目的 了解2021-2023年甘肃省肉与肉制品中沙门菌的流行情况及毒力基因分布,为甘肃省肉与肉制品中沙门菌的风险识别提供基础研究数据.方法 使用illumina二代测序平台对2021-2023年甘肃省农贸市场、批发市场、超市和零售加工店采集的样品分离的沙门菌进行全基因组测序,测序数据导入BioNumerics 7.6软件进行血清型分析、多位点序列分型分析、聚类分析和毒力基因筛查.结果 采集683份肉与肉制品样品,分离出的44株沙门菌分为16种血清型,其中肠炎沙门菌为优势血清型.共鉴定出17种序列型(ST),其中ST11为优势型.44株沙门菌分成3个不同进化分支,不同年份和不同地区菌株分散在不同进化分支中.共筛查出157种毒力基因,其中98种毒力基因在44株沙门菌中均存在,其他59种毒力基因呈不同比例分布在44株沙门菌中.结论 2021-2023年甘肃省肉与肉制品中的沙门菌以肠炎沙门菌(ST11)为主,血清型和ST型有一定的相关性,不同年份和地区菌株之间有一定的同源性.主要携带沙门菌毒力岛毒力基因和结构性毒力因子.

生物多样性保护是实现生态系统可持续发展的前提,生物多样性保护成效评估是生物多样性监管的基础,科学、有效的评估能够明显提升生物多样性保护与管理水平,并显著改善区域生态环境.总体来看,现有的保护成效评估主要围绕自然保护地、生态环境和生物多样性等研究对象的状态和变化两个层面开展,评估指标体系的侧重点逐渐由管理成效向保护成效转变,评估方法基本涵盖了全球、地区、国家和单个自然保护地等多种空间尺度.然而,由于缺乏统一的指标体系和评价方法,导致区域间的评估结果难以比较,因此多尺度集成评估也难以开展.近年来,全国生物多样性监测网络和数据库的建立,以及多种新技术(如遥感、环境基因组学等)在生物多样性监测中的应用,使得宏观生态系统和微观基因水平的多层次连续监测成为可能.基于此,建议未来我国生物多样性保护成效评估应在认真总结全球生物多样性保护成效评估理论和方法的基础上,加强全国生物多样性监测网络的建设,发展适合中国区域特点的跨学科的综合保护成效评估指标体系.定期的生物多样性保护成效评估,有助于全面了解我国生物多样性保护现状及发展趋势,进而为生物多样性保护和管理决策提供支持和服务,也为中国履行生物多样性公约、实现联合国可持续发展目标提供数据和技术支持.

目的 分析原发性胶质母细胞瘤(GBM)患者肿瘤组织中细菌相关特征基因,并研究肿瘤内细菌相关特征基因在GBM中的功能及作用机制.方法 采用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据分析得到的原发性GBM瘤内细菌相关特征基因的公开数据,共152例.根据GBM患者总生存时间的中位数,将其分为低生存组(78例)和高生存组(74例).使用秩和检验评估组间α多样性的差异;采用非度量多维尺度(NMDS)分析和主坐标分析(PCoA)评估组间β多样性的差异;采用线性判别分析(LDA)比较两组GBM样本中丰富度存在显著差异的细菌种类.分别根据各差异细菌相关特征基因的相对丰富度将152例患者分为高丰富度组和低丰富度组,采用Kaplan-Meier法分析高丰富度组与低丰富度组患者生存率的差异.对与良好预后相关的高丰富度细菌相关特征基因GBM样本中显著上调的基因进行基因本体论(GO)生物过程功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过TCGA转录组测序数据集分析肿瘤免疫微环境景观,应用曼特尔检验分析免疫细胞浸润含量与预后相关细菌特征基因的相关性.所有数据分析均采用R软件,以P＜0.05为差异有统计学意义.结果 152例GBM组织中共鉴定出252种细菌相关特征基因,其中234种特征基因在低生存组与高生存组均存在,8种仅存在于低生存组,10种仅存在于高生存组.NMDS和PCoA结果显示,两组的β多样性的差异有统计学意义(P＜0.05).LDA显示,高生存组与低生存组的肿瘤组织中细菌相关特征基因的丰富度存在差异(P＜0.05),其中脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存组的丰富度较高(P＜0.05),并与患者的总生存期呈正相关(x2=4.13,P＜0.05).功能富集分析显示,肿瘤内脆弱拟杆菌相关特征基因丰富度较高的患者肿瘤组织中高表达与免疫途径相关的基因(P＜0.05).曼特尔检验分析结果显示,原发性GBM肿瘤组织中脆弱拟杆菌相关特征基因的丰富度与M1巨噬细胞浸润呈正相关(P＜0.05).结论 脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存原发性GBM患者肿瘤组织中的丰富度较高,并影响肿瘤的免疫微环境.

目的 使用孟德尔随机化方法,探索遗传预测的全身骨密度对椎间盘退变的年龄特异性影响,以及是否可能作为肥胖影响椎间盘退变的中介因素之一.方法 从芬兰数据库和骨质疏松联盟中获取了椎间盘退变以及5个年龄层全身骨密度的全基因组关联研究数据.此外,考虑了与肥胖等相关的9个变量.为确保研究的可靠性,本研究采用了严格的分析框架,包括双向、多变量和两步孟德尔随机化分析.结果 遗传预测的30岁以上个体全身骨密度与椎间盘退变发生具有提示性关联(0.010.05).结论 遗传预测的 46～60岁人群全身骨密度升高将增加椎间盘退变的发生风险,并且可能作为与无脂肪质量相关的肥胖影响椎间盘退变的中介因素之一.

目的:基于数据库中已鉴定并发表的疾病危险基因，通过生物信息学分析探究烟雾病和烟雾综合征的病理发生机制。方法:在PubMed等公共数据库搜索烟雾病、烟雾综合征基因相关研究，整理已鉴定并发表的疾病相关危险基因。借助网络工具，在基因本体数据库（包括生物学过程、细胞组分和分子功能3大类）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对基因集进行功能富集分析，构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络并筛选关键基因。结果:本研究纳入53篇烟雾病研究文献，鉴定126个烟雾病相关危险基因；纳入51篇烟雾综合征研究文献，鉴定出51个烟雾综合征相关危险基因。共计纳入177个疾病相关危险基因。基因本体功能分析：生物学过程主要富集在细胞因子及其介导通路，以及细胞的黏附、分化、迁移等活动；细胞组分主要富集在细胞表面、细胞膜及蛋白复合物、受体复合体等；分子功能主要富集在酶结合、激酶结合、磷酸蛋白结合、受体信号结合、免疫受体活动等。KEGG分析主要富集在癌症信号通路、免疫细胞分化及免疫疾病通路、病毒感染信号通路等，其中MAPK信号代谢通路、Jak-STAT信号代谢通路被显著富集。通过不同算法，在PPI网络筛选出5种关键基因：PTPN11、GRB2、ITGB3、CBL、HIF1A。结论:生物信息学分析为阐述烟雾样血管改变的病理机制提供了新的角度。烟雾病发病机制可能是以基因遗传为背景、多种环境因素共同参与的。

目的 分析组织蛋白酶L(CTSL)基因表达与头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)预后及免疫浸润的关系.方法 基于癌症和肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合数据库(GEO)中的GSE41613、GSE65858、GSE27020 和GSE30784 数据集,分析CTSL基因在HNSCC组织和正常组织中的表达差异.根据最佳截断值将HNSCC患者分为CTSL基因高表达和低表达组.采用单因素和多因素Cox回归分析,确定CTSL基因表达对HNSCC的预后预测价值.利用免疫亚型、ESTIMATE法、CIBERSORT法和基因集变异分析(GSVA)法分析CTSL基因高表达和低表达组HNSCC的免疫浸润差异.利用TCGA数据库和GSE65858 数据集分析不同人乳头状瘤病毒(HPV)感染状态下CTSL基因对HNSCC预后和免疫浸润的影响.利用TCGA数据库进行泛癌分析.结果 在TCGA数据库和GSE30784数据集中,CTSL基因在HNSCC组织中的相对表达量分别为 6.90±1.07 和 9.54±0.87,均高于正常组织(分别为 5.46±1.20 和 7.96±0.59,均 P＜0.05).在 TCGA 数据库和GSE65858 数据集中,CTSL基因在HPV阴性HNSCC组织中的相对表达量分别为7.16±0.94 和 8.66±0.54,均明显高于HPV阳性HNSCC组织(分别为 6.10±1.18 和8.41±0.51,均P＜0.05).在TCGA数据库和GSE41613、GSE65858、GSE27020 数据集中,单因素Cox回归分析显示,与CTSL基因低表达组比较,CTSL基因高表达组的 HR值分别为 1.64(95%CI:1.24～2.17,TCGA 数据库总生存时间)、1.62(95%CI:1.15～2.28,TCGA数据库无进展生存时间)、2.42(95%CI:1.31～4.46,GSE41613数据集总生存时间)、2.22(95%CI:1.29～3.81,GSE65858数据集总生存时间)和 2.66(95%CI:1.53～4.63,GSE27020 数据集无病生存时间);多因素Cox回归分析显示,与CTSL基因低表达组比较,CTSL基因高表达组的HR值分别为1.55(95%CI:1.17～2.06,TCGA数据库总生存时间)、1.56(95%CI:1.09～2.21,TCGA数据库无进展生存时间)、2.06(95%CI:1.10～3.88,GSE41613 数据集总生存时间)、2.33(95%CI:1.35～4.02,GSE65858 数据集总生存时间)和 2.64(95%CI:1.48～4.72,GSE27020 数据集无病生存时间).CTSL 基因高表达与HNSCC的不良预后有关(均P<0.05).单因素和多因素荟萃分析显示,CTSL基因高表达组的HR值分别为 1.93(95%CI:1.56～2.39)和 1.84(95%CI:1.48～2.29).在TCGA数据库中,免疫浸润分析结果显示,CTSL基因高表达组HNSCC的免疫浸润水平较高,具有更有利的免疫激活表型.在GSE65858 数据集中,不同CTSL基因和HPV感染状态与HNSCC的预后和免疫浸润相关,与HPV阴性且CTSL高表达组比较,HPV阳性且CTSL低表达组患者的预后相对较好(χ2=15.39,P=0.002).在TCGA数据库中,CTSL基因的表达与多形性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、低级别脑胶质瘤、肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞癌和葡萄膜黑色素瘤的总生存时间有关(均P＜0.05);与多形性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、低级别脑胶质瘤、肺腺癌、肺鳞癌和前列腺癌的无进展生存时间有关,CTSL基因表达越高,患者预后越差(均P＜0.05).结论 CTSL基因的表达水平与HNSCC患者的预后和免疫浸润密切相关,并且与不同HPV感染状态具有相互作用.

目的:分析Eph受体A(Eph receptor A, EPHA)5突变预测肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICI)治疗预后的临床意义。方法:通过生物信息学分析癌症药物敏感性基因组学(genomics of drug sensitivity in cancer, GDSC)-LUAD数据集、癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)-LUAD数据集中可能与LUAD患者ICI应答相关的突变基因。选择2020年1月至2021年1月我院接受帕博利珠单抗治疗的96例LUAD患者，收集患者的石蜡包埋组织肿瘤标本和匹配的血液样本，采用二代基因测序。根据检测结果分为EPHA5-WT亚组66例和EPHA5-MT亚组30例。记录患者的客观缓解率(objective response rate, ORR)、疾病控制率(disease control rate, DCR)及无进展生存期(progression-free survival, PFS)。结果:生物信息学分析显示，EPHA5-MT的LUAD患者可从ICI治疗中获益。临床队列分析结果显示，EPHA5-MT亚组LUAD的肿瘤突变负荷值27.34(19.98，53.24)mut/Mb高于EPHA5-WT亚组13.70(10.77，17.75)mut/Mb(P<0.001)。EPHA5-WT亚组ORR 22.73%低于EPHA5-MT亚组33.33%(P>0.05)，EPHA5-MT亚组的DCR 86.67%高于EPHA5-WT亚组62.12%(P<0.05)。EPHA5-WT亚组疾病进展36例(54.55%)，其中死亡11例。高于EPHA5-MT亚组8例(26.67%)，其中死亡4例。单因素及多因素COX回归分析显示，EPHA5-WT相较于EPHA5-MT是LUAD患者ICI治疗后发生疾病进展的危险因素。绘制Kaplan-Meier生存曲线显示，EPHA5-MT组LUAD患者PFS 14.53[5.71～26.23]个月长于EPHA5-WT组7.89(0.59～30.67)个月(P<0.005)。结论:EPHA5-MT是影响LUAD ICI治疗预后的生物标志物。

目的 探讨富含亮氨酸重复序列/Ⅲ型纤维连接蛋白 4(leucine-rich repeat and fibronectin type Ⅲ domain-containing protein 4,LRFN4)在胃癌组织中的表达情况,并分析LRFN4 表达水平与胃癌患者临床病理参数和预后的关系.方法 收集 2017 年 1 月至 12 月于中山大学附属第一医院胃肠外科中心确诊并行手术治疗的胃癌患者组织标本 8 对(包含胃癌组织和癌旁正常组织),并选取 2004 年 1 月至 2005 年 12 月在同一中心行手术治疗的 117 例胃癌患者的术后组织标本制成胃癌组织芯片.分析LRFN4 在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库胃癌数据集中的表达情况,应用蛋白质印迹法及实时荧光定量聚合酶链反应检测LRFN4 在 8 对新鲜胃癌组织及癌旁正常组织中的表达,应用免疫组织化学检测LRFN4 在胃癌组织芯片中的表达.分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者其临床病理参数的差异.应用Kaplan-Meier法分析不同LRFN4 表达水平的胃癌患者的预后情况.应用单因素和多因素Cox回归分析法分析胃癌患者预后的影响因素.结果 LRFN4在TCGA数据库胃癌数据集的胃癌组织以及新鲜胃癌组织中呈高表达状态.LRFN4 高表达的患者,表现出更大的肿瘤大小以及更为进展的T分期、N分期、M分期和TNM分期(均P<0.05),其预后也较差(P<0.001).单因素和多因素Cox回归分析提示LRFN4 在胃癌组织中的高表达是影响胃癌患者预后的独立危险因素(HR=3.898,95％CI 2.273～6.686,P<0.001).结论 胃癌组织中LRFN4 高表达与患者较差的预后相关,可能成为预测胃癌患者预后的生物标志物之一.

目的 分析 1 例胎儿生长受限、长骨短、头围偏小及双肾回声增强胎儿的遗传学病因,探讨NIPBL基因无义突变的临床意义.方法 收集胎儿及其父母的临床资料,通过羊水染色体核型分析、人类基因组拷贝数变异检测(CNV-seq)、全外显子组测序(WES)及Sanger测序验证NIPBL基因的变异位点.检索中国知网、万方数据、万方医学网、Pubmed等数据库,并进一步分析患儿的临床症状及基因突变位点.结果 测序结果提示胎儿NIPBL基因 21 号外显子存在c.4555A>T杂合变异,其父母未检测到相同的变异.上述变异在人类外显子数据库(ExAC)、参考人群千人基因组(1000G)和人群基因组突变频率数据库(gnomAD)等中均未见收录,综合判断为有害变异.结论 NIPBL基因c.4555A>T(p.Lys1519*)无义变异的检出为该家系的产前诊断及家庭生育提供了实验依据.

目的 采用孟德尔随机化方法研究人体成分与跟骨骨密度的因果关系.方法 利用全基因关联分析数据,暴露因素为全身脂肪量、全身水分量和去脂体质量,结局变量为跟骨骨密度.采用IVW法、MR-Egger法、加权中位数法、简单模式法、加权模式法进行孟德尔随机化分析,并行异质性、敏感性、多效性分析以检验结果可靠性.结果 IVW法显示全身脂肪量与跟骨骨密度存在正向因果关系(β=1.10,95％CI 1.05～1.15,P＜0.001),MR-Egger法、加权中位数法、加权模式法与IVW法结果一致,敏感性分析显示单核苷酸多态性无异质性和水平多效性;IVW法显示全身水分量与跟骨骨密度因果关系无统计学意义(β=0.96,95％CI 0.91～1.02,P＞0.05);IVW法显示去脂体质量与跟骨骨密度之间因果关系无统计学意义(β=0.97,95％CI 0.91～1.03,P＞0.05).结论 人体全身脂肪量与跟骨骨密度存在正向因果关系.