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肠道定植耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌的主动筛查及分子流行病学
编辑人员丨5天前
目的:筛查住院患者肠道定植耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacterales,CRE)的检出率,并分析CRE菌株分子的流行病学特征。方法:本研究为前瞻性研究。采集2019年3月至12月安徽医科大学第二附属医院外科重症监护病房、内科重症监护病房和血液内科(移植病房)213例住院患者的粪便、直肠拭子或肛周拭子标本,应用含碳青霉烯类药物的麦康凯平板法筛查CRE菌株,并进行细菌鉴定、药物敏感试验,选取重点菌株进行全基因组测序,并分析其多位点序列分型、荚膜血清型、耐药基因、毒力基因和质粒携带特征。以菌株KPN FJ723042序列作为参考,对所有菌株序列进行单核苷酸多态性分析。结果:共检出CRE菌株23株,检出率为10.8%(23/213);其中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)15株(65.2%),大肠埃希菌和阴沟肠杆菌各3株(13.0%),弗氏柠檬酸杆菌2株(8.7%)。单核苷酸多态性聚类分析表明,15株CRKP有2组主要克隆型,均在外科重症监护病房内流行。15株CRKP均属于ST11-K64型,均携带β-内酰胺类耐药基因肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶2型(β-lactamase Klebsiella pneumoniae carbapenemase 2, blaKPC-2 )基因;12株CRKP携带毒力基因黏液表型调控基因2型(regulator of mucoid phenotype gene A2, rmpA2)、 iucABCD。 结论:住院患者中肠道定植CRE的检出率较高,以ST11-K64型CRKP为主,CRKP菌株兼具多重耐药性和毒力特征,有医院传播风险。
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编辑人员丨5天前
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高毒力肺炎克雷伯菌 hfq基因缺失株的构建及其生物学特性分析
编辑人员丨5天前
目的:构建高毒力肺炎克雷伯菌NTHU-K2044菌株 hfq基因缺失株(△ hfq),并通过表型试验分析 hfq基因对高毒力肺炎克雷伯菌生长特性、环境适应能力和毒力等生物学特性的影响。 方法:利用同源重组技术对NTUH-K2044菌株进行 hfq基因敲除;通过表型试验,比较高毒力肺炎克雷伯菌野生株和△ hfq突变株在细菌生长速度、抗环境胁迫能力、生物膜形成、荚膜形成中性粒细胞杀菌活性和大蜡螟幼虫感染致死率等方面的差异性。 结果:成功构建高毒力肺炎克雷伯菌NTUH-K2044 △ hfq缺失株,表型试验表明△ hfq缺失株的生长速度显著减慢,菌落变小和超黏性下降;在pH9、pH5.5、0.7 mmol/L SDS、5% NaCl、0.1%H 2O 2环境和50℃高温等环境胁迫条件下,△ hfq缺失株生长受到显著抑制;在毒力方面,△ hfq缺失株生物膜形成能力下降,荚膜形成能力下降且荚膜合成基因 magA和 rmpA表达量明显下降,中性粒细胞杀菌试验存活率下降,大蜡螟幼虫致死能力显著降低。 结论:Hfq蛋白作为RNA伴侣分子能够参与转录后调控进而对高毒力肺炎克雷伯菌生理、环境适应性及毒力致病性具有重要的调控作用。这为寻找治疗和控制高毒力高耐药肺炎克雷伯菌新靶标提供了基础。
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编辑人员丨5天前
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重症监护病房耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌分子及临床特征分析
编辑人员丨5天前
探讨重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)碳青霉烯酶分布情况,并比较耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae,CR-hvKP)和耐碳青霉烯非高毒力肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant non-hypervirulent Klebsiella pneumoniae,CR-non-hvKP)两者之间的临床特征。收集并回顾性分析2020年5月至2021年3月西安交通大学第二附属医院重症监护病房49例患者分离的53株非重复CRKP菌株,使用碳青霉烯酶抑制剂增强试验进行产碳青霉烯酶菌株初筛,拉丝试验进行高黏液表型初筛,使用PCR方法检测5种主要的碳青霉烯酶基因( blaKPC-2、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM和 blaOXA-48-like),常见血清型(K1和K2)和毒力基因(rmpA和iutA),将同时检测出rmpA和iutA基因的菌株视为高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae,hvKP),并对CR-hvKP进行全基因组测序。针对49例感染患者的临床资料,采用独立样本 t检验,Mann-Whitney U检验,χ2检验或Fisher精确概率法比较CR-hvKP和CR-non-hvKP两者的临床特征差异。重症监护病房分离的CRKP存在广泛耐药,对多黏菌素B和替加环素仍具有良好的敏感性。CRKP主要的耐药机制为产碳青霉烯酶(52/53,98.1%),53株CRKP除1株未检测到碳青霉烯酶外,其余52株CRKP至少检测到1种碳青霉烯酶耐药基因,其中45株携带单一酶型,包括36株 blaKPC-2(36/53,67.9%)、8株 blaNDM(8/53,15.1%)和1株 blaIMP(1/53,1.9%),7株携带两种酶型 blaKPC-2和 blaNDM(7/53,13.2%)。拉丝试验和毒力基因检测结果显示,53株CRKP检出7株(13.2%)CR-hvKP,其中2株拉丝试验阳性。测序结果表明CR-hvKP主要属于ST11型。CR-hvKP感染患者年龄几乎都在60岁以上(7/7),存在侵入性治疗(7/7)、肺部感染高黏液表型(2/7)以及具有较高的死亡率(5/7);CR-hvKP感染患者的中性粒细胞百分比(86.44±4.70)%高于CR-non-hvKP感染患者(78.90±19.15)%,差异有统计学意义( t =-2.225, P=0.032)。综上,重症监护病房CR-hvKP菌株以产KPC-2酶,荚膜血清型K2和ST11序列型为主,需加强对CR-hvKP菌株的监测与控制,防止耐药和高毒力菌株的共同进化。
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编辑人员丨5天前
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一株碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌耐药及毒力特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析1株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药及毒力特征。方法:将浙江大学医学院附属第二医院粪便中分离到的1株CRKP命名为肺炎克雷伯菌C35,采用微量肉汤稀释法测定抗菌药物的最低抑菌浓度;全基因组测序和基因组分析确定菌株所携带耐药基因和毒力基因;核心基因组单核苷酸多态性(SNP)分型分析CRKP菌株之间的同源性关系;采用接合试验评估耐药基因的转移能力和效率;采用大蜡螟毒力实验测定菌株的毒力表型。结果:肺炎克雷伯菌C35对大多数受试药物耐药,尤其碳青霉烯类、舒巴坦和多黏菌素。SNP分型显示肺炎克雷伯菌C35与多株分离自本院不同病房的CRKP菌株具有很高的同源性。该菌属于ST11型,携带包括 blaKPC-2、 blaCTX-M-199、 mcr-1和 tet(A)变异体等在内的13种耐药基因。 blaKPC-2基因位于>69 800 bp的IncFⅡ型质粒上, blaCTX-M-199和 mcr-1基因共同位于>64 800 bp的IncI2型质粒上, tet(A)变异体位于83 628 bp的不可分型质粒上,3种质粒均为可接合性质粒。肺炎克雷伯菌C35还携带 rmpA和 rmpA2毒力基因以及气杆菌素(aerobactin)相关基因 iucABCD,为典型的碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)。该菌在大蜡螟感染模型中也显示了较强的毒力表型,感染肺炎克雷伯菌C35菌株48 h后大蜡螟幼虫存活率仅为16.7%,明显低于无毒力对照菌株的80.0%。 结论:本研究在1株肠道定植CR-hvKP中检测到多个可接合性耐药质粒,包括同时携带 blaCTX-M-199和 mcr-1基因的IncI2质粒,需引起警惕,并对此类菌株进行主动监测。
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编辑人员丨5天前
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四川省中江县肺炎克雷伯菌毒力相关特征及耐药性分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨中江县肺炎克雷伯菌毒力相关表型/基因、荚膜血清型、耐药表型、序列分型(ST)的分布特征,提高临床认识,为细菌耐药防控和临床合理用药提供依据。方法:回顾分析中江县人民医院2019年7-12月分离的肺炎克雷伯菌135株的资料。采用WalkAway-40Plus全自动分析系统进行菌种鉴定及药敏检测;采用拉丝实验鉴定菌株高黏液表型;采用聚合酶链式反应筛查高毒力荚膜血清型和毒力基因;采用多位点序列分析(MLST)鉴定菌株ST。结果:135株菌中高黏液型菌株所占比例为50.4%。毒力基因 iucA、 iroN、 rmpA阳性率分别为54.1%、54.8%、54.1%。荚膜血清K1、K2型菌株所占比例分别为11.9%、15.6%。共鉴定出65种ST型别,以ST23和ST37型最为常见,占比分别为11.1%和6.7%。菌株对16种抗菌药物的耐药率为0.0%~25.2%,对碳青霉烯类抗菌药物、阿米卡星、替加环素的耐药率均不足1%。高黏液型菌株的毒力基因阳性率显著高于非高黏液型菌株( P < 0.001),其对头孢菌素类药物的耐药率显著低于非高黏液型菌株( P < 0.001)。 结论:中江县肺炎克雷伯菌呈现“高毒力、低耐药”特征,应持续监测该地区肺炎克雷伯菌毒力及耐药性的变化,警惕高毒力菌株快速传播。
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编辑人员丨5天前
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肺炎克雷伯菌中 pks基因岛与毒力基因和生物膜形成的关系
编辑人员丨5天前
目的:研究肺炎克雷伯菌( Klebsiella pneumoniae, Kp)的 pks基因岛与毒力基因、荚膜血清型和生物膜形成的关系,并测定其高黏液(hypermucoviscous,HM)表型和生物膜形成情况。 方法:收集福建医科大学附属第一医院临床标本分离的113株肺炎克雷伯菌株。根据 pks基因岛存在与否分为 pks+组和 pks-组。采用拉丝试验检测高黏液表型。PCR扩增检测5种毒力基因( peg-344、 rmpA、 rmpA2、 iucA、 iroB)和6种常见荚膜血清型(K1、K2、K5、K20、K54、K57),利用微孔板法检测生物膜的形成情况。采用SPSS21.0软件进行统计分析,以 P<0.05为差异具有统计学意义。 结果:113株临床分离的肺炎克雷伯菌株中,共检出46株 pks+肺炎克雷伯菌株和67株 pks-肺炎克雷伯菌株。 pks+组HM表型检出率为87.0%(40/46),高于 pks-组的检出率43.3% (29/67),差异有统计学意义(χ 2 =21.879, P<0.001); pks+组毒力基因( peg-344、 rmpA、 rmpA2、 iucA、 iroB)和血清型基因(K1型)的检出率均高于 pks-组,差异有统计学意义( P<0.05);且 pks+组菌株生物膜形成能力高于 pks-组( P<0.05)。 结论:携带有 pks基因岛的肺炎克雷伯菌更多具有HM表型,血清型以K1型为主,菌株中 peg-344、 rmpA、 rmpA2、 iucA和 iroB基因携带率较高,且生物膜形成能力较强。
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编辑人员丨5天前
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社区获得性致下肢气性坏疽ST660型肺炎克雷伯菌全基因组测序及毒力特征分析
编辑人员丨5天前
目的:对1株致下肢气性坏疽肺炎克雷伯菌(KPN)进行全基因组测序及毒力特性分析,为认识致社区获得性重症感染KPN分子毒力特征提供参考。方法:患者于2018年3月13日进入急诊科治疗,主要临床症状为高热、左下肢气性坏疽及糖尿病酮症酸中毒。取患者脓液标本进行分离培养、菌株鉴定、高黏表型及药敏检测。对菌株进行全基因组测序并分析其多位点序列分型、荚膜分型、质粒分型、毒力及耐药基因。通过接合及消除试验分析质粒特征。血清杀菌试验及大蜡螟感染模型分析菌株毒力表型,双样本 t检验比较待测菌株和对照菌株对大蜡螟幼虫半数致死率(LD 50)差异。 结果:检出菌株KPN41053,仅对氨苄西林耐药,高黏表型阴性。KPN41053染色体总长5 377 071 bp,属于ST660型,荚膜型为K16;携带一个IncFIB(K)/HI1B型毒力质粒(207 506 bp),质粒包含多种毒力因子且序列与pLVPK高度相似,但其中rmpA和rmpA2均为假基因。该质粒接合试验阴性。通过质粒消除获得变异株KPN41053_PC。毒力表型分析显示,KPN41053为血清抗性(6级),而KPN41053_PC为血清中度敏感(3级),KPN41053对大蜡螟幼虫的lgLD 50与高毒力对照株(ST23-K1型)差异无统计学意义( t=0.32, P=0.765),低于KPN41053_PC( t=5.97, P=0.004)。 结论:KPN41053为1株属于ST660型且高黏表型阴性的非典型高毒力KPN,毒力质粒为其关键毒力因子。KPN可导致糖尿病患者发生社区获得性气性坏疽。
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编辑人员丨5天前
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血液感染来源肺炎克雷伯菌毒力与碳青霉烯类耐药表型的关系及碳青霉烯类耐药高毒力菌株的鉴定
编辑人员丨2周前
目的:探讨本地区从血培养分离的肺炎克雷伯菌临床株的毒力与碳青霉烯类耐药表型的关系,并对碳青霉烯类耐药高毒力肺炎克雷伯菌(CR-HVKP)进行毒力表型验证.方法:收集2016-2019年血流感染患者血培养分离的192株非重复肺炎克雷伯菌,其中96株为碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP),96株为碳青霉烯敏感肺炎克雷伯菌(CSKP).采用VITEK-2全自动微生物分析仪检测菌株对药物的敏感性,聚合酶链反应检测碳青霉烯类耐药基因、毒力基因和荚膜分型,拉丝实验检测菌株的高黏表型,全基因组测序方法检测CR-HVKP菌株的基因组特征,并通过血清抗性试验和生物膜形成试验进一步验证CR-HVKP的毒力.结果:CRKP对常见抗菌药物耐药率高,CSKP则对常见抗菌药物较敏感;除米诺环素外,CRKP组和CSKP组菌株对抗菌药物的耐药率差异均有统计学意义(均P<0.05).96株CRKP中,92株携带碳青霉烯酶基因,以blaKPC-2为主.在毒力因子方面,4株CRKP和36株CSKP拉丝试验阳性,呈现为高黏表型,两者差异具有统计学意义(P<0.05).与CRKP组比较,CSKP组Kfu、aerobictin、iutA、ybtS、rmpA、magA、allS等毒力基因检出率均增加,荚膜抗原K1和K2检出率也增加(均P<0.05).CRKP组检出高毒力肺炎克雷伯菌(HVKP)1 株(即CR-HVKP),CSKP组检出HVKP 36株,差异有统计学意义(P<0.05).全基因组测序结果显示,CR-HVKP多位点序列分型为412,荚膜抗原为K57,携带iutA、entB、mrkD、fimH和rmpA毒力基因,生物膜形成能力和血清抵抗力强,同时携带blaSHV-145、blaTEM-1、blaCTX-M-3、fosA6、oqxA5、oqxB26和aac(3)-Ⅱd耐药基因,伴随外膜蛋白K(OmpK)35和OmpK36的异常.结论:CRKP对抗菌药物的耐药率明显高于CSKP,虽然其携带的毒力基因数和种类均少于CSKP,但也出现了碳青霉烯类耐药且高毒力的新型多位点序列分型肺炎克雷伯菌.后者可能对公共卫生造成严重威胁.
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编辑人员丨2周前
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院内感染肺炎克雷伯菌的影响因素及其耐药情况调查
编辑人员丨2周前
[目的]探讨院内感染肺炎克雷伯菌的影响因素及耐药情况.[方法]选取2018年3月至2023年1月本院收治的87例院内感染患者作为研究对象,其中28例院内感染肺炎克雷伯菌患者纳入观察组,59例院内感染鲍曼不动杆菌的患者纳入对照组.比较两组一般资料;分析菌株来源、耐药性及毒力基因;分析院内感染肺炎克雷伯菌的影响因素及耐药情况.[结果]观察组中有21例(75.00%)为混合感染阳性,其中A型(肺炎链球菌)5例(23.81%)、B型(葡萄球菌)4例(19.05%)、C型(流感嗜血杆菌)2例(9.52%)、A型+B型4例(19.05%)、A型+C型2例(9.52%)、B型+C型3例(14.29%)、A型+B型+C型1例(4.76%).对照组中有26例(44.07%)为混合感染阳性,其中 A 型 6 例(23.08%)、B 型 5 例(19.23%)、C 型 4 例(15.38%)、A 型+B 型 3 例(8.69%)、A 型+C 型 3 例(11.54%)、B型+C型4例(15.38%)、A型+B型+C型1例(3.85%).两组年龄、性别、住院时间、白蛋白、科室分布、白细胞(WBC)计数及留置导管、侵入性操作、与感染患者住通病区≥1周、终末消毒残缺占比比较,差异无统计学意义(P>0.05);观察组长期使用广谱抗菌药物、合并其他细菌感染≥2种及前期肺炎克雷伯菌定植占比高于对照组(P<0.05).Logistic回归分析结果:长期使用广谱抗菌药物、合并其他细菌感染≥2种、前期肺炎克雷伯菌定植是患者院内感染肺炎克雷伯菌的危险因素(P<0.05).28株菌株主要来源于痰液、血液;肺炎克雷伯菌对哌拉西林/他唑巴坦、头孢曲松耐药性最高(100%),肺炎克雷伯菌对替加环素(3.57%)、四环素(7.14%)耐药性最低;28株菌株中高黏液性菌株6株(21.43%)、非高黏液性菌株22株(78.57%),高黏液性菌株拉丝实验阳性率高于非黏液性菌株(P<0.05);高黏液性菌株iroN、rmpA及ybtS毒力基因阳性率高于非黏液性菌株(P<0.05).[结论]长期使用广谱抗菌药物、合并其他细菌感染≥2种、前期肺炎克雷伯菌定植是患者院内感染肺炎克雷伯菌的危险因素,肺炎克雷伯菌对常见抗菌药物耐药性较为严重.
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编辑人员丨2周前
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一株定植ST23-K1型耐碳青霉烯高毒力肺炎克雷伯菌的耐药性及全基因组分析
编辑人员丨2024/7/6
目的 分析肺炎克雷伯菌临床分离株K63[第63号耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)]的毒力耐药情况及全基因组特征.方法 收集分离自宁夏某医院新生儿重症监护室男性患儿痰液标本的肺炎克雷伯菌K63株,通过VITEK 2 Compact对其进行鉴定和药物敏感性试验.PCR法检测菌株毒力基因(ybtS、iutA、iucA、iroB、rmpA 2、fimH、mrkD、peg344)和耐药基因(blaTEM、blaSHV、blaNDM、blaIMP、blaOXA-48、blaVIM).PacBio RS Ⅲ 和 illuminate 高通量测序平台对其进行全基因组测序、基因组组装及生物信息学分析,获得菌株基因组特征.结果 成功从呼吸窘迫和新生儿肺部感染患儿痰液标本中分离出一株CRKP,命名为K63.药敏结果显示其对碳青霉烯类、磺胺类、头孢菌素类、β-内酰胺类、β-内酰胺酶抑制剂复合物等抗生素均耐药.PCR结果显示,毒力基因ybtS、i-ucA、iutA、rmpA2、iroB、fimH、mrkD、peg344 为阳性,同时携带 blaTEM、blaSHV、blaNDM及 blaVIM耐药基因.全基因组测序及组装得到1条完整的基因组序列及1条质粒序列,其基因组大小为5 880 871 bp,序列比对结果显示K63菌株为ST23-K1型.在染色体基因组基因鉴定中,发现有8种毒力基因,有7种耐药相关基因.质粒携带有 blaSHV-66、blaSNDM-5、sul1、mphA 和 aph(3')-Ia、tetC、vanA 和 mexe 等耐药基因.clb(ABCDFGHIJKLMNOPQS)、glf、pilW、ibeB等毒力基因也被注释.同时,水平转移区域预测结果显示质粒pVir-CR-63-1具有转移的潜力.基因富集及功能分析显示主要富集于代谢相关通路.结论 分离定植的K63株可能为高毒力耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌,有潜在传播风险,临床上应予以高度重视.
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编辑人员丨2024/7/6
