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两个 FGB基因c.1115 T>A杂合变异导致的遗传性异常纤维蛋白原血症家系的表型及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:对2个遗传性异常纤维蛋白原血症家系进行临床表型和基因型分析,初步探讨其发病机制。方法:采集先证者及其家系成员的外周血并进行常规出凝血、血浆纤维蛋白原活性(fibrinogen activity,Fg∶A)和纤维蛋白原抗原(fibrinogen antigen,Fg∶Ag)检测。用PCR方法扩增纤维蛋白原 FGA、 FGB和 FGG基因的所有外显子及其侧翼序列,扩增产物纯化后直接测序分析,寻找基因变异位点;用4个生物信息学预测软件对变异进行功能预测;采用PyMol软件对变异蛋白进行结构分析;用Clustal X软件分析变异氨基酸的保守性。 结果:2例先证者凝血酶时间(thrombin time, TT)延长且不能被硫酸鱼精蛋白校正,Fg∶A明显降低,分别为(1.25 g/L和1.17 g/L),但Fg∶Ag含量正常,分别为(3.50 g/L和3.81 g/L)。基因分析显示2例先证者均为 FGB第7外显子c.1115 T>A(p.Val372Glu)杂合错义变异,变异均来源于父亲。4个生物信息学软件预测结果均表示此变异为有害变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异标准与指南,c.1115 T>A变异判定为可能致病性变异(PM2+PP1+PP2+PP3+PP4)。Clustal X软件保守性分析结果表明Val372在同源物种间高度保守;PyMol显示p.Val372Glu变异使Fg蛋白二级结构和三维结构改变,导致活性降低。 结论:2例先证者是 FGB c.1115 T>A所致的遗传性异常纤维蛋白原血症,该位点为尚未见报道的新变异。
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编辑人员丨1周前
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染色质拓扑相关结构域的结构与功能研究进展
编辑人员丨1周前
染色质拓扑相关结构域(topological associated domain,TAD)是基因组三维结构和转录调控的基本单位。相邻TAD以特征序列边界间隔,形成相对独立的功能域,TAD内部基因的转录受到共同调控,而TAD间彼此互不影响。TAD结构的改变与多种疾病的发生密切相关。本文对TAD的重要组成、特性、对疾病发生的影响及常用的染色质互作研究方法进行综述。
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编辑人员丨1周前
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一家族性多发CCM家系中 CCM1基因新发突变研究
编辑人员丨1周前
目的:报道一家族性多发脑海绵状血管瘤(CCM)家系中 CCM1基因新发突变情况。 方法:长期跟踪观察于哈尔滨医科大学附属第一医院神经外科确诊的一家族性多发CCM家系,并对家系中部分患者、健康成员的血液和(或)病理组织基因组DNA进行全外显子测序及生物信息学分析以筛选出该家系可能的致病基因,然后对致病基因进行Sanger测序验证及其蛋白产物三维结构预测。结果:全外显子测序显示,患者均存在一种 CCM1基因缺失-移码突变(c.1635delA),该突变导致参考碱基"T"的缺失且该突变目前尚未被报道,而健康成员未存在上述突变。Sanger测序验证显示, CCM1基因第15号外显子1635处碱基"A"缺失,引起 CCM1基因阅读框架改变,导致1652~1654位的核苷酸提前出现终止密码子TAG。蛋白产物三维结构预测显示该新发突变可能导致KRIT1蛋白功能区(C-末端)的Ferm-3结构域部分缺失。 结论:一种 CCM1基因新发缺失-移码突变(c.1635delA)致使该家系中家族性多发CCM的发生。
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编辑人员丨1周前
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全外显子测序对一例甲状腺激素抵抗综合征患者THRβ基因突变的研究
编辑人员丨1周前
目的:对1例甲状腺激素抵抗综合征(resistance to thyroid hormone syndrome,RTH)患者进行临床分析及基因变异检测,并探讨其致病机制。方法:收集先证者的临床资料,抽取先证者外周血基因组DNA进行全外显子测序筛选致病基因,并通过Sanger测序进行验证,同时利用生物信息学软件对变异位点进行蛋白功能分析。结果:先证者表现为胸闷、心悸和持续性房颤等临床表现,血清游离三碘甲状腺原氨酸(FT 3)、游离甲状腺激素(FT 4)和促甲状腺激素(TSH)水平升高,临床高度怀疑RTH并进行基因检测。报告显示甲状腺激素受体β(THRβ)存在c.1313G>A杂合突变,导致第438号氨基酸由精氨酸变异为组氨酸(p.R438H),为错义突变,遗传情况未明。根据ACMG指南,这个变异初步判定为致病性变异。这种变异未见报道,被认为是新发变异。 结论:THRβ基因第8号外显子c.1313G>A突变可能是引起该先证者RTH的原因,该变异c.1313G>A位于THRβ的配体结合域,可能通过影响蛋白的三维结构及活性,从而影响THRβ的功能。
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编辑人员丨1周前
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遗传性球形红细胞增多症患儿16例的 SPTB基因变异特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析16例 SPTB基因变异所致遗传性球形红细胞增多症(HS)患儿的临床特征和变异谱,探讨变异类型与HS临床表型的相关性。 方法:选择2018年11月至2022年7月就诊于首都儿科研究所附属儿童医院血液科门诊的HS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料,采用全外显子组测序对患儿进行检测,对候选变异进行Sanger测序家系验证,同时进行生物信息学分析和蛋白三维结构预测。采用 χ2检验比较具有不同蛋白质功能结构域的 SPTB基因变异位点的患儿的临床表型差异。 结果:16例HS患儿的男、女比例为6:10,中位发病年龄为7岁10个月,主要临床表现为贫血、黄疸、网状红细胞增多,其中轻、中、重度贫血占比分别为56.25%(9/16)、31.25%(5/16)、12.50%(2/16)。基因检测结果显示,16例HS患儿均携带 SPTB基因变异,其中10种变异既往未见报道,7例患儿的变异为新发。生物信息学分析显示,16例HS患儿中 SPTB基因功能丧失型变异(LOF)占93.75%(15/16),错义变异占6.25%(1/16);变异位点分别位于收缩蛋白部分重复结构域(68.75%,11/16)、肌动蛋白结合域CH1(25.00%,4/16)和二聚化结构域(6.25%,1/16)。 χ2检验显示,变异位点位于不同功能结构域的患儿的贫血程度差异无统计学意义( χ2 = 3.345, P>0.05)。蛋白三维结构预测结果显示,c.253G>A(p.G85R)错义变异可能影响蛋白质的正确折叠和二聚化的氢键网络,导致蛋白结构的异常;其余15种LOF变异可产生相应的截短蛋白,影响收缩蛋白的功能。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南,上述变异均被评判为致病或可能致病。 结论:16例携带 SPTB基因变异的HS患儿中轻中度贫血占比较高,变异类型以LOF为主,不同功能结构域的变异并不影响HS患儿的临床表现。本研究丰富了 SPTB基因的致病变异谱和临床表型谱。
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编辑人员丨1周前
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染色质三维结构变化在肿瘤进展中的作用
编辑人员丨1周前
人类基因组不是呈单纯的线性结构,而是通过复杂的折叠和组装成三维结构。染色体结构捕获技术能检测染色质的三维结构。多种肿瘤的Hi-C测序数据表明,在肿瘤的进展过程中染色质拓扑结构发生变化,且与拷贝数变异相关。基因组隔室的转化和基因的表达量相关。但是目前对肿瘤染色质三维结构的研究结论过于宏观,尚处于探索阶段,难以立即应用于临床,需要进一步研究。
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编辑人员丨1周前
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ABCA4基因新突变导致的Stargardt病一家系的临床特征与遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:对1个Stargardt病家系进行临床特征与遗传学分析,并探讨三磷酸腺苷结合盒家族亚科A成员4(ABCA4)基因突变在Stargardt病中的致病性。方法:先证者因视力下降于2021年5月就诊于济南市第二人民医院,对先证者及家系成员进行详细的眼科检查,根据Stargardt病临床诊断标准评估确诊先证者为Stargardt病。提取先证者及家系其他成员基因组DNA,对先证者DNA进行全外显子测序寻找致病的突变基因。通过PolyPhen-2、SIFT、MutationTaster等网站分析突变位点危害性,利用Sanger测序验证并确认致病突变,进行同源物种保守性分析及三维蛋白结构功能预测以分析其致病性。结果:眼科检查表明先证者双眼视力下降、黄斑萎缩并伴有“牛眼征”,其他家系成员均正常。通过先证者的全外显子测序分析和家系成员及正常对照的Sanger测序验证,ABCA4基因的复合杂合突变(c.215G>A和c.6563T>C)与该家系患者表型共分离。SIFT、PolyPhen-2和MutationTaster网站预测这2个突变均有害,保守性分析和三维蛋白结构模型预测表明该突变导致蛋白的结构发生改变,影响蛋白质功能。结论:ABCA4基因的复合杂合突变(c.215G>A和c.6563T>C)为该Stargardt病家系携带的致病突变。
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编辑人员丨1周前
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RS1基因新致病突变c.361C>T引起X连锁视网膜劈裂症
编辑人员丨1周前
目的:对1个X连锁视网膜劈裂症(XLRS)家系进行基因分析,观察其 RS1基因的突变位点。 方法:回顾性临床研究。一个4代26人的XLRS家系中3例患者及12名家系成员纳入研究。其中,男性8名,女性7名。所有受试者均行眼科常规检查;3例患者中,行光相干断层扫描(OCT)检查2例。抽取所有受试者的外周静脉血,提取全基因组DNA,Panel测序法筛选潜在致病基因。利用软件工具对突变进行保守性分析、致病性分析和蛋白结构预测。并根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南分析基因突变的致病性。结果:先证者,3岁。OCT检查,双眼黄斑区视网膜内核层隆起囊腔样改变,被垂直或斜形桥状组织分割。先证者舅舅,32岁。OCT检查,左眼黄斑区萎缩;右眼黄斑区囊样隆起,被垂直或斜形桥状组织分割。先证者父母及其他家系成员10名眼底检查均未见异常。Panel测序结果显示,先证者(Ⅳ3)及2例患者(Ⅱ1、Ⅲ8) RS1基因第5外显子上存在c.361C>T/p.Q121X半合子突变;其母亲为该基因杂合突变携带者,父亲无变异。该突变基因导致RS1蛋白提前终止,由原来编码224个氨基酸突变为120个氨基酸的截短蛋白。眼底检查正常的10人中,正常者6人;该基因突变携带者4人,均为女性。蛋白序列同源性分析结果显示,该突变位点在12种哺乳动物中均高度保守。RS1蛋白三维结构分析结果显示,突变后的蛋白C端氨基酸序列缺失>50%。ACMG指南分析结果显示,该突变为致病性突变。 结论:该XLRS家系 RS1基因突变位点c.361C>T/p.Q121X为XLRS新的突变位点。
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编辑人员丨1周前
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KMT2D基因新发双突变致歌舞伎面谱综合征的研究
编辑人员丨1周前
目的:通过筛查1例歌舞伎面谱综合征(Kabuki syndrome,KS)患者的致病基因并分析其可能的致病机制,为KS的遗传咨询、产前筛查和产前诊断以及早期治疗提供依据。方法:纳入2020年12月就诊于武汉大学口腔医(学)院正颌与唇腭裂整形外科的1例16岁女性KS患者,收集患者及其家系成员的临床资料、外周肘静脉血样本,通过改良盐析法提取基因组DNA,全外显子组测序(whole-exome sequencing,WES)分析其致病基因,并采用Sanger测序验证。利用Alphafold2、AntheProt及DOG.2.0.1等生物信息学软件分析突变蛋白在三维结构、二级结构和理化性质方面的改变。此外,本研究基于人类基因突变数据库总结了KS患者中组蛋白甲基转移酶2D(histone-lysine N-methyltransferase 2D,KMT2D)基因突变的分布特点。结果:该患者表现为典型的KS特殊面容、先天性腭裂、第五指畸形、先天缺牙、肾发育不良和肾积水。WES结果显示该患者携带KMT2D基因新发双突变,即c.[1166A>C;1167dupC](NM_003482),且二者位于同一等位基因上(顺式);以上结果均经等位基因特异性PCR证实。生物信息学分析表明,与野生型KMT2D蛋白相比,突变蛋白p. Y389S、p.V390Rfs*26构象中增加了3个α-螺旋,减少了1个β-转角和1个β-折叠,丢失了C端FYRN、FYRC、SET、PostSET结构域。结论:本研究在KS患者中发现了KMT2D基因的新发双突变,且位于同一等位基因,扩大了KMT2D基因的突变谱,为KS的遗传易感性咨询、产前诊断以及早期治疗提供了证据。
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编辑人员丨1周前
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成釉细胞瘤临床研究前模型构建及精准治疗研究前景
编辑人员丨1周前
成釉细胞瘤(ameloblastoma,AM)是病因不明,易复发、可恶变的良性牙源性肿瘤,刮治术后复发率高,颌骨部分切除术影响患者口腔颌面部结构功能。全基因组测序结果显示BRAF基因突变和SMO基因突变较常见,且二者发生倾向于互斥。个别病例报告表明BRAF抑制剂对携带BRAF V600E的患者有效,而开展大规模临床研究有困难,因此亟需可靠的临床研究前模型来探索AM靶向药物治疗。体外细胞模型及小鼠体内移植瘤模型是常见的临床研究前模型。二维培养良性肿瘤增殖能力有限,永生化处理后很可能影响细胞表型;此外,AM在裸鼠皮下移植瘤成功率较低,人源化小鼠异种移植瘤模型待更多探索。而目前三维类器官有希望实现AM干性上皮细胞亚群培养,进而模拟体内肿瘤、用于精准治疗药物研发。本文对AM临床研究前模型、遗传变异特征的研究进展展开综述,提出可进行药物筛选等研究的AM类器官模型构建的研究前景,从而为更多患者提供个性化治疗可能。
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编辑人员丨1周前
