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基于illumina测序技术分析小泡巨鼠肠道微生物多样性
编辑人员丨2天前
为探讨海南岛的小泡巨鼠肠道微生物群落组成及其菌群多样性。2019年12月于海南医学院-香港大学热带传染病联合实验室提取25只海南岛的成年小泡巨鼠(14只雄和11只雌性)粪便样本DNA,基于IonS5TMXL测序平台,利用单端测序(Single-End)的方法,构建小片段文库进行单端测序。通过对测序片段剪切过滤,操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)聚类,利用mothur方法与SSUrRNA数据库对OTUs进行物种注释及丰度分析,并进一步开展α多样性分析(Alpha Diversity)和β多样性分析(Beta Diversity)。结果显示,从25只小泡巨鼠肠道粪便样本中共得到高质量序列1481842条,归属为14个门、85个科、186个属。从门分类水平上,小泡巨鼠的主要核心生物群有厚壁菌门(Firmicutes,46.04%),拟杆菌门(Bacteroidetes,25.34%);随后依次为变形菌门(Proteobacteria,17.09%),柔壁菌门(Tenericutes,7.38%),放线菌门(Actinobacteria,1.67%);这5个门占所有菌门的97.52%。属水平上螺杆菌属( Helicobacter)所占比例最大,为12.44%;其次为乳杆菌属( Lactobacillus,11.39%),梭菌属( Clostridium,6.19%),支原体属( Mycoplasma,4.23%),黄杆菌属( Flavonifractor,3.52%)。综上,高通量测序分析表明海南岛小泡巨鼠肠道菌群结构复杂,菌种多样,具有进一步研究的意义。
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编辑人员丨2天前
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基于COI基因的赣北地区小泡巨鼠的鉴定
编辑人员丨2024/4/27
目的 以线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COI)基因为目的基因,利用DNA条形码技术对未知鼠样本进行鉴定.方法 采用夹夜法对九江市武宁县宋溪镇某村的鼠密度进行调查,经形态学初步鉴定后,以捕获的 1 只无法明确鉴定的大型鼠样本为对象,提取基因组DNA并采用COI基因通用引物BatL5310 和R6036R进行PCR扩增及测序,将测序结果在NCBI网站进行BLAST比对,采用MEGA7 软件选择最大似然法构建系统发育树.结果 共捕获小型兽类7 只,密度为3.38%,经形态学鉴定有褐家鼠2 只,黑线姬鼠2 只,臭鼩鼱2只,形态学初步鉴定为青毛巨鼠或小泡巨鼠的未知鼠1 只,提取的未知鼠样本DNA通过PCR成功扩增出COI基因目的条带,与NCBI基因库中小泡巨鼠(KP995219)序列同源性高达 100%,系统发育树显示该鼠样本与小泡巨鼠(KP995219、KP995203)处于同一分支,遗传距离分别为 0、0.0016,而青毛巨鼠(NC_036730)单独处于另一分支,遗传距离较远.结论 赣北地区首次报道小泡巨鼠,采用COI基因的DNA条形码技术可快速、准确的进行鼠种鉴定,有助于弥补非常见鼠形态学鉴定困难的不足.
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编辑人员丨2024/4/27
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三峡库区重庆段2019-2021年小型兽类及体表媒介蚤监测结果分析
编辑人员丨2023/11/25
目的 分析三峡库区重庆段小型兽类(小兽)及体表媒介蚤监测结果,为相关鼠源疾病防控提供基础资料和科学依据.方法 收集整理2019-2021年三峡库区重庆段小兽及其体表媒介蚤监测资料,分析小兽物种构成和密度变化以及小兽染蚤率、蚤指数等.利用SPSS 25.0软件进行x2检验对数据做统计分析.结果 2019-2021年间三峡库区重庆段监测发现小兽共10种2 860只,平均小兽密度为1.67%.其中居住区密度为2.74%,小兽密度呈现逐年下降趋势(x2=22.493,P<0.001),优势兽种为黄胸鼠、褐家鼠和小家鼠;耕作地密度为0.60%,小兽密度在较低水平波动,各年小兽密度差异有统计学意义(x2=41.953,P<0.001),以黄胸鼠、四川短尾鼩、小泡巨鼠为主;居住区与耕作地小兽构成比差异有统计学意义(x2=1 003.754,P<0.001).小兽染蚤率为18.67%,总蚤指数为0.70,缓慢细蚤为优势蚤种.鼠疫血清抗体检测均为阴性.结论 2019-2021年三峡库区重庆段小兽种群及密度与成库时相比均发生了明显变化,黄胸鼠为优势鼠种,室内黄胸鼠密度远高于国家鼠疫控制标准,蚤种有缓慢细蚤和印鼠客蚤,应高度关注,加强鼠疫监测和及时开展灭鼠灭蚤工作.
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编辑人员丨2023/11/25
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重庆市2021-2022年鼠传病原体监测结果分析
编辑人员丨2023/11/25
目的 监测重庆市重点地区小型兽类携带5种常见鼠媒病原体的流行情况,为指导当地鼠源疾病的防控提供科学依据.方法 2021-2022年,在重庆市中心城区、万州区、涪陵区3个监测点使用笼夜法捕捉小型兽类,提取其肝、脾、肺、肾组织的核酸样本,采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测问号钩端螺旋体(钩体)、莫氏立克次体、巴尔通体,反转录实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法检测汉坦病毒及大别班达病毒.运用Excel 2010软件进行数据汇总和整理,SPSS 22.0软件对实验数据进行统计分析,种群构成比、病原体携带率的比较采用x2检验进行统计分析.结果 共捕获小型兽类9种1 188只,其中褐家鼠最多,占比为33.50%,黄胸鼠占比为26.77%,四川短尾鼩占比26.01%,小家鼠占比为9.85%,其余还捕获小泡巨鼠、大足鼠、北社鼠、黑线姬鼠、灰麝鼩,不同监测点的小型兽类种类构成差异有统计学意义(x2=714.786,P<0.001).所有检测样本中,发现汉城型汉坦病毒阳性4份(只),问号钩体阳性24份(只),巴尔通体阳性8份(只),其余均为阴性.共发现33只小型兽类呈阳性,其中2只黄胸鼠、1只褐家鼠同时携带问号钩体和汉城型汉坦病毒,病原体总体携带率为2.78%,其中汉坦病毒总携带率为0.34%,问号钩体总携带率为2.02%,巴尔通体总携带率为0.67%,3种病原体的携带率差异有统计学意义(x2=18.857,P<0.001).结论 重庆地区小型兽类中监测到问号钩体、巴尔通体和汉坦病毒,检出阳性较多的小型兽类为褐家鼠、黄胸鼠和四川短尾鼩,主要分布于重庆城区的重点行业和万州区的农村居民区,当地应对鼠源疾病流行及防控予以重点关注.
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编辑人员丨2023/11/25
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利用红外相机对贵州茂兰自然保护区兽类和鸟类资源的初步调查
编辑人员丨2023/8/6
2016年8月至12月,在贵州茂兰国家级自然保护区布设69台红外相机 (1台丢失,3台损坏),对区内大中型兽类及林下鸟类资源进行连续监测.共记录到11种兽类和16种鸟类,包括1种国家Ⅰ级重点保护野生动物 (白颈长尾雉Syrmaticus ellioti) 和4种国家Ⅱ级重点保护野生动物 (斑灵狸Prionodon pardicolor、猕猴Macaca mulatta、白鹇Lophura nycthemera、仙八色鸫Pitta nympha) .其中,相对丰富度最高的兽类为小泡巨鼠 (Leopoldamys edwardsi) (RAI=15. 22) 、红腿长吻松鼠 (Dremomys pyrrhomerus) (RAI=9. 58) 、帚尾豪猪 (Atherurus macrourus) (RAI=1. 46) 、鼬獾 (Melogale moschata) (RAI=1. 04) 、赤腹松鼠 (Callosciurus erythraeus) (RAI=0. 57); 相对丰富度最高的鸟类为紫啸鸫 (Myiophoneus caeruleus) (RAI=3. 79) 、白鹇 (RAI=3. 25) 、橙头地鸫 (Zoothera citrina) (RAI=0. 45) 、虎斑地鸫 (Zoothera dauma) (RAI=0. 45) .豹猫 (Prionailurus bengalensis) 、仙八色鸫、灰头鸫 (Turdus rubrocanus) 、灰翅鸫 (Turdus boulboul) 、灰眶雀鹛 (Alcippe morrisonia) 、绿翅金鸠 (Chalcophaps indica) 、黄嘴栗啄木鸟 (Blythipicus pyrrhotis) 为保护区新记录.活动节律分析结果显示,白鹇和紫啸鸫为昼行性动物,帚尾豪猪和鼬獾为夜行性动物,结果与传统方法调查基本一致.本研究结果有助于监测茂兰保护区中大中型兽类和林下鸟类资源,为保护区有效管理提供数据支持.
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编辑人员丨2023/8/6
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利用红外相机技术对广东车八岭国家级自然保护区兽类和鸟类资源的初步调查
编辑人员丨2023/8/6
为深入了解广东车八岭国家级自然保护区野生动物资源现状,于2014年9月至2016年11月在保护区内布设101个红外相机调查位点,累计1 1 399相机日.共获得有动物的独立有效照片2 549张,鉴定兽类和鸟类有9目1 9科43种(兽类1 3种,鸟类30种),包括6种国家Ⅱ级重点保护野生动物:斑灵狸(Prionodon pardicolor)、中华鬣羚(Capricornis milneedwardsii、白鹇(Lophura nycthemera)、仙八色鸫(Pitta nympha)、褐翅鸦鹃(Centropus sinensis)和松雀鹰(Accipiter virgatus).红腿长吻松鼠(Dremomys pyrrhomerus)、小泡巨鼠(Leopoldamys edwardsi)、仙八色鸫、橙头地鸫(Zoothera citrina)和白冠燕尾(Enicurus leschenaultia)为保护区的新纪录物种.相对丰富度指数较高的兽类有红腿长吻松鼠、赤麂(Muntiacus vaginalis)和野猪(Sus scrofa),相对丰富度指数较高的鸟类有白鹇和黑领噪鹛(Garrulax pectoralis).此外,鸟兽物种数呈现一定的海拔分布趋势,以海拔450~600 m之间的物种多样性最高,但差异不显著.与南岭山脉邻近保护区相比,就已发表的红外相机监测结果而言,车八岭的鸟类多样性最高,而南岭保护区的兽类多样性较高,鸟兽的不同分布可能与保护区亚热带常绿阔叶林的面积和生态系统的完整性有关.本次初步调查掌握了车八岭保护区的鸟兽多样性数据,为以后该保护区及整个南岭山脉野生动物资源长期监测积累了基础资料.
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编辑人员丨2023/8/6
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小泡巨鼠是流行性出血热的宿主动物
编辑人员丨2023/8/6
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编辑人员丨2023/8/6
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利用红外相机对广西崇左白头叶猴自然保护区兽类和鸟类资源的初步调查
编辑人员丨2023/8/5
广西崇左白头叶猴国家级自然保护区属于典型的喀斯特地貌,分布着丰富的野生动物资源.为掌握保护区内大中型兽类和林下鸟类资源现状,我们在保护区驮逐片区布设60个红外相机调查位点,于2017年1月至2018年1月开展了连续监测,共收集4 848份独立有效相片,经鉴定为16种兽类和29种鸟类,包括2种国家Ⅰ级和9种国家Ⅱ级重点保护野生动物.小泡巨鼠(Leopoldamys edwardsi)、鼬獾(Melogale moschata)、北树鼩(Tupaia belangeri)、野猪(Sus scrofa)和食蟹獴(Herpestes urva)的相对多度指数分别位于兽类前五位;白鹇(Lophura nycthemera)、蓝背八色鸫(Pittasoror)、紫啸鸫(Myophonus caeruleus)以及黑冠鳽(Gorsachius melanolophuS)的相对多度指数分别位于鸟类前四位.活动节律分析结果表明小泡巨鼠和鼬獾为夜行性动物,野猪、食蟹獠、白鹇和蓝背八色鸫为昼行性动物.核心区、缓冲区和实验区的物种数和多样性指数均无显著差异.本研究结果初步了解了崇左保护区内大中型兽类及林下鸟类物种组成、相对数量及空间分布,为后期的科研工作及保护管理提供基础资料.
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编辑人员丨2023/8/5
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影响巨噬细胞质膜小泡形成因素及其生物活性的研究
编辑人员丨2023/8/5
小鼠、豚鼠腹腔渗出巨噬细胞(Mφ)体外单层伸展后,可用低浓度甲醛诱导产生巨噬细胞质膜小泡(MφV)。该过程表现了对温度、时间及离子的依赖性。Mφ的活性、密度和伸展程度对Mφ发泡也有明显影响。Mφ伸展程度与发泡量间呈高度正相关(r=0.926)。
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编辑人员丨2023/8/5
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巨噬细胞质膜小泡的形成及形态特点研究
编辑人员丨2023/8/5
采用低浓度的甲醛及二硫苏糖醇作为发泡剂,由豚鼠、小鼠腹腔渗出巨噬细胞制备了具有受体活性的巨噬细胞质膜小泡。用相差显微镜及电子显微镜观察了巨噬细胞发泡过程及小泡的形态特点。
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编辑人员丨2023/8/5
