口腔鳞状细胞癌是一种常见口腔恶性肿瘤,易转移、复发和产生耐药性.单细胞测序及在此基础上发展而来的空间转录组技术可以获取单个细胞水平的转录组信息,能更加深入地研究细胞种群、功能、变化和通讯.本文从细胞分型、肿瘤微环境、肿瘤侵袭和转移、治疗靶点与预后标志、免疫治疗、肿瘤内微生物等方面对单细胞测序技术在口腔鳞状细胞癌研究中的应用进行归纳总结,并探讨当前研究的不足与未来改进方向.

目的:评价PCR荧光探针技术检测痰液样本中结核分枝杆菌复合群(Mycobacteriumtuberculosis complex,MTBC)和利福平耐药性效果,为进一步开展"结核分枝杆菌复合群及利福平耐药核酸检测试剂盒"多中心临床试验提供可行性研究数据.方法:采用前瞻性研究方法,参照入组标准收集2021年12月至2022年8月上海市3家结核病定点医院肺科门诊就诊的205例初诊疑似肺结核患者的3份痰液样本(即时痰、夜间痰、晨痰),分别进行痰涂片、BACTEC MGIT 960(MGIT 960)、GeneXpert MTB/RIF(Xpert)和 PCR 荧光探针法检测,评价 PCR 荧光探针法对痰液样本中MTBC及利福平耐药性的检测效能.另对随机选取同期上海市疾病预防控制中心结核病实验室菌株库中保存的96株MTBC临床菌株(包括利福平表型耐药菌株47株和利福平表型敏感菌株49株)分别进行PCR荧光探针法和Xpert检测利福平耐药性,分析两种检测方法对利福平耐药相关基因突变的检出情况.结果:205例疑似肺结核患者中,PCR荧光探针法对MTBC的检出率为22.44％(46/205),与MGIT 960[21.95％(45/205)]、Xpert[20.98％(43/205)]和痰涂片[16.10％(33/205)]的差异均无统计学意义(x2=0.014,P=0.904;x2=0.129,P=0.719;x2=2.650,P=0.104).以临床诊断为参照标准,PCR 荧光探针法、Xpert、MGIT 960 和痰涂片检测 MTBC 的敏感度(95％CI)分别为 48.10％(36.93％～59.56％)、48.10％(36.93％～59.56％)、50.63％(39.23％～61.97％)和 40.51％(29.79％～52.15％),特异度(95％CI)分别为 93.65％(87.47％～97.12％)、96.03％(90.52％～98.53％)、96.03％(90.52％～98.53％)和 99.21％(95.01％～99.96％),一致率分别为76.10％(156/205)、77.56％(159/205)、78.54％(161/205)和 76.59％(157/205),Kappa 值分别为 0.453、0.482、0.507和0.446.PCR荧光探针法检测痰液样本中MTBC的涂阴和极低级别阳性样本的检出率[10.73％(19/177)]与Xpert检测结果[8.47％(15/177)]的差异无统计学意义(x2=0.793,P=0.373).PCR荧光探针法在检出MTBC的46份样本中同时检出6份样本发生利福平耐药基因突变,突变率为13.04％(6/46);而Xpert在检出MTBC的43份样本中仅同时检出1份样本发生利福平耐药基因突变,突变率为2.33％(1/43).在96株临床菌株中,两种分子检测方法均检测到56株菌株发生利福平耐药基因突变,除2株探针突变类型不一致外,其他探针突变类型均一致,且多发生在probe E(529～533)和FAM通道(531/533突变).结论:以临床诊断为参照标准,PCR荧光探针法检测MTBC的效能与MGIT 960、Xpert和痰涂片基本相当,且与Xpert检测MTBC临床菌株的利福平耐药性效果一致,认为PCR荧光探针法不仅是一种等同于Xpert检测功能的新技术,还具有操作简单、价格低于Xpert、真正实现一体化和全封闭等优势.建议在临床推广过程中进一步优化PCR荧光探针法以提高MTBC检出率,并开展多中心临床试验验证研究.

脓毒血症(sepsis)是由于机体特别是肺感染的不协调反应引起的一种危及生命的器官脏器功能障碍，重症监护病房最常见的危重症，其因高发生率及病死率备受关注[1]。早诊断、早治疗可以减少病死率。目前关于脓毒血症在临床上主要面临着早期诊断缺乏快速准确生物标志物、治疗时抗生素使用与停止时机难把控、预后指标指示性较差等主要问题。降钙素原(procalcitonin, PCT)的出现解决了这些的困难。生理情况下PCT主要由甲状腺的C-细胞合成，在肝、脾、肺、肾等器官也有少量分泌，并在PCT进入全身循环之前转化为降钙素。PCT作为传统的炎症标记物，应用在脓毒血症的诊断中准确有效，经济简便，同时在指导抗生素的使用及评估预后等方面也有重要作用。目前脓毒血症的指南共识中PCT是唯一推荐在脓毒血症中大量使用的生物标志物。引起脓毒血症的病原学微生物主要包括细菌、病毒、真菌等，其中以细菌性感染为主，由于不能准确识别感染源，无法准确选用合适的抗生素类型[2]。Le Moullec等1984年首次提出PCT是降钙素116个氨基酸残基，正常情况下由甲状腺合成并释放进入血液，在正常人群血清及病毒感染层面处于较低水平(<0.05 ng/ml)，脓毒血症患者由于感染较为严重，PCT水平较高；对脓毒症患者进行抗菌治疗后，PCT的水平会明显下降，提示PCT在脓毒血症患者中具有重要作用。本文对PCT在细菌性脓毒血症的诊断、治疗及预后等方面的进展进行综述[3,4]。

土壤消毒是一种防治土传病害的有效措施.化学熏蒸和生物熏蒸是目前常用的土壤消毒技术.然而,关于化学熏蒸和生物熏蒸对土壤微生物群落影响异同性的研究仍鲜有报道.研究以未熏蒸土壤为对照,向土壤中添加0.1％、0.2％和0.5％(质量分数)芥菜籽粕和0.1％(质量分数)威百亩,探究芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸下土壤微生物群落的变化及二者之间的差异.结果表明:芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸对土壤微生物群落的影响具有相似性也有差异性.芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸会显著改变土壤细菌及真菌群落结构(P＜0.01),熏蒸材料的种类和用量而不是熏蒸时间对土壤细菌和真菌群落结构产生了显著影响(P＜0.01).在杀灭有害微生物方面,0.5％芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸能够降低土壤中镰刀菌属(Fusarium)的相对丰度.在富集有益微生物方面,芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸能够富集土壤中芽孢杆菌属(Bacillus)和马杜拉放线菌属(Actinomadura),其中0.5％芥菜籽粕熏蒸能够富集藤黄色单胞菌属(Luteimonas)和野野村氏菌属(Nonomuraea),威百亩熏蒸能够富集小单胞菌属(Micromonospora)和青霉菌属(Peniclillium).在微生物功能方面,0.5％芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸增强了土壤细菌化能异养和需氧化能异养功能,减弱了土壤真菌病害相关功能,0.5％芥菜籽粕熏蒸还增强了土壤细菌硝酸盐还原和碳氢化合物降解功能.综上,芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸能够通过富集芽孢杆菌属和马杜拉放线菌属等有益微生物和消减镰刀菌属有害微生物来调控土壤微生物群落,使土壤具有预防土传真菌病害和促进作物生长的潜力.

目的 探讨阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)患者肠道菌群改变及其与认知功能损伤相关性.方法 根据临床痴呆评定量表(CDR),将35例AD患者分为轻中度组(n=15)和重度组(n=20),收集两组患者的粪便样本,对粪便标本进行16S rRNA高通量测序分析粪便中微生物群的组成和肠道菌群β多样性.采用调查问卷及量表调查AD患者的一般情况、抑郁状态及认知损伤程度.通过血液检测AD患者白细胞、甘油三酯、胆固醇、高密度脂蛋白(HDL)、低密度脂蛋白(LDL)、载脂蛋白A(ApoA)、载脂蛋白B(ApoB)、载脂蛋白E(ApoE)、脂蛋白a(Lpa)、血糖(Glu)、糖化血红蛋白(HbA1c),采用R软件进行粪便菌群与上述指标的相关性分析.结果 AD重度组简易精神状态检查量表(MMSE)、重复性成套神经心理状态测验(RBANS)分值均低于AD轻中度组(P＜0.01).肠道菌群β多样性分析结果提示两组间菌群多样性差异有统计学意义(P＜0.05).重度组和轻中度组肠道菌门相对丰度及属相对丰度差异都有统计学意义(P＜0.05).AD患者大肠杆菌、志贺菌与Lpa呈正相关(P＜0.01),与LDL呈负相关(P＜0.05);双歧杆菌与RBANS、高脂血症呈正相关(P＜0.05),与Lpa呈负相关(P＜0.01);克雷伯杆菌与病程、CDR呈正相关(P＜0.01);阿克曼菌与HLP呈负相关(P＜0.05);肠球菌与CDR呈正相关(P＜0.05);乳酸杆菌与年龄呈正相关(P＜0.05);粪杆菌与CDR、病程、年龄和MMSE负相关(P＜0.05).结论 AD患者伴随肠道菌群的改变,AD患者认知功能的损伤及其严重程度与肠道菌群多样性和相对丰度有关.

植物功能性状是植物为适应外界环境而表现出的个体特征和属性,影响植物的存活、生长与繁殖,并且对土壤功能也产生影响.本文通过汇总已有研究,进行了如下总结:1)分析了植物功能性状的分类及其与土壤肥力的关系;2)明确了植物功能性状对土壤有机质积累的影响,以及影响方向和强度受土壤氮磷循环与碳饱和状态的作用.此外,从植物功能性状与土壤有机质组分和稳定性的关系方面探讨了植物功能性状对土壤有机质长期积累存留的影响;3)探讨了森林生态系统植物功能性状影响土壤有机质的凋落物和微生物作用机制.在此基础上,提出未来植物功能性状与土壤有机质研究重点,包括:通过先进的技术和方法,明确植物功能性状与土壤有机质积累的植物-微生物互作过程和机理,阐明全球变化背景下植物功能性状对土壤有机质积累影响的生态过程和机理.

[目的]探讨双歧杆菌四联活菌片联合抗生素对重症肺炎(SP)患儿的肺部超声评分(LUS)、肠道菌群及炎症因子水平的影响.[方法]选取2021年1月至2023年8月本院收治的102例SP患儿,依据随机数字表法分为对照组(常规对症治疗及抗生素治疗)和观察组(在对照组的基础上联合双歧杆菌四联活菌片),每组51例.比较两组临床疗效及治疗前后肺功能指标[第1秒用力呼气容积(FEV1)、肺活量(VC)、LUS]、肠道菌群(大肠杆菌、双歧杆菌、肠球菌、乳酸杆菌)、炎症因子[白细胞介素(IL-10)、C反应蛋白(CRP)、可溶性细胞间黏附分子1(sICAM-1)、肿瘤坏死因子(TNF-α)]水平.[结果]观察组总有效率高于对照组,差异有统计学意义(P＜0.05).治疗后,两组FEV1及VC高于治疗前,两组LUS低于治疗前,且观察组与对照组比较,差异有统计学意义(P＜0.05);两组双歧杆菌、乳酸杆菌水平高于治疗前,肠球菌及大肠杆菌低于治疗前,且观察组与对照组比较,差异有统计学意义(P＜0.05);两组血清IL-10水平高于治疗前,CRP、sICAM-1、TNF-α水平低于治疗前,且观察组与对照组比较,差异有统计学意义(P＜0.05).[结论]双歧杆菌四联活菌片联合抗生素治疗SP患儿临床疗效较好,可抑制炎症反应,改善患儿肺功能.

本研究旨在阐明烟草甲Lasioderma serricorne Defensin(LsDef1 和LsDef2)基因在响应细菌侵染过程中的功能.利用生物信息学分析了 LsDef1 和 LsDef2 编码蛋白的结构、特征和系统进化关系.采用实时荧光定量 PCR(RT-qPCR)技术检测LsDef1 和LsDef2 在烟草甲不同发育阶段(卵、1龄幼虫、2龄幼虫、3龄幼虫、4龄幼虫、蛹、成虫)、4 龄幼虫不同组织(脂肪体、表皮、中肠、血细胞和马氏管)、病原微生物诱导情况、细菌及细菌细胞壁成分胁迫后的表达模式.序列比对发现烟草甲LsDef1 和LsDef2 具有典型的6个半胱氨酸,形成3对二硫键,属于β防御素.RT-qPCR显示LsDef1 和LsDef2 基因在烟草甲不同发育阶段均有表达,在幼虫 4 龄处于高水平表达;主要表达组织为脂肪体(Fat body)和血细胞(Hemocyte),其次为表皮和中肠,而在马氏管的表达水平最低.外来病原物诱导后,LsDef1 和LsDef2 基因表达量显著增加,对金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus诱导最为敏感,进一步得细菌和细菌细胞壁成分诱导表达模式显示金黄色葡萄球菌诱导高峰期出现在诱导后 6 h;PGN-SA 诱导表达高峰期为3 h.烟草甲LsDef1 和LsDef2 是一类可被革兰氏阳性菌诱导的抗菌肽,研究结果为进一步研究昆虫防御素类抗菌肽的功能奠定了基础.

为降低发酵成本,提高微生物采油效率,本研究开展了采油功能菌SQ6(鼠李糖脂产生菌)的开放式发酵探索研究.考察了菌株SQ6在常规发酵和开放式发酵方式不同温度下的生长、鼠李糖脂产量、表面张力及乳化指数等参数,采用液相色谱高分辨质谱联用仪分析了鼠李糖脂产物同系物组成,高通量测序分析了开放式发酵的细菌群落结构和杂菌率.结果表明:菌株SQ6最高生长温度是45℃,能够合成大量鼠李糖脂的最高温度是40℃;开放式发酵产量最高、杂菌率最低的发酵温度是37℃,鼠李糖脂产量达到7050.1 mg·L-1,仅比常规发酵的10513.2 mg·L-1降低了 33％,杂菌率最低,达到3.13％;针对SQ6菌株,高温发酵并没有更好的杂菌抑制效果并且降低了鼠李糖脂产量,发酵产物结构显示产物以单鼠李糖脂为主,占比达到96.1％.高浓度单鼠李糖脂的合成可能是中温条件下开放式发酵具有较好杂菌抑制率的主要原因.菌株SQ6是一株具有较大开放式发酵潜力的采油功能菌.

[目的]肠道微生物对宿主昆虫的代谢、生长发育及免疫等功能发挥着重要作用.本研究旨在探究益蝽Picromerus lewisi成虫肠道微生物群落结构及其碳源代谢能力.[方法]利用体外培养分离纯化益蝽成虫肠道微生物并进行分子生物学鉴定,利用Illumina高通量测序技术进行细菌16S rDNA和真菌ITS基因测序,解析益蝽成虫肠道细菌和真菌群落结构和多样性;利用PICRUSt和FUNGuild对细菌和真菌及其基因功能进行预测;利用Biolog ECO技术解析益蝽成虫肠道细菌和真菌的碳源代谢功能.[结果]共分离益蝽成虫肠道可培养优势细菌肠球菌属Enterococcus菌株10株,优势细菌为粪肠球菌E.faecalis.高通量测序结果表明,在门水平上,益蝽成虫肠道优势细菌为变形菌门(Proteobacteria)(相对丰度58.51％)和厚壁菌门(Firmicutes)(相对丰度38.92％);主要优势真菌为子囊菌门(Ascomycota)(相对丰度56.53％),其次是担子菌门(Basidiomycota)(相对丰度11.34％).在属水平上,肠球菌属Enterococcus(相对丰度25.05％)为主要优势细菌属,其次是乳球菌属Lactococcus(相对丰度12.23％)、沙雷氏菌属Serratia(相对丰度11.48％)和普罗威登斯菌属Providencia(相对丰度2.38％);优势真菌属主要为Biappendiculispora(相对丰度18.30％),其次是枝孢菌属Cladosporium(相对丰度11.83％)、Vishniacozyma(相对丰度5.17％)和鬼笔属Phallus(相对丰度3.62％).益蝽成虫肠道细菌和真菌群落结构具有较高的物种丰富度和多样性,以及较强的碳源代谢能力,可高效代谢α-环式糊精、L-丝氨酸、腐胺和D-苹果酸等27种碳源.功能预测显示,益蝽成虫肠道细菌主要分布于新陈代谢类群、环境信息处理类群和遗传信息处理类群等,真菌主要分布于未定义类群、植物腐生菌、未定义腐生菌、内生菌-植物病原菌、真菌寄生菌-未定义腐生菌、叶子腐生菌和动物病原菌-内生菌-植物病原菌-木质腐生菌类.[结论]益蝽成虫肠道细菌和真菌种类多、多样性高,在属水平,优势细菌为肠球菌属、乳球菌属、沙雷氏菌属和普罗威登斯菌属,优势真菌为Biappendiculispora、枝孢菌属、Vishniacozyma和鬼笔属,具有较强的碳源代谢能力.