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基于宏病毒组学技术挖掘猪腹泻粪便的病毒群落组成
编辑人员丨2024/3/23
为系统鉴定现阶段上海地区仔猪腹泻样品中的病毒群落组成,本研究利用宏病毒组学技术对临床采集的猪腹泻粪便进行了宏病毒高通量测序.结果显示,测序获得了 1,676,726个RNA contig和95,111个DNA contig,RNA病毒和DNA病毒序列分别占比38.58%和3.10%.其中星状病毒科、杯状病毒科和小RNA病毒科是病毒总群落中占比最高的前3个科.虽然DNA病毒在病毒总群落中的占比较低,但其单组分环状DNA(CRESS-DNA)病毒种类丰富多样,包含有18种CRESS-DNA病毒.经基因组序列深度拼接,共获得了46条病毒全基因组序列,包括2株猪星状病毒和3株类似星状病毒、2株札幌病毒、16株小双节RNA病毒和23株CRESS-DNA病毒.其中1株札幌病毒归属于GⅡ/3亚型,与人札幌病毒亲缘性较近.16株小双节RNA病毒中有4株归属于GGⅠ亚型,其余12株归属于GGⅡ亚型.23株CRESS-DNA病毒中有1株归属于类双生病毒科、12株CRESS-DNA病毒归属于小环状DNA病毒科,另外10株CRESS-DNA病毒未分类.本研究揭示现阶段猪腹泻粪便中以RNA病毒为主导,且存在宿主多样性,提示可能存在种间基因重组,病原潜在危害性需进一步挖掘和验证.研究数据将为临床猪腹泻病防控提供参考和借鉴.
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编辑人员丨2024/3/23
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泛素-蛋白酶体系统对烟粉虱体内番茄黄曲叶病毒的影响
编辑人员丨2023/8/6
[目的]泛素化修饰广泛参与细胞周期、信号传导、转录调控、免疫应答等多个方面,是细胞内一种非常重要的蛋白水平可逆修饰.但目前关于泛素-蛋白酶体系统是否参与介体昆虫传播病毒还鲜有报道.本研究旨在探索泛素-蛋白酶体系统在烟粉虱Bemisia tabaci传播番茄黄曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)过程中所起的作用.[方法]通过RT-qPCR分析取食感染TYLCV和不感染TYLCV番茄植物的烟粉虱成虫体内泛素和蛋白酶体亚基基因的表达,采用Western blot检测TYLCV侵染后烟粉虱成虫体内泛素蛋白含量的变化;饲喂抑制剂和注射双链RNA的方法抑制烟粉虱成虫体内蛋白酶体活性后,通过RT-qPCR测定其体内TYLCV含量的变化.[结果]烟粉虱成虫携带TYLCV后,泛素以及26S蛋白酶体亚基4、6B和β基因的表达量没有发生显著变化,体内游离泛素和缀合泛素的含量以及两者的比例也都没有显著改变,表明TYLCV侵染不会影响烟粉虱体内泛素-蛋白酶体的活性.但饲喂抑制剂(Bortezomib或MG132)或沉默Rpn11抑制蛋白酶体活性后,烟粉虱成虫体内的TYLCV含量显著升高.[结论]泛素-蛋白酶体系统对烟粉虱体内的TYLCV起负调控作用,该系统可能通过直接降解病毒或激活免疫反应等方式抑制病毒含量,进而帮助烟粉虱应对TYLCV带来的不利影响.
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编辑人员丨2023/8/6
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双胎贫血-红细胞增多序列征分析及文献复习
编辑人员丨2023/8/6
目的探讨双胎贫血-红细胞增多序列征(TAPS)的临床特点,并进行文献复习.方法选择2016年5月,四川大学华西第二医院新生儿科收治的单绒毛膜双羊膜囊(MCDA)TAPS新生儿(新生儿1、2)为研究对象.采用回顾性分析方法,收集本对TAPS新生儿的临床病例资料,对其临床特点进行分析.本研究对TAPS文献进行复习时,设定检索策略为:以"双胎贫血红-细胞增多序列征"为关键词,在中国知网、维普中文科技期刊数据库、万方数据知识服务平台中,检索TAPS相关文献,检索时间设定为各数据库建库至2018年8月31日.总结TAPS的临床特点及其诊断、治疗与预后.本研究遵循的程序符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求.结果 ①对本对TAPS新生儿母亲的临床资料采集如下:29岁,自然受孕,G1 P0,孕龄为11+6孕周时,于本院建卡进行定期产前检查,乙型肝炎病毒携带病史20+年(接受定期随访);孕龄为16+5孕周时,超声检查提示MCDA双活胎.于孕龄为36+4孕周时发现重度妊娠期肝内胆汁淤积症,予以地塞米松促胎肺成熟、保肝及降胆汁酸等治疗1 d后,经剖宫产术分娩一对活男婴.②对本对TAPS新生儿的临床资料采集如下:均为男性,出生胎龄为36+5周.其中,新生儿1:出生体重为2420 g,生后1、5、10 min Apgar评分均为10分,生后1 h+58 min转入本院新生儿科,全身皮肤红紫,胃管内反复抽出咖啡色胃液,穿刺部位、脐带残端可见渗血.转入本院新生儿科时,血红蛋白(Hb)值为278 g/L,血细胞比容为78.4%,网织红细胞百分比为3.0%,诊断为红细胞增多症等.新生儿2:出生体重为1870 g,生后1、5、10 min Apgar评分均为10分,生后34 min转入本院新生儿科,全身皮肤苍白、反应差,竖颈差,四肢肌张力减低,原始反射减弱,转入本院新生儿科时,Hb值为63 g/L,血细胞比容为21.2%,网织红细胞百分比为39.7%,诊断为重度新生儿贫血等.新生儿1、2的Hb差值为215 g/L,并且新生儿2与新生儿1网织红细胞百分比的比值为13.2,确诊为TAPS双胎新生儿.新生儿1、2均合并多系统并发症,分别予以部分换血、输血治疗后好转出院,生后随访1年,生长发育均正常.③文献复习结果:按照本研究设定的文献检索策略,共计检索出7篇报道TAPS研究的文献,涉及25对(50例)TAPS新生儿/胎儿的临床特点、诊治及预后等方面研究.其中,受血儿均表现为多血貌,供血儿均表现为贫血貌.50例TAPS新生儿/胎儿的治疗结局为:37例(74.0%)好转出院,1例(2.0%)纳入原始研究时尚未娩出,9例(18.0%)死亡,2例(4.0%)因严重并发症放弃治疗后结局不详,1例(2.0%)新生儿因气腹征转院接受进一步治疗后失访.在37例好转出院的TAPS新生儿中,4例(10.8%)合并低白蛋白血症,4例(10.8%)合并神经系统损害,22例(59.5%)合并心血管系统并发症,14例(37.8%)合并呼吸系统并发症,14例(37.8%)合并新生儿黄疸;对其均缺乏长期随访,长期预后均不详.结论国内报道的TAPS多于生后才被确诊,新生儿临床特点主要为MCDA新生儿的生后Hb差值大(>80 g/L),而羊水量差异不明显,可合并多系统并发症,其长期预后目前尚不明确.对MCDA新生儿的大脑中动脉峰值流速(MCA-PSV)测定与胎盘超声检查,可协助临床于产前尽早诊断TAPS.
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编辑人员丨2023/8/6
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烟粉虱对菜豆金黄花叶病毒属病毒的传播:病毒对媒介昆虫的适应
编辑人员丨2023/8/6
双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金黄花叶病毒属病毒是一类重要的植物病毒,主要危害番茄、烟草、棉花等多种经济作物,自然条件下主要由介体昆虫烟粉虱Bemisia tabaci传播.菜豆金黄花叶病毒属病毒在田间的暴发受多种因素的影响,其中一个最重要的因素就是其介体昆虫烟粉虱.因此,明确烟粉虱在田间传播和扩散特定病毒中的作用及影响因素,对于解析病毒病流行的生物学基础具有重要意义.本文综述了烟粉虱对菜豆金黄花叶病毒属病毒的传播及影响因素,并讨论了病毒对媒介昆虫的适应及其机制.菜豆金黄花叶病毒属病毒和烟粉虱都为全球分布的有害生物,通过生物信息学的分析发现,两者都呈现地域相关的遗传多样性.而在生物学的研究中发现,烟粉虱隐存种往往对与其起源于同一地区的病毒具有较高的传播效率.这些发现为进一步解析烟粉虱对菜豆金黄花叶病毒属病毒的传播提供了重要的参考.
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编辑人员丨2023/8/6
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同卵双生儿同时患儿童型皮肌炎
编辑人员丨2023/8/6
本文报告2例同卵双生儿在病毒感染2周后发生儿童型皮肌炎(DM)。
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编辑人员丨2023/8/6
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沙特番茄黄化曲叶病毒AC2基因编码蛋白的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/5
该试验旨在通过生物信息学方法分析沙特番茄黄化曲叶病毒AC2基因编码的转录激活蛋白TrAP(transcriptional activator protein)的结构及功能.该文通过在线软件预测和分析了番茄中AC2基因编码蛋白的一级结构、二级结构、磷酸位点、糖基位点、三级结构及其重要的功能;通过最大似然法对不同物种AC2基因编码蛋白序列构建系统发育树,进行系统发育分析.结果表明:番茄中AC2基因共编码135个氨基酸,且编码蛋白属于不稳定的亲水性蛋白质;二级结构以无规则卷曲折叠为主,比例为58.52%;该蛋白不存在跨膜结构域,属非跨膜蛋白且不存在信号肽;该蛋白1~129个氨基酸区域为双生病毒超基因家族(Gemini_AL2 superfamily)结构域;系统进化情况和植物分类学基本一致,沙特番茄双生病毒AC2基因与南非木薯间的亲缘关系最近.该基因编码蛋白结构与功能的分析为进一步研究AC2双生病毒基因家族奠定了基础,同时为番茄抗病在病虫害防治方面提供一种可行的思路.
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编辑人员丨2023/8/5
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亚致死剂量溴氰虫酰胺对MED烟粉虱取食行为及传播TYLCV的影响
编辑人员丨2023/8/5
取食是烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)传播植物病毒最重要的途径之一.本研究利用昆虫刺探电位(EPG)技术研究了杀虫剂溴氰虫酰胺亚致死浓度(LC15)对携带番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)MED烟粉虱取食行为和传毒效率的影响.结果表明,溴氰虫酰胺对未携毒和携毒MED烟粉虱的亚致死浓度(LC15)分别为1.52 mg/kg和1.75 mg/kg,差异不显著.携毒烟粉虱在溴氰虫酰胺亚致死浓度处理的番茄苗上取食,第一次刺探起始时间显著推迟,是对照番茄苗上的3.7倍.在韧皮部取食阶段,处理组烟粉虱在韧皮部分泌唾液平均时间、吸食汁液总时间和平均时间均显著缩短,分别是对照组的0.10倍、0.14倍和0.10倍,韧皮部取食能力显著降低.qPCR试验研究表明,溴氰虫酰胺亚致死浓度处理极显著的降低了烟粉虱的传毒效率,携毒烟粉虱取食48 h的番茄苗培养10 d后,TYLCV相对含量仍接近于0,表明溴氰虫酰胺对烟粉虱传播TYLCV具有良好的控制潜力.研究结果为科学合理的使用化学农药防治烟粉虱及其传播的双生病毒病提供理论依据.
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编辑人员丨2023/8/5
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农杆菌菌株及其侵染浓度和时间对基于菜豆黄矮病毒表达载体瞬时表达外源基因的影响
编辑人员丨2023/8/5
以3种常见的农杆菌菌株(GV3101、EHA105、LBA4404)和基于菜豆黄矮病毒的复制型植物表达载体为材料,利用农杆菌介导的瞬时转化技术,将外源绿色荧光蛋白(GFP)基因导入本氏烟(Nicotiana benthamiana L.)叶片中实现瞬时表达,并对不同农杆菌菌株、侵染浓度及侵染时间对于瞬时表达水平的影响进行比较.结果显示,3种不同的农杆菌菌株在介导转化本氏烟叶片瞬时表达GFP积累水平之间存在显著差异,其中EHA105菌株转化效率最高,LBA4404次之,GV3101最低.此外,GV3101、EHA105和LBA4404最适侵染浓度的OD600值分别为0.5、0.3和0.3;最佳侵染时间均为第4 d.研究结果表明农杆菌菌株染色体结构和Ti质粒的差异是影响瞬时转化过程中农杆菌侵染浓度及其外源基因瞬时表达效率的重要因素.
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编辑人员丨2023/8/5
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基于病毒宏基因组纳帕海高原湿地病毒种群结构研究
编辑人员丨2023/8/5
病毒广泛分布于自然环境中,随着高通量测序技术的快速发展,对病毒遗传多样性研究也越来越多,但是高原湿地病毒研究相对较少.本文利用病毒宏基因组学方法开展纳帕海高原湿地病毒种群结构和遗传多样性的研究,发现纳帕海高原湿地中DNA病毒占99.4%,RNA病毒占0.6%;DNA病毒中噬菌体占47.95%.病毒科水平注释结果表明,长尾病毒科(Siphoviridae)、肌病毒科(Myoviridae)、类双生病毒科(Genomoviridae)、疱疹病毒科(Herpesviridae)、藻类DNA病毒科(Phycodnaviridae)和拟菌病毒科(Mimiviridae)等为优势病毒,这些病毒丰度与总氮、叶绿素a、锌等环境因子相关,优势病毒在地理位置上的分布具有显著差异.藻类病毒系统发育分析表明,纳帕海高原湿地中包含目前已知的6种藻类DNA病毒属.开展纳帕海高原湿地病毒种群丰度、基因组功能解析、分布差异和环境因子相关性研究,为了解纳帕海病毒种群结构特点,进一步阐明病毒在湿地生态系统中的功能提供科学依据.
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编辑人员丨2023/8/5
