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山东省济南市和济宁市白纹伊蚊线粒体mtDNA-CO Ⅰ基因序列测定及分析
编辑人员丨2024/2/3
目的 分析山东省济南市和济宁市白纹伊蚊(Aedes albopictus)线粒体细胞色素c氧化酶的一个亚基Ⅰ基因(mitochondrial cytochrome c oxidase subunit Ⅰ,mtDNA-CO Ⅰ),揭示白纹伊蚊不同亚群体间的遗传差异、亲缘关系,探讨白纹伊蚊遗传多样性与地理分布之间的关系.方法 分别从济南市历城区和济宁市任城区采集白纹伊蚊样本,利用PCR技术扩增白纹伊蚊种群的mtDNA-CO Ⅰ基因序列,结果通过NCBI的BLAST比对工具进行比对,运用BioEdit 7.0、DnaSP v6和PopART 1.7软件进行数据分析,计算白纹伊蚊遗传多样性参数并绘制单倍型网络图.结果 对山东省济南市和济宁市的白纹伊蚊mtDNA-CO Ⅰ基因进行了基因测序,分别获得了 86条和84条基因片段.与BLAST比对结果显示,全部序列存在5个突变位点,核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)为0.000 97,G+C含量为33.4%,表现出线粒体DNA特性.与济宁市相比,济南市的白纹伊蚊种群在核苷酸多样性和单倍型多样性上均较高,核苷酸差异也更大,但这些差异无统计学意义.济南市和济宁市的白纹伊蚊种群各自拥有6种单倍型,其中3种是共同存在的,而另外3种仅在济南市的种群中发现.种群结构分析结果显示,济南与济宁两地的白纹伊蚊种群的群体间核苷酸差异很小.结论 mtDNA-CO Ⅰ基因可用于物种鉴定以及研究白纹伊蚊种群遗传多样性的分子标志,为更有效的分类和防控策略提供支持.
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编辑人员丨2024/2/3
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贵州省自然保护区中华蜜蜂形态及mtDNA遗传多样性
编辑人员丨2024/1/13
试验旨在探明贵州省不同自然保护区中华蜜蜂种群形态及mtDNA遗传分化现状,为贵州省中华蜜蜂种群分化、种质资源保护与开发利用提供参考依据.采集贵州省11个代表性自然保护区中华蜜蜂样本,采用31项形态指标进行聚类分析、主成分分析、方差分析研究其形态分化现状,采用mtDNA CO Ⅰ~COⅡ序列对其进行碱基组成分析、单倍型分析、系统发育分析等研究其种群遗传分化情况及遗传多样性程度.结果显示:11个采样点中华蜜蜂在形态上聚为2个类群;CO Ⅰ~COⅡ序列A+T平均含量为82%,碱基偏倚性明显;在CO Ⅰ~COⅡ序列中共检测到11个单倍型;单倍型系统发育树显示11个单倍型聚为3个类群;11个样点间平均遗传距离介于0.007 0~0.027 0,遗传距离和地理距离之间未发现明显相关性.结果表明贵州省自然保护区中华蜜蜂形态及mtDNA存在一定种群分化,且形态和mtDNA分化结果基本一致.其中,草海和百里杜鹃自然保护区种群分化较为明显,形态和mtDNA均存在分化;其次,宽阔水自然保护区、野钟自然保护区、青岩油杉自然保护区受外界影响也发生一定程度的种群分化,发生种群分化的原因可能与海拔和气候有关.研究结果为贵州省本土蜜蜂种质资源的保护与开发提供依据.
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编辑人员丨2024/1/13
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基于mtDNA-COⅠ基因的山东省蚊种群遗传多样性分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨山东省不同地理株及实验室不同抗性品系淡色库蚊及5种常见蚊种的线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)基因序列特征,分析其遗传多样性.方法 采用山东省济南、济宁、青岛等地现场采集及实验室选育的淡色库蚊成蚊,以济宁市现场采集的5种蚊(淡色库蚊、三带喙库蚊、中华按蚊、白纹伊蚊、骚扰阿蚊)作为样本, PCR扩增mtDNA-COⅠ基因并测序,分析序列特征并构建系统进化树.结果 PCR特异扩增8个不同地理株及4个实验室抗性品系的淡色库蚊mtDNA-COⅠ区域,获得长度均为528 bp的扩增片段,A+T含量为67.4%,存在两个变异位点.不同地理株淡色库蚊mtDNA-COⅠ基因同源性为99.95%,不同抗性品系淡色库蚊基因序列相同,所有蚊虫COⅠ基因具有高度保守性.5种常见蚊虫的mtDNA-COⅠ基因片段长度均为528 bp,有408个保守位点,120个变异位点,42个简约信息位点,78个单态位点,A+T含量为65.7%~68.0%,同源性分析发现蚊种间基因同源性为86.17%~92.05%,所有蚊虫的COⅠ基因分子鉴定与其形态学相吻合.系统进化关系显示,同种和同属之间呈明显的聚集,但阿蚊属成单独的分支,与其他蚊种亲缘关系较远.结论 线粒体COⅠ作为不同地理株及实验室不同品系淡色库蚊的遗传进化分子标记不够理想,但该基因具有种间和属间特异性,可用于蚊虫属和种的区分.
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编辑人员丨2023/8/6
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克氏光唇鱼线粒体基因组测定及光唇鱼属的系统发育分析
编辑人员丨2023/8/6
根据侧条光唇鱼(Acrossocheilus parallens)线粒体基因(mtDNA)序列设计引物,采用引物步移和PCR扩增产物测序,获得了克氏光唇鱼(A.kreyenbergii)的mtDNA全序列.结构分析表明,克氏光唇鱼mtDNA为首尾闭合的环状基因,全长16596bp,编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和两段非编码区(D-loop和轻链复制起点OL),碱基组成具有明显的A+T偏好和反G偏倚现象.13个蛋白编码基因中,除CO Ⅰ的起始密码子是GTG,其余基因的起始密码子均为ATG;终止密码子包括完全的终止密码子TAA (38.46%)和TAG (7.69%),不完全的终止密码子TA (15.38%)和T(38.46%).在D-loop区的811~837bp区间发现了一段“TA”短串联重复序列.从蛋白编码基因所包含的信息量、变异位点和变异率看,ND5、ND4、CO Ⅰ和ND2最适合作为光唇鱼属种间系统发育分析的分子标记.采用贝叶斯法利用13个蛋白编码基因所构建的系统发育树显示,光唇鱼属和白甲鱼属(Onychostoma)的24种鱼类各自没有聚为单系群,相互间不能明确区分.
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编辑人员丨2023/8/6
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云南省临沧市小管福寿螺COⅠ基因多态性分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过对云南省临沧市小管福寿螺(Pomacea canaliculata)COⅠ基因的遗传标记分析,了解当地小管福寿螺基因多态性,为云南省后续开展广州管圆线虫病监测提供科学依据.方法 对采自云南省临沧市孟定镇38份小管福寿螺样本进行COⅠ基因扩增,并将PCR产物测序.运用MEGA 6.06软件Kimura-2参数模型,对来自于GenBank的福寿螺单倍型与本研究获得单倍型一起进行系统进化树构建和个体间遗传距离计算,分析其遗传多样性.结果 共获得31条序列,分属3种单倍型(Haplotype1~Haplotype3),其中Haplotype1的频率较高,占整个样本的83.9%(26/31).3种单倍型与小管福寿螺的遗传距离最小,为0~0.052;而与Pila conica的遗传距离最大,为0.021~0.239.进一步进化分析表明,3种单倍型均为小管福寿螺,与来自日本熊本(GenBank登录号:AB 433769)、中国香港(GenBank登录号:KT 313034)和美国夏威夷(GenBank登录号:EU 523129)的小管福寿螺序列聚成一大支,具有较近的亲缘关系;而与P.insularum (GenBank登录号:EF 514942)、P.camena(GenBank登录号:EF 515059)等序列的亲缘关系较远.结论 云南省临沧市存在小管福寿螺,本研究获得的3种单倍型之间存在较大的遗传分化.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于线粒体COⅠ和16SrRNA基因序列比较分析东海带鱼群体遗传多样性
编辑人员丨2023/8/6
测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A: 122°32′E 29°55′N、B: 123°30′E 26°75N; C: 124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析, 研究了东海带鱼群体的遗传变异情况.分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段, 其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%; 16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%.基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析, 72个个体中分别确定43个, 8个和49个单倍型, 存在单倍型共享现象.群体的单倍型多样性指数为 0.9766-0.9992, 显示了群体内的单倍型较为丰富.3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111-9.024和 0.0045-0.0076, 核苷酸多样性指数(π)为0.0048-0.0084, 显示不同带鱼群体遗传多态性丰富.使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起.分析结果表明, 群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富, 群体内部个体差异大于群体间差异, 群体间基因交流频率较高, 遗传分化不明显, 初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低.
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编辑人员丨2023/8/6
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福建省白纹伊蚊mtDNA-CO1基因的系统发育分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 调查福建省不同地域白纹伊蚊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-CO1)基因的遗传多态性和系统发育关系. 方法 2015-2017年采集福建省15个媒介监测点的白纹伊蚊成蚊和幼虫样品,提取基因组DNA,扩增全长mtDNA-CO1基因片段并测序,应用Mega6.0和DnaSP5.0软件做基因特征分析和系统发育分析. 结果 新得到54份白纹伊蚊mtDNA-CO1基因片段序列,用于分析的片段长度为1 388 bp.样本间多序列比对显示8个核苷酸差异位点,单倍型多样性为0.746,核苷酸多样性为0.126%.根据单倍型参考序列构建系统发育树,确定福建省白纹伊蚊存在9种单倍型,即:H01、H02、H03、H04、H08、H09、H12、H17、H23,另有6条序列无法确定单倍型. 结论 根据mtDNA-CO1基因多样性,2015-2017年福建省媒介监测点采集白纹伊蚊分属9种单倍型,这对于当地白纹伊蚊的种群进化研究及相关虫媒病毒病防控具有重要参考价值.
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编辑人员丨2023/8/6
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云南省中华按蚊种群mtDNA-CO Ⅰ基因序列的遗传结构分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 通过对云南省中华按蚊线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)基因进行分析,探讨当地中华按蚊种群间的遗传变异和种群结构特征.方法 2018-2019年,在绥江、勐腊、腾冲、罗平、元江、富宁县(市)6个采样点使用功夫小帅诱蚊灯采集蚊虫.经过形态学和分子生物学鉴定为中华按蚊后,对线粒体COⅠ基因扩增后测序.测序结果用MEGA 6软件对比分析,用DnaSP5软件计算各地中华按蚊种群的多态性相关指数和错配分析.Arlequin3.5.2.2软件进行分子变异分析(AMOVA)和中性检验,以及计算遗传分化FST值和基因交流值(Nm值).结果 6个中华按蚊种群共成功扩增210个样本,有96种单倍型,单倍型多样性为0.97,核苷酸多样性为0.011.种群内变异率为90.80%,种群间变异率为9.20%,绥江和罗平县FST值最高为0.21,基因流最低为0.96,除腾冲市外,其余地区Tajima's D的值均为负值,且均P>0.05,错配分析时曲线呈双峰.结论 云南省内中华按蚊种群有丰富的遗传多样性,种群内变异大于种群间变异,绥江和罗平县存在遗传分化,其他地区无遗传分化.云南省中华按蚊种群近期未出现种群扩张.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于种特异性SS-COⅠ技术快速鉴定瘤胫实蝇
编辑人员丨2023/8/5
[目的]瘤胫实蝇为我国进境植物检疫性有害生物.寄主范围广、危害大,形态与其同属近缘种相似,传统鉴定方法是将果蔬上的各虫态饲养至成虫后进行分类鉴定,鉴定周期较长,影响口岸进境果蔬快速通关,而采用分子鉴定不仅快速且不受虫态影响.[方法]选用瘤胫实蝇为鉴定靶标,番石榴实蝇、锈红果实蝇等19种实蝇作阴性对照,应用种特异性技术,基于mtDNA COⅠ线粒体基因序列,研究筛选并设计一对种特异性引物(SS-COⅠ)LJF400和LJR564,进行PCR扩增并将PCR产物进行电泳检测.[结果]种特异性引物仅对靶标种瘤胫实蝇的COⅠ基因有扩增能力,能扩增出一条单一的长度约165 bp清晰的条带,而对其余阴性对照种均不具有扩增效果,未出现任何条带.[结论]设计的种特异性引物具高特异性,能够快速准确鉴定瘤胫实蝇,适用于各种虫态,对瘤胫实蝇的检疫鉴定和进境果蔬的快速通关具有重要意义.
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编辑人员丨2023/8/5
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天津地区寄生烟粉虱的桨角蚜小蜂分子鉴定和遗传多样性分析
编辑人员丨2023/8/5
挖掘本土天敌资源是害虫生物防治的有效手段.桨角蚜小蜂Eretmocerus spp.是烟粉虱Bemisia tabaci重要的寄生性天敌之一,明确桨角蚜小蜂本地种类及遗传分化关系,对本土天敌资源挖掘具有重要意义.本研究在天津5个地区采集了 13个地理、寄主的桨角蚜小蜂种群,利用线粒体mtDNA COⅠ基因片段作为分子标记,进一步通过MEGAX、DnaSP 5.10等软件进行遗传分化分析.结果表明,本研究所采种群中包含2种桨角蚜小蜂,其中测得蒙氏桨角蚜小蜂Eretmocerus mundus mtDNA COⅠ基因序列20条(755 bq),未命名桨角蚜小蜂Eretmocerus sp.WTT-2016 mtDNA COⅠ基因序列20条(739 bq).两种桨角蚜小蜂的遗传多样性均较低,其中蒙氏桨角蚜小蜂Hd=0.368,Pi=0.00557,K=4.205;未命名桨角蚜小蜂 Hd=0.616,Pi=0.00106,K=0.784.错配分析表明,蒙氏桨角蚜小蜂在天津种群较稳定,近年来未出现扩张现象.
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编辑人员丨2023/8/5
