目的:制备新型冠状病毒野生株(WT)、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1分支)等7株单克隆病毒株，用于申请国家标准株。方法:利用蚀斑纯化技术感染Vero细胞后筛选单克隆毒株，通过观察细胞病变特性与病毒形态学特征、病毒滴度与全基因组序列测定、支原体检测等方法，以评价单克隆毒株的基础生物学特征。结果:WT株、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1)7株病毒感染细胞后，细胞病变表现为细胞圆缩脱落；蚀斑纯化后的病毒支原体检测均为阴性，2代至5代的病毒滴度在10 5～10 8 TCID 50/ml之间；电镜下病毒颗粒呈圆形或者椭圆形，直径在60～140 nm之间；全基因组测序与系统进化分析明确了7种毒株的变异株类别，证实了单克隆毒株连续传代5代基因组特征稳定。 结论:制备7种代表性新型冠状病毒变异株的克隆株，具有典型冠状病毒细胞病变效应、形态结构清晰、病毒活性良好、遗传稳定等特性，可作为候选毒株用于申请国家标准株。

羊传染性脓疱病毒（orf virus，ORFV）是一种嗜上皮性病毒。近年来，随着对ORFV生物学特性、致病机制、抗肿瘤作用的深入研究，研究者发现ORFV是一个前景广阔的新型溶瘤候选病毒。优势包括：基因组较大，允许多个外源基因的整合；受感染者中缺乏抗体，避免了溶瘤病毒的传递障碍－血清中的中和抗体；致病性低，病变部位往往呈现局部、自限性的特点；对宿主具有强大的免疫调节功能；对多种肿瘤细胞的生长具有抑制作用；抗肿瘤的机制依赖于固有免疫细胞，适用于一般免疫缺陷的患者等。

Y1 转座酶关联转座子(Y1ATs)的活性催化位点为一个酪氨酸,能够切割和连接单链DNA,在原核生物分布广泛.为探究Y1 转座酶关联转座子在大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)与沙门氏菌(Salmonella enterica,S.ente)基因组中系统进化特性,通过Hmmsearch程序对Y1 转座酶关联转座子进行了挖掘分析.结果表明,Y1 转座酶关联转座子广泛分布于96.84%大肠杆菌基因组和 80.4%沙门氏菌基因组.根据序列比对和蛋白结构域预测将Y1 转座酶关联转座子分为10 类,均隶属于IS200/IS605 超家族,其中 11 645 个属于IS200 家族,4 811 个属于IS605 家族.IS200 家族广泛分布于S.ente基因组中(72.24%),而IS605 家族广泛分布于E.coli基因组中(89.38%).IS200 拷贝数以及完整拷贝数显著高于IS605.IS200 家族仅含有一个Y1转座酶编码区,而IS605 家族含两个开放阅读框,分别编码Y1 转座酶和TnpB蛋白.IS200 家族的Y1 氨基酸序列高度保守(95.3%),而IS605 家族的Y1 和TnpB具有较高遗传多样性,为研究转座子在原核生物的遗传进化模式提供重要参考.IS200家族具有高度保守的Y1 转座酶,且完整拷贝数比例较高,提示该类转座子可能具有转座活性,对其活性的挖掘有利于研制转座子介导的新型高效基因编辑工具.

目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养，联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件，分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示，该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支，宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近，与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂，具有明显的遗传多样性。分子特征显示，该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征，倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上，该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒，分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低，但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

人冠状病毒（human coronavirus，HCoV）HKU1是常见的呼吸道病毒，属于冠状病毒科，β属Embecovirus亚属。HCoV-HKU1有A、B、C三种基因型，C基因型来自A和B基因型的基因重组。基因重组和基因突变是其进化的两种方式。HCoV-HKU1呈世界范围流行，成人、儿童普遍易感，症状以普通感冒为主，可引起胃肠炎和肺炎，偶有引起神经系统症状的报道。基于建立的HCoV-HKU1体外培养体系，病毒刺突蛋白（spike，S）晶体结构的解析取得突破，加深了对HCoV-HKU1生物学特性和感染机制的了解。本文对HCoV-HKU1的基因组结构、遗传变异、感染机制和流行特征等方面研究进展做一综述。

目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况，为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株，通过全基因组核酸提取、文库构建，应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定，利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树，解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%～100.0%，相似性差异最大的是HA基因(97.1%～99.9%)，差异最小的是MP基因(98.6%～99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%)，不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2＝14.293， P＝0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致，3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇，1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变，与当年疫苗株匹配性较低，建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测，为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。

目的:了解一株分离自临床血液标本中罕见菌——阿尔塔米拉金色单胞菌( Aureimonas altamirensis)的生物学特点、鉴定方法、基因组结构和临床意义。 方法:对一株血培养分离菌的培养特性、简单生化特征观察了解；用实验室常规的生化鉴定仪、MALDI-TOF质谱仪和16S rRNA基因序列分析鉴定分离菌，并将测得的16S rRNA基因序列与相关菌株构建16S rRNA系统进化树；对分离菌基因组进行测序和组装，利用相关软件对基因组作基因预测和功能注释。将分离菌与GenBank数据库中收录的相近菌株作基于31个House-Keeping基因进化树分析和全基因组同源核苷酸平均一致性(average nucleotide identity，ANI)分析。结果:分离菌为过氧化氢酶、脲酶、氧化酶反应阳性的革兰阴性无芽孢需氧小杆菌，在血平板上生长缓慢，不能被自动化细菌生化鉴定仪和MALDI-TOF质谱鉴定仪可靠鉴定，16S rRNA基因序列分析和进化树显示：该菌16S rRNA基因序列与GenBank收录的NML070722和IARI-ABL-26阿尔塔米拉金色单胞菌16S rRNA基因序列(序列号为EU442518.1和KC581669.1)一致性最高，相似性均为99.93%。全基因测序结果表明该菌基因组(国家微生物科学数据中心基因序列号：NMDC60043566)总长为4 332 458 bp，GC含量65.14%；编码4 088个基因，功能基因注释显示功能基因主要富集于蛋白质、氨基酸、碳水化合物转运和代谢类功能区，致病基因分析预测到两个可靠性高毒力因子基因，未预测到耐药基因。基因组House-Keeping基因进化树分析显示该菌与阿尔塔米拉金色单胞菌DSM21988和C2P003(NCBI基因组序列号为GCF 001463885.1和GCF 000800175.1)高度同源，但全基因组ANI分析显示其基因组与两菌存在较大差异。结论:在国内临床标本中分离出罕见的阿尔塔米拉金色单胞菌，其生物学和基因组特点还没有被充分认识，目前常规方法难以正确鉴定，其对免疫低下患者的致病性和在临床标本中分离的意义可能还需要更多的病例研究。

目的:探讨囊泡介导的转运相关基因（VMTGs）与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）预后的关系，构建预后风险评分模型及列线图。方法:从癌症基因组图谱（TCGA）和基因表达数据库（GEO）分别获取601例和55例信息完整的ccRCC临床和转录组数据，从Reactome数据库下载722个VMTGs。使用"DEseq2"R包分析得到TCGA中肿瘤和正常样本的差异表达基因（DEGs），与VMTGs取交集得到142个差异表达的VMTGs，其中96个上调基因，46个下调基因。通过单因素Cox分析筛选得到59个预后相关基因。依次通过最小绝对值收敛与选择算子（LASSO）回归、逐步回归分析及多因素Cox分析构建模型。根据模型评分将患者分为高、低风险组，Kaplan-Meier生存曲线分析高、低风险组的生存差异。用GEO数据集对风险评分模型进行验证，分析高、低风险组生存差异。通过单因素和多因素Cox分析评估风险评分模型的预后价值。结合风险模型评分和临床特征构建列线图。结果:通过分析得到7个预后相关的VMTGs[驱动蛋白家族成员18B（KIF18B）、分拣蛋白1（SORT1）、溶质载体家族18成员A3（SLC18A3）、驱动蛋白家族成员13B（KIF13B）、血清淀粉样蛋白A1（SAA1）、锚蛋白3（ANK3）以及缝隙连接蛋白β1（GJB1）]，用于构建风险评分模型，低风险组的预后优于高风险组，差异有统计学意义（ χ2＝57.0， P<0.01）。接受者操作特性曲线（ROC）中1、3、5年曲线下面积（AUC）分别为0.785、0.740、0.739，提示风险评分模型具有良好的预测效能。GEO队列中低风险组的预后优于高风险组，差异有统计学意义（ χ2＝5.6， P<0.05），且1、3、5年的AUC分别为0.914、0.873、0.763，表明预测预后效能较好。单因素[风险比（ HR）＝2.718，95%置信区间（ CI）＝2.253～3.280， P<0.01]和多因素（ HR＝2.100，95% CI＝1.717～2.570， P<0.01）Cox分析结果显示风险评分模型是独立的预后因素。列线图1、3、5年的AUC（分别为0.869、0.812、0.783）表明预测预后效能较好。校准曲线和决策曲线（DCA）显示列线图的预测准确性较好。 结论:基于VMTGs的风险评分模型及列线图可以准确预测ccRCC患者的预后生存，且能对患者进行有效分层。

背景:彭氏变形杆菌是重要的致病菌,其耐药菌株的出现给公共卫生和食品安全带来了严重威胁.噬菌体能杀死病原菌,具有替代抗生素的潜在能力.目的:以彭氏变形杆菌(Proteus penneri)为宿主菌,从淡水鱼肠道中分离得到一株烈性噬菌体phiP4-3,并对其生物学特性、基因组学和分类学进行了研究.方法:使用透射电子显微镜观察噬菌体的形态;通过一步生长曲线和抑菌曲线,分析噬菌体的杀菌效果;通过基因组测序、注释和比较基因组学分析噬菌体的功能和分类.结果:通过透射电子显微镜观察,phiP4-3噬菌体头部直径为98.83 nm,可伸缩尾部长度为55.35 nm.一步生长曲线结果显示,该噬菌体的潜伏时间约为25 min,每个感染中心释放的噬菌体数量约为17 PFU.抑菌曲线结果显示,噬菌体phiP4-3能有效抑制宿主菌生长.基因组测序组装结果显示,噬菌体phiP4-3的基因组长度为167 849 bp,GC含量为31.5％.使用软件对基因组进行注释,发现噬菌体phiP4-3的基因组上共编码270个ORF和8个tRNA基因.综合比较基因组学、分类学及国际病毒分类委员会(ICTV)的分类结果,将其归类为Straboviridae科Bragavirus属病毒.结论:分离得到一株新彭氏变形杆菌噬菌体,并对其生物学特性和基因组进行了分析,为噬菌体在公共卫生和食品安全中的应用提供了理论依据.

染色质拓扑相关结构域(topological associated domain，TAD)是基因组三维结构和转录调控的基本单位。相邻TAD以特征序列边界间隔，形成相对独立的功能域，TAD内部基因的转录受到共同调控，而TAD间彼此互不影响。TAD结构的改变与多种疾病的发生密切相关。本文对TAD的重要组成、特性、对疾病发生的影响及常用的染色质互作研究方法进行综述。