目的 通过生物信息学技术,筛选出与肺腺癌(LUAD)复发相关的关键基因和信号通路,为探讨LUAD复发的分子机制提供理论支持.方法 从TCGA和GEO数据库中下载LUAD相关数据集,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法挑选关键基因模块,采用LASSO-Cox回归分析构建预后模型;Limma算法筛选差异表达基因;Estimate和MCP算法评估免疫细胞浸润.结果 共筛选出29个相关基因模块.单因素Cox分析结果显示,仅有4个基因与患者预后显著相关.基于该基因集进行的LASSO-Cox预后模型显示,风险评分高的患者其预后差,提示该模型具有良好的预测能力.该模型筛选出4个关键基因,分别为丝氨酸-苏氨酸激酶受体相关蛋白(STRAP)、G蛋白亚基γ12(GNG12)、线粒体甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAM)、锚蛋白重复和泛素结构域蛋白1(ANKUB1).本研究对STRAP进行了深入分析,结果显示,STRAP在泛癌中呈现广泛高表达,且与多种肿瘤的不良预后及临床病理特征显著相关.STRAP与免疫抑制分子的表达呈显著正相关.高表达STRAP的患者其微环境CD8+T细胞、NK细胞等多种免疫细胞浸润降低,抑癌基因的单核苷酸多态性(SNP)显著升高,呈现"冷肿瘤"表型.此外,免疫组织化学表明,STRAP在肿瘤组织中显著高表达.结论 基因模型能够较好地预测患者复发风险,其中STRAP在LUAD发展中可能发挥重要作用.

目的:应用网络药理学及分子对接的相关理论方法探究姜黄素治疗糖尿病视网膜病变(DR)的作用机制。方法:利用SEA及SwissTargetPrediction数据库在线预测化合物作用的靶点；通过CTD数据库提供与疾病相关的各种靶点；运用Venny数据库映射匹配不同基因，并取二者交集；采用GeneMANIA数据库构造出交集基因的蛋白互作网络图，采用Cystoscape软件进行更精确的分析和可视化，借助WebGestalt数据库进行富集分析，最后利用AutoDock Vina对核心靶点进行分子对接。结果:得到姜黄素作用靶点52个，DR对应的靶点1 599个，共同作用的靶点48个。核心靶点为丝氨酸/苏氨酸－蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、表皮生长因子受体(EGFR)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)以及热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)。富集分析结果显示，这些靶点主要与EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路以及晚期糖基化终末产物－晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路等有关。结论:姜黄素可能通过调控多条信号通路来抑制炎症反应和对抗氧化应激等过程，从而发挥治疗DR的作用。

耳鸣严重影响患者的生活质量，目前认为其产生机制与听觉通路信号改变所引起的神经元可塑性变化有关，其中可能涉及神经元兴奋性和抑制性传导失衡。A型γ-氨基丁酸受体（γ-aminobutyric acid a receptor,GABA AR）和N-甲基-D天冬氨酸受体（N-methyl-D-aspartic acid receptor,NMDAR）是重要的神经元抑制性和兴奋性受体，NMDAR功能亢进和GABA AR功能抑制可能是耳鸣发生中的关键性事件。钙/钙调蛋白激酶Ⅱ(Ca 2+/calmodulin-dependent protein kinaseⅡ,Ca 2+/CaMKⅡ）是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，介导NMDAR和GABA AR的磷酸化及其相互作用，在神经突触受体活性调节过程中发挥重要作用，并可能参与耳鸣的发生发展过程。本文就Ca 2+/CaMKⅡ介导NMDAR与GABA AR的相互作用及其与耳鸣的关系展开综述，并结合临床试验介绍相关耳鸣治疗最新研究成果，以期为临床耳鸣的治疗提供新的作用靶点和干预思路。

目的:通过脂多糖（LPS）建立脓毒症相关性脑病（SAE）体外模型，探讨人髓样分化蛋白2（MD2）在LPS导致神经元死亡过程中的作用及内在机制。方法:选择健康C57BL/6J孕鼠，孕期14~18 d，取胎鼠脑皮质组织，用0（空白对照组）、1、5和10 g/L的LPS刺激神经元后24 h，检测乳酸脱氢酶（LDH）释放量，观察神经元死亡情况，并用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测炎症因子白细胞介素（IL-6、IL-1β）水平，以确定建立SAE体外神经炎症模型的最佳LPS剂量。将细胞分为空白对照组和LPS组，用原位末端缺刻标记法（TUNEL）染色检测细胞凋亡情况，用蛋白质免疫印迹试验（Western blotting）检测相关蛋白标志物活化天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶3（caspase-3）表达、坏死性凋亡相关蛋白神经元受体相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3（RIPK3）及磷酸化RIPK3（p-RIPK3）水平，用免疫荧光化学染色检测p-RIPK3和微管相关蛋白2（MAP2）的表达，以评估细胞死亡类型及神经元死亡程度；用Western blotting法检测MD2表达，免疫荧光化学染色观察p-RIPK3及MD2在神经元中的表达和分布，以评估MD2是否参与炎症反应促进神经元死亡。此外，将细胞分为空白对照组、LPS组和MD2干扰肽组（LPS+TC组），检测IL-6、IL-1β、LDH水平，评估干扰MD2能否减轻LPS诱导的神经炎症。结果:10 g/L LPS可诱导明显的神经元死亡，该浓度刺激神经元24 h后LDH释放量较空白对照组明显增加（相对释放量：1.45±0.04比1.00±0.00， P<0.01），神经元发生凋亡及坏死性凋亡，炎症因子IL-6、IL-1β水平显著增加〔IL-6（相对水平）：1.94±0.04比1.00±0.00，IL-1β（相对水平）：1.53±0.09比1.00±0.00，均 P<0.01〕。与空白对照组比较，LPS组TUNEL检测细胞凋亡明显增多，活化caspase-3表达明显增加（活化caspase-3/GAPDH：1.55±0.10比1.00±0.00， P<0.01），p-RIPK3/RIPK3比值明显升高（相对值：1.54±0.06比1.00±0.00， P<0.05），神经元周围p-RIPK3表达显著增多，提示脓毒症环境下神经元发生显著凋亡及坏死性凋亡。同时，与空白对照组比较，LPS组MD2表达量显著增加（MD2/GAPDH：1.91±0.07比1.00±0.00， P<0.01），神经元周围MD2表达显著增多，提示LPS诱导的MD2上调可能在脓毒症神经炎症及诱导神经元死亡中发挥关键作用。此外，与LPS组比较，MD2干扰肽能够降低炎症因子IL-6、IL-1β的表达水平〔IL-6（相对水平）：1.16±0.08比1.94±0.04，IL-1β（相对水平）：1.15±0.05比1.75±0.09，均 P<0.01〕，减少LDH释放（相对释放量：1.09±0.01比1.44±0.04， P<0.05）。 结论:LPS刺激神经元通过MD2诱导神经元炎症反应，最终导致神经元发生凋亡和坏死性凋亡；干扰MD2功能可减轻炎症，抑制神经元死亡。

目的:探索使用网络药理学方法和动物实验研究黄连治疗龋齿的作用机制。方法:通过中药系统药理学（TCMSP）数据库与分析平台筛选出黄连有效成分及其靶点，并通过GeneCards数据库在线检索疾病靶点。在Venny 2.1网站筛选出黄连和龋齿的交集靶点，并将交集靶点在线进行蛋白-蛋白相互作用分析和基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。然后，使用Cytoscape制作"成分-靶点-通路"网络图。将大鼠随机分为模型组和黄连组，建立龋齿大鼠模型。模型组大鼠用浸有150 μl 0.9%氯化钠溶液小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min，黄连组大鼠将浸有黄连（5.8 mg黄连融入150 μl 0.9%氯化钠溶液）的小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min。2组大鼠每周处理1次，连续处理4周。对变异链球菌菌落数进行计数，并采用酶联免疫法检测血清丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、JUN、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、B淋巴细胞瘤-2（Bcl-2）蛋白表达。结果:黄连中有11个有效成分，通过干预54个靶点，调节多个分子通路，从而治疗龋齿。槲皮素、小檗碱、黄藤素、小檗浸碱和四氢小檗碱等是核心成分，AKT1、JUN、IL-6、TNF、Bcl-2为核心靶点。GO分析显示，BP主要包括细胞因子活性、信号受体激活剂活性、信号受体调节剂活性、细胞因子受体结合和受体配体活性等；CC主要包括对脂多糖的反应、对细菌分子的反应、细胞对脂质的反应、炎症反应和细胞群体增殖负调控等；MF主要包括膜筏、膜微区、细胞外基质、外部封装结构和质膜蛋白复合物等。KEGG分析显示晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、TNF、IL-17、Toll样受体、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、核因子-κB（NF-κB）、表皮生长因子受体（EGFR）、Janus激酶-信号转导子与转录激活子（JAK-STAT）、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）等信号通路与黄连治疗龋齿相关。动物实验结果显示，黄连治疗后血清Bcl-2蛋白表达增加，血清AKT1、JUN、IL-6、TNF等蛋白表达减少。结论:黄连可以通过多种通路参与调控龋齿的靶点，具有良好的治疗效果和广泛的作用机制，有望成为开发治疗龋齿的中成药的重要组分。

目的:运用网络药理学探讨银杏叶提取物治疗糖尿病视网膜病变(DR)的药理机制和关键靶点。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Swiss target prediction数据库，筛选银杏叶活性成分及其靶点。同时检索GeneCards和DisGENET数据库中DR相关的治疗靶点。取银杏叶活性成分潜在的作用靶点和与DR高度相关治疗靶点的交集作为共有靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析并构建活性成分－靶点网络。根据网络节点的度值参数获取关键活性成分和关键靶点，采用分子对接验证银杏叶关键活性成分与关键靶点的结合作用。结果:筛选得到银杏叶提取物治疗DR的活性成分27个和潜在治疗靶点34个。GO富集分析表明，这些靶点主要与炎症、氧化应激、血管生成和低氧损伤相关；KEGG富集分析表明，通路主要富集于晚期糖基化终末产物及其受体、丝裂原活化蛋白激酶、磷脂酰肌醇3激酶－蛋白激酶B、缺氧诱导因子1、肿瘤坏死因子(TNF)和白细胞介素(IL)-17信号通路。银杏叶活性成分－潜在治疗靶点网络度值显示排名前4位的关键活性成分分别是槲皮素、山柰酚、木犀草素和异鼠李素，排名前8位的关键靶点分别是丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、血管内皮生长因子A、IL-6、TNF、内皮型一氧化氮合酶3、过氧化物酶体增生物激活受体γ、IL-10和基质金属蛋白酶9。分子对接显示4个关键活性成分与8个关键靶点之间均具有较好的结合活性。结论:银杏叶提取物含有多种有效成分，可以作用于多个DR治疗靶点，从而调节相应的信号通路，发挥对DR的治疗作用。

目的:探讨乳腺癌超声成像特征与关键基因表达状态的相关性.方法:在美国国家医学图书网PubMed数据库检索乳腺癌关键基因相关文献,汇总乳腺癌相关基因.利用基因与蛋白相互作用检索搜查工具(STRING)和Cytoscape软件对相关基因构建蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出关键基因,利用基于基因表达水平值的交互式分析平台(GEPIA)和Kaplan-Meier Plotter数据库对潜在关键基因进行表达验证和患者的预后分析.回顾性分析2022年9月至2023年9月于山西医科大学第一医院就诊的36例经手术病理证实为乳腺癌患者,采用转录组测序技术检测乳腺癌关键基因的表达,收集乳腺癌患者的超声声像图特征,分析其与关键基因的相关性.结果:从筛选的57个基因中共鉴定出排名前10的潜在的关键基因,分别为透明质酸介导的运动受体(HMMR)、苯并咪唑出芽抑制解除同源物(BUB1)有丝分裂检查点丝氨酸与苏氨酸激酶B(BUB1B)、纺锤体微管的装配因子(ASPM)、周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(BUB1)、驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)、TPX2微管成核因子(TPX2)、母体胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)、着丝粒蛋白F(CENPF)和拓扑异构酶2A(TOP2A).10个潜在的关键基因在乳腺癌样本中高表达且预后不良.最大径＞2 cm乳腺癌患者关键基因TPX2水平高于病灶最大径≤2 cm的乳腺癌患者,有微小钙化乳腺癌患者关键基因MELK水平高于无微小钙化乳腺癌患者,差异均有统计学意义(Z=-2.483、-2.888,P＜0.05).剪切波弹性成像参数弹性最大值(Emax)与关键基因BUB1、KIF2C、TPX2、CENPF、TOP2A的表达水平呈正相关(r=0.411、0.399、0.447、0.446、0.337,P＜0.05).结论:乳腺癌超声特征可用于预测关键基因的表达状态,可为乳腺癌的早期诊断、治疗方案选择及预后评估等提供更多的依据.

[目的]基于网络药理学、分子对接和实验研究探讨肉桂醛联合姜黄素抗肝细胞癌的作用机制.[方法]利用PharmMapper、SwissTarget、Target Net数据库筛选肉桂醛、姜黄素的相关作用靶点;TTD、Gene cards、OMIM筛选肝癌作用靶点;Venny软件筛选共同靶点;STRING数据库、Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白相互作用网络(PPI);通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并进行分子对接.通过噻唑蓝(MTT)法、Hoechst 33258染色法、实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)法检测进行体外细胞实验验证.[结果]经过筛选获取肉桂醛-姜黄素抗肝癌关键靶点,主要是RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、基质金属蛋白酶-9(MMP9)、肿瘤坏死因子(TNF)等,可能涉及磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)、白细胞介素(IL)-17、血管内皮生长因子(VEGF)等197条信号通路.分子对接表明,两药合用对AKT1具有较好的亲和性.选取PI3K/Akt信号通路上关键靶点进行体外实验验证,结果表明,与空白对照组比较,肉桂醛联合姜黄素能显著抑制SMMC-7721肝癌细胞存活率(P＜0.01),显著升高凋亡率(P＜0.05),并显著降低PI3K、AKT1、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、核因子-κB1(NF-κB1)mRNA的表达(P＜0.01).[结论]肉桂醛联合姜黄素能有效抑制SMMC-7721肝癌细胞活性,诱导其凋亡,其抗肝癌作用机制可能与抑制PI3K/Akt信号通路有关.

目的:基于网络药理学探讨加味当归芍药散治疗子宫内膜异位症(EMs)痛经的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、人类孟德尔遗传在线数据库(O MIM)、人类基因数据库(GeneCards)、人类疾病相关基因与突变位点信息数据库(DisGeNET)、疗效靶点数据库(TTD)等数据库分析组方活性成分及潜在作用靶点,构建加味当归芍药散活性成分-EMs痛经靶点网络,并对核心靶点进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,应用分子对接vina(Autodock vina)软件对组方潜在活性成分及核心靶点进行分子对接,并采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)及蛋白免疫印记法初步验证组方对EMs小鼠模型子宫内膜预测靶点mRNA及相关蛋白表达的影响.结果:组方筛选出活性成分86个,其治疗EMs痛经对应的交集靶点共64个,其中度值较高的靶点包括表皮生长因子受体(EGFR)、肿瘤抑制基因p53(TP53)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白细胞介素6(IL-6)、基序趋化因子配体8(CXCL8)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等.GO功能富集分析共得到1990个条目,KEGG通路分析涉及雌激素、黏着斑等127条通络.分子对接结果显示,组方核心成分槲皮素与VEGFA、AKT1、低氧诱导因子1A(HIF1A)等关键靶点具有良好的结合力.验证实验显示,加味当归芍药散可显著下调EMs小鼠模型VEGFA、CXCL8、TP53等mRNA及MMP9、环氧合酶-2(COX-2)蛋白表达水平.结论:加味当归芍药散的核心成分可调控EMs痛经的多个靶点,其作用机制可能和调控细胞侵袭、雌激素、免疫、炎症反应等信号通路相关.

采用网络药理学、分子对接技术和实验验证探讨莪术-鳖甲药对(Curcumae Rhizoma-Trionycis Carapax,CRTC)抗肝纤维化的作用机制.首先搜集鳖甲和莪术的化学成分和靶点信息;然后将两味药的作用靶点合并去重.使用疾病数据库以获取肝纤维化的相关基因.提取CRTC和肝纤维化的交集靶点,进一步对"药物-潜在活性成分-潜在靶点"网络进行可视化展示.将交集靶点导入STRING数据库以构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI);然后进行GO功能和KEGG通路富集分析并可视化,再用Autodock Vina软件实现分子对接模型的构建.最后通过体内实验对网络药理学预测的靶点及通路进行实验验证.共筛选得到CRTC与肝纤维化的交集靶点共65个.PPI网络中筛选得到度值排名前四的靶点分别为白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt serine/threonine ki-nase 1,AKT1)、信号传导及转录激活因子 3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferative activated receptor gamma,PPARG).GO功能富集分析显示涉及的生物过程有1 025条,细胞组分有41条,分子功能有84条;KEGG通路富集分析得到149条通路,其中关键通路有EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性.分子对接结果显示IL-6、STAT3等核心靶点与其对应成分均有良好的结合活性.体内动物实验结果证实CRTC能改善肝纤维化的病理学形态,且显著抑制了 IL-6、EGFR、STAT3的表达.综上所述,CRTC通过多靶点、多通路发挥其抗肝纤维化作用,其机制与网络药理和分子对接技术预测的IL-6/EGFR/STAT信号轴相关.