目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）的差异表达基因，研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月，从GEO数据库下载数据集GSE51024，获得MPM（55例）和正常组织（41例）样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释，使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因，主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库，确定7个MPM预后相关的关键基因，其中细胞周期蛋白20（CDC20）、细胞周期检测点激酶1（CHEK1）、Zeste基因增强子同源物2（EZH2）、核糖核苷酸还原酶亚基M2（RRM2）、拓扑异构酶2A（TOP2A）、泛素样含植物同源结构域和环指域1（UHRF1）在MPM中的表达上调，周期调节蛋白A1（CCNA1）表达下调；CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联（ P<0.05）。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关（ P<0.05），与中性粒细胞均呈负相关（ P<0.05）。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物，其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

目的:探讨同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK2)在人脑胶质瘤中的表达及前神经元－间质亚型转化(PMT)中的作用。方法:分析美国国立生物信息技术中心基因表达数据库(NCBI-GEO：GSE16011)中HIPK2 mRNA在低级别和高级别胶质瘤中的表达。基于GSE16011数据库进一步分析HIPK2 mRNA在前神经元型、间质型和经典型胶质瘤样本中的表达。根据HIPK2 mRNA的表达量将胶质瘤患者分为HIPK2低表达组和高表达组，并绘制Kaplan-Meier生存曲线，采用log-rank检验比较HIPK2低表达组与高表达组患者的生存差异。体外实验以人星形胶质细胞(NHA)为对照，通过蛋白质免疫印迹法(WB)验证HIPK2蛋白在胶质瘤细胞株H4、A172、U87和U251中的表达。在U87细胞中采用携带HIPK2 cDNA序列的过表达慢病毒载体构建过表达HIPK2的细胞株，以空载慢病毒载体构建对照细胞株。在H4细胞中采用siRNA转染敲低HIPK2的表达。通过划痕实验和Transwell实验探讨HIPK2表达改变对胶质瘤细胞迁移和侵袭能力的影响。以WB实验检测HIPK2表达改变对FN1、CD44和SNAI2蛋白表达的影响。采用Pearson相关分析探讨HIPK2与FN1、CD44和SNAI2表达的相关性。结果:HIPK2 mRNA在高级别胶质瘤中的表达水平低于低级别胶质瘤( t＝6.86， P<0.001)，且HIPK2 mRNA在间质型和经典型胶质瘤中的表达水平均低于前神经元型胶质瘤(均 P<0.001)。对GSE16011数据库数据的分析显示，HIPK2高表达组患者的总体生存期长于低表达组[分别为(40.8±3.9)个月和(24.9±3.2)个月， P<0.001]。WB结果显示，与NHA比较，H4、A172、U87和U251细胞中HIPK2蛋白的表达水平均降低(均 P<0.05)。U87细胞HIPK2过表达组HIPK2蛋白的表达较对照组显著上调( t＝24.88， P<0.05)，H4细胞HIPK2敲低组的HIPK2蛋白表达水平较对照组明显下调( t＝26.72， P<0.001)。划痕实验结果显示，U87细胞HIPK2过表达组的细胞划痕修复率低于对照组[分别为(18.1±2.0)%和(45.6±4.2)%， t＝10.23， P<0.001]；而H4细胞HIPK2敲低组的细胞划痕修复率高于对照组[分别为(60.5±5.4)%和(37.9±4.0)%， t＝5.83， P＝0.004]。Transwell实验结果显示，U87细胞HIPK2过表达组的穿膜细胞数少于对照组[分别为(92.0±11.9)个和(193.1±16.2)个， t＝8.75， P<0.001]；而H4细胞HIPK2敲低组的穿膜细胞数高于对照组[分别为(204.0±16.9)个和(135.1±15.0)个， t＝5.27， P＝0.006]。WB实验结果表明，U87细胞HIPK2过表达组细胞中FN1、CD44和SNAI2蛋白的表达水平均低于对照组(均 P<0.001)；H4细胞HIPK2敲低组中FN1、CD44和SNAI2蛋白的表达水平均高于对照组(均 P<0.001)。Pearson相关分析结果显示，胶质瘤中HIPK2的表达与FN1、CD44和SNAI2表达均呈负相关(均 P<0.05)。 结论:HIPK2在高级别胶质瘤和间质型胶质瘤中呈低表达，低表达的HIPK2可能通过影响胶质瘤PMT促进胶质瘤细胞的迁移和侵袭。

目的:运用网络药理学、分子对接探讨异功散治疗支气管哮喘(BA)作用机制.方法:通过BATMAN-TCM、中医药百科全书(ETCM)平台、SymMap、TCM Database@Taiwan、中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取异功散各药物的潜在活性成分及对应靶点;利用 DisGeNET、TTD、GeneCards、PharmGkb、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、NCBI、人类表型本体(HPO)和Drugbank数据库收集BA疾病作用靶点,使用Bioinformatics&Evolutionary Genomics平台筛选药物与疾病共有靶点;利用GEO下载基因芯片,使用R语言分析获取差异表达基因,通过药物与疾病共有靶点基因交叉验证获得关键靶点,构建"活性成分-关键靶点"网络;使用R软件对关键靶点进行基因本体论(GO)生物功能分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用STRING数据库和Cytoscape软件获得关键靶点蛋白相互作用关系,筛选出核心靶点;通过AutoDock软件进行核心靶点与活性成分的分子对接验证.结果:共筛选 176 个药物活性成分及其对应的作用靶点 265 个,获得差异基因 1 263 个,交叉验证得到原癌基因 1(PIM1)、人肾上腺素能受体β2(ADRβ2)、V-rel网状内皮细胞病毒癌基因同源物A(RELA)、碳酸酐酶 2(CA2)基因、肿瘤坏死因子(TNF)等 16 个关键靶点,关联的活性成分有槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B、山柰酚、柚皮素等.异功散治疗BA的关键靶点主要富集通路有NOD样受体信号通路、C型凝集素受体信号通路、TNF信号通路等.分子对接结果显示,TNF、RELA、白细胞介素 1A(IL1A)、连环蛋白β1(CTNNβ1)、螺旋环螺旋结构域扩散激酶(CHUK)、CXC型趋化因子配体 2(CXCL2)、磷酸酶-张力蛋白基因(PTEN)、信号转导子和转录激活子 1(STAT1)等核心靶点与槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B、山柰酚、柚皮素等活性成分均具有良好的结合能力.结论:异功散中槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B等成分可通过PIM1、ADRβ2 等多靶点调控NOD样受体、C型凝集素受体信号通路、TNF信号通路等治疗BA.

目的 通过观察氧化苦参碱(OMT)对同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK2)、Toll样受体4(TLR4)、NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NLRP3)、上皮钙黏素(E-cadherin)、纤维连接蛋白(Fibronectin)、白细胞介素-1β(IL-1β)和IL-18表达的影响,初步探讨OMT在糖尿病肾病(DKD)中抗炎抗纤维的可能保护机制.方法 健康6周龄的db/db小鼠适应性喂养2周,随机分为糖尿病组(DM组)和OMT组,每组10只.OMT组给予腹腔注射氧化苦参碱[120 mg/(kg·d)],持续8周,并设同月龄同背景db/m小鼠为正常对照组(NC组).处死小鼠前收集血液和尿液,检测各项生化指标,HE和Masson染色观察小鼠肾组织病理形态学改变,Western blotting检测、免疫组织化学染色观察各组小鼠肾皮质TLR4、HIPK2、NLRP3、E-cadherin、Fibronectin的表达水平及部位;酶联免疫吸附试验检测各组小鼠血清IL-1β、IL-18水平.采用Pearson法对HIPK2与TLR4、NLRP3蛋白表达进行相关性分析.结果 DM组体重、血糖、24 h尿蛋白量、总胆固醇、甘油三酯水平较NC组均升高(P<0.05),OMT组24 h尿蛋白量、总胆固醇、甘油三酯水平较DM组降低(P<0.05).病理染色显示,DM组可见肾小球系膜区节段性增生,基底膜无明显增厚,肾小管管腔明显扩张,肾小管上皮细胞空泡样变性,间质区炎症细胞浸润和蓝色胶原纤维沉积;经OMT治疗后,相较于DM组,OMT组肾小球系膜区增生程度减轻,肾小管病变有所改善,间质区炎症细胞浸润减少.DM组TLR4、HIPK2、NLRP3、Fibronectin蛋白相对表达量较NC组升高(P<0.05),E-cadherin蛋白相对表达量较NC组降低(P<0.05);OMT组小鼠TLR4、HIPK2、NLRP3、Fibronectin蛋白相对表达量较DM组降低(P<0.05),E-cadherin蛋白相对表达量较DM组升高(P<0.05).DM组血清中IL-1β、IL-18相对表达量较NC组升高(P<0.05),OMT组较DM组降低(P<0.05).Pearson相关相关性分析显示,DM组肾组织中HIPK2蛋白与TLR4、NLRP3蛋白表达均呈正相关(r =0.881和0.774,均P<0.05).OMT组HIPK2蛋白与TLR4、NLRP3蛋白表达均呈正相关(r =0.814、0.871,均P<0.05).结论 OMT抑制DM小鼠肾组织的炎症反应和纤维化程度,可能与抑制HIPK2及炎症信号通路的活化有关.

目的 分析环状RNA同源结构域相互作用蛋白激酶3(circ_HIPK3)靶向miR-381-3p/锌指蛋白217(ZNF217)轴对β淀粉样蛋白(Aβ)诱导的海马神经元功能和形态的影响.方法 制备新生大鼠海马神经元,分为对照组、Aβ组、si NC1组、si HIPK3组、si HIPK3+inhibitor NC组、si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组、si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si NC2组、si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si ZNF217组,除对照组外其余组均通过40 μmol/L Aβ1～42诱导.qRT-PCR法测定海马神经元circ_HIPK3、miR-381-3p、ZNF217 mRNA表达,透射电镜观察细胞形态,CCK-8法测定海马神经元存活率,Hochesst 33342法测定海马神经元凋亡,流式细胞仪检测海马神经元内Ca2+荧光强度,Western blot法测定海马神经元磷酸化Tau蛋白(P-Tau)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、胱天蛋白酶-3(Caspase-3)、ZNF217蛋白表达,双萤光素酶报告基因分析miR-381-3p与circ_HIPK3、ZNF217靶向关系.结果 对照组海马神经元结构正常,胞核形态正常,线粒体、内质网无病理改变;Aβ组海马神经元呈退行性改变,核形态异常,膜内陷,可见大量线粒体肿胀,胞浆内含大量脂滴空泡;与Aβ组相比,si HIPK3组海马神经元结构部分恢复;与si HIPK3组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组海马神经元结构损伤严重;与si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si ZNF217组海马神经元结构损伤减轻.与对照组相比,Aβ组海马神经元circ_HIPK3、ZNF217 mRNA和蛋白表达、凋亡率、Ca2+荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达升高,miR-381-3p表达、存活率、Bcl-2蛋白表达降低(P＜0.05);与Aβ组相比,si HIPK3组海马神经元circ_HIPK3、ZNF217 mRNA和蛋白表达、凋亡率、Ca2+荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达降低,miR-381-3p表达、存活率、Bcl-2蛋白表达升高(P＜0.05);与si HIPK3组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组海马神经元circ_HIPK3、ZNF217 mRNA和蛋白表达、凋亡率、Ca2+荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达升高,miR-381-3p水平、存活率、Bcl-2蛋白表达降低(P＜0.05);与si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si ZNF217组海马神经元ZNF217 mRNA和蛋白表达水平、凋亡率、Ca2+荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达降低,存活率、Bcl-2蛋白表达升高(P＜0.05);miR-381-3p与circ_HIPK3、ZNF217均靶向结合.结论 circ_HIPK3沉默可能通过调控miR-381-3p/ZNF217轴改善Aβ诱导的海马神经元结构功能损伤.

目的:通过生物信息学分析筛选脓毒症心肌病（SCM）的关键致病基因。方法:从基因表达谱（GEO）数据库下载微阵列表达数据集GSE79962，此数据集包含因脓毒症而死亡患者及健康供体的心脏基因谱全基因组基因表达水平，使用在线GEO2R分析工具进行差异表达基因（DEGs）筛选及分析，并使用DAVID 6.8数据库对DEGs进行功能富集分析。采用STRING数据库进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析，并使用CytoHubba筛选排名前10位的关键基因。结果:从数据集GSE79962中共筛选到228个DEGs，其中156个为上调基因，72个为下调基因。对228个DEGs进行基因本体（GO）、京都市基因与基因组百科全书（KEGG）途径富集分析，DEGs主要涉及3条GO功能注释（包含2条细胞成分途径、1条生物过程途径）及3条KEGG途径（包含代谢通路、嗅觉传导、神经内分泌腺体）。PPI网络筛选出了10个关键基因，其中5个上调基因，包括包括核仁复合体关联3同源物（NOC3L），含SDA1域1（SDAD1），补缀同源物1（PTCH1），氯氰菊酯重链（CLTC）及核因子κB激酶抑制剂β（IKBKB）；5个下调基因，包括色氨酸-天门冬氨酸重复序列（WDR4、WDR36、WDR82），跨膜卷曲螺旋结构域1（TMCO1）及Toll样受体9（TLR9）。结论:NOC3L、SDAD1、PTCH1、CLTC、IKBKB、WDR4、WDR36、WDR82、TMCO1、TLR9为SCM的关键致病基因，今后可通过深入研究这些基因，尤其是WDR基因，来进一步阐明SCM的发生发展机制。

巴尔通氏体作为多种人类疾病的病原菌,可分泌多种毒力效应蛋白.其中的7个毒力效应蛋白BepA～BepG由一个Ⅳ型分泌系统VirB注入宿主细胞内,干扰宿主细胞的多种信号传递通路.在这7个效应蛋白中,BepD～F的N端含有特征的EPIYA基序.注入宿主细胞后,这些EPIYA基序上的酪氨酸残基被宿主细胞中的SFK激酶磷酸化,磷酸化后的EPIYA基序可与宿主细胞中含SH2结构域的蛋白结合并干扰宿主细胞的SH2蛋白相关信号通路.在此之前,已经有多种病原菌的效应蛋白被发现含有EPIYA基序,并且通过磷酸化的EPIYA干扰哺乳动物宿主的SH2信号通路.这些毒性效应蛋白除EPIYA基序之外并没有明显的序列同源性.与此相应,在人类蛋白质组中目前只发现了6种含有EPIYA基序的蛋白,这个基序出现的频率显著低于基于随机预测的频率,这可能是在人类进化过程中含有EPIYA基序的蛋白会干扰正常信号通路传导而被淘汰.JAM-A是已报道的6个人体内EPIYA蛋白之一,它存在于人血小板中,可通过招募Csk至血小板来避免血栓的形成.已有的报道证明了BepE可与人源Csk相互作用,通过影响Csk的功能进而干扰一系列信号通路.人源Csk蛋白作为一个可以同时被来自于病原菌毒力蛋白和内源蛋白中磷酸化EPIYA基序识别并结合的分子,为我们研究并对比这两种含EPIYA基序的蛋白质对人类细胞中SH2信号通路的作用提供了一个理想的靶标.本文报道了Csk与BepE及JAM-A 2种磷酸化多肽复合物高分辨率晶体结构并分别测定其亲和力.Csk与多肽复合物结构显示,Csk与2种多肽结合方式相似,都是通过SH2结构域与磷酸化酪氨酸结合,多肽链垂直于SH2结构域中的β片层.SPR实验结果显示,来源于巴尔通氏体的BepE比人源JAM-A与Csk亲和力高,这暗示毒力蛋白通过磷酸化的EPIYA基序以高亲和力结合人体内含SH2结构域的蛋白,进而干扰SH2蛋白所涉及的信号通路.

目的 探讨融合蛋白SD-HA能否通过竞争结合BCR-ABL的第177位酪氨酸磷酸化位点(Y177p),调控与其相关的下游信号分子活性,进而抑制K562细胞增殖并诱导凋亡.方法 Western blot结合免疫共沉淀技术分析融合蛋白SD-HA与BCR-ABL的Y177p的相互作用,及其对下游信号途径Ras-MAPK和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt的影响;Western blot分析融合蛋白SD-HA对细胞膜受体死亡途径级联反应caspase-8、caspase-3和PRAP的影响.结果 双向免疫共沉淀实验可检测到融合蛋白SD-HA能与Grb2竞争性结合BCR-ABL Y177p,形成复合物.融合蛋白SD-HA可降低活化Ras、磷酸化MAPK(p-MAPK)、p-ELK的表达水平,抑制Ras-MAPK信号途径;融合蛋白SD-HA还可降低p-Akt及Akt的底物p-GSK的表达水平,抑制PI3K-Akt信号途径,从而抑制K562细胞增殖;通过死亡效应结构域(DED)与caspases-8前体DED结合而寡聚化,激活caspases-8、caspase-3和PRAP,诱导K562细胞凋亡.结论 融合蛋白SD-HA抑制BCR-ABL-Y177与Grb2结合的策略,可作为慢性髓性白血病治疗新的切入点.

同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK-2)定位于7q33~7q34的丝氨酸(Ser)/苏氨酸(Thr)蛋白激酶,普遍存在于人类成人组织中.研究表明,HIPK-2是一种抑癌基因.HIPK-2激活或过表达使抑癌基因p53磷酸化,并激活p53的细胞凋亡活性,通过p53依赖性和非依赖性途径促进细胞凋亡,从而抑制血管生成和肿瘤生长.HIPK-2还可通过阻止胞质分裂中四倍体细胞的形成来抑制肿瘤生长.HIPK-2失活机制包括:细胞质定位、杂合性丢失(LOH)和缺氧.HIPK-2失活导致血管生成、肿瘤生长和化疗耐药.HIPK-2可磷酸化β-连环蛋白(β-catenin),通过Wnt/β-catenin信号通路参与肿瘤进展过程.本文就 HIPK-2在恶性肿瘤中的研究现状作简要综述.

目的:探讨同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK2)对缺氧复氧(H/R)诱导的NRK-52E肾小管上皮细胞活力和凋亡及JAK2/STAT3信号通路的影响.方法:通过LipofectamineTM2000将靶向HIPK2基因的小干扰RNA(siRNA)转染NRK-52E细胞,并设置正常对照组(control组)和阴性对照组(HIPK2-NC组),Western blot法检测转染48 h的效率;细胞经H/R处理后,通过CCK-8法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞凋亡率和Ca2+荧光强度;Western blot法检测Ki67、cleaved caspase-3、caspase-12、Bcl-2、Bax、 p-JAK2和p-STAT3的蛋白水平.结果:靶向HIPK2的siRNA转染NRK-52E细胞后,HIPK2的蛋白表达显著低于control组(P<0.05).与control组比较,H/R组的细胞活力及 Ki67 和 Bcl-2 的蛋白表达均显著降低,细胞凋亡率、 Ca2+荧光强度值及 cleaved caspase-3、caspase-12、Bax、p-JAK2和p-STAT3的蛋白水平均显著升高(P<0.05);与H/R组比较,HIPK2-siRNA+H/R组的细胞活力及Ki67和Bcl-2的蛋白表达均显著升高,细胞凋亡率、Ca2+荧光强度值及cleaved caspase-3、 caspase-12、Bax、p-JAK2和p-STAT3的蛋白水平均显著降低(P<0.05).结论:抑制HIPK2基因表达可促进H/R诱导的NRK-52E肾小管上皮细胞生长,降低凋亡率,其机制可能与下调JAK2/STAT3信号通路相关蛋白水平有关.