目的:探讨人乳头瘤病毒（HPV）16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者（子宫颈癌组），选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物，采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区，分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为（51±8）岁、（48±3）岁，差异无统计学意义（ t=0.63， P=0.540），两组均有孕产史，无吸烟史。α多样性分析结果显示，与健康对照组比较，子宫颈癌组sobs指数（ t=3.25， P=0.009）及chao指数（ t=2.91， P=0.016）均高，差异均有统计学意义；子宫颈癌组shannon指数高（ t=2.07， P=0.065），simpson指数低（ t=1.74， P=0.113），但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析（PCoA）进行数据降维分析显示，子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义（ R2=0.154， P=0.018）。门水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组厚壁菌门占比低（30.21%比68.28%），拟杆菌门占比略低（6.87%比8.11%），而放线菌门（26.91%比14.42%）及变形菌门（27.33%比0.67%）占比高。属水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低，失去优势菌群，而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高，且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析（LDA）显示，属水平上，红球菌属（LDA=5.04）、克雷伯菌属（LDA=4.71）、肠杆菌属（LDA=4.29）、罗尔斯通菌属（LDA=4.28）、苍白杆菌属（LDA=4.23）、韦荣球菌属（LDA=4.14）为子宫颈癌组特征菌群；门水平上，健康对照组厚壁菌门（LDA=5.23）可为标志性物种；种水平上，子宫颈癌组红球菌（ P=0.025）、罗尔斯通菌（ P=0.045）、韦荣氏球菌（ P=0.044）、卡氏伯克霍尔德菌（ P=0.045）、假单胞菌（ P=0.043）等均较健康对照组多，差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加，乳杆菌属丰度下降；红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群，但仍需进一步验证。

口腔微生物群落由多样化的细菌、病毒、真菌和原生动物群体构成，其稳定性、功能和组装过程受到宿主与微生物间复杂的相互作用调控。高通量测序技术为深入研究和认识口腔微生物群落在健康和疾病状态下的分类结构、基因组成、功能和动态变化途径提供了重要方法。本文系统介绍了口腔微生物群落的建立、稳态调控、常见口腔疾病相关的菌群失衡、影响因素。结合微生物学、免疫学和多组学的视角，可以深入探讨人体与微生物间的复杂分子对话。开展口腔微生态组装原理、细胞间信号、压力适应性以及引发菌群失衡触发因素的深入研究，对于开发新的诊断技术、治疗方案和定制益生菌至关重要。可以通过天然产物、小分子化合物、益生元、益生菌、噬菌体等方法调节口腔微生态并尽可能地减少对口腔微生态系统的破坏，为促进口腔和全身健康提供新的机遇。

反复流产是指女性与同一性伴侣发生连续两次或两次以上的自然流产。阴道微生物组是指阴道中存在的微生物群落，包括细菌、真菌和病毒等。过去的研究表明，阴道微生物组的不平衡可能与妊娠并发症和不良妊娠结局有关。因此，了解反复流产患者的阴道微生物组特征对于揭示其病因和寻找潜在治疗方法具有重要意义。

目的:分析河南省HIV感染者/AIDS病例（HIV/AIDS）肠道微生物群落结构的相关因素。方法:在河南省采取方便抽样方法抽取122例抗病毒治疗和未抗病毒治疗的病例，采集全血和粪便标本。提取粪便样本的基因组DNA，采用Illumina NovaSeq 6000高通量测序系统对16S rRNA的V3~V4高变区域进行测序。主要在菌群的属水平进行分析，选取丰度最高的30个属作为肠道微生物群落结构的衡量指标。使用冗余分析和Envfit函数对群落结构和各因素之间的相关性进行分析。结果:本研究完成了122例病例的16S rRNA测序和分析，其基本情况为：平均BMI为（23.62±2.78）kg/m 2，年龄（47±13）岁，男性占66.39%（81/122），以异性性传播为主要感染途径（51.64%，63/122），有36例（29.51%，36/122）病例未接受抗病毒治疗。在122例总人群病例样本中，前5位优势菌属是 Prevotella、Roseburia、Megamonas、Bacteroides和 Faecalibacterium。在86例接受抗病毒治疗的病例样本中，前5位优势菌属是 Prevotella、Megamonas、Bacteroides、Roseburia和 Faecalibacterium。在36例未抗病毒治疗病例样本中，前5位优势菌属是 Prevotella、Faecalibacterium、Roseburia、Bacteroides和 Megamonas。在总人群中，抗病毒治疗（ P<0.001）是群落结构最显著的相关因素。其他显著因素有：确诊时间（ P=0.009）、病毒载量（ P=0.022）和HCV抗体（ P=0.018）。抗病毒治疗与 Megamonas呈正相关，与 Prevotella、Roseburia和 Faecalibacterium呈负相关，而确诊时间、病毒载量和HCV抗体 3个因素则与 Prevotella、Roseburia和 Faecalibacterium呈正相关，与 Megamonas呈负相关。在未抗病毒治疗人群中，确诊时间（ P=0.003）是与群落结构显著相关的因素。确诊时间与 Roseburia、Faecalibacterium、Megamonas和 Prevotella呈正相关，与 Bacteroides呈负相关。 结论:抗病毒治疗和确诊时间是与肠道微生物群落结构显著相关的因素，并且对多个高丰度菌属有着重要影响。

不同于传统的手术、放化疗等治疗手段，免疫治疗是进展期胃癌一种新的治疗方法。随着胃癌的综合治疗进入分子时代，胃癌相关的临床研究中以PD-1/PD-L1单抗为代表的免疫治疗正在积极开展并有不错的结果。癌症基因组图谱（TCGA）分型中微卫星不稳定型胃癌和EB病毒阳性型胃癌患者均是免疫治疗的潜在获益人群。错配修复功能缺陷、高度微卫星不稳定性的肿瘤往往具有高突变表型，肿瘤浸润淋巴细胞较多。EB病毒阳性型胃癌肿瘤免疫微环境中存在大量淋巴细胞浸润，对免疫治疗反应佳，预后较好。胃癌免疫微环境中的免疫细胞、体液因子相互作用，构成复杂的肿瘤免疫微环境群落，影响肿瘤进展和生存。本文主要就胃癌免疫治疗相关生物标志物检测及应用现状展开综述，探讨其面临的问题、挑战及发展趋势，以期开发更多的联合评估模式精准指导免疫治疗。

目的:探讨雌激素补充治疗对绝经后高危型人乳头瘤病毒（human papillomavirus，HPV）感染女性阴道菌群及局部免疫的影响。方法:2018年6月至2023年6月期间在上海市瑞金康复医院妇科招募体检或因妇科疾病就诊的74例绝经后女性为研究对象。根据HPV检测结果分为高危型HPV阴性女性（正常组， n=14）和高危型HPV阳性女性（ n=60）。采用随机对照试验，将高危型HPV阳性女性利用随机数字表法分为试验组（高危型HPV阳性且口服低剂量雌激素治疗， n=30）和对照组（高危型HPV阳性且未口服低剂量雌激素， n=30）。在入组时（即第0周）、入组后第4周和第8周采用荧光定量PCR仪和酶联免疫吸附实验检测3组的阴道微生物群落结构以及阴道灌洗液中的炎症细胞因子表达情况。 结果:入组时3 组患者年龄、绝经时间、体质量指数、收缩压、舒张压、心率、pH值和阴道细胞成熟指数（vaginal cell maturation index，VMI）差异均无统计学意义（均 P>0.05），基线可比。经雌激素治疗后，试验组第4周（5.27±0.13）和第8周（4.84±0.15）的pH值均显著低于第0周（6.59±0.17，均 P<0.001），而试验组第4周（41.62±2.62）和第8周的VMI（58.28±2.16）均显著高于第0周（25.97±2.60，均 P<0.001）。定量结果表明正常组、试验组、对照组3组间及各自组内（即每组不同检测时间点）的大肠杆菌（ Escherichia coli）丰度差异均无统计学意义（均 P>0.05）。试验组第0周加德纳菌（ Gardnerella）和奇异菌属（ Atopobium）丰度显著高于第4周和第8周（均 P<0.001）。但经雌激素治疗后第4周的试验组阴道 Gardnerella和 Atopobium丰度显著低于对照组（均 P<0.001），和正常组相比差异均无统计学意义（均 P>0.05）。第0、第4、第8周的正常组、试验组和对照组组间的普雷沃氏菌属（ Prevotella）、加氏乳酸杆菌（ L. Gasseri）和惰性乳酸杆菌（ L. Iners）丰度差异均无统计学意义（均 P>0.05）。第0周试验组和对照组卷曲乳酸杆菌（ L. Crispatus）和詹氏乳酸杆菌（ L. Jensenii）丰度均显著低于正常组（均 P<0.001）。第4周和第8周试验组的 L. Crispatus丰度均显著高于对照组（均 P<0.001），和正常组比较差异均无统计学意义（均 P>0.05）。正常组、试验组和对照组女性阴道灌洗液中的白细胞介素（interleukin，IL）-6、IL-8和干扰素（interferon，IFN）-α浓度差异均无统计学意义（均 P>0.05）。试验组和对照组中IL-1β浓度均显著高于正常组（均 P<0.001），试验组和对照组间差异无统计学意义（ P>0.05）。试验组第8周肿瘤坏死因子α（tumor necrosis factor-α，TNF-α）浓度显著低于第0周（ P<0.001），而第4周后TNF-α浓度与第0周差异无统计学意义（ P>0.05）。与试验组第0周相比，经雌激素治疗4周后，趋化因子C-X-C motif 配体14、IFN-β浓度差异无统计学意义（均 P>0.05），而治疗8周后这两个因子水平显著下降（均 P<0.001）。与正常组相比，试验组和对照组IFN-γ诱导蛋白16浓度明显升高（均 P<0.001），试验组和对照组组间差异无统计学意义（ P>0.05）。 结论:HPV感染后会增加绝经后妇女阴道中 Gardnerella和 Atopobium的丰度并降低 L. Crispatus和 L. Jensenii的丰度，进一步破坏阴道微环境中微生物的稳态。雌激素补充治疗对绝经后高危型HPV感染女性的阴道菌群和局部免疫有一定的改善作用。

目的 了解人类免疫缺陷病毒(HIV)感染孕妇阴道微生物特征.方法 选择2021年10月至2023年5月在北京佑安医院进行产检的孕妇为研究对象,其中确诊HIV感染的23例孕妇作为HIV组,23名正常孕妇作为对照组.收集研究对象的一般资料;采集研究对象的阴道分泌物,提取阴道细菌基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3～V4高变区进行基因测序和微生物群落分析;以97％相似度将有效序列分为不同的操作分类单元(OTU),并选择丰度最高的序列作为OTU代表序列.比较两组的菌种构成、Alpha多样性、Beta多样性,寻找组间差异物种.结果 本研究共注释出31个门、78个纲、202个目、385个科、796个属、1 024个种水平的物种.在种水平上,HIV组优势菌为惰性乳杆菌,对照组优势菌为卷曲乳杆菌.与对照组比较,HIV组卷曲乳杆菌占比减少,惰性乳杆菌、詹氏乳杆菌及其他厌氧菌占比增加.Alpha多样性分析显示,两组ACE指数、Chao1指数、Simpson指数、Shannon指数比较,差异无统计学意义(P＞0.05).Beta多样性分析显示,两组阴道菌群物种组成相似.结论 HIV感染孕妇妊娠期阴道菌群失衡,表现卷曲乳杆菌占比减少,惰性乳杆菌及其他厌氧菌比例增加.

为系统鉴定现阶段上海地区仔猪腹泻样品中的病毒群落组成,本研究利用宏病毒组学技术对临床采集的猪腹泻粪便进行了宏病毒高通量测序.结果显示,测序获得了 1,676,726个RNA contig和95,111个DNA contig,RNA病毒和DNA病毒序列分别占比38.58％和3.10％.其中星状病毒科、杯状病毒科和小RNA病毒科是病毒总群落中占比最高的前3个科.虽然DNA病毒在病毒总群落中的占比较低,但其单组分环状DNA(CRESS-DNA)病毒种类丰富多样,包含有18种CRESS-DNA病毒.经基因组序列深度拼接,共获得了46条病毒全基因组序列,包括2株猪星状病毒和3株类似星状病毒、2株札幌病毒、16株小双节RNA病毒和23株CRESS-DNA病毒.其中1株札幌病毒归属于GⅡ/3亚型,与人札幌病毒亲缘性较近.16株小双节RNA病毒中有4株归属于GGⅠ亚型,其余12株归属于GGⅡ亚型.23株CRESS-DNA病毒中有1株归属于类双生病毒科、12株CRESS-DNA病毒归属于小环状DNA病毒科,另外10株CRESS-DNA病毒未分类.本研究揭示现阶段猪腹泻粪便中以RNA病毒为主导,且存在宿主多样性,提示可能存在种间基因重组,病原潜在危害性需进一步挖掘和验证.研究数据将为临床猪腹泻病防控提供参考和借鉴.

目的 探究乙型肝炎病毒(HBV)感染性疾病患者肠道菌群间的差异性.方法 收集2020年2-9月新疆医科大学第一附属医院肝病专科收治的133例肝病患者粪便,包括HBV携带者(HBV组)23例、乙型肝炎肝硬化(LC组)25例、肝细胞癌(HCC组)38例、慢加急性肝衰竭(ACLF组)16例、自身免疫性肝炎(AIH组)13例和原发性胆汁性肝硬化(PBC组)18例.提取粪便样本基因组DNA,特定性引物扩增DNA样本中16S rRNA基因的V3～V4可变区.Usparse软件分析扩增序列,并依据分析结果(相似度≥97％)划分OTU,Silva数据库对OTU进行分类信息标注;QIIME软件进行肠道菌群物种多样性和组间菌群差异性分析.结果 6组样本中门水平上丰度前4的菌门依次为Firmicutes、Proteobacteria、Bacteroidota、Actinobacteria,HBV 组、LC 组、HCC 组、ACLF 组、AIH 组和 PBC 组样本中 4 大菌门总占比分布为 88.76％、97.22％、96.15％、92.88％、95.91％和 93.36％.HBV 组和 HCC 组 Actinobacteria 丰度显著高于 LC组,HBV组Actinobacteriota和其他菌门丰度均显著高于LC组、HCC组和ACLF组,LC组和ACLF组的Actinobacteriota 及ACLF组的其他菌门丰度均显著低于PBC组;LC组Bacteroidota丰度显著高于HCC组;HCC组的Firmicutes丰度显著高于HBV组.6组样本肠道菌群丰度依次为HBV组、PBC组、LC组、HCC组、ACLF组、AIH组.HBV组、LC组、HCC组和PBC组组内菌群差异性较大,组间肠道菌群群落结构差异较大,ACLF组和AIH组中肠道菌群群落比较集中,群落结构相似.HBV组物种数明显多于LC组、HCC组和ACLF组,LC组少于低于AIH组和PBC组,HCC组和ACLF组均显著低于PBC组(P＜0.05);HBV组Shannon指数明显高于LC组和ACLF组,LC组、HCC组、ACLF组Shannon指数均明显低于PBC组(P＜0.05).结论 HBV感染者随着肝损伤病情加重肠道菌群丰度和多样性下降,且HBV感染者肠道菌群丰度和多样性与AIH和PBC患者均均存在明显差异.

细菌生物膜(bacterial biofilms,BF)是细菌在生物或非生物表面所形成的复杂微生物群落,其形成显著增强了细菌毒力和耐药性,与高比例的慢性细菌感染相关,对人类健康造成严重威胁.传统抗生素和常用消毒剂在清除生物膜方面的能力有限,迫切需要一种有效的新策略治疗细菌生物膜.噬菌体(bacteriophage,phage)作为一类能感染并裂解细菌的病毒,具有较高的安全性和特异度,被认为是治疗细菌生物膜有前景的替代方法.该文综述了噬菌体抗细菌生物膜的作用机制、基于噬菌体及其衍生物在防控细菌生物膜形成的应用策略,为开发高效的噬菌体抗细菌生物膜方法提供新思路.