目的:调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)毒株 gag基因序列的变异特征。 方法:利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染/艾滋病患者，收集其流行病学信息，采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析，采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 gag基因，并进行基因分型，采用MEGA 6.06软件构建系统进化树，采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸，采用Distance程序计算 gag，以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。 结果:404例患者成功获得 gag基因序列，其中以男性居多(250例，61.9%)，年龄为40~59岁者占59.7%(241/404)，传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08_BC 155例(38.4%)，CRF01_AE 74例(18.3%)，独特重组型(unique rebombinant form，URF)52例(12.9%)、CRF07_BC 39例(9.7%)，C亚型34例(8.4%)，其他亚型28例(6.9%)，B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现，CRF08_BC亚型形成了2个主要传播簇，2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异，分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的 gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002，差异有统计学意义( F＝118.33， P<0.001)。3种主要亚型中， gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215，差异有统计学意义( F＝1.35， P<0.001)；p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475，差异有统计学意义( F＝1.59， P<0.001)；p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595，差异有统计学意义( F＝1.61， P<0.001)；p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026，差异有统计学意义( F＝4.24， P<0.001)；p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353，差异有统计学意义( F＝10.68， P<0.001)。 结论:云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08_BC亚型，CRF08_BC的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式，不同亚型 gag基因不同区段的变异程度不同，应加强对HIV变异毒株的监测，控制其流行蔓延。

目的:探讨 ATP7B基因罕见同义变异对其前体mRNA剪接的影响。 方法:从ExAc数据库中筛选出人群等位基因频率<0.005的248种罕见同义变异，用Human Splicing Finder(HSF)软件分析其对于前体mRNA剪接的影响，进一步用ESE Finder 3.0软件预测其对于反式作用因子SR蛋白家族结合能力的影响。筛选出同时影响两种或以上SR蛋白结合的罕见同义变异，用体外迷你基因剪接报告系统进行验证。结果:HSF分析提示有136种罕见同义变异可能破坏外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer，ESE)的基序；ESE Finder 3.0分析提示其中19种会同时影响两种或以上SR蛋白的结合。体外迷你基因实验证实其中c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异可导致相应外显子的剪接异常，分别造成第4外显子的完全跳跃以及使第18外显子的跳跃增加25%。结论:同义变异可能通过各种途径影响前体mRNA的剪接，其中以破坏ESEs基序最为常见。本研究结果证实c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异会对 ATP7B基因的mRNA剪接产生影响，使相应的外显子发生跳跃，从而为携带者的基因诊断和遗传咨询提供了依据。

目的:对四川省一例由野生动物(猪獾)咬伤发病的疑似狂犬病病例的唾液标本进行狂犬病病毒的全基因组序列测定，从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析，了解四川省野生动物狂犬病病毒的流行和变异情况。方法:从疑似狂犬病病例的唾液标本中提取总病毒RNA，采用PCR的方法以特异性引物进行狂犬病病毒序列扩增，将获得的基因片段进行测序，并运用生物学软件将所得序列进行拼接从而得到狂犬病病毒株的全基因组序列。对全基因组进行遗传变异特征分析。结果:经测序获得1株猪獾源狂犬病病毒(以下简称SCR23-052)全基因组核苷酸序列，经NCBI在线BLAST及与多个参考序列比对表明，SCR23-052全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病毒属特征；分别与宁夏毒株(J)、重庆毒株(CQ92、02050CHI)之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高，SCR23-052基因组序列差异性在氨基酸水平明显低于核苷酸水平，说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变。种系发生分析显示SCR23-052属于基因V型，其糖蛋白主要抗原位点未见明显突变，在线网址预测糖蛋白在第56和338位发生了氨基酸糖基化，SCR23-052与参考疫苗株CTN181的信号肽序列相比氨基酸差异最少。本研究病毒在核蛋白主要抗原位点与所有参考疫苗株均发生了相同的突变(332位A→T)，在B细胞表位仅与参考疫苗株CTN181相比发生了379位L→V的突变，SCR23-052与基因Ⅴ型的参考毒株在核蛋白研究位点均一致。结论:获得了1株野生动物猪獾源基因V型狂犬病病毒株全基因组序列，不同于四川以往报道流行的犬源狂犬病病毒基因I型毒株。SCR23-052与各参考株基因组序列相比有不同程度差异，但主要毒力特征未改变。

目的:对比2015年美国医学遗传学与基因组学学会（American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG）和分子病理学会（Association for Molecular Pathology，AMP）发布的变异解读标准与指南（本文中简称2015 ACMG/AMP指南）与2018年临床基因组资源中心（Clinical Genome Resource，ClinGen）耳聋专病小组针对遗传性听力损失（hearing loss，HL）发布的变异解读指南专家规范（本文中简称2018HL专病指南）在评估听神经病患者 OTOF基因变异致病性中的异同。 方法:以38例 OTOF基因变异听神经病患者作为研究对象（男23例、女15例，年龄范围0.3~25.9岁），经全基因组重测序、全外显子组测序或目标区域靶向（Panel）测序结合一代Sanger测序验证，38例听神经病患者均检出携带两个以上 OTOF变异位点，共计59个候选位点，分别使用2015ACMG/AMP指南以及2018HL专病指南对其致病性进行判断。与2015年指南判断结果相比，2018年指南判断的致病性等级更强定义为升级，更弱定义为降级。采用SPSS 20.0软件进行统计学分析。 结果:2015 ACMG/AMP指南和2018 HL专病指南的变异分类一致率为72.9%（43/59）。致病性升级变异位点占13.6%（8/59），致病性降级变异位点占13.6%（8/59）。两指南致病性判定不一致主要集中在PVS1、PM3、PP2、PP3以及PP5等级证据的应用上。剪接变异、错义变异、框内插入/缺失以及同义变异致病性分布发生改变，其中剪接变异改变差异具有统计学意义（ P=0.013）。 结论:针对听神经病患者 OTOF基因变异进行致病性判断时，2018HL专病指南与2015ACMG/AMP指南存在不一致，2018HL专病指南对证据进行删减及进一步细分，打破常规对于变异类型的固化思维，使得致病性分级更有迹可循，提高可信度。

目的:总结GNB5基因变异致智力发育障碍伴窦房结功能障碍综合征（IDDCA）的临床特点及遗传学分析。方法:收集深圳市儿童医院神经内科2018年9月确诊的IDDCA一家系的临床资料，提取患儿及亲属的外周血DNA进行遗传学分析及验证。以“GNB5”“IDDCA”“LADCI”和“智力发育障碍伴窦房结功能障碍综合征”“言语发育落后、注意缺陷多动或认知障碍、伴或不伴窦房结功能障碍综合征”为关键词分别查阅在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）和PubMed数据库及中国知网（CNKI）数据库、万方数据库自建库至2020年3月相关文献报道，并结合本家系进行智力及运动发育、癫痫、心律等临床资料和遗传学分析总结。结果:先证者 男，11月龄，表现为全面发育迟缓及抽搐，伴肌张力减低，窦性停搏，脑电图、视觉诱发电位均异常，提示为IDDCA。二代测序基因检测发现患儿携带GNB5基因纯合移码变异c.136delG（p.Glu46Argfs*8），父母均为杂合变异。先证者兄4岁8月龄，临床表现类似，基因验证结果与先证者一致。文献检索相关病例报道7篇（均为英文），共报道14个GNB5基因变异家系（27例患者），包括本家系2例共29例患者，诊断年龄为5.5月龄~ 23岁，男11例（38%）、女18例（62%），表现为IDDCA有20例（69%），表现为言语发育落后、注意缺陷多动或认知障碍，伴或不伴窦房结功能障碍综合征有8例（28%）。患者中66%（19/29）出现智力障碍，41%（12/29）诊断癫痫，79%（23/29）出现语言发育障碍，62%（18/29）出现窦房结功能障碍。GNB5基因复合杂合变异3个家系4例，纯合变异12个家系25例（86%），其中8个家系17人为近亲结婚；共检测到12种GNB5基因变异，其中无义变异4种、移码变异3种、错义变异2种、剪切变异2种、同义变异导致的剪切错乱1种。结论:GNB5基因变异所致IDDCA主要表现为全面发育迟缓或严重的智力障碍、窦房结功能障碍等。GNB5基因相关综合征存在表型异质性，以常染色体隐性遗传。

目的:探讨甲硫氨酸腺苷转移酶Ⅰ/Ⅲ(methionine adenosyltransferase Ⅰ/Ⅲ，MAT Ⅰ/Ⅲ)缺乏症的新生儿筛查及 MAT1A基因变异情况。 方法:应用串联质谱技术对泉州地区364 545份新生儿样本进行遗传代谢病筛查，应用高通量测序技术结合Sanger测序法对MAT Ⅰ/Ⅲ缺乏症患儿的相关致病基因进行检测，寻找可能的致病变异位点。采用MutationTaster和HSF软件对发现的新变异进行致病性分析预测。结果:新生儿筛查检测出3例MAT Ⅰ/Ⅲ缺乏症患儿，发病率为1/121 515。氨基酸和酰基肉碱分析结果显示3例患儿的血甲硫氨酸浓度在筛查和随访期间均有不同程度的升高，随访期间生长发育正常。3例患儿均被检测到 MAT1A基因变异，共发现3种变异类型，包括2种错义变异c.776C>T(p.Ala259Val)、c.791G>A(p.Arg264His)，和1种同义变异c.360C>T(p.Cys120Cys)。 MAT1A基因c.776C>T(p.Ala259Val)和c.791G>A(p.Arg264His)变异为已知的致病变异，c.360C>T(p.Cys120Cys)为尚未见报道的新变异。用MutationTaster和HSF对c.360C>T(p.Cys120Cys)进行预测分析，结果显示变异会引起剪接改变，进而影响蛋白的结构和功能。 结论:本研究较为系统的分析了本地区MAT Ⅰ/Ⅲ缺乏症的新生儿筛查及 MAT1A基因变异情况，阐明了本地区MAT Ⅰ/Ⅲ缺乏症的发病率，发现1个新的 MAT1A基因变异，丰富了 MAT1A基因变异谱，为MAT Ⅰ/Ⅲ缺乏症的诊断提供了依据。

目的:了解HBV相关慢加急性肝衰竭（HBV-ACLF）患者的病毒S基因准种变异特征，探讨HBV-ACLF可能的发生机制。方法:将2016年1月至2018年10月高州市人民医院收治的HBV-ACLF患者和慢性乙型肝炎（CHB）患者纳入研究，收集患者基本资料以及治疗前血清样本。提取HBV DNA，巢式PCR法扩增HBV S基因，参照相应基因型标准序列，分析两组患者的HBV S基因的准种异质性差异，包括信息熵(Sn)、平均遗传距离(d*)、同义替换率（dS）、非同义替换率（dN）指标。结果:成功扩增HBV S基因的患者共99例，其中HBV-ACLF患者56例，CHB患者43例。HBV S基因准种异质性分析显示，HBV-ACLF组的Sn(核苷酸、氨基酸)、dS、dN分别为(0.716±0.181) nt、(0.598±0.218) AA、8.259±2.607和7.103±3.081，均高于CHB组，差异均有统计学意义( t=2.579、2.546、8.232和5.297, P均<0.05)。S基因MHR区准种变异性分析结果显示，HBV-ACLF组的Sn(核苷酸、氨基酸)、d*(核苷酸、氨基酸)、dS、dN分别为(0.756±0.184) nt、(0.613±0.229) AA、(7.137±3.074) nt、(8.280±3.194) AA、9.091±2.720和7.429±2.860，明显高于CHB组，差异均有统计学意义( t=5.332,、5.020、3.599、5.772、4.093和3.857， P均<0.01)。 结论:HBV-ACLF患者更易发生S基因变异，尤其是MHR区变异，可能与HBV-ACLF产生相关。

目的:总结CHIME综合征患儿的临床表现和 PIGL基因变异特点。 方法:回顾性分析2018年10月郑州大学第三附属医院确诊的1例CHIME综合征患儿的临床资料，并以"CHIME综合征、 PIGL基因"或"CHIME syndrome、 PIGL gene"为检索词查阅国内外数据库，总结CHIME综合征临床特点及 PIGL基因变异特点。 结果:1．患儿，男，1岁3个月。7月龄因发育落后在康复治疗过程中出现抽搐发作。体格检查：特殊面容：高额头、眼距宽、鼻根低平、宽鼻尖、厚唇，耳轮过度褶皱，腭裂，发育落后，皮肤干燥，颈部破溃性皮疹，腹股沟斜疝。辅助检查：听力检查有传导性听力异常，眼底检查有视网膜缺损。全外显子测序为 PIGL基因(NM_004278)复合杂合变异，变异位点分别为c.26delT，为移码变异；c.333C>T，为同义变异。2.共检索到9例CHIME综合征患儿，国内尚未见该病例报道。临床特点总结：9例患儿均具有特殊外貌、癫痫发作、传导性听力损伤、全面发育落后，视网膜缺损，8例有鱼鳞样皮肤，6例有先天性心脏病，4例肾脏发育异常。 PIGL基因变异特点：共有6种不同突变类型，其中错义突变7例，移码突变4例，缺失突变3例，无义突变2例，剪接突变1例，同义突变1例，错义突变均为c.500T>C(p.Leu167Pro)，该位点为热点变异。 结论:CHIME综合征是以神经系统和皮肤为主要表现且合并多系统受累的疾病。 PIGL基因变异是其致病原因，其中c.500T>C(p.Leu167Pro)为热点变异。

目的:探讨胰岛素样生长因子I受体基因(IGF1R)杂合子突变患者的表型及对生长激素治疗的反应。方法:采用Sanger测序和多重连接探针扩增分析，对身材矮小、小头畸形、小于胎龄儿并伴有IGF-I不敏感特征的儿童进行IGF1R突变或缺失分析。结果:在两个家系中，发现了一个新的杂合子非同义错义IGF1R变异体。在家系1的先证者中发现c.3364G>T，p(Gly1122Cys)，并与三代表型完全共分离。在家系2中检测到一个从头变异c.3530G>a，p.(Arg1177His)。这两种变异体都很罕见，在GnomAD数据库中未曾出现。三个携带IGF1R突变的个体接受了重组人生长激素治疗，在治疗1年和2年后，平均高度的标准差比例分别为0.42(范围：0.26～0.60)和0.64(范围：0.32～0.86)。结论:研究显示了两种IGF1R杂合子突变导致出生前后生长受限和小头畸形，且IGF1R杂合子突变个体可对重组人生长激素治疗产生反应。研究结果强调，对于因出生前后生长受限而导致的小头畸形和身材矮小患儿应考虑IGF1R测序。

目的:探索线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）变异与早发家族性阿尔茨海默病发病风险的相关性。方法:从2014年3月至2020年4月收集到的早发家族性阿尔茨海默病家系样本中筛选出4个具有母系遗传特征的阿尔茨海默病（Alzheimer′s disease，AD）家系样本，开展mtDNA全序列测序，与修正版的剑桥参考序列比对分析。测序结果根据标准序列记录下每个样本的mtDNA变异位点及相关信息。采用最新版的mtDNA分类系统数据库进行线粒体单倍型类群分类。变异分析方法：根据系统发育树，找出枝端私有变异位点；MitoTool分析变异的保守性；再通过PhyloTree查询突变是否为其他单倍型类群的鉴定变异。通过文献和数据库查询，SIFT致病性预测软件（2015）预测分析。通过I-TASSER 预测蛋白结构，Pymol可视化蛋白结构同源模拟蛋白三级结构分析，分析结构变化。结果:其中一个家系的mtDNA存在稀有非同义变异m.8978T>C，该位点保守系数1.0，致病性分数较高，蛋白结构同源模拟MT-ATP6蛋白三级结构分析，显示该蛋白支链残端的结构改变。结论:mtDNA稀有非同义变异m.8978T>C可能具有潜在的致病性，可能通过线粒体的功能下降影响AD的发病。