靶向 miR-383-5p 在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)进展中的作用.[方法]收集解放军总医院第五医学中心南院区2018年1月至2019年10月收治的41例CRC组织和癌旁组织,RT-qPCR检测PCED1B-AS1、miR-383-5p和过氧化物酶 3(PRDX3)mRNA 表达水平.将 si-NC、si-PCED1B-AS1、miR-NC、miR-383-5p、si-PCED1B-AS1+anti-miR-NC、si-PCED 1B-AS1+anti-miR-383-5p 分别转染 CRC 细胞 LoVo,CCK-8 法、平板克隆实验、Transwell实验、流式细胞术分别检测LoVo细胞体外增殖、克隆形成、迁移和凋亡能力.双荧光素酶报告实验确定PCED1B-AS1与miR-383-5p、miR-383-5p与PRDX3的靶向关系.[结果]与癌旁组织比较,CRC组织中PCED1B-AS1(0.92±0.12 vs 2.87±0.32)、PRDX3 mRNA(0.93±0.11 vs 2.30±0.26)表达水平升高(P均<0.001),miR-383-5p 表达水平降低(0.98±0.15 vs 0.40±0.05,P<0.001).下调 PCED1B-AS1 后 LoVo 细胞 miR-383-5p表达水平(1.00±0.00 vs2.95±0.12)、抑制率(0 vs 47.75%±2.75%)、凋亡率均升高(8.10%±0.75%vs 20.20%±1.09%)(P均<0.001),PRDX3mRNA 表达水平(1.00±0.00 vs 0.27±0.03)、克隆形成数(116.78±6.01 vs 67.56±4.11)、迁移细胞数(173.78±8.32 vs 85.89±3.07)均降低(P均<0.001).过表达 miR-383-5p 后 LoVo 细胞PRDX3 mRNA表达水平、克隆形成数、迁移细胞数降低(P均<0.001),抑制率、凋亡率升高(P均<0.001).miR-383-5p分别与PCED1B-AS1、PRDX3特异性结合.抑制miR-383-5p表达可减弱下调PCED1B-AS1对LoVo细胞增殖、迁移、克隆形成、凋亡的影响(P均<0.001).[结论]下调PCED1B-AS1通过靶向上调miR-383-5p表达可抑制CRC细胞增殖和迁移,诱导细胞凋亡,进而抑制CRC进展.
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编辑人员丨2023/10/28
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多囊卵巢综合征患者血清外泌体中差异表达microRNAs及其功能分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 分析多囊卵巢综合征(PCOS)患者血清外泌体中差异表达microRNAs(miRNAs),并进一步分析血清外泌体中差异表达miRNAs的功能.方法 PCOS患者30例为实验组,因单纯输卵管因素不孕患者30例为对照组.分别于月经周期第2~4天抽取两组外周血,提取、纯化血清外泌体,高通量测序定性、定量检测外泌体miR-NAs,分析两组差异表达(差异表达倍数≥2且P<0.01)血清外泌体miRNAs.生物信息学分析差异表达外泌体miRNAs的功能.取两组外周血,qRT-PCR法定量检测两组差异表达外泌体miRNAs.结果 PCOS患者血清外泌体中差异表达miRNAs共有243条,其中hsa-miR-378d、hsa-miR-378b、hsa-miR-4772-3p等表达上调115条、hsa-miR-5090、hsa-miR-3680-3p、hsa-miR-6836-5p等表达下调128条.PCOS患者差异表达血清外泌体miRNAs与类固醇激素的合成有关,可能参与调节胰岛素信号受体通路.与对照组比较,实验血清外泌体miR-146a-5p、miR-25-5p、miR-27a-3p、miR-93-5p、miR-23a-3p、miR-223-5p、miR-25-3p、miR-483-5p、miR-383-5p相对表达量升高(P均<0.05).结论 PCOS患者血清外泌体hsa-miR-378d、hsa-miR-378b、hsa-miR-4772-3p等表达上调,hsa-miR-5090、hsa-miR-3680-3p、hsa-miR-6836-5p等表达下调.PCOS患者差异表达血清外泌体miRNAs与类固醇激素的合成有关,可参与调节胰岛素信号受体通路.
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编辑人员丨2023/8/6
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食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确.文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性.方法 下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因.结果 ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用.miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan,miRDB数据库共筛选出232个靶基因.GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程.KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路.生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA.食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK.食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个).结论 食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物.
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编辑人员丨2023/8/6
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冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化及其功能的预测分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨冷应激大鼠体内miR-383-5p表达的变化,并对其功能进行预测分析.方法 将大鼠置(4±0.05)℃冷暴露12 h,同时设对照组(24℃常温饲养),qRT-PCR法检测miR-383-5p在血清和肝脏中的表达水平.应用miRanda、TargetScan和miRDB 3种软件同时对miR-383-5p进行靶基因预测,并通过DAVID 6.8软件对miR-383-5p肝脏靶基因进行GO和KEGG分析.qRT-PCR和Western blot法检测下调BRL-3A细胞中miR-383-5p表达对部分代谢相关靶基因mRNA转录及蛋白表达的影响.结果 冷应激后小鼠血清及肝脏中的miR-383-5p相对表达量均显著下降(P<0.05).生物信息学方法预测出733个在大鼠肝脏表达的靶基因,GO富集分析结果显示这些靶基因主要与细胞氧化还原过程、增殖和凋亡相关,KEGG分析结果显示富集靶基因最多的信号通路是代谢通路.下调miR-383-5p表达使BRL-3A细胞中Mtor、Pfkfb1和Apbb3基因的mRNA的转录水平显著升高(P<0.05),Pfkfb1蛋白的表达量显著升高(P<0.05).结论 冷应激可降低大鼠肝脏中miR-383-5p的表达量,进而通过调节Pfkfb1等靶基因的表达参与细胞的代谢、增殖和凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-383-5 p与KIF3 B的靶向关系及对皮肤鳞状细胞癌增殖、凋亡的调控
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨miR-383-5p与驱动蛋白家族成员3B(KIF3B)的靶向关系及对皮肤鳞状细胞癌细胞增殖、凋亡的影响.方法:采用qRT-PCR与Western blot法分别检测人正常皮肤细胞株HaCaT,皮肤鳞状细胞癌细胞株SCC13、A431、HSC-5中miR-383-5p、KIF3B的表达.采用双荧光素酶报告实验验证SCC13中miR-383-5p与KIF3B的靶向关系.分别将miR-NC、miR-383-5p mimics、si-KIF3B、miR-383-5p mimics+pcDNA-NC、miR-383-5p mimics+pcDNA-KIF3B转染至SCC13细胞中,MTT法检测细胞增殖率,平板克隆形成实验检测细胞克隆形成能力,Annexin V-FITC/PI法检测细胞凋亡率,Western blot法检测Cyclin D1、Cleaved-Caspase-3的表达.结果:皮肤鳞状细胞癌细胞中miR-383-5p表达降低,KIF3B mRNA和蛋白表达升高(P<0.05).双荧光素酶报告实验证实miR-383-5p能够靶向结合KIF3B.与未转染组和miR-NC转染组细胞比较,miR-383-5p转染组细胞增殖率、克隆形成数和Cyclin D1蛋白表达水平降低,细胞凋亡率和Cleaved-Caspase-3蛋白表达水平升高(P<0.05).与未转染组细胞比较,si-KIF3B转染组细胞增殖率、克隆形成数和Cyclin D1蛋白表达水平降低,细胞凋亡率和Cleaved-Caspase-3蛋白表达水平升高(P<0.05).与miR-383-5p+pcDNA-NC组相比,miR-383-5p+pcDNA-KIF3B组细胞增殖率和克隆形成数、Cyclin D1蛋白表达水平增加,细胞凋亡率和Cleaved-Caspase-3蛋白表达水平降低(P<0.05).结论:miR-383-5p可通过靶向干扰KIF3B表达,抑制皮肤鳞状细胞癌细胞的增殖,诱导细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-383-5p通过下调MSH6抑制小儿髓母细胞瘤的增殖和侵袭
编辑人员丨2023/8/5
目的:探究miR-383-5p通过调控DNA错配修复基因MSH6对小儿髓母细胞瘤(medulloblastoma,MB)增殖和侵袭的影响.方法:选取2014年7月至2017年5月于我院肿瘤外科手术切除并经病理确诊为MB的15例患者癌组织及相应的癌旁组织标本,qPCR检测MB组织和细胞系中miR-383-5p的表达水平.将实验分为对照组(NC组)、miR-383-5p过表达组(miR-383-5p组)、MSH6敲降组(si-MSH6组)及MSH6+miR-383-5p同时敲降组(miR-383-5p inhibitor+si-MSH6),采用CCK-8法检测UW473细胞的增殖活性,Transwell法检测UW473细胞侵袭和迁移能力,双荧光素酶报告基因验证miR-383-5p与MSH6的靶向关系,Western blotting(WB)法检测MSH6的表达水平.结果:miR-383-5p在MB组织和细胞系中表达水平显著低于癌旁组织(均P<0.05或P<0.01);过表达miR-383-5p显著抑制UW473细胞增殖、迁移和侵袭(均P<0.05或P<0.01),且下调MSH6在UW473细胞中的表达水平(P<0.01).双荧光素酶报告基因结果证实miR-383-5p靶向结合MSH6的3'UTR,敲降MSH6可抑制UW473细胞增殖、侵袭和迁移(均P<0.01).进一步实验证明,同时敲降miR-383-5p和MSH6能够恢复敲降MSH6对UW473细胞增殖、侵袭和迁移的抑制作用(均P<0.01).结论:miR-383-5p在MB组织和细胞系中低表达,其通过靶向下调MSH6表达水平进而抑制UW473细胞的增殖、迁移及侵袭.
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编辑人员丨2023/8/5
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长链非编码RNA AWPPH调控微RNA-383-5p对子宫内膜癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响及作用机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨长链非编码RNA(LncRNA)AWPPH通过调控微RNA(miR)-383-5p对子宫内膜癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响及作用机制.方法 qRT-PCR检测子宫内膜上皮细胞ESC和3种子宫内膜癌细胞中AWPPH和miR-383-5p的表达.双荧光素酶报告基因检测和qRT-PCR验证MALAT1与miR-204的靶向调控关系.以HEC-1A细胞为研究对象,建立沉默AWPPH的子宫内膜癌细胞株.MTT法检测细胞存活,Transwell法检测细胞迁移和侵袭能力,免疫印迹检测增殖相关蛋白Cyclin D1、侵袭迁移相关蛋白MMP2和Wnt/β-catenin信号通路相关蛋白β-catenin、Gsk-3β及Axin2的表达.结果 与子宫内膜上皮细胞ESC相比,AWPPH在3种子宫内膜癌细胞中的表达显著上调,而miR-383-5p的表达显著下调.miR-383-5p是AWPPH的靶基因,AWPPH可负性调控miR-383-5p的表达.沉默AWPPH可抑制子宫内膜癌细胞增殖、侵袭和迁移,抑制Cyclin D1和MMP2蛋白的表达.抑制miR-383-5p表达可逆转沉默AWPPH对子宫内膜癌细胞增殖、侵袭和迁移的抑制作用.沉默AWPPH通过上调miR-383-5p可抑制Wnt/β-catenin信号通路的活化.结论 LncRNA AWPPH通过靶向下调miR-383-5p激活Wnt/β-catenin信号通路促进子宫内膜癌细胞的增殖、侵袭和迁移.
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编辑人员丨2023/8/5
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电针干预不同时间对慢性应激抑郁模型大鼠海马组织miRNA表达的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 从miRNA水平探讨电针不同干预时间抗抑郁的可能作用机制.方法 50只Wistar大鼠采用随机数字表法分为正常组10只、模型组10只、氟西汀组10只和电针组20只.除正常组外,其他各组大鼠采用慢性不可预知温和应激28天方法构建慢性应激抑郁大鼠模型.在造模同时,氟西汀组大鼠予氟西汀片20mg/(kg.d)灌胃;电针组大鼠电针"印堂"和"百会",均干预4周.应激前与干预2、4周后各组大鼠进行糖水偏好实验、强迫游泳实验.电针组分别于干预2周、4周后选取10只大鼠取海马,正常组、模型组于干预4周后取大鼠海马,采用基因芯片微阵列分析和定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)检测海马组织miRNA(miR-383-5p,miR-764-5p,miR-675-3p)表达差异,采用生物信息学检测方法发现其调控的靶基因和富集的信号通路.结果 干预2、4周后,模型组大鼠糖水偏好度显著低于正常组,强迫游泳不动时间显著长于正常组(P<0.01).氟西汀组干预4周后与电针组干预2、4周后,大鼠糖水偏好度与强迫游泳不动时间均较模型组改善(P <0.05或P<0.01).经基因芯片分析与qRT-PCR检测,与模型组比较,干预2周后电针组大鼠海马miR-675-3p表达上调(P<0.01),调控的靶基因多涉及GABA能突触、多巴胺能突触及PI3K-Akt信号通路等;干预4周后miR-383-5p、miR-764-5p表达下调(P <0.05或P <0.01),涉及MAPK信号通路、神经营养素信号通路等多条信号通路.结论 电针对抑郁症的治疗可能在不同时程分别刺激调节抑郁躯体症状和心理障碍相关的不同的miRNA及靶基因相关.
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编辑人员丨2023/8/5
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喉鳞状细胞癌的转录组数据分析及生物标志物筛选
编辑人员丨2023/8/5
目的 通过数据挖掘分析长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)在喉鳞状细胞癌中的相互作用机制.方法 从肿瘤基因图谱(TCGA)中获取喉鳞状细胞癌的lncRNA、miRNA、mRNA表达谱数据及相关临床数据,从TCGA和GEO数据库中获取喉鳞状细胞癌的DNA甲基化数据.进行蛋白相互作用(PPI)、基因文本(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析和Kaplan-Meier生存分析,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络和转录因子调控网络.结果 LINC00278、LINC00689、MYHAS、miRNA-99a和miRNA-301a属于低风险基因(HR<1);MNX1-AS1、LINC02575、HOXB-AS4、LSAMP-AS1、LINC02086、IG-FL2-AS1、LINC02253、CASC20、miRNA-383、miRNA-196a-2、miRNA-196a-1、miRNA-100和miRNA-4652属于高风险基因(HR>1).ceRNA网络中有11个lncRNA(LINC02576、LINC02086、AC020659.1、LINC00528、LINC00689、HOXB-AS4、MNX1-AS1、LINC00278、AC010624.1、AC016773.1、MYHAS)、5个miRNA(has-miRNA-206、has-miR-NA-573、has-miRNA-3662、has-miRNA-133b、has-miRNA-449a)和12个mRNA(STC2、PAX3、NETO2、EIF5A2、AD-PRHL1、SYNM、ACTA1、GPR156、CLIC5、BMP3、HNF4A、FOXL2).MYHAS的共表达mRNA(cor-mRNA)主要富集在钙信号通路、环磷酸鸟苷(cGMP)-cGMP依赖性蛋白激酶(PKG)信号通路和催产素信号通路等.转录因子网络中有9个转录因子(MYOD、RSRFC4、TAL1BETAITF2、YY1、P300、PAX3、PAX5、ZID和OLF1).喉鳞状细胞癌DNA甲基化分析得到75个甲基化位点,对应高甲基化基因56个,低甲基化基因15个.结论 ceRNA网络并不能完全阐释lncRNA、miRNA和mRNA在喉鳞状细胞癌发生中的作用机制,lncRNA、miRNA和mRNA在喉鳞状细胞癌发生过程中既相互联系又相互独立.筛选出的lncRNA、miRNA和mRNA为试验验证缩小了范围并提供了理论基础.MYHAS在喉鳞状细胞癌中发挥重要作用,是一个潜在的生物学靶点.
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编辑人员丨2023/8/5
