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小眼畸形相关转录因子基因表达调控及其相关疾病致病机制研究进展
编辑人员丨6天前
小眼畸形相关转录因子(microphthalmia-associated transcription factor,MITF)是一种具有碱性螺旋-环-螺旋亮氨酸拉链结构的转录因子,它在神经嵴源性黑素细胞的生存、增殖和分化以及黑色素的合成、转运和分布过程中起着至关重要的作用。 MITF基因突变会影响黑素细胞的功能,从而导致与黑色素相关的疾病。了解 MITF对黑素细胞的作用机制可为这些疾病的治疗提供一些线索。本文就 MITF基因的表达调控、对黑素细胞的调控作用以及其导致Waardenburg综合征的机制做一综述。
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编辑人员丨6天前
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单细胞测序和数字PCR技术筛选单核细胞差异基因集对脓毒症早期诊断的临床意义
编辑人员丨6天前
目的:验证脓毒症中特异分化的单核细胞亚群,并筛选及构建用于早期诊断脓毒症的单核细胞差异基因集。方法:选择广东省人民医院2020年6月至2021年3月收治的脓毒症患者,提取外周血单个核细胞(PBMC),应用单细胞测序技术和拟时序分析对单核细胞差异亚群进行验证。利用生物信息学手段分析差异亚群中的基因表达,并筛选出差异基因用于初步构建候选差异基因集。利用数字聚合酶链反应(PCR)技术分别在脓毒症患者PBMC以及脓毒症人髓系白血病单核细胞株(THP-1)模型中对候选差异基因进行验证,并利用韦恩图构建最终的单核细胞差异基因集。使用基因表达数据库(GEO)对差异基因集进行外部数据验证。结果:①细胞注释及拟时序分析结果显示,NEAT1 +CD163 +单核细胞的分化明显区别于其他亚群,并在脓毒症早期就已经出现,是脓毒症病理过程中的特征亚群。②从NEAT1 +CD163 +单核细胞的基因表达中筛选出22个与脓毒症相关的差异基因,经过数字PCR进一步验证后,最终筛选出碱性亮氨酸拉链ATF样转录因子(BATF)、原癌基因JUNB、癌胚抗原相关细胞黏附分子4(CEACAM4)、第9号染色体上95开放阅读框(C9orf95)、G蛋白α亚基15(GNA15)、补体C3A受体1(C3AR1)、转录生长因子β1(TGFB1)、线粒体载体同源物1(MTCH1)8个基因,用于构建最终的单核细胞差异基因集。③外部验证结果显示,由于C9orf95基因在GEO数据库的GSE154918及GSE133822两个数据集中均无数据,因此在验证时将其排除。在GSE154918数据集,单核细胞差异基因集中BATF、JUNB、CEACAM4、GNA15、C3AR1、TGFB1、MTCH1的表达在脓毒症组均较健康对照组明显升高(log 2表达量:BATF为12.78±0.08比11.39±0.35,JUNB为16.88±0.07比16.04±0.03,CEACAM4为14.73±0.08比13.77±0.05,GNA15为13.16±0.06比12.30±0.04,C3AR1为14.62±0.13比12.87±0.05,TGFB1为16.95±0.05比16.57±0.36,MTCH1为14.80±0.02比14.61±0.15,均 P<0.05);在GSE133822数据集,基因集中BATF、CEACAM4、GNA15、C3AR1的表达在脓毒症组明显高于健康对照组(log 2表达量:BATF为8.66±0.16比7.92±0.14,CEACAM4为9.20±0.16比8.36±0.20,GNA15为10.66±0.18比10.13±0.16,C3AR1为11.49±0.27比10.48±0.16,均 P<0.05),而JUNB、TGFB1、MTCH1的表达在两组人群中差异无统计学意义。基因集差异分析(GSVA)显示,在GSE154918及GSE133822两个数据集中,脓毒症组单核细胞差异基因集的富集分数均显著高于健康对照组(GSE154918:0.38±0.04比-0.44±0.02,GSE133822:0.56±0.02比0.20±0.05,均 P<0.01)。受试者工作特征曲线(ROC曲线)分析显示,单核细胞差异基因集在GSE154918及GSE133822两个数据集中对脓毒症早期诊断的ROC曲线下面积(AUC)及95%可信区间(95% CI)分别为0.993(0.980~1.000)和0.944(0.873~1.000),提示其具有可靠的诊断价值。 结论:通过单细胞测序技术及数字PCR技术筛选得到的BATF、JUNB、CEACAM4、GNA15、C3AR1、TGFB1、MTCH1单核细胞差异基因集对脓毒症患者具有良好的早期诊断效能,或许能够为早期诊断脓毒症提供新思路。
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编辑人员丨6天前
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转录因子EB调控自噬溶酶体通路减轻脑缺血后神经元损伤
编辑人员丨1周前
自噬溶酶体途径(autophagy-lysosomal pathway, ALP)紊乱是脑缺血后神经元损伤的重要发病机制,而恢复ALP有可能减轻脑缺血后神经元损伤。作为调节ALP的主要转录因子,转录因子EB(transcription factor EB, TFEB)可调控自噬基因和溶酶体基因表达,直接调节自噬体生成、自噬体溶酶体融合和自噬通量。因此,通过调控TFEB能够缓解ALP功能障碍,进而减轻脑缺血损伤。文章对TFEB的结构、生物学功能及其调控ALP减轻脑缺血后神经元损伤的作用进行了综述。
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编辑人员丨1周前
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血红素加氧酶-1通过调控bHLH亮氨酸拉链转录因子E3/高尔基体应激反应减轻小鼠内毒素性急性肺损伤
编辑人员丨1周前
目的:探讨在小鼠内毒素性急性肺损伤(ALI)中血红素加氧酶-1(HO-1)对bHLH亮氨酸拉链转录因子E3(TFE3)表达与核转位以及高尔基体应激反应的影响。方法:将24只雄性C57BL/6小鼠按随机数字表法分为4组(每组6只):空白对照组(Ctrl组)、内毒素[脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)]急性肺损伤组(LPS组)、内毒素性急性肺损伤+HO-1激动剂氯高铁血红素(Hemin)组(LPS+Hemin组)和Hemin组。Ctrl组尾静脉注射生理盐水0.5 ml;LPS组尾静脉注射LPS 10 mg/kg建立小鼠内毒素性ALI模型;LPS+Hemin组腹腔注射Hemin 50 mg/kg,1 h后尾静脉注射LPS 10 mg/kg建立内毒素性ALI模型;Hemin组腹腔注射Hemin 50 mg/kg。造模12 h后对小鼠进行断颈处死,收取肺组织。苏木精-伊红染色(H-E染色)观察小鼠肺组织病理学变化并行肺损伤评分;计算肺组织湿重/干重(W/D)值;脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法(TUNEL)检测肺组织细胞凋亡指数;酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测肺组织白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)-α含量;流式细胞仪检测肺组织活性氧(ROS)的含量;免疫荧光染色观察TFE3核转位情况;蛋白质免疫印迹法(Western blot)测定HO-1、TFE3、高尔基体基质蛋白130(GM130)、高尔基体重组和堆叠蛋白65(GRASP65)、囊泡转运蛋白小GTP酶20(RAB20)、突触融合蛋白3(STX3A)、WD重复结构域与磷酸肌醇相互作用蛋白1(WIPI1)的表达水平。结果:与Ctrl组比较,LPS组小鼠肺组织病理学损伤加重,肺损伤评分、W/D值及细胞凋亡指数升高,ROS、IL-6及TNF-α含量明显升高,TFE3表达及核转位增多,HO-1、GRASP65、RAB20、STX3A的表达水平增加,WIPI1、GM130表达水平减少(均 P<0.05),Hemin组小鼠上述各指标差异无统计学意义(均 P>0.05)。与LPS组比较,LPS+Hemin组小鼠肺组织病理学损伤减轻,肺损伤评分、W/D值及细胞凋亡指数下降,ROS、IL-6及TNF-α含量减少,TFE3表达及核转位减少,HO-1、WIPI1、GM130表达水平增加,GRASP65、RAB20、STX3A表达水平减少(均 P<0.05)。 结论:HO-1能够减轻内毒素诱导的小鼠ALI,其机制可能与其调控TFE3表达、核转位及高尔基体应激反应有关。
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编辑人员丨1周前
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CCAAT/增强子结合蛋白β在急性脑缺血中的作用
编辑人员丨1周前
CCAAT/增强子结合蛋白β(CCAAT/enhancer-binding protein β, C/EBPβ)是碱性亮氨酸拉链转录因子家族成员,可调控下游靶基因的转录活性。在急性脑缺血后,C/EBPβ活性发生变化,并通过调控神经元凋亡和炎症等机制参与脑缺血后损伤过程。文章就C/EBPβ的分子生物学特性及其在急性脑缺血中的表达变化和作用进行了综述,为以C/EBPβ为治疗靶点研发针对急性脑缺血的新型神经保护药物提供依据。
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编辑人员丨1周前
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转录激活因子4在脑缺血中的作用及其机制
编辑人员丨1周前
转录激活因子4(activating transcription factor 4, ATF4)是一种含碱性区域亮氨酸拉链的应激反应因子。当机体处于应激状态时,表达升高的ATF4通过与细胞转录因子结合,继而调控相应下游靶基因,从而启动细胞应答。脑缺血后,ATF4通过参与调控内质网应激、氧化应激、线粒体自噬、炎症反应、血管再生和突触可塑性等多种病理生理学过程,从而发挥神经保护作用。因此,ATF4有望成为治疗缺血性脑损伤的一个新靶点。
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编辑人员丨1周前
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基于抗体的特发性炎性肌病患者外周血基因表达谱分析
编辑人员丨1周前
目的:通过对抗黑色素瘤分化相关基因5(MDA5)抗体阳性和抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者外周血单个核细胞(PBMCs)进行基因表达谱的分析,以阐明特发性炎性肌病亚型的病理生理学机制。方法:①用Illumina HT-12 v4表达谱芯片对12例抗MDA5抗体阳性和16例抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者及43名健康对照者的PBMCs进行基因表达谱筛查和分析。应用非配对 t检验,经Benjamini-Hochberg校正,选取基因表达信号倍数变化的绝对值≥2且校正 P<0.05为差异表达基因。将差异基因集进行基因本体论数据库(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以 P<0.05作为显著性富集的阈值。②用实时荧光聚合酶链反应(real time-PCR)对差异表达基因进行验证,采用Kolmogorov-Smirnov检验对连续型变量进行正态性检验,符合正态分布且方差齐性,采用单因素方差分析,不符合正态分布则用Kruskal-Wallis检验, P<0.05为差异有统计学意义。 结果:①分析抗MDA5抗体和抗Jo-1抗体阳性患者PBMCs的基因表达谱,发现2种肌炎亚型患者PBMCs的基因表达存在明显差异。抗MDA5抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因为407个,GO功能富集分析主要富集于固有免疫应答( P<0.001)、病毒应答( P<0.001)和干扰素应答( P<0.001)等生物过程,KEGG通路富集分析主要富集于病毒感染相关通路( P<0.001)、视黄酸诱导基因Ⅰ(RIG-Ⅰ)样受体通路( P<0.001)和Toll样受体通路( P=0.002)等。抗MDA5抗体阳性组中特异性下调的259个差异基因,GO功能富集分析主要富集于免疫应答( P=0.006)、TGF-β受体信号通路( P=0.010)和自然杀伤细胞介导的免疫( P=0.015)等生物过程。抗Jo-1抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因有162个,GO功能富集分析主要富集于核小体组装( P<0.001)、细胞增长的负调控( P=0.001)、凋亡负调控( P=0.004)和黏膜固有免疫( P=0.012)等生物过程,KEGG通路富集分析主要富集于代谢相关信号通路( P<0.001)和免疫相关通路( P<0.001)等。②Real time-PCR证实与健康对照组相比RIG-Ⅰ样受体通路中的干扰素诱导的解旋酶C结构域1(IFIH1)( P=0.037)、干扰素刺激基因15( P<0.001)和DEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽58(DDX58)( P=0.032)以及人单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)( P<0.001)、人单核细胞趋化蛋白2(MCP-2)( P<0.001)和转录因子人碱性亮氨酸拉链转录因子激活蛋白1家族样转录因子2(BATF2)( P<0.001)、炎症信号通路相关的髓样分化因子88(MYD88)( P<0.001)在抗MDA5抗体阳性肌炎患者的PBMCs呈高表达。 结论:抗MDA5抗体阳性患者PBMCs基因表达谱特征提示其发病机制与固有免疫应答、病毒应答和干扰素应答等生物过程密切相关。
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编辑人员丨1周前
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亮氨酸拉链样转录调节因子1基因复合杂合变异致Noonan综合征家系的产前诊断及文献回顾
编辑人员丨1周前
目的:总结亮氨酸拉链样转录调节因子1(leucine zipper like transcription regulator 1, LZTR1)基因变异所致Noonan综合征(Noonan syndrome,NS)的临床特征及遗传学特点。 方法:回顾性分析2021年1月因超声提示胎儿颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚及有不良孕产史来南方医科大学南方医院产前诊断中心行介入性产前诊断,家系全外显子测序(whole exome sequencing,WES)确诊为NS的家系的临床资料。以“努南综合征” “Noonan综合征”“亮氨酸拉链样转录调节因子1”“Noonan syndrome”及“ LZTR1”为关键词,检索PubMed、Web of Science、中华医学期刊全文数据库、中国知网数据库及万方数据知识服务平台自2013年1月至2022年10月收录的文献。总结和分析国内外报道的 LZTR1基因变异所致NS病例的临床表现及遗传学特点。对数据资料采用描述性分析。 结果:(1)病例资料:该家系WES并经Sanger测序验证发现家系先证者(Ⅱ-2)及胎儿(Ⅱ-3)均存在 LZTR1基因c.842C>T及c.2248G>A复合杂合变异,分别来自于父母。结合出生后先证者存在NS典型的特殊面容及身材矮小表型,诊断胎儿及先证者为常染色体隐性遗传NS患儿。孕妇因胎儿全身严重水肿,于妊娠22周终止妊娠。先证者就诊时3岁,存在NS典型的颅面部特征及身材矮小,后于外院儿科进行定期随访,应用重组人生长激素改善身高。4岁上幼儿园,可与小朋友正常交流及游戏。(2)文献回顾:检索并纳入95例 LZTR1变异相关NS病例,合并本例胎儿及先证者共97例,涉及79种不同变异位点,呈常染色体隐性遗传43例(44.3%),常染色体显性遗传54例(55.7%)。变异类型以错义变异最常见,无义变异及移码变异多见于复合杂合变异病例中。疾病累及多个器官系统,主要表现为颅面颈部异常、骨骼畸形、先天性心脏病、身材矮小,可合并发育迟缓、学习困难及智力障碍等。描述产前表型的病例18例(18.6%),其中16例 LZTR1变异呈常染色体隐性遗传;超声发现NT增厚11例,颈部水囊瘤7例,胎儿心包、胸腔积液4例,胎儿严重水肿2例,心血管异常11例。 结论:LZTR1变异所致NS为常染色体显性或隐性遗传病,临床表型谱广,相同基因型患儿疾病严重程度不一。超声提示胎儿NT增厚、颈部淋巴水囊瘤、羊水过多、胎儿水肿及先天性心脏缺陷等非特异性表现时应考虑NS的可能。产前识别有助于评估预后,并帮助其家庭做出临床决策。
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编辑人员丨1周前
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乳腺癌超声征象与关键基因表达状态的相关性研究
编辑人员丨3周前
目的:探讨乳腺癌超声成像特征与关键基因表达状态的相关性.方法:在美国国家医学图书网PubMed数据库检索乳腺癌关键基因相关文献,汇总乳腺癌相关基因.利用基因与蛋白相互作用检索搜查工具(STRING)和Cytoscape软件对相关基因构建蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出关键基因,利用基于基因表达水平值的交互式分析平台(GEPIA)和Kaplan-Meier Plotter数据库对潜在关键基因进行表达验证和患者的预后分析.回顾性分析2022年9月至2023年9月于山西医科大学第一医院就诊的36例经手术病理证实为乳腺癌患者,采用转录组测序技术检测乳腺癌关键基因的表达,收集乳腺癌患者的超声声像图特征,分析其与关键基因的相关性.结果:从筛选的57个基因中共鉴定出排名前10的潜在的关键基因,分别为透明质酸介导的运动受体(HMMR)、苯并咪唑出芽抑制解除同源物(BUB1)有丝分裂检查点丝氨酸与苏氨酸激酶B(BUB1B)、纺锤体微管的装配因子(ASPM)、周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(BUB1)、驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)、TPX2微管成核因子(TPX2)、母体胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)、着丝粒蛋白F(CENPF)和拓扑异构酶2A(TOP2A).10个潜在的关键基因在乳腺癌样本中高表达且预后不良.最大径>2 cm乳腺癌患者关键基因TPX2水平高于病灶最大径≤2 cm的乳腺癌患者,有微小钙化乳腺癌患者关键基因MELK水平高于无微小钙化乳腺癌患者,差异均有统计学意义(Z=-2.483、-2.888,P<0.05).剪切波弹性成像参数弹性最大值(Emax)与关键基因BUB1、KIF2C、TPX2、CENPF、TOP2A的表达水平呈正相关(r=0.411、0.399、0.447、0.446、0.337,P<0.05).结论:乳腺癌超声特征可用于预测关键基因的表达状态,可为乳腺癌的早期诊断、治疗方案选择及预后评估等提供更多的依据.
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编辑人员丨3周前
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Bach1在氧化应激中的作用机制及其进展
编辑人员丨1个月前
转录因子BTB-CNC同源体1(Bach1)主要作为转录抑制因子在大多数哺乳动物组织中广泛表达,通过亮氨酸拉链与小Maf蛋白形成异质二聚体,再结合靶基因启动子中的Maf识别元件(Maf recognition elements,MAREs),从而抑制或激活基因转录.Bach1 作为重要的调节因子,可参与调控氧化应激、血管生成、肿瘤转移及细胞周期等关键环节.近年来,关于Bach1 在氧化应激中的作用机制的研究取得了新进展,本文拟综述Bach1 的结构功能,以及Bach1 通过各种调控因子和通路在氧化应激中的调控作用,为氧化应激损伤所引发日晒伤、免疫抑制、光老化、皮肤癌变等皮肤疾病治疗提供思路.
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编辑人员丨1个月前
