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基于全基因组测序的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌耐药机制及分子特征研究
编辑人员丨4天前
目的:明确本地区碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特点和分子流行病学特征,为临床抗感染治疗提供依据。方法:收集宁波大学附属第一医院和宁波市第二医院碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌92株。用VITEK2 Compact全自动微生物分析仪进行药敏试验;全基因组测序技术确定其荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)与耐药基因等分子特征;使用PlasmidFinder确定菌株的质粒复制子类型;Parsnp进行细菌核心基因组系统发育分析。结果:CRKP主要分离自病情较为危重的老年患者,标本以痰液居多(51.09%,47/92),其次是尿液(13.04%,12/92)和血液(8.70%,8/92),感染高发科室为重症监护病房(33.70%,31/92)。所有菌株对常用抗菌药物耐药率高,但对多黏菌素B耐药率较低(6.52%,6/92)。耐药基因以 blaKPC-2为主(78.26%,72/92),荚膜血清型以KL64为主(48.91%,45/92),MLST分型以ST11为主(54.35%,50/92)。ST11-KL64是优势克隆型,检出率高达46.74%(43/92),且携带多个质粒,以IncR和IncFⅡ型为主。 结论:本地区CRKP对临床常用抗菌药物高度耐药,主要携带 blaKPC-2耐药基因,克隆型ST11-KL64在本地区广泛克隆传播,两家医院流行的菌株存在相似性,应加强监控。
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编辑人员丨4天前
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粪菌移植对阿霉素肾病小鼠肠道菌群紊乱改善的实验研究
编辑人员丨4天前
目的:研究粪菌移植对阿霉素诱导的肾病综合征小鼠模型的作用。方法:将27只SPF级雄性Balb/c小鼠随机分为3组,分别为空白对照组、阿霉素模型组(Dox组)、阿霉素+粪菌移植(FMT组),其中后两组使用阿霉素尾静脉注射构建肾病综合征小鼠模型,并分别给予PBS或粪菌溶液灌胃,最后分别收集粪便标本以及24 h尿液标本,考马斯亮蓝法-蛋白定量检测24 h尿蛋白,16 s微生物组学测序和生物信息学分析各组小鼠肠道菌群的变化情况和分布特征。结果:与空白对照组相比,Dox组小鼠24 h尿蛋白定量(0.48±0.61 vs 1.71±0.63, P<0.001)明显升高,肠道菌群多样性Shannon指数(7.15±0.29 vs 6.98±0.49)呈减少趋势,肠道菌群紊乱;与Dox组小鼠相比,FMT组24 h尿蛋白定量(1.71±0.63 vs 0.91±0.48, P<0.05)和血肌酐水平(12.47±4.16 vs 7.77±0.75, P<0.05)显著下降,肠道菌群多样性Shannon指数(6.98±0.49 vs 7.09±0.28)呈现增加趋势,肠道菌群紊乱明显改善,产短链脂肪酸细菌富集增加。 结论:粪菌移植可减少阿霉素诱导的肾病小鼠的尿蛋白,改善肠道菌群的紊乱。
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编辑人员丨4天前
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小儿尿路结石合并感染的微生物学分析
编辑人员丨4天前
目的:分析尿路结石合并感染患儿的尿病原微生物及药敏试验,探讨小儿尿路结石发病与尿路感染的相关性。方法:选取2018年10月至2019年11月在新疆维吾尔自治区人民医院儿保门诊就诊的100例正常小儿(<14岁)的尿液样本为对照组,选取泌尿中心住院治疗的100例尿路结石患儿的尿液样本为病例组,均行尿液常规检查及其耐药情况检测,分析患儿尿液中的细菌分布情况。结果:病例组的男性所占比例、尿常规、尿细菌培养、血常规血清白细胞、C反应蛋白(CRP)阳性率均高于对照组(均 P<0.05)。logistic回归分析结果显示,尿常规、细菌培养、血清白细胞、CRP等感染指标均与尿路结石有关(均 P<0.05),且感染是尿路结石的危险因素( OR>1)。通过logistic回归建立预测模型,结果显示性别、血清白细胞阳性、CRP阳性、尿常规阳性为患尿路结石的有效预测因子,预测模型的受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积为0.879(95% CI:0.829~0.928),cut off值为26.61%。在病例组中,尿路感染61例,共检测出20例菌株,其中革兰阳性菌为7株(35%),革兰阴性菌为13株(65%);革兰阳性菌对四环素、左氧氟沙星等抗生素耐药性较低;革兰阴性菌对亚胺培南、哌拉西林/他唑巴坦、美罗培南、头孢他啶等抗生素耐药性较低。 结论:尿路结石患儿合并尿路感染率较正常儿童高,大肠埃希菌感染是导致本院尿路结石患儿尿路感染的主要病原微生物;革兰阳性菌对四环素、左氧氟沙星等抗生素耐药性较低;革兰阴性菌对亚胺培南、哌拉西林/他唑巴坦、美罗培南、头孢他啶等抗生素耐药性较低。
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编辑人员丨4天前
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的临床分布及耐药特征
编辑人员丨4天前
探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的临床分布及耐药特征,为预防CRKP的感染和治疗提供参考依据。回顾性分析2017年1月至2021年12月临床分离的510株CRKP菌株,应用 MALDI-TOF质谱仪和VITEK-2 Compact微生物药敏分析仪进行菌种鉴定和药敏试验,采用碳青霉烯酶抑制剂增强试验对CRKP菌株进行碳青霉烯酶表型检测,通过免疫显色法对CRKP菌株进一步分型并用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行基因检测。结果显示,510株CRKP菌株主要来源于痰液302株(59.2%)、尿液127株(24.9%)、血液47株(9.2%);科室主要分布于重症医学科231株(45.3%),其次为呼吸内科108株(21.2%)和神经外科79株(15.5%);药敏试验结果显示对常用抗菌药物的耐药率均较高,仅对替加环素和头孢他啶/阿维巴坦保持很好的敏感性,但对替加环素的耐药率逐年上升,从2017年的1.0%上升到2021年的10.1%,差异有统计学意义( χ2=14.444, P<0.05)。碳青霉烯酶抑制剂增强试验结果显示,510株CRKP中产碳青霉烯酶 461株(90.4%),其中丝氨酸酶 450株(88.2%),金属酶 9株(1.8%),既产丝氨酸又产金属酶2株(0.4%);不产酶的有49株(9.6%);免疫显色法进一步分型显示 461株CRKP中分型检测为KPC 450株(97.6%),IMP 2株(0.4%);NDM 7株(1.5%);KPC+NDM 2株(0.4%);PCR基因检测结果:blaKPC 450株(97.6%),blaIMP 2株(0.4%),blaNDM 7株(1.5%),blaKPC+NDM 2株(0.4%)。综上,CRKP菌株主要来源于痰液标本,分布于重症医学科,耐药特征以产碳青霉烯酶中的KPC型为主,临床微生物实验室应加强对CRKP菌株的监测,为预防CRKP的感染,减少细菌耐药的产生提供参考依据。
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编辑人员丨4天前
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一种密闭式尿液收集及标本采集装置的设计
编辑人员丨4天前
目前临床使用的集尿袋,在处理袋内尿液时,多直接用桶接取后放掉。在采集尿液标本时,通过不带针的注射器从导管上的标本采集口抽取,再注射到试管中。在上述操作过程中,尿液会较长时间暴露在空气中,当对传染性疾病患者进行护理时,其尿液中可能存在传染性微生物,医护人员面临职业暴露风险。鉴于此,笔者设计了一种密闭式尿液收集及标本采集装置,现介绍如下。
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编辑人员丨4天前
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原发性尿道炎和非特发性尿道炎男性患者第一尿中的细菌菌群鉴定
编辑人员丨4天前
目的:运用克隆文库法分析原发性尿道炎和非特发性尿道炎男性患者第一尿中的细菌菌群分布情况。方法:收集2019年1月至2020年6月于本院就诊的64份尿道炎男性患者(原发性尿道炎和非特发性尿道炎)第一尿的尿液标本,根据基于16S核糖体RNA基因的克隆文库方法分析细菌菌群分布情况。此外,通过常规PCR方法检测淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、生殖支原体、人支原体、解脲支原体或细小脲原体的菌群情况。结果:64份尿液标本中,42份通过克隆文库方法成功分析出结果;评估了2 781个克隆,并检测到95种细菌系统发育型。微生物系统发育型的克隆文库法检测结果:从6个标本中检测到淋病奈瑟菌,并且是5个标本中的主要细菌种类;从5个标本中检测到生殖器分枝杆菌,并且是3个标本中的优势菌种;从2个标本中检测到解脲支原体;分别在8个和1个标本中分别检测到流感嗜血杆菌和脑膜炎奈瑟菌;在10个样本中检测到阴道加德纳菌。常规PCR中TMA方法从15个标本中检测到沙眼衣原体;在8个样本中检测到淋病奈瑟菌,且是5个标本中的优势菌种,在2个样本中占据100%的菌群。常规PCR中TaqMan法在12个样本中检测到生殖器分枝杆菌,且在2个样本中占据50%以上菌群;在1个样本中检测到淋病奈瑟菌,占比100%。结论:克隆文库法可检测菌群中各菌种的占有率,可成为男性尿道炎细菌分析的新方法。
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编辑人员丨4天前
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重症监护老年患者感染多重耐药菌的危险因素分析
编辑人员丨4天前
目的:通过对重症监护医学信息数据库(MIMIC)老年患者进行回顾性研究,探讨ICU老年患者发生多重耐药菌(MRDO)感染的危险因素。方法:使用结构化查询语言提取MIMIC-Ⅳ v2.0数据库中老年患者的基本信息、疾病严重性评分、实验室检查、使用药物、医疗操作、终点事件信息。根据患者是否感染多重耐药菌,分为非多重耐药菌感染组(non-MDRO)和多重耐药菌感染组(MDRO)。根据变量类型进行单因素分析,对于单因素分析有意义的变量进行Logistic回归,计算多重耐药菌感染的优势比及95%可信区间。使用Kaplan-Meier法计算生存率并绘制生存曲线,采用Log-Rank检验对患者28 d生存率进行分析。结果:共纳入患者31 237例,其中非多重耐药菌感染组26 032例,多重耐药菌感染组5 205例,多重耐药菌感染率16.7%。培养标本种类中尿液培养出多重耐药菌数量最多,病原微生物中肠杆菌属占比最高。多因素Logistic回归结果显示:年龄( P=0.006)、男性( P<0.001)、冠脉疾病( P<0.001)、脑部疾病( P=0.042)、血红蛋白( P<0.001)、白蛋白( P<0.001)、有创机械通气( P<0.001)是多重耐药菌感染的保护因素;糖尿病( P<0.001)、慢性阻塞性肺疾病(COPD)( P<0.001)、慢性肾病( P<0.001)、白细胞( P=0.001)、简化急性生理Ⅱ评分(SAPS Ⅱ)( P<0.001)、曾经使用抗生素( P<0.001)、使用质子泵抑制剂( P<0.001)、糖皮质激素( P<0.001)、免疫抑制剂( P<0.001)、镇静药物( P<0.001)、肾脏替代治疗( P=0.015)是多重耐药菌感染的危险因素。non-MDRO组28 d死亡率为16.3%,MDRO组28 d死亡率为19.1%,两组比较差异有统计学意义( P<0.001)。 结论:多重耐药菌感染患者死亡率较非感染患者高,曾经使用抗生素、使用质子泵抑制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂、镇静药物、肾脏替代治疗是多重耐药菌感染的危险因素。
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编辑人员丨4天前
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肠道菌群移植对大鼠肾脏中草酸钙结晶的抑制作用
编辑人员丨4天前
目的:探讨肠道菌群移植(FMT)对高草酸诱导的SD大鼠肾草酸钙结晶形成的影响。方法:6只雄性豚鼠给予正常豚鼠饲料喂养1个月,而后给予含5%草酸的饲料喂养,收集5%草酸饮食前及第14天的豚鼠粪便,分别记为豚鼠正常饮食(GSC)组和豚鼠高草酸饮食(GOD)组。将24只雄性SD大鼠随机分为正常饮食(SC)组、高草酸饮食(OD)+磷酸缓冲盐溶液(PBS)灌胃组(OD+PBS组)、OD+肠道菌群移植(FMT)组和SC+FMT组。其中,SC组和SC+FMT组采用正常大鼠饲料喂养;OD+PBS组和OD+FMT组采用含5%草酸的饲料喂养;OD+FMT组和SC+FMT组大鼠给予GOD组的豚鼠粪便滤液灌胃,连续灌胃7 d。收集各组大鼠的24 h尿液及粪便。对粪便标本的16SrRNA基因进行测疗,检测大鼠及豚鼠的肠道菌群。采用高效液相色谱法检测大鼠尿草酸含量。对各组大鼠及其肾脏称重,计算肾脏指数。对大鼠肾脏组织行HE染色观察组织学形态变化,行Pizzolato染色检测肾组织内草酸钙结晶沉积情况。结果:与GSC组相比,GOD组肠道中Muribaculaceae科、双歧杆菌科等共11个科细菌相对丰度明显增加。OD+PBS组较SC组大鼠肠道菌群的微生物多样性降低,OD+FMT组较OD+PBS组大鼠肠道菌群的微生物多样性有所恢复。SC+FMT组大鼠肠道菌群偏离了SC组,与GOD组菌群相似度增加。在OD+FMT组中,Muribaculaceae科、丹毒丝菌科及双歧杆菌科等共18个科的细菌显著富集,FMT激活了以Muribaculaceae科细菌为代表的肠道微生物网络。与SC组相比,OD+PBS组大鼠的肾脏指数明显增加(6.12±0.53与7.63±0.67, P<0.05),而OD+FMT组较OD+PBS组肾脏指数显著降低(6.53±0.64与7.63±0.67, P<0.05)。SC组、OD+PBS组及OD+FMT组大鼠的尿草酸含量分别为(0.61±0.05)、(0.89±0.04)、(0.72±0.04)μmol/ml。SC组大鼠肾脏中未见草酸钙结晶(0分),OD+PBS组中检测到较多的草酸钙结晶[(4.83±0.41)分],OD+FMT组草酸钙结晶评分[(3.17±0.75)分]较OD+PBS组更低( P <0.01)。 结论:FMT激活了大鼠肠道中以Muribaculaceae科细菌为代表的微生物网络,显著降低了OD大鼠的尿草酸排泄及肾脏草酸钙结晶沉积。
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编辑人员丨4天前
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上尿路尿路上皮癌患者尿液菌群特征分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨上尿路尿路上皮癌(UTUC)患者的尿路菌群特征。方法:收集皖南医学院第一附属医院弋矶山医院2021年7月至2022年7月收治的23例UTUC患者(UTUC组)和22例良性疾病患者(对照组)的尿液样本。UTUC组与对照组年龄[(60.9±5.7)岁与(61.4±8.8)岁]、性别(男/女:15/8与9/13)、体质量指数[(22.9±1.8) kg/m 2与(23.4±1.7)kg/m 2]差异均无统计学意义( P>0.05)。使用NovaSeq 6000测序平台对尿液样本微生物16S rRNA的V4区测序,使用QLLME2软件处理所得数据。采用Shannon指数、辛普森指数和Chao1指数分析组间α多样性;使用非加权主坐标分析(PCoA)进行组间β多样性分析。线性判别分析(LEfSe)鉴定组间丰度存在差异的菌群,以线性判别分析值(LDA)>2为有显著差异。 结果:UTUC组较对照组的Chao1指数(703.12±265.54与506.20±214.02)和Shannon指数(5.61±1.85与5.07±1.34)均明显增高( P<0.05),UTUC组较对照组患者尿液微生物的α多样性升高,但β多样性差异无统计学意义( P=0.161)。UTUC组中拟杆菌科、瘤胃球菌科、氨基酸球菌科、栖热菌科、韦荣球菌科和红蝽菌科丰度较高,且与对照组存在显著差异(LDA>2)。对UTUC患者进一步行亚组分析,肌层浸润组与非肌层浸润组的Chao1指数(706.44±271.84与784.09±272.72)、Shannon指数(6.04±1.30与5.91±1.67)和辛普森指数(0.94±0.08与0.89±0.22)差异均无统计学意义( P>0.05),即两组菌群α多样性差异无统计学意义,但β多样性差异有统计学意义( P=0.047)。非肌层浸润患者的尿液微生物群中γ-变形菌纲、痤疮丙酸杆菌属、红球菌属、放线菌科丰度更高,且与肌层浸润患者存在显著差异(LDA>2)。 结论:本研究结果显示UTUC患者较非UTUC患者尿液微生物群更丰富,且拟杆菌科、瘤胃球菌科、氨基酸球菌科、栖热菌科、韦荣球菌科和红蝽菌科在UTUC患者尿液中丰度更高。非肌层浸润患者较肌层浸润患者尿液中γ-变形菌纲、痤疮丙酸杆菌属、红球菌属、放线菌科丰度更高。
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编辑人员丨4天前
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基于16SrRNA测序分析肾结石患者结石及尿液微生态结构
编辑人员丨4天前
目的:基于16SrRNA测序分析肾结石患者结石及尿液微生态结构。方法:选取2016年3月至2020年3月本院收治的肾结石患者102例为研究对象,均行经皮肾镜取石术。采用16SrRNA测序技术检测结石标本和尿液标本中的微生物信息,根据结石成分将标本分为碳酸磷灰石组、草酸钙组、磷酸铵镁组、尿酸组,分析各组样本菌群的多样性和丰富度。结果:结石标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主,科水平以肠杆菌科、黄单胞菌科、假单胞菌科为主,属水平以寡养单胞菌属、假单胞菌属、短波单胞菌属为主;变形菌门是四组结石标本中的优势菌门(>55%),磷酸铵镁组中放线菌门和无壁菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%),碳酸磷灰石组、草酸钙组中厚壁菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%),尿酸组中拟杆菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>5%);在属水平中,磷酸铵镁组中的优势菌是奇异变形杆菌、寡养单胞菌属、棒状杆菌属,碳酸磷灰石组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、金黄杆菌属,草酸钙组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、短波单胞菌属,尿酸组是寡养单胞菌属、假单胞菌属、金黄杆菌属。尿液标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、无壁菌门为优势菌(>13%),属水平以假单胞菌属、支原体属、克雷伯氏菌属为优势菌(>8%);结石标本和尿液标本α多样性指标比较,差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:肾结石患者结石标本中寡养单胞菌、金黄杆菌和短波单胞菌含量较高,而尿液中则以假单胞菌属、支原体菌属、乳酸杆菌属为优势菌。
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编辑人员丨4天前
