目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据，对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析，分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性，基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考，采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现， mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示，基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种，但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因，主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外，8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力，与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体， mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的:研究耐药铜绿假单胞菌临床分离株β-内酰胺酶基因的携带状况，及其对β-内酰胺类抗菌药物耐药性的作用。方法:收集2018年3月至2019年5月浙江省杭州市和宁波市两个地区6所医院住院患者首次发现感染时临床分离的98株耐药铜绿假单胞菌，其中宁波地区39株，杭州地区59株。所有菌株采用琼脂稀释法对14种抗菌药物进行敏感性试验，采用聚合酶链反应(PCR)及序列分析的方法分析A、B、C、D四类共39种β-内酰胺酶基因携带情况，阳性基因测序后作BLAST比对。采用SPSS 24.0软件对数据进行分析。结果:98株耐药铜绿假单胞菌中，多重耐药(MDR)菌占81.63%，广泛耐药(XDR)菌占12.25%。所有菌株对多黏菌素B敏感，对亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为94.90%和82.65%，宁波地区分离株对阿米卡星、妥布霉素和庆大霉素的耐药率高于杭州地区分离株( χ2＝31.962、22.440和29.671， P<0.01)，杭州地区分离株对氨曲南和亚胺培南的耐药率均高于宁波地区分离株( χ2＝4.181和5.543， P<0.05)。共检出7种β-内酰胺酶基因，其中 PDC和 OXA-50群的检出率最高，均为100.00%， TEM、GES和 OXA-10群只在宁波地区分离株中检出， KPC只在杭州地区分离株中检出。β-内酰胺酶基因阳性模式有7种，所有菌株均携带 PDC和 OXA-50群，55株(56.12%)只检出 PDC和 OXA-50群。检出 PDC、OXA-50群基因为国内首次报道。 结论:携带 PDC和 OXA-50群基因是导致铜绿假单胞菌对β-内酰胺类抗菌药物耐药的重要原因。

目的:明确本地区碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特点和分子流行病学特征，为临床抗感染治疗提供依据。方法:收集宁波大学附属第一医院和宁波市第二医院碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌92株。用VITEK2 Compact全自动微生物分析仪进行药敏试验；全基因组测序技术确定其荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)与耐药基因等分子特征；使用PlasmidFinder确定菌株的质粒复制子类型；Parsnp进行细菌核心基因组系统发育分析。结果:CRKP主要分离自病情较为危重的老年患者，标本以痰液居多(51.09%，47/92)，其次是尿液(13.04%，12/92)和血液(8.70%，8/92)，感染高发科室为重症监护病房(33.70%，31/92)。所有菌株对常用抗菌药物耐药率高，但对多黏菌素B耐药率较低(6.52%，6/92)。耐药基因以 blaKPC-2为主(78.26%，72/92)，荚膜血清型以KL64为主(48.91%，45/92)，MLST分型以ST11为主(54.35%，50/92)。ST11-KL64是优势克隆型，检出率高达46.74%(43/92)，且携带多个质粒，以IncR和IncFⅡ型为主。 结论:本地区CRKP对临床常用抗菌药物高度耐药，主要携带 blaKPC-2耐药基因，克隆型ST11-KL64在本地区广泛克隆传播，两家医院流行的菌株存在相似性，应加强监控。

目的:了解全国临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌对抗菌药物的敏感性、耐药机制和分子特征。方法:收集自我国31个省、市和自治区151所医疗机构2021年1—6月临床分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌，按区域统一运送至3个中心实验室。中心实验室按照统一的实验方案进行菌种复核鉴定，肉汤微量稀释法测定碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）对抗菌药物的敏感性，所有菌株进行全基因组测序，分析菌株产生的碳青霉烯酶基因和多位点序列分型。结果:共收集CRKP菌株4 314株，CRKP57.7%（2 396/4 152）分离自呼吸道标本，其次为泌尿道标本（12.3%，510/4 152）和血液标本（10.40%，432/4 152）。药敏试验结果显示，氨曲南-阿维巴坦、黏菌素E、多黏菌素B和替加环素对CRKP具有高度抗菌活性（敏感率90.3%~96.4%）。头孢他啶-阿维巴坦及亚胺培南-瑞来巴坦在成人分离株中的敏感率高于儿童［分别为88.9%（3 399/3 822）和75.9%（2 902/3 822），51.4%（253/492）和50.4%（248/492）］，而阿米卡星及复方磺胺甲基异噁唑在儿童分离株中的敏感率更高（65.2%，321/492和65.2%，321/492比25.5%，975/3 822和36.8%，1 407/3 822）。KPC-2基因（85.9%，3 705/4 314）仍是我国CRKP中主要流行的碳青霉烯酶基因类型，其次为NDM（7.8%，336/4 314）及OXA-48-like（1.3%，56/4 314）基因。此外，部分菌株携带KPC-3、KPC-12、KPC-21、KPC-33和 KPC-71等基因。虽然产KPC-2是成人与儿童分离CRKP的主要耐药机制，但检出率差别大，分别为90.2%（3 447/3 822）和52.2%（257/492），儿童患者中CRKP携带NDM基因的比例明显高于成人，分别为41.9%（206/492）和3.4%（130/3 822）。多位点序列分型结果显示，我国临床分离的CRKP仍以ST11克隆型流行为主。结论:不同省市之间分离CRKP的耐药机制和多位点序列分型有所差异。

目的:分析耐多黏菌素肺炎克雷伯菌的耐药机制、分子流行病学和毒力特征。方法:2011年至2016年温州医科大学附属第一医院住院患者的各类临床标本中共分离到1 376株肺炎克雷伯菌。采用琼脂稀释法筛选多黏菌素耐药菌株；采用聚合酶链反应检测多黏菌素耐药相关基因，采用实时荧光定量聚合酶链反应检测耐药基因的mRNA相对表达水平；采用脉冲场凝胶电泳、多位点序列分型和大蜡螟幼虫感染模型分别研究耐药菌株的分子流行病学和毒力特征。结果:从1 376株肺炎克雷伯菌菌株中，共筛选出14株(1.02%)耐多黏菌素肺炎克雷伯菌。10株耐多黏菌素菌株的MgrB发生氨基酸替换(K2E、F28C)，9株菌株的PhoQ发生氨基酸替换(D150G)。所有耐药菌株中均未检测到 mcr、 crrB等基因，与标准菌株相比，耐药菌株的 pmrH和 pmrD的mRNA相对表达水平增加。分子流行病学结果显示，14株耐药株分为9种序列型；大蜡螟幼虫感染模型表明耐多黏菌素肺炎克雷伯菌具有更高的毒力。 结论:耐多黏菌素肺炎克雷伯菌多存在 mgrB和 phoQ基因突变，且 mgrB基因突变可能在菌株毒力的变化中起关键作用；本研究中的多黏菌素耐药菌株之间同源性较低。

目的:分析导管相关性血流感染草螺菌属的鉴定和药敏试验过程，提高临床医师和微生物检验工作者对罕见病原微生物关注和认知。方法:采集1例慢性肾衰竭血液透析患者经透析导管留取的血培养阳性标本，涂片、染色、镜检，并对分离到单个菌落，分别进行质谱分析、生化鉴定和药敏试验；提取细菌基因组DNA，扩增细菌16S rDNA并测序；细菌基因组高通量测序。结果:血培养瓶孵育20 h后阳性报警，涂片见革兰阴性杆菌。血琼脂上孵育16 h，见乳白色、凸起和无溶血菌落。VITEK2 Compact鉴定为洋葱伯克霍尔德菌，N335药敏卡检测药敏结果，发现该菌对氨曲南和多黏菌素耐药，其余抗生素均敏感。VITEK MS质谱仪临床数据库无法鉴定出种属，VITEK MS科研数据库鉴定为 Herbaspirillum huttiense/Herbaspirillum aquaticum。该菌16S rDNA与草螺菌属 Herbaspirillum huttiense、Herbaspirillum aquaticum一致性均>99%。细菌基因组高通量测序，发现本例临床分离株与Genbank数据库中 Herbaspirillum huttiense subsp putei IAM 15032同源性为100%，证实本例分离株为 Herbaspirillum huttiense。 结论:环境微生物演变成人类病原菌种类不断增多，草螺菌属因其生化特性与其他菌种相似，极易被误鉴定，需引起检验工作者的重视。

目的:分析2015—2019年上海市青浦区腹泻门诊病例中5种致泻性大肠埃希菌（DEC）分离株的耐药情况和多位点序列分型。方法:于2015年1月至2019年12月，采集上海市复旦大学附属中山医院青浦分院腹泻门诊病例的肛拭子样本，将经分离培养鉴定为DEC的菌株以微量肉汤稀释法测定菌株的最小抑菌浓度。根据药敏试验结果，选取对第三代头孢菌素类或碳青霉烯类等抗生素耐药，或产超广谱β-内酰胺酶的菌株进行全基因组测序。基于测序获得的MLST分型，通过BioNumerics 7.6软件构建最小生成树，分析当地优势菌群。结果:从4 494份肛拭样本中共分离出513株DEC，检出率为11.42%；完成其中500株对4类9种抗生素的抗生素药物敏感性试验，分别为330株产毒性大肠埃希菌（ETEC）、72株黏附性大肠埃希菌（EAEC）、95株致病性大肠埃希菌（EPEC）、1株出血性大肠埃希菌（EHEC）和2株侵袭性大肠埃希菌（EIEC）。2015—2019年不同年份间对头孢噻肟-克拉维酸的耐药检出率差异有统计学意义（ P<0.05）；各毒力分型DEC对萘啶酸的耐药检出率差异有统计学意义（ P<0.05）。71株DEC的全基因组测序结果显示，共检测到77种耐药基因，并被归类为32个ST分型，优势基因型为ST-1491（29.6%，21/71）和ST-10 Complex（23.9%，17/71）。其中，ST-1491全部产ESBLs，均为 bla CTX-M耐药基因突变株，ST-10 Complex优势基因型为ST-218（35.3%，6/17）。8株EAEC、14株EPEC和49株ETEC分别被归类为7个、14个和18个ST分型。 结论:上海市青浦区腹泻门诊病例的DEC对重点药物的耐药情况较严重；EAEC和EPEC的ST分型呈高度多样性，当地优势ST型与国内东南地区的常见基因型基本一致。

探讨重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）碳青霉烯酶分布情况，并比较耐碳青霉烯类高毒力肺炎克雷伯菌（carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae，CR-hvKP）和耐碳青霉烯非高毒力肺炎克雷伯菌（carbapenem-resistant non-hypervirulent Klebsiella pneumoniae，CR-non-hvKP）两者之间的临床特征。收集并回顾性分析2020年5月至2021年3月西安交通大学第二附属医院重症监护病房49例患者分离的53株非重复CRKP菌株，使用碳青霉烯酶抑制剂增强试验进行产碳青霉烯酶菌株初筛，拉丝试验进行高黏液表型初筛，使用PCR方法检测5种主要的碳青霉烯酶基因（ blaKPC-2、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM和 blaOXA-48-like），常见血清型（K1和K2）和毒力基因（rmpA和iutA），将同时检测出rmpA和iutA基因的菌株视为高毒力肺炎克雷伯菌（hypervirulent Klebsiella pneumoniae，hvKP），并对CR-hvKP进行全基因组测序。针对49例感染患者的临床资料，采用独立样本 t检验，Mann-Whitney U检验，χ2检验或Fisher精确概率法比较CR-hvKP和CR-non-hvKP两者的临床特征差异。重症监护病房分离的CRKP存在广泛耐药，对多黏菌素B和替加环素仍具有良好的敏感性。CRKP主要的耐药机制为产碳青霉烯酶（52/53，98.1%），53株CRKP除1株未检测到碳青霉烯酶外，其余52株CRKP至少检测到1种碳青霉烯酶耐药基因，其中45株携带单一酶型，包括36株 blaKPC-2（36/53，67.9%）、8株 blaNDM（8/53，15.1%）和1株 blaIMP（1/53，1.9%），7株携带两种酶型 blaKPC-2和 blaNDM（7/53，13.2%）。拉丝试验和毒力基因检测结果显示，53株CRKP检出7株（13.2%）CR-hvKP，其中2株拉丝试验阳性。测序结果表明CR-hvKP主要属于ST11型。CR-hvKP感染患者年龄几乎都在60岁以上（7/7），存在侵入性治疗（7/7）、肺部感染高黏液表型（2/7）以及具有较高的死亡率（5/7）；CR-hvKP感染患者的中性粒细胞百分比（86.44±4.70）%高于CR-non-hvKP感染患者（78.90±19.15）%，差异有统计学意义（ t =-2.225， P=0.032）。综上，重症监护病房CR-hvKP菌株以产KPC-2酶，荚膜血清型K2和ST11序列型为主，需加强对CR-hvKP菌株的监测与控制，防止耐药和高毒力菌株的共同进化。

目的:分析1株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）的耐药及毒力特征。方法:将浙江大学医学院附属第二医院粪便中分离到的1株CRKP命名为肺炎克雷伯菌C35，采用微量肉汤稀释法测定抗菌药物的最低抑菌浓度；全基因组测序和基因组分析确定菌株所携带耐药基因和毒力基因；核心基因组单核苷酸多态性（SNP）分型分析CRKP菌株之间的同源性关系；采用接合试验评估耐药基因的转移能力和效率；采用大蜡螟毒力实验测定菌株的毒力表型。结果:肺炎克雷伯菌C35对大多数受试药物耐药，尤其碳青霉烯类、舒巴坦和多黏菌素。SNP分型显示肺炎克雷伯菌C35与多株分离自本院不同病房的CRKP菌株具有很高的同源性。该菌属于ST11型，携带包括 blaKPC-2、 blaCTX-M-199、 mcr-1和 tet（A）变异体等在内的13种耐药基因。 blaKPC-2基因位于>69 800 bp的IncFⅡ型质粒上， blaCTX-M-199和 mcr-1基因共同位于>64 800 bp的IncI2型质粒上， tet（A）变异体位于83 628 bp的不可分型质粒上，3种质粒均为可接合性质粒。肺炎克雷伯菌C35还携带 rmpA和 rmpA2毒力基因以及气杆菌素（aerobactin）相关基因 iucABCD，为典型的碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）。该菌在大蜡螟感染模型中也显示了较强的毒力表型，感染肺炎克雷伯菌C35菌株48 h后大蜡螟幼虫存活率仅为16.7%，明显低于无毒力对照菌株的80.0%。 结论:本研究在1株肠道定植CR-hvKP中检测到多个可接合性耐药质粒，包括同时携带 blaCTX-M-199和 mcr-1基因的IncI2质粒，需引起警惕，并对此类菌株进行主动监测。