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海南金鲳人工养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析
编辑人员丨3天前
为评估海南省金鲳(Trachinotus blochii)人工养殖群体的种质资源背景及群体遗传结构,研究利用16对微卫星标记对采集自海南东方基地(晨海群体,CH)、陵水基地(青利群体,QL)、三亚基地(蓝粮群体,LL)共3家繁育公司的210尾金鲳进行了群体遗传学分析.结果显示,16个微卫星标记在3个群体中共检测到251个等位基因(Na),平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态信息含量(PIC)分别为0.630、0.714及0.679,各位点的基因流(Nm)平均为5.217.其中QL群体具有较高的遗传多态性.群体间的Nei's遗传分化系数(Fst)介于0.017-0.038,AMOVA结果显示个体间的遗传变异占总变异的87%.STRUCTURE遗传聚类分析将3个群体分为两个亚群(K=2),QL与LL构成遗传亚群I,而CH构成遗传亚群II.UPGMA聚类分析结果与STRUC-TURE基本一致,并进一步揭示了CH群体与QL、LL群体之间在遗传结构上的差异.综上,3个不同来源的海南省金鲳养殖群体尚保持较高的遗传多样性,且存在一定的遗传结构差异.研究结果可为金鲳种质资源的评价与利用提供一定的数据支撑.
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编辑人员丨3天前
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三带双锯鱼(Amphiprion ocellaris)烟碱型乙酰胆碱受体基因的克隆及生物信息学分析
编辑人员丨1周前
鱼类的许多生理过程都受到烟碱型乙酰胆碱受体(nicotinic acetylcholine receptors)的调节,如神经肌肉信号传递.在海洋环境中,三带双锯鱼(Amphiprion ocellaris)被芋螺(Conus)捕食的过程与烟碱型乙酰胆碱受体密切相关.本研究以三带双锯鱼肌肉、脑、肠道组织的cDNA作为模板,克隆三带双锯鱼烟碱型乙酰胆碱受体不同亚基的基因,在此基础上进行生物信息学分析,同时构建系统进化树.研究结果表明,从三带双锯鱼肌肉组织中克隆得到了烟碱型胆碱能受体α1亚基(cho-linergic receptor nicotinic alpha 1 subunit,chrna1)和烟碱型胆碱能受体 e 亚基(cholinergic receptor nicotinic epsilon subunit,chrne)基因序列;从脑组织中克隆获得烟碱型胆碱能受体α10亚基(cholinergic receptor nicotinic alpha 10 subunit,chrna10)基因序列.将得到的基因序列利用Colabfold软件对其编码蛋白的3D结构进行预测,所得结果与已经解析的烟碱型乙酰胆碱受体的结构高度相似.采用荧光定量PCR技术对chrna1、chrne、chrna10基因在三带双锯鱼肌肉、脑、肠组织中的表达水平进行检测,结果显示,chrna1、chrne基因在肌肉组织中的表达量非常高,在脑组织中的表达量非常低,肠道组织中没有检测到表达.chrna10基因在脑组织中的表达量较低,在肌肉、肠道组织中没有检测到表达.系统进化树结果表明不同物种间乙酰胆碱受体的蛋白序列高度保守,三带双锯鱼与模式生物斑马鱼(Danio rerio)几乎同源.
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编辑人员丨1周前
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基于机器学习的利用药物标签信息定量预测药物-药物相互作用
编辑人员丨1周前
目的 用现有药代动力学(PK)药物相互作用(DDI)信息的数据库,构建出可用于预测AUC倍数变化(FC)的机器学习模型,用于探究对现有DDI预测的可能,为临床用药提供一定的合理建议.方法 从美国食品药品监督管理局(FDA)认证的药品标签中提取DDI的PK数据和AUC倍数变化的数据.通过DrugBank检索出DDI有关的多肽和药效学(PD)信息,用蛋白质资源(UniProt)对相关多肽ID进行药物类型(PPDT)标识,用矩阵归一化的代码生成便于分析的多维向量数据.PPDT对AUC的影响和所产生的倍数变化作为因变量,进行机器学习模型构建.用均方根误差(RMES)值最小的模型进行模型构建,训练出袋装决策树(Bagged)预测模型.利用训练好的模型对部分药物检验,检测模型的预测性别.通过查阅现有的有关检测DDI对的文献研究结果,对预测值进行分析比较,对模型进行评价.结果 检验模型药物对共16对,分别为16种药物对他克莫司的影响,发现对DDI的有无预测准确率为81.25%;预测结果根据FDA标准分类强弱,结果表明,DDI强弱预测,偏离较大的预测较少.结论 模型预测DDI的有无评价一般;但对DDI的强弱分类后,对DDI的预测结果较好,预测结果说明模型预测性能对于在临床试验之前进行潜在的DDI评估具有一定的参考价值.
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编辑人员丨1周前
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美托洛尔对脓毒症心肌损伤预后的影响:基于MIMIC-Ⅳ数据库的回顾性研究
编辑人员丨1周前
目的 β受体阻滞剂在治疗脓毒症心肌损伤(sepsis included myocardial injury,SIMI)方面展现出潜在的治疗价值.本研究的目标的是探索美托洛尔治疗对与SIM1患者预后的影响之间的关联.方法 本研究中的SIMI患者主要来源于重症监护医学信息数据库(MIMIC)-Ⅳ.将筛选后的SIMI患者分为使用美托洛尔组和未使用美托洛尔组,随后进行倾向性匹配分析(PSM)以减少组间基线偏差.主要结局为28 d全因病死率,次要结局为90 d和1年全因病死率.采用Kaplan-Meier(K-M)曲线和Cox回归分析评价美托洛尔对SIMI患者预后的影响.此外,我们收集了首都医科大学附属北京朝阳医院的数据进行外部验证.结果 PSM前后的队列分别包括2550例和1912例患者.在PSM队列中,K-M曲线显示,使用美托洛尔组患者的28 d、90 d、1年累积病死率显著低于未使用美托洛尔组;多因素Cox回归显示,美托洛尔的使用与较低的28 d病死率[风险比(HR)=0.56,95%可信区间(CI):0.47~0.66,P<0.001]、90 d 病死率(HR=0.65,95%CI:0.56~0.75,P<0.001)和 1 年病死率(HR=0.69,95%CI:(0.61~0.78),P<0.001)均相关.外部验证进一步证明了这一结果.结论 美托洛尔的使用与SIMI患者全因病死率降低相关.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学及生物信息学研究E7766治疗膀胱癌的作用分析
编辑人员丨1周前
目的 本文旨在通过网络药理学和在线生物学分析,探究E7766治疗膀胱癌的作用靶点以及作用机制.方法 借助多个药物与疾病数据库,获得E7766和膀胱癌的相关靶点.利用Cytoscape软件,确定E7766治疗膀胱癌的核心靶点.通过David数据库对筛选出的靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路分析.运用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库分析核心靶点在膀胱癌中的表达以及与患者预后的关系.用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库对核心靶点基因进行免疫浸润分析.结果 获取了药物-疾病核心基因靶点:胱天蛋白酶3(CASP3)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、西罗莫司靶蛋白(mTOR)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1).KEGG富集分析结果表明细胞凋亡通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多个通路对膀胱癌产生治疗作用.GEPIA数据库分析发现MMP9在膀胱癌组织中高表达,PTGS2低表达,差异有统计学意义(P<0.05);MAPK1表达水平与预后呈负相关,MAPK表达越低,患者的预后越好(P<0.05).TIMER肿瘤免疫数据库发现了核心靶点与多种免疫细胞的浸润水平密切相关,在树突细胞和CD8+T细胞的浸润中起重要作用.结论 E7766通过CASP3、MMP9、mTOR、PTGS2、MAPK1等多个靶点及细胞凋亡、TNF信号通路等多条通路影响膀胱癌细胞的凋亡、炎症等生物学过程.
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编辑人员丨1周前
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国内心电散点图期刊论文的统计分析
编辑人员丨1周前
目的 回顾国内心电散点图的研究历程,客观评价期刊、单位、个人对心电散点图学研究的贡献,为后续研究选题、交流、合作等提供参考.方法 检索中国知网主题为散点图,学科为心血管系统疾病,发表时间截至2023年12月31日的所有期刊文献,然后通过浏览摘要剔除非心电散点图理论或研究类文献.统计数据截至2024年3月31日.将入选文献题名、作者、单位、单位所在地、来源期刊、发表时间、被引频次、下载频次等信息逐条录入Excel表格后进行汇总、归纳.研究分析内容包括:①入选总文献量、来源期刊、第一作者及单位与地域分布、发表时间分布、主题特征、文献的被引频次及下载频次.②被引频次降序排序前20的文献第一作者及单位、主题、刊发期刊、被引频次、下载频次、发表时间.③发文量排名前三的期刊发文量、被引频次、下载频次.④发文量排名前三的作者发文量、被引频次、下载频次.结果 ①最终入选466篇文献.2012年之前20年的时间发表散点图文献68篇(14.6%),2012年之后约12年的时间发表398篇(85.4%).2005年之前主题有散点图分析、心率变异、非线性分析,2005年之后出现动态心电图,2011年之后出现时间-RR间期散点图、心律失常、快速诊断等.来源期刊达137种,其中5本心电专业性期刊累计发文量达242篇(51.9%).发文地区涉及29个省级行政区,湖北、河南、北京发文量排名前三.发文第一作者涉及275个单位,发文量排名前三的单位分别是武汉大学人民医院、郑州大学第二附属医院、中国中医科学院望京医院.发文第一作者318位,第一作者发文量前三名为景永明(27篇)、向晋涛(26篇)、李方洁(13篇).入选文献篇均被引频次6.90次,篇均下载频次136.40次.②被引频次排序前20的文献被引频次均≥30次,三位作者高被引论文较多(向晋涛8篇,李方洁5篇,景永明2篇).主题主要涉及散点图的基础理论与方法研究.③发文量排名前三的期刊分别为《中国心脏起搏与心电生理杂志》《实用心电学杂志》《临床心电学杂志》,发文量分别为107、68及38篇,三种期刊的篇均被引及篇均下载频次均高于所有入选文献的篇均被引及篇均下载频次.④发文量排名前三的专家论文篇均被引频次高、篇均下载频次多.结论 国内散点图的研究从基础理论到研究应用取得了很大的成绩,整体实力提升的同时,也有高水平专家的引领作用,心电专业性期刊在研究过程中起到了成果记录、传播推动作用.
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编辑人员丨1周前
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公园城市理念下建成区复合生态廊道识别与空间规划引导:以沈阳市中心城区为例
编辑人员丨1周前
公园城市理念为建成区多元要素的复合利用提供了新模式,其中,生态廊道作为城市生态系统的关键组成部分,承担着建成区各生态空间之间信息流动和物质交流的主要职能.本研究以兴趣点数据为数据源,在ArcGIS 10.2平台上识别沈阳市的生态(混合)空间并将其作为源地,再利用最小阻力模型和引力模型在阻力面上识别高阻力、中阻力和低阻力潜在生态廊道,最后根据潜在廊道分布特征提出空间规划引导策略.结果表明:2017-2022年间,研究区生态(混合)空间数量显著增加,生态阻力面呈向外扩张趋势且核心区阻力持续累积,高阻力和中阻力潜在廊道各增加1条,低阻力潜在廊道增加9条,但存在廊道网络结构单一、生态孤岛现象加剧以及阻力不断累积的问题.从公园城市理念出发,针对潜在廊道空间分布特征,提出了强化复合空间廊道支撑体系的空间规划引导策略.
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编辑人员丨1周前
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紫苏AP2基因家族PfWRI1促进植物种子油脂积累
编辑人员丨1周前
AP2转录因子属于AP2/ERF超家族,参与调节植物生长发育的各种生物学过程,以及对生物和非生物胁迫的响应.然而,关于紫苏(Perilla frutescens)AP2转录因子家族的研究未见报道.在本研究中,从紫苏基因组中鉴定到18个AP2家族成员,使用生物信息学方法分析了基因结构、保守基序和顺式作用元件.WRINKLED 1(WRI1)是许多植物物种中脂质生物合成的关键调节因子,在油脂合成过程中发挥重要调控作用.通过序列比对发现其中1个成员与AtWRI1序列高度同源,含有2个保守的AP2结构域,命名为PfWRI1.结合转录物组数据分析了 PfAP2家族基因在紫苏不同组织和种子发育不同阶段的表达水平,结果表明,PfWRI1仅在紫苏种子中高表达,暗示Pf-WRI1 可能与种子的发育过程有关.进而构建植物过表达载体pCAMBIA1303-PfWRI1,通过农杆菌侵染技术转化野生型(Col)以及突变体(wri1-1)拟南芥,分别获得过表达和回补株系.结果表明,相比于Col,PfWRI1的表达导致拟南芥种子含油率提高了 8.90%~13.57%,并促进转基因拟南芥种子中油酸(C18:1)和亚油酸(18:2)的积累,减少棕榈酸(C16:0)、花生酸(C20:0)和花生一烯酸(C20:1)的积累.此外,外源PfWRI1基因的表达增加了糖酵解和脂肪酸生物合成相关基因At-PKP-α、AtPKP-β1、AtBCCP2、AtSUS2和AtLIP1的表达.综上所述,PfWRI1可能通过与上述基因互作,增加不饱和脂肪酸含量来促进油脂积累.
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编辑人员丨1周前
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肝癌行免疫治疗患者延续护理需求的质性研究
编辑人员丨1周前
目的 了解肝癌行免疫治疗患者延续护理需求,为临床制定延续照护策略提供参考.方法 采用描述性质性研究,通过目的抽样法选取17例接受免疫治疗的肝癌患者进行半结构式深度访谈,并应用内容分析法进行资料分析和主题提炼.结果 共提炼出4个主题和14个亚主题:缓解躯体不适需求(消化系统不适症状、皮肤不适症状、全身性不适症状和神经系统不适症状),健康生活方式指导需求(饮食指导需求、康复锻炼指导需求、睡眠促进需求和免疫疗法相关信息支持需求),社会心理支持需求(家庭支持需求、社会参与需求、情绪自我调适需求),社会资源支持需求(降低经济负担需求、社区卫生资源支持需求、多渠道延续照护需求).结论 肝癌免疫治疗患者延续护理服务需求较高,且需求呈现个体化及多样性特征.医护人员需重视患者症状管理,加强健康生活方式宣教,关注患者负性心理和社会参与度,结合患者延续护理需求构建并实施供需匹配的延续照护方案.
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编辑人员丨1周前
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黄河宁夏段黄河鮈群体的遗传多样性与系统发育分析
编辑人员丨1周前
为科学评估黄河鮈(Gobio huanghensis)种质资源状况,进一步加强其种质资源保护工作,本研究在连续3年开展黄河宁夏段资源调查的基础上,同期定点采集青铜峡坝上南长滩村、余丁乡和坝下梅家湾村、月牙湖乡、红崖子乡等5个不同地理群体样本,基于线粒体cox1基因序列及生物信息学分析探讨其遗传多样性和系统发育关系.研究结果表明,在长度为1 428 bp的cox1基因序列区域共检测到162个多态位点,界定了26个单倍型;5个群体中除南长滩群体具有"低Hd低Pi"(Hd:0.468;Pi:0.000 62)特点外,其余群体均呈现出"高Hd 高Pi"(Hd:0.721~0.840;Pi:0.009 18~0.035 88)的分布特点,且青铜峡坝上与坝下群体间具有显著的遗传分化(P<0.05),尤其南长滩、余丁乡2个群体与月牙湖群体达到了种群分化水平;系统发育分析显示黄河鮈与蛇鮈(Saurogobio dabryi)亲缘关系最近.综上所述,结合历年资源调查结果推测,黄河鮈因青铜峡大坝形成了明显的种群地理阻隔,因此建议将黄河鮈划分为青铜峡坝上与坝下2个地理种群,在加强原地保护的基础上,通过人工繁育、增殖放流等人工干预措施,促进坝上、坝下种质资源基因交流,以有效恢复和保护黄河鮈这一珍贵种质资源.
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编辑人员丨1周前
