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羊传染性脓疱病毒溶瘤作用的前景与展望
编辑人员丨6天前
羊传染性脓疱病毒(orf virus,ORFV)是一种嗜上皮性病毒。近年来,随着对ORFV生物学特性、致病机制、抗肿瘤作用的深入研究,研究者发现ORFV是一个前景广阔的新型溶瘤候选病毒。优势包括:基因组较大,允许多个外源基因的整合;受感染者中缺乏抗体,避免了溶瘤病毒的传递障碍-血清中的中和抗体;致病性低,病变部位往往呈现局部、自限性的特点;对宿主具有强大的免疫调节功能;对多种肿瘤细胞的生长具有抑制作用;抗肿瘤的机制依赖于固有免疫细胞,适用于一般免疫缺陷的患者等。
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编辑人员丨6天前
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转录因子TBX20与先天性心脏病发病机制研究进展
编辑人员丨6天前
TBX20是T-box转录因子家族的一员,在心脏发育过程中发挥重要作用,在帮助维持成年人正常心功能方面也有一定作用。TBX20在心脏发育过程中既可作为转录激活因子也可作为转录抑制因子,并表现出复杂的时空调控作用。TBX20是先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)的重要候选转录因子,其突变或表达改变都会导致CHD的发生。该文综述了TBX20在心脏发育中参与的信号通路、TBX20与其他心脏转录因子的相互作用等TBX20在心脏发育领域的最新研究进展。
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编辑人员丨6天前
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近亲婚配所致D双功能蛋白缺乏症患儿1例的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:分析1例由近亲婚配所致D双功能蛋白缺乏症(DBPD)患儿的遗传学病因。方法:选取2022年1月6日因"肌张力低、全面发育落后"就诊于海南医学院第一附属医院的1例DBPD患儿作为研究对象,并收集其临床资料及其家系调查资料。提取患儿及父母、姐姐的外周血样,提取基因组DNA,应用全外显子组测序对患儿进行基因变异检测,对候选变异进行Sanger测序家系验证。应用生物信息软件预测变异位点的致病性,诊断患儿所患疾病。结果:患儿为2岁9个月女性,临床表现为肌张力低下、发育迟缓、抬头不稳,感音神经性耳聋。血清长链脂肪酸增高,听性脑干诱发电位双侧耳90 dBnHL刺激均未能引出V波,头颅MRI提示胼胝体变薄,白质发育不良,患儿父母系近亲婚配,其长女表型正常,无D双功能蛋白缺乏症相关临床症状,其儿子出生当天频繁惊厥、肌张力低及喂养困难,生后1个半月夭折。基因测序结果显示患儿 HSD17B4基因存在c.483G>T(p.Gln161His)纯合变异,父母、姐姐均携带 HSD17B4基因c.483G>T(p.Gln161His)者。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级相关指南,c.483G>T(p.Gln161His)变异评级为致病性变异(PM1+PM2_Supporting+PP1+PP3+PP4)。 结论:父母近亲婚配导致患儿 HSD17B4基因携带c.483G>T(p.Gln161His)纯合变异,考虑为是患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨6天前
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Hunter综合征家系的临床表型、遗传学特征及永生化细胞系的构建
编辑人员丨6天前
目的:探讨1个Hunter综合征家系的临床表型和遗传学特征,并为其构建永生化类淋巴母细胞系。方法:选取2022年7月就诊于西安市儿童医院的1例Hunter综合征患儿及其家系成员(2代共6人)作为研究对象。回顾性分析患儿的临床资料,对其进行家系全外显子组测序,对候选变异进行Sanger测序家系验证,并进行生物信息软件分析。通过EB病毒转染构建患儿及其父母的外周血B淋巴细胞永生化细胞系并进行酶活性分析。结果:患儿为5岁7月龄男性,表现为手足关节不能伸直、四肢关节大,3月龄出现疝气、舟状头、桶状胸等。患儿的舅舅表现为四肢关节不能伸直、听力差、失明、右侧腹股沟斜疝等。基因检测显示患儿及其舅舅均携带 IDS基因(NM_000202.8)c.823G>A(p.D275N)变异。生物信息学分析表明,D275是一个具有高度保守性的位点,D275N变异可能会影响蛋白质空间构象的稳定性,从而降低酶的催化活性。患儿及其父母的永生化类淋巴母细胞系在构建过程中细胞体积增大、呈不规则形状,周围存在毛刺状结构和聚团生长。患儿永生化类淋巴母细胞的IDS酶活值低于检测限。根据美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)相关指南, IDS: c.823G>A(p.D275N)被评级为可能致病变异(PS3+PM2_Supporting+PM5+PP1+PP3)。 结论:IDS:c.823G>A考虑为该Hunter综合征患儿手足关节不能伸直、四肢关节大的遗传学病因。永生化细胞系的构建为进一步研究上述变异对IDS功能的影响提供了细胞模型。
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编辑人员丨6天前
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基于生物信息学筛选结直肠癌关键长链非编码RNA及LINC00174的作用机制
编辑人员丨6天前
目的:应用生物信息学技术筛选结直肠癌(CRC)关键长链非编码RNA(lncRNA),并对筛选出的LINC00174在CRC中的作用机制进行初步分析。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中638例CRC和51例癌旁组织的RNA数据分析,应用Wilcoxon检验识别筛选差异表达明显的RNA;Pearson相关性检验确定lncRNA-mRNA关系对;在Starbase v3.0数据库中确定与lncRNA-mRNA关系对中RNA分子存在互作关系的微小RNA(miRNA,miR)。对TCGA数据库中CRC临床数据使用R软件包的"survival"和"survminer"方法进行生存分析,探讨lncRNA-mRNA关系对预测预后的价值。用STRING数据库及metascape平台对mRNA编码蛋白(ZNF692)的功能进行分析。收集40例新鲜的CRC及癌旁组织,应用荧光实时定量PCR(qRT-PCR)对筛选出的RNA检测,验证生物信息学结果。符合正态分布的计量资料采用均数±标准差( ± s)表示,各指标间关系采用 t检验及Person相关分析。 结果:与癌旁组织比较,CRC组织中上调的LncRNA为820,下调的为951;上调的mRNA为1 628,下调为3127。分析后确定2775对候选lncRNA-mRNA,其中501对与患者生存有关。进一步通过功能分析发现LINC00174-ZNF692对可能在CRC进展中有重要作用。结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC组织中表达水平(14.52±0.97、17.12±0.72)高于癌旁组织(13.50±0.60、15.53±0.44, W=26 747、31 438, P<0.01);LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.58, P<0.01)。生存分析结果显示,LINC00174-ZNF692对高表达是CRC患者预后差的标志( χ2=5.52, P<0.05),其风险比( HR)为1.51(1.05~2.20)( P<0.05)。对Starbase v3.0数据库分析显示,ZNF692通过海绵吸附miR-200b-3p与LINC00174形成内源性竞争RNA(ceRNA)机制发挥作用。富集分析显示,ZNF692蛋白在泛素介导的蛋白降解、mRNA监控、核苷酸切除修复等过程。组织验证结果显示,LINC00174、ZNF692在CRC水平(2.65±1.23、1.19±0.33)明显高于癌旁组织(0.83±0.39、0.42±0.17, t=8.92、13.12, P<0.01);miR-200b-3p在CRC水平(0.35±0.13)明显低于癌旁组织(0.82±0.22, t=-11.63, P<0.01)。Pearson分析显示,CRC组织中LINC00174与ZNF692呈正相关( r=0.81, P<0.01);LINC00174与miR-200b-3p、ZNF692与miR-200b-3p均呈负相关( r=-0.75、-0.53, P<0.01)。 结论:LINC00174可能通过海绵吸附机制调控miR-200b-3p/ZNF692轴在CRC进展中发挥重要作用。
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编辑人员丨6天前
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痉挛性截瘫30型一个家系的 KIF1A基因变异分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例遗传性痉挛性截瘫30型(HSP30)家系的遗传学病因。方法:以2021年8月就诊于山西医科大学第二医院的1例先证者以及家系成员为研究对象,对其进行全外显子组测序,并对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:先证者携带 KIF1A基因第3外显子c.110T>C(p.I37T)杂合变异,造成第37位的异亮氨酸替换为苏氨酸,可能影响其蛋白质产物的功能。先证者的父母、哥哥和姐姐均未携带相同的变异,提示其为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南,判断该变异为可能致病性变异(PM2_Supporting+PP3+PS2)。 结论:KIF1A基因c.110T>C变异可能是该先证者的遗传学病因。
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编辑人员丨6天前
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亚微型及复发性染色体拷贝数变异在复发性流产中的作用
编辑人员丨6天前
目的:探讨复发性流产(recurrent spontaneous abortion,RSA)相关的关键的染色体拷贝数变异(copy number variation,CNV)区域、候选基因及信号通路。方法:基于2016年1月至2022年9月期间于郑州大学第三附属医院检验医学科采用高通量测序技术进行流产组织CNV分析的1 870例RSA患者病例资料进行回顾性队列研究。根据孕妇流产年龄和孕周对病例进行分组,采用χ 2检验或 Fisher 精确概率法分析染色体异常及CNV分布情况。通过基因富集分析鉴定RSA相关CNV内基因功能、信号通路。 结果:1 870例样本检出染色体异常1 001例(53.53%),其中93例(9.29%)检出140种CNVs,亚微型CNVs(<10 Mb)34种,片段≥10 Mb CNVs 106种。在孕早期RSA(≤12周)样本中检测到具有统计学差异的亚微型致病性CNVs涉及1p36.33p36.23、2q37.3、4p16.3、22q11.21(χ 2=6.99, P=0.008),此外,16p11.2、Xp11.23p11.22微缺失首次在流产病例中报道。显著复发的大型CNVs主要涉及18q22q23、4p16p15、9p24p22、8p23p22、Xp22.3区域,所包含流产候选基因主要集中在PI3K-Akt及JAK-STAT信号通路。 结论:罕见亚微型CNVs和复发性大型CNVs与孕早期RSA相关,GO和KEGG数据库分析发现了潜在的流产候选基因及信号通路,为RSA的遗传学病因提供了新信息。
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编辑人员丨6天前
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基于脂代谢相关基因预测局部晚期直肠癌新辅助放化疗疗效
编辑人员丨6天前
目的:探讨基于脂代谢相关基因(LMRG)预测局部晚期直肠癌(LARC)新辅助放化疗疗效的价值。方法:于基因表达数据库获得接受新辅助放化疗的LARC的全基因组表达数据GSE46862,进行差异表达分析以获得差异表达基因。于分子标签数据库(MSigDB数据库)搜集LMRG并与差异表达基因取交集获得差异表达的LMRG。基于最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归、支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)、随机森林(RF)三种机器学习算法筛选获得候选LMRG。采用基因本体论(GO)与京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析进行功能富集分析以获得潜在的功能与作用通路。采用受试者操作特征(ROC)曲线分析评估候选LMRG预测LARC新辅助放化疗疗效的准确性。结果:共筛选出8个候选LMRG( ALOX5AP、 FADS2、 GALC、 PLA2G12A、 AGPAT1、 AACS、 DGKG、 ACSBG2),这些LMRG主要涉及脂质代谢相关生物进程,并参与调控多个重要的脂质代谢相关信号通路。此外,这8个候选LMRG拥有较高的预测LARC新辅助放化疗疗效的曲线下面积(AUC)值。 结论:基于3种机器学习算法鉴定出的8个LMRG拥有较高的预测LARC新辅助放化疗疗效的准确性,可为寻找LARC术前新辅助放化疗疗效评估的分子标志物及潜在的治疗靶点提供线索。
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编辑人员丨6天前
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限制型心肌病合并苯丙酮尿症患儿1例的遗传学分析及文献回顾
编辑人员丨6天前
目的:分析1例罕见的儿童限制型心肌病合并苯丙酮尿症(PKU)患儿的临床及基因变异,通过文献回顾总结儿童限制型心肌病的临床特点及遗传学分析。方法:选取2020年6月因"双眼睑及双下肢水肿1年,加重1月余"就诊于郑州大学附属儿童医院的1例限制型心肌病合并PKU患儿作为研究对象,并收集其临床相关资料。采集患儿及父母外周血样,进行全外显子组测序(WES)确定候选位点,Sanger测序进行验证确定变异位点,生物信息学软件分析变异致病性。以"儿童期发病"" TNNI3基因""限制型心肌病"为关键词,在万方数据知识服务平台、中国期刊全文数据库中设定检索年限为建库至2022年8月检索中文文献。并以"childhood"" TNNI3 gene""restrictive cardiomyopathy"为关键词在生物医学文献数据库(PubMed)中设定检索年限为建库至2022年8月搜索外文文献,总结其临床表现和 TNNI3基因变异特点。 结果:患儿为2岁4月龄男性,智力正常,运动、体格发育落后,未见特殊面容,头发和皮肤色泽未见明显异常,双眼睑及下肢浮肿。WES及Sanger测序结果提示患儿 PAH基因存在父源的c.331C>T(p.R111X)和母源的c.940C>A(p.P341T)复合杂合变异。同时患儿 TNNI3基因存在新发杂合变异c.508C>T(p.R170W),父亲和母亲未见该变异。依据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级相关指南, TNNI3:c.508C>T(p.R170W)评级为致病性变异(PS2+PS4+PM2_Supporting+PM5), PAH:c.331C>T(p.R111X)评级为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM3+PP4),c.940C>A(p.P341T)评级为可能致病性变异(PM2_Supporting +PM3+PM5+PP4)。按检索限定共检索到 TNNI3基因变异所致儿童期发病的限制型心肌病30例,男女比例约1:1.55,表现为心力衰竭、窦性心律、双心房增大、ST-T波改变、心室限制型充盈、心室舒张功能下降等。30例共发现 TNNI3基因16种不同变异位点,其中c.575G>A最常见,均符合常染色体显性遗传方式。 结论:苯丙氨酸羟化酶缺乏症与限制性心肌病均为罕见病,临床表现复杂。基因检测技术发现该患儿存在 PAH:c.331C>T(p.R111X)/c.940C>A(p.P341T)复合杂合变异及 TNNI3:c.508C>T(p.R170W)变异,考虑是共患限制型心肌病及PKU的原因。
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编辑人员丨6天前
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MNX1基因突变在Currarino综合征中的研究现状与进展
编辑人员丨6天前
Currarino综合征是一种罕见的先天畸形,以骶骨、肛门直肠畸形与骶前肿物为典型表现,可伴多系统异常。根据患儿和成年患者的临床表型差异可分为完全型、轻型和微型。MNX1基因与Currarino综合征的发生密切相关。本文通过文献回顾,收集并分析145种MNX1致病变异携带者(297例)的临床表型及基因型信息,分析其临床特点及基因型-表型关联性。结果表明,Currarino综合征分型与突变位点的位置之间无明显关联,但累及MNX1基因的染色体变异携带者往往表型更重。突变位点的分布在MNX1基因的同源异形盒编码区内较为集中,这可能影响MNX1编码蛋白与特定下游靶基因的结合。罕见的MNX1纯合突变提示应关注Currarino综合征患儿的胰岛细胞功能。同一家系内携带相同MNX1突变的不同个体间表型差异大,提示存在其他调节因子。未来应在与MNX1存在显著相互作用蛋白的编码基因中继续寻找其他候选基因,重点关注参与胰腺、感觉器官发生、生殖结构发育等生物学过程的相关基因。
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编辑人员丨6天前
