目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的:明确本地区碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特点和分子流行病学特征，为临床抗感染治疗提供依据。方法:收集宁波大学附属第一医院和宁波市第二医院碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌92株。用VITEK2 Compact全自动微生物分析仪进行药敏试验；全基因组测序技术确定其荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)与耐药基因等分子特征；使用PlasmidFinder确定菌株的质粒复制子类型；Parsnp进行细菌核心基因组系统发育分析。结果:CRKP主要分离自病情较为危重的老年患者，标本以痰液居多(51.09%，47/92)，其次是尿液(13.04%，12/92)和血液(8.70%，8/92)，感染高发科室为重症监护病房(33.70%，31/92)。所有菌株对常用抗菌药物耐药率高，但对多黏菌素B耐药率较低(6.52%，6/92)。耐药基因以 blaKPC-2为主(78.26%，72/92)，荚膜血清型以KL64为主(48.91%，45/92)，MLST分型以ST11为主(54.35%，50/92)。ST11-KL64是优势克隆型，检出率高达46.74%(43/92)，且携带多个质粒，以IncR和IncFⅡ型为主。 结论:本地区CRKP对临床常用抗菌药物高度耐药，主要携带 blaKPC-2耐药基因，克隆型ST11-KL64在本地区广泛克隆传播，两家医院流行的菌株存在相似性，应加强监控。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)奥密克戎BA.4/BA.5变异株具有相对特异的变异位点，使其与血管紧张素转换酶2受体的结合能力增强，并减少了对跨膜丝氨酸蛋白酶2的依赖；奥密克戎变异株对自然感染和疫苗接种后的免疫作用会产生不同程度的免疫逃逸，其中BA.4/BA.5变异株的免疫逃逸作用更为明显。BA.4/BA.5变异株所致疾病的严重程度与BA.2变异株相比并未发生明显变化，目前的抗原和核酸检测技术仍适用。治疗策略仍是基于病情评估的分层分类治疗策略，其对小分子抗病毒药物仍敏感，而大多数单克隆抗体对BA.4/BA.5变异株的疗效降低甚至无效。随着病毒的持续传播，2019-nCoV仍将不断进化和变异，加强病毒变异的监测、继续做好疫苗研发和接种，以及加强抗病毒药物的研发是应对疫情和病毒变异的关键。

肺炎克雷伯菌是住院患者尤其是老年住院患者肺部感染、血流感染及尿路感染等常见条件致病菌之一。随着碳青霉烯类药物的广泛使用，肺炎克雷伯菌对碳青霉烯的耐药率逐年升高，其所致感染的治疗变得愈发棘手。肺炎克雷伯菌对碳青霉烯耐药的主要机制是产生碳青霉烯酶，我国最常见的碳青霉烯酶为肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶2。碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌存在明显的克隆性传播，不同地区流行的克隆复合群不同，我国主要序列类型(ST)为ST11型肺炎克雷伯菌。分子流行病学特征为制订合理治疗方案提供理论支撑。目前，已有一些抗耐药菌新药研发上市，噬菌体疗法也取得初步成效，肺炎克雷伯菌疫苗研发也在不断探索中，但手卫生等非药物预防仍是关键。

目的:筛查住院患者肠道定植耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌(carbapenem-resistant Enterobacterales，CRE)的检出率，并分析CRE菌株分子的流行病学特征。方法:本研究为前瞻性研究。采集2019年3月至12月安徽医科大学第二附属医院外科重症监护病房、内科重症监护病房和血液内科(移植病房)213例住院患者的粪便、直肠拭子或肛周拭子标本，应用含碳青霉烯类药物的麦康凯平板法筛查CRE菌株，并进行细菌鉴定、药物敏感试验，选取重点菌株进行全基因组测序，并分析其多位点序列分型、荚膜血清型、耐药基因、毒力基因和质粒携带特征。以菌株KPN FJ723042序列作为参考，对所有菌株序列进行单核苷酸多态性分析。结果:共检出CRE菌株23株，检出率为10.8%(23/213)；其中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP)15株(65.2%)，大肠埃希菌和阴沟肠杆菌各3株(13.0%)，弗氏柠檬酸杆菌2株(8.7%)。单核苷酸多态性聚类分析表明，15株CRKP有2组主要克隆型，均在外科重症监护病房内流行。15株CRKP均属于ST11-K64型，均携带β-内酰胺类耐药基因肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶2型(β-lactamase Klebsiella pneumoniae carbapenemase 2， blaKPC-2 )基因；12株CRKP携带毒力基因黏液表型调控基因2型(regulator of mucoid phenotype gene A2, rmpA2)、 iucABCD。 结论:住院患者中肠道定植CRE的检出率较高，以ST11-K64型CRKP为主，CRKP菌株兼具多重耐药性和毒力特征，有医院传播风险。

针对一起于2016年6—9月发生在江阴市新桥镇的伤寒疫情开展暴发确认和传播因素分析。首先收集分离自确诊病例的14株伤寒沙门菌；再采集与疫情相关的外环境样本65份和食品样本13份，运用实时荧光PCR法检测样本中伤寒沙门菌特异基因，采用常规分离培养法分离伤寒沙门菌。对所有伤寒沙门菌分离株进行药敏试验及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析。从外环境样本（K熟食店加工厂井水）中分离得到1株伤寒沙门菌。15株伤寒沙门菌均对萘啶酸耐药，经脉冲场凝胶电泳后共获得2种带型，其中13株病例分离株和环境分离株的PFGE指纹图谱完全一致，另外1株病例分离株的PFGE带型存在1个条带的差异。结合流行病学调查和实验室检测结果，判定本次暴发疫情是由同一伤寒沙门菌遗传克隆的传播而导致，食品加工厂应属于是传播环节之一。

目的:了解生活污水中的A组轮状病毒（RVA）的检出情况及分子流行病学特征。方法:本研究于2016—2018年3年期间，在济南市每月采集生活污水，获得的36份污水样本通过阴离子膜吸附洗脱法浓缩后，进行核酸提取，RT-PCR扩增RVA VP7和VP4基因片段，再经纯化、TA克隆和测序后，对所获得的序列进行基因定型、同源性分析和系统发生学分析。结果:36份污水样本中有31份检测出RVA G基因（检出率为86.1%），33份样本检测出RVA P基因型（检出率为91.7%）。共获得RVA序列536条，其中G基因型序列225条，分属于6个基因型，G9型别占比最多为92.4%（208条）；获得P基因型序列311条，分属于4个基因型，优势型P［8］占50.1%（156条），P［4］次之为41.8%（130条）。系统发生学分析显示优势型别G9、P［8］在当地均存在多个传播链共循环。结论:本研究通过对济南市生活污水所获得的RVA相关序列进行型别、同源性、系统发生学特征的分析，进一步证实RVA环境监测可行且必要。

目的:对1例疑似脑膜炎奈瑟菌阳性病例进行病原学鉴定诊断，评估疫情传播风险。方法:采集患者血液进行脑膜炎奈瑟菌分离培养，通过菌落形态学和菌体革兰染色观察、生化鉴定、乳胶凝集试验、血清玻片凝集试验、核酸检测进行病原鉴定和血清群分群，检测菌株对12种抗生素的敏感性；对病例开展现场流行病学调查并采取疫情防制措施。结果:经多种实验室方法鉴定，该疑似病例确诊为脑膜炎奈瑟菌感染，菌株血清群为Y群，多位点序列分型(MLST)为767，属ST167克隆群，对青霉素、氨苄西林、美罗培南等9种抗生素敏感，对环丙沙星和左氧氟沙星中介，对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑耐药。病例的密切接触者和环境检测结果为阴性。结论:本病例经检测明确病因为脑膜炎奈瑟菌侵袭性感染，菌株为Y群ST167型。流行病学调查显示该病例引发疫情传播流行的风险较低，后续需要持续关注和监测。

目的:分析携带C基因型HBV的母亲病毒基因组变异情况，探讨其与HBV宫内传播的关系。方法:选取2011-2013年在太原市第三人民医院产科住院的399对携带HBV的母亲及其新生儿，通过问卷调查和病历查阅获得母亲及其新生儿基本情况。采用荧光定量PCR和电化学发光法分别检测母亲及其新生儿血清HBV DNA及HBV血清学标志物。新生儿出生后24 h内且主/被动免疫前，股静脉血HBsAg和/或HBV DNA阳性者判定为HBV宫内传播。按克隆测序要求，母亲HBV DNA载量须≥10 6 IU/ml，在54例发生HBV宫内传播者中，以满足克隆测序要求的22对母亲及其新生儿作为宫内传播组；以随机种子方法选择同等数量未发生宫内传播的母亲及其新生儿为对照组，经PCR扩增HBV DNA、基因克隆、测序，对携带C基因型HBV的母亲进行病毒基因组变异分析。 结果:44例样本中39例（88.63%，39/44）为C基因型，其余2例为B基因型，3例为B与C混合型。将42例携带C基因型HBV的母亲的406条克隆株进行基因变异分析，其中宫内传播组204条，对照组202条。HBV宫内传播组PreS1、S、C、P区碱基置换突变率均明显低于对照组（ χ 2值介于8.67~40.73之间， P<0.05）；HBV宫内传播组PreC和X区碱基缺失突变率低于对照组（ χ 2值分别为17.82和34.78， P<0.001）。X区nt1644~1645和nt1649~1650分别存在31 bp和27 bp的插入突变，且均发生于对照组。 结论:携带C基因型HBV的母亲病毒基因组PreS1、S、C、P区碱基置换突变与HBV宫内传播有关；PreC区的缺失突变、X区的插入和缺失突变可能降低了宫内传播的发生风险。