目的 构建人源R-spondin 2(roof plate-specific spondin 2,RSPO2)的真核表达载体,表达、纯化融合蛋白RSPO2-Fu-Fc,用3C蛋白酶切除Fc结构域后,检测RSPO2-Fu的生物学活性.方法 基于生物信息学方法分析人源RSPO2蛋白的理化性质和结构,筛选获得可在溶液中稳定存在的RSPO2截短蛋白RSPO2-Fu.将编码RSPO2-Fu蛋白的基因亚克隆至pCMV-Fc载体后,将质粒pCMV-RSPO2-Fu-Fc瞬时转染入HEK293F细胞中表达72 h,通过Protein A层析柱纯化融合蛋白RSPO2-Fu-Fc,用3C蛋白酶切去Fc结构域,分子筛进一步提纯获得RSPO2-Fu蛋白.最后,通过M50 Super 8 × TOPFlash检测RSPO2-Fu蛋白的生物学活性.结果 生物信息学分析结果显示,RSPO2全长有243个氨基酸,相对分子质量为28 300,等电点为9.42,为亲水性不稳定蛋白,RSPO2-Fu截短蛋白在溶液中的稳定性得到了极大提高;重组表达质粒pCMV-RSPO2-Fu-Fc经菌落PCR及测序证明构建正确;获得了纯度达95％的RSPO2-Fu蛋白;生物学活性检测结果显示,RSPO2-Fu的EC5.值为1.5× 10-12 mol/L.结论 对RSPO2蛋白适当截短后,可获得稳定表达的RSPO2-Fu蛋白,其对Wnt信号通路有明显激活作用,为Wnt信号通路中RSPO2相关生物学研究提供了更好的参考.

目的 通过生物信息学分析,寻找与银屑病发病密切相关的特征基因,并探寻中药复方对其作用机理.方法 利用中药系统药理学数据库(TCMSP)对健脾解毒汤的药物作用靶点进行研究.通过OMIM数据库、GeneCard数据库以及GEO数据库筛选银屑病的病理靶点;使用R包对基因进行功能注释;从NCBI GEO公共数据库下载银屑病数据集GSE13355的基因表达数据;通过Cytoscape建立"活性成分-靶点"网络;采用WGCNA方法,寻找协同表达的基因模块;利用WGCNA-R包构建数据集中基因的共表达网络;采用CIBER-SORT算法推断22种免疫浸润细胞的相对比例,并进行Pearson相关性分析;通过miRcode数据库获得关键基因相关的miRNA.统计分析采用R语言(version4.2.1)进行.结果 最终得到对应药物靶点共132个,将药物靶点与疾病靶点取交集,得43个交集靶点.GO和KEGG富集分析主要涉及cellular response to chemical stress、response to oxidative stress、gland development、HIF-1、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等信号通路.WGC-NA分析共检测到8个基因模块,其中black模块相关性绝对值最高,将black模块中筛选后得到的912个基因与43个交集靶点取交集,结果显示,ABCC1、BIRC5、PCNA这3个基因均有交集,关键基因与多种免疫细胞显著相关.对关键基因和铁死亡相关基因进行相关性分析,关键靶点的表达水平和铁死亡相关基因的表达水平显著相关.结论 ABCC1、BIRC5、PCNA、AIFM2、BECN1和GPX4在银屑病中具有重要的生物学功能,为今后的新药研发奠定基础.

海拔梯度作为一个重要的环境因素,对植物的分布、种类、生长速度和生理特征具有深远的影响.为探究大兴安岭北部不同海拔樟子松(Pinus sylvestris var.mongolica)树轮宽度对气候因子的响应差异,利用大兴安岭北部满归地区5个海拔樟子松的树芯样本,建立树轮宽度年表,并分析5个海拔樟子松树木径向生长特征与气候要素的相关关系,进而探讨了不同海拔间的树木生长气候响应异同及响应关系的稳定性.研究结果表明,与其他海拔相比,中高海拔(1150m)樟子松树轮宽度年表可能包含更多的气候信息.树轮宽度年表与气候因子的相关分析表明,高海拔(1200 m)樟子松对温度的响应并不明显,仅与上年10月和当年9月的气温呈显著正相关,中高海拔和中海拔(900 m)的樟子松分别对生长季4-9月和5-8月的温度表现出较好的显著正相关,中低海拔(800 m)和低海拔(700 m)的樟子松均受到了干旱胁迫的抑制,均与当年6月的降水量呈显著正相关,与4月和6月的温度呈显著负相关,与上年10月到当年9月的帕默尔干旱指数均呈极显著正相关.气温发生突变后,高海拔、中高海拔和中海拔樟子松的生长趋势显著上升,而中低海拔和低海拔樟子松的生长趋势下降.相关结果显示,当年5月的平均最低气温是高海拔、中高海拔和中海拔树轮宽度增加的主要原因.滑动相关分析结果显示,高海拔和低海拔的樟子松对气候因子的敏感性均减弱,中高海拔和中海拔樟子松对温度的敏感性增强,但中海拔樟子松对帕默尔干旱指数的敏感性减弱,中低海拔樟子松对降水和帕默尔干旱指数的敏感性均减弱.研究揭示了大兴安岭北部不同海拔樟子松树木年轮宽度与气候因子之间的复杂关系,并为评估大兴安岭樟子松对未来气候变化的适应能力提供了科学依据.

目的:利用生物信息学方法筛选外阴鳞状细胞癌(VSCC)的关键基因及分析免疫浸润特征.方法:从GEO数据库中下载VSCC相关基因表达数据,应用差异表达基因(DEGs)分析和加权基因共表达网络分析筛选出共同的DEGs,对DEGs进行富集分析.采用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并通过4种算法筛选出关键基因,进行关键基因GSEA分析.应用CIBERSORT分析VSCC相关免疫细胞浸润特征及关键基因与免疫细胞的相关性.结果:共筛选出182个DEGs,DO富集主要涉及生殖器官良性肿瘤、结缔组织癌等疾病;GO和KEGG富集结果主要与表皮发育、角质化包膜、氧化应激、免疫细胞迁移等有关;PPI网络中有65个节点,90条边,筛选出6个关键基因,S100A7、SPRR2B、SPRR2G、CASP14、CDSN、ESR1,共同富集到了细胞周期、蛋白酶体信号通路.免疫浸润分析结果显示,与对照组相比,VSCC组初始B细胞、静息CD4+T记忆细胞下调(均P＜0.05),记忆B细胞、调节性T细胞、活化的NK细胞、巨噬细胞M0型、静息肥大细胞、活化的肥大细胞、嗜酸性粒细胞、中性粒细胞上调(均P＜0.05).Spearman相关性分析显示,S100A 7、SPRR2G、CASP14、CDSN均与γδT细胞呈负相关(均P＜0.05),与巨噬细胞M0型呈正相关(均P＜0.05);ESR1与巨噬细胞M0型呈负相关(P＜0.05),与静息CD4+T记忆细胞呈正相关(P＜0.05);S100A7、CASP14 与静息 CD4+T 记忆细胞呈负相关(均 P＜0.05);SPRR2G、CDSN 与 CD8+T 细胞呈负相关(均 P＜0.05).结论:S100A7、SPRR2B、SPRR2G、CASP14、CDSN、ESR1可能是VSCC潜在的生物标志物,长期慢性炎症刺激导致表皮终末分化过程异常可能是VSCC发生、发展的关键因素.

目的 分析2006-2022年辽宁省大连市人间布鲁氏菌病(布病)疫情形势和发病特点及病例诊断延迟的影响因素,为针对性干预措施的实施提供依据.方法 从中国疾病预防控制中心传染病报告信息管理系统中获取2006-2022年大连市布病病例个案资料,对人间布病发病变化趋势、人群特征、空间分布及诊断报告情况进行描述性分析,采用logistic多因素回归分析诊断延迟的影响因素,采用ArcGIS 10.8软件进行空间自相关和聚类分析.结果 2006-2022年大连市人间布病发病整体呈逐年上升趋势,发病率平均每年上升25.89％.春夏季为发病高峰,男性高于女性(2.59:1),发病年龄集中在45～59岁年龄组(44.23％).病例地区分布范围逐渐扩大,2022年大连市87.26％的街道(乡镇)有病例报告.时空分布结果显示,高-高聚集地区始终集中在瓦房店市.诊断延迟率为60.68％,多因素分析结果显示,就诊医院类型[比值比(OR)=0.68,95％置信区间(CI):0.56～0.83,P＜0.05]和病例报告年份(OR=1.34,95％CI:1.11～1.62,P＜0.05)与诊断延迟有关.结论 辽宁省大连市人间布病发病率呈逐年快速上升趋势,诊断延迟率较高.应及时采取针对性干预措施,加强宣传教育,提升人群就诊意识和基层医务人员诊断水平,降低因延迟诊断导致的布病慢性化.

目的 通过机器学习建立并验证阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病机制中双硫死亡相关基因的表达模式和诊断性生物标志物.方法 从GEO数据库下载GSE33000作为训练数据集,提取双硫死亡相关基因进行分析.通过免疫浸润和GSVA富集分析,比较AD患者和健康对照之间的差异表达基因在不同免疫细胞中的表达情况及其生物学功能.利用共识聚类方法将AD患者分为两个亚组,并对AD组与健康对照组及AD分型亚组进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),将两个结果的交集基因作为AD特征基因.通过随机森林模型(RF)和支持向量机模型(SVM)、极限梯度提升算法(XGB)模型和广义线性模型(GLM)构建训练模型,筛选出最相关的5个基因作为诊断性标志物,并在GSE122063数据集中进行验证.结果 在文献中已证实的24个双硫死亡相关基因中,有22个基因在AD发病过程中显著差异表达.免疫浸润分析发现浆细胞、CD8+T细胞、单核细胞可能在双硫死亡调控AD中发挥重要作用.GSVA富集分析结果表明:对比于C1亚组,C2亚组中双硫死亡相关差异表达基因在亨廷顿病、帕金森病和阿尔茨海默病中上调.通过共识聚类方法将AD基因分为两个亚组(C1和C2),通过WGCNA识别显著模块并将结果取交集后获得63个AD特征性基因.训练模型结果显示,SVM模型的残差分布最低,ROC曲线下面积(AUC)值最高(0.946).SVM模型筛选的前5个AD特征基因为PARP10、MAP2K1、PTBP1、PAK1和NMS,并基于此建立AD诊断风险评估列线图.决策曲线和校正曲线分析结果显示该模型预测准确度良好.在GSE122063外部数据集中验证模型准确性,ROC结果显示AUC值为0.788,模型构建成功.结论 双硫死亡在AD的发生和诊断中起重要作用,未来可根据双硫死亡相关基因预测并筛选具有潜在治疗AD作用的药物.

目的:分析Eph受体A(Eph receptor A, EPHA)5突变预测肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICI)治疗预后的临床意义。方法:通过生物信息学分析癌症药物敏感性基因组学(genomics of drug sensitivity in cancer, GDSC)-LUAD数据集、癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)-LUAD数据集中可能与LUAD患者ICI应答相关的突变基因。选择2020年1月至2021年1月我院接受帕博利珠单抗治疗的96例LUAD患者，收集患者的石蜡包埋组织肿瘤标本和匹配的血液样本，采用二代基因测序。根据检测结果分为EPHA5-WT亚组66例和EPHA5-MT亚组30例。记录患者的客观缓解率(objective response rate, ORR)、疾病控制率(disease control rate, DCR)及无进展生存期(progression-free survival, PFS)。结果:生物信息学分析显示，EPHA5-MT的LUAD患者可从ICI治疗中获益。临床队列分析结果显示，EPHA5-MT亚组LUAD的肿瘤突变负荷值27.34(19.98，53.24)mut/Mb高于EPHA5-WT亚组13.70(10.77，17.75)mut/Mb(P<0.001)。EPHA5-WT亚组ORR 22.73%低于EPHA5-MT亚组33.33%(P>0.05)，EPHA5-MT亚组的DCR 86.67%高于EPHA5-WT亚组62.12%(P<0.05)。EPHA5-WT亚组疾病进展36例(54.55%)，其中死亡11例。高于EPHA5-MT亚组8例(26.67%)，其中死亡4例。单因素及多因素COX回归分析显示，EPHA5-WT相较于EPHA5-MT是LUAD患者ICI治疗后发生疾病进展的危险因素。绘制Kaplan-Meier生存曲线显示，EPHA5-MT组LUAD患者PFS 14.53[5.71～26.23]个月长于EPHA5-WT组7.89(0.59～30.67)个月(P<0.005)。结论:EPHA5-MT是影响LUAD ICI治疗预后的生物标志物。

目的:分析2022-2023年学校肺结核登记病例及接触者筛查结果的时空分布差异及流行趋势,识别贵州省学校结核病防控的重点时间和地区,为制定和优化贵州省学校肺结核防控工作策略提供科学依据.方法:采用"中国疾病预防控制信息系统"子系统"结核病信息管理系统"收集2022-2023年贵州省学校肺结核患者报告数据,采用"贵州省疾病预防控制云平台——学校结核病管理系统"收集2022-2023年学校肺结核接触者筛查数据,采用描述性流行病学方法对学校肺结核患者、肺结核接触者检出病例的流行特征进行分析,采用Joinpoint软件分析肺结核患者月平均登记发病率(接触者筛查患者检出率)的变化趋势,采用ArcGIS 10.6软件进行全局和局部空间自相关分析,采用SaTScan 9.7软件进行时空扫描分析.结果:2022-2023年贵州省共计报告6310例学校肺结核患者,年平均登记发病率为29.82/10万(6310/21 161 926),病原学阳性率为44.83％(2829/6130);筛查学校肺结核接触者255 801名,检出肺结核接触者病例288例,接触者病例检出率为0.11％.Joinpoint回归模型分析结果显示,肺结核登记病例的月平均登记发病率总体上升(AAPC=0.60％,95％CI:-8.50％～10.60％,P=0.906),肺结核接触者中检出病例的月平均检出率总体呈现下降趋势(AAPC=-17.45％,95％CI:-31.43％～-0.62％,P=0.043).局部空间自相关分析显示,肺结核登记病例中共有8个县(区)处于"高-高聚集区",分布于毕节市的七星关区、大方县、黔西市、赫章县、织金县、纳雍县,六盘水市的钟山区、水城区.接触者检出病例中共有2个县(区)处于"高-高聚集区",分布于毕节市的七星关区、六盘水市的钟山区.时空扫描分析显示,肺结核登记病例以大方县为中心,共涉及4个县(区)(RR=1.63,LLR=62.76,P＜0.001);接触者检出病例以西秀区为中心,共涉及16个县(区)(RR=6.65,LLR=9.74,P＜0.001).结论:贵州省学校肺结核登记发病率较高,学校肺结核疫情"高-高"聚集地区主要位于毕节市,年初肺结核接触者筛查检出的肺结核患者较多.

目的:分析心力衰竭(HF)与抑郁的相关因素,基于临床特征建立预测抑郁情绪模型并进行验证.方法:随机抽取2020年1月至2022年12月在天津市第四中心医院就诊的399例HF患者作为研究对象.入院时收集患者的基线信息.使用医院焦虑和抑郁量表(HADS)评估并定义抑郁症状.研究队列按照随机数字表法随机分为训练集和验证集,比例为7∶3.利用Logistic回归模型探索与抑郁相关的因素.构建一个列线图来发展预测模型.应用校准曲线评估列线图模型的准确性.通过受试者工作特征(ROC)曲线和决策曲线分析评估预测性能.结果:共140例HF患者(35.09％)出现抑郁症状.多变量Logistic回归分析发现,年龄(OR=0.937,95％CI:0.911～0.964)、婚姻状况(OR=2.466,95％CI:1.099～5.536)、水肿(OR=1.866,95％CI:1.043～3.337)、体力活动水平(OR=1.942,95％CI:1.200～3.143)、生活质量(OR=1.026,95％CI:1.013～1.040)是HF患者抑郁的预测因子.利用以上因素构建的列线图模型显示出良好的一致性和准确性.预测模型和内部验证组的曲线下面积(AUC)分别为0.814(95％CI:0.763～0.864)和 0.915(95％CI:0.866～0.964).Hosmer-Lemeshow 检验的 P值分别为 0.212 和 0.486(均大于 0.05).结论:年龄、婚姻状况、水肿、体力活动水平、生活质量是HF患者抑郁的预测因子.本抑郁风险预测模型在HF患者中显示出良好的预测性能.

目的:探讨lncRNA相关内源竞争RN A(ceRNA)网络在早发性卵巢功能不全中的作用机制.方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中筛选出两个早发性卵巢功能不全患者的数据集,使用R语言"limma"包筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA.使用Starbase数据库预测与差异lncRNA相互作用的miRNAs,使用TargetScan和miRDB数据库预测与差异miRNAs相互作用的mRNAs,预测的mRNAs与差异mRNAs取交集.根据RNA之间的相互作用关系,建立早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.使用Metascape在线工具对ceRNA调控网络中的mRNA进行GO和KEGG功能分析,通过String数据库建立蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytohubba插件识别PPI网络中的hub基因并构建lncRNA-miRNA-hub基因网络.结果:从早发性卵巢功能不全患者与正常对照组中筛选了 116个差异lncRNAs,22个差异miRNAs和282个差异mRNAs.通过116个差异lncRNAs,利用数据库预测到了 13个差异lncRNAs,7个差异miRNAs和54个差异mR-NAs的相互作用,构建了早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.GO和KEGG富集分析结果显示,调控网络中的mRNA参与早发性卵巢功能不全的生物学过程,包括凋亡信号通路、mRNA的代谢过程和cAMP信号通路.通过PPI 网络筛选了 8 个 hub 基因(EIF4ENIF1、SENP1、RBM5、DYNLL2、AGO2、SRSF1、CAPZB、SRSF10),构建了一个 lncRNA-miR-NA-hub基因网络.结论:12个lncRNA通过参与SRSF1等hub基因的表达,调控影响早发性卵巢功能不全的发生、发展.