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高通量基因测序检测染色体拷贝数变异与染色体核型分析在产前诊断中联合应用的价值
编辑人员丨6天前
目的:探讨高通量基因测序检测染色体拷贝数变异(copy number variation sequencing, CNV-seq)与染色体核型分析在产前诊断中联合应用价值。方法:收集2016年1月至2018年12月在枣庄市妇幼保健院进行产前诊断的905例羊水标本的G显带核型分析和CNV-seq结果,并对CNV-seq提示可疑致病性或临床意义未明的拷贝数变异(copy number variants, CNVs)进行变异来源的亲本分析。结果:除罗氏易位引起的染色体数目异常外,CNV-seq对G显带核型分析确诊的70例染色体数目异常,9例染色体嵌合体异常和7例染色体非平衡性结构异常均成功确诊并且额外多发现10例致病性明确的染色体微缺失/微重复。CNV-seq与G显带核型联合使用能将染色体异常阳性率从11.27%(102/905)提高到12.38%(112/905)。对33例存在可疑致病性CNVs或临床意义未明CNVs (variats of uncertain significance, VUS)胎儿样本的亲本验证分析表明,81.82% (27/33)的胎儿可疑致病性CNVs或VUS源于父母遗传,仅有18.18% (6/33)源于新发变异。结论:CNV-seq与G显带核型联合使用能多发现1.11%的致病性明确CNVs,可以有效减少G显带核型分析无法检测的染色体微缺失/微重复综合征缺陷儿的出生。同时,对可疑致病性CNVs和VUS进行父母亲本家系验证有助于确定CNVs的来源和遗传咨询。
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编辑人员丨6天前
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复杂的嵌合型18号染色体结构异常1例的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例嵌合型18号染色体结构异常患者的核型。方法:选取2019年10月因"结婚4年,未避孕未育2 +年"就诊于北医三院生殖中心的1例不育症男性患者作为研究对象,收集其临床资料。取患者外周血样进行染色体核型分析、拷贝数变异(CNV)分析、荧光原位杂交(FISH)检测,同时取患者的精液样本进行单精子CNV分析。 结果:经检测,确定患者核型为mos 47,XY,del(18)(q21q23),+r(18)(q21q23)[84]/46,XY,del(18)(q21q23)[9]/48,XY,del(18)(q21q23),+r(18)(q21q23)×2[6]/47,XY,del(18)(q21q23),+r(18)(q21q23×2)[1].ish 47,XY,del(18)(q21q23),+r(18)(q21q23)[84]/46,XY,del(18)(q21q23)[9]/48,XY,del(18)(q21q23),+r(18)(q21q23)×2[6]/47,XY,del(18)(q21q23),+r(18)(q21q23×2)[1]del(18)(q21q23)( D18Z1+,18p+,18q+,WCP18+),r(18)(q21q23)(WCP18+),r(18)(q21q23×2)(WCP18+),CNV分析结果未见异常。单精子测序分析发现18条精子中9条为del(18q)(9/20),7条为dup(18q)×2(7/20),2条为dup(18q)×3(2/20),重复或缺失片段大小均为33 Mb。 结论:该患者携带的18号染色体结构合并数目异常临床比较罕见,尤其是在表型正常的携带者中检测到。通过细胞和分子遗传学的精准诊断,结合单精子拷贝数变异分析,可以进一步评估异常核型对配子生成的影响,从而对生育策略进行精准咨询。
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编辑人员丨6天前
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产前诊断46,XN,del(8)(p12)/46,XN嵌合体一例
编辑人员丨6天前
35岁,G 1P 0,因高龄、孕12 +周超声检查胎儿颈后透明带厚度= 3.0 mm就诊,孕18 +周超声提示胎儿生长受限。孕妇平素健康,否认家族遗传病史及有毒、有害物质、放射线接触史,夫妻双方系非近亲结婚。在签署知情同意书后,接受羊膜腔穿刺。羊水染色体核型为46,XN,del(8)(p12)[36]/46,XN[14](图1),染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis, CMA)(Affymetrix CytoScan 750K平台)检测结果为arr[GRCh38] 8p23.3p12(208 049-32 693 016)×1-2,提示染色体8p23.3p12区存在32.485 Mb的嵌合缺失(比例约60%)(图2)。夫妻双方染色体核型分析均未见异常,提示胎儿为新发变异。经遗传咨询,于孕24 +周在外院引产,具体情况不详。本研究通过了本院伦理委员会的审查(临审第2021-706号),孕妇夫妻均签署了知情同意书。
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编辑人员丨6天前
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不同染色体核型Turner综合征的产前诊断指征和妊娠结局:205例分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨不同染色体核型的Turner综合征(Turner syndrome,TS)的产前诊断指征和妊娠结局。方法:回顾性分析广州市妇女儿童医疗中心产前诊断中心2010年1月1日至2021年6月30日产前诊断胎儿核型为TS者的临床信息。依据核型结果,将这些病例分为X单体(核型为45,X)和非X单体类(核型包括X数目异常、等臂X、X缺失、X重排、假双着丝粒X和含Y数目异常嵌合体,以及Y缺失)2类。采用 χ 2检验对TS的检出率、产前诊断指征和妊娠结局进行比较,采用Bonferroni法进行亚组间两两比较,采用 χ 2检验(或Fisher精确概率法)对超声异常征象进行比较,采用Mann-Whitney U检验对2组颈项透明层(nuchal translucency,NT)厚度进行比较。 结果:(1)研究期间共27 981例行介入性产前诊断,检出TS共205例(0.73%),包括X单体(135例)和非X单体类(70例,其中性染色体数目异常44例,性染色体结构异常26例)。(2)205例中,164例(80.0%)有1项产前诊断指征,41例(20.0%)有多项产前诊断指征。X单体中,超声异常的检出率[85.2%(115/135)]高于其他3类指征[血清学筛查高风险为67.3%(35/52),无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)性染色体异常高风险为60.0%(15/25),其他指征(高龄、不良孕产史和夫妻双方携带地中海贫血基因)为5.2%(7/135)]( P值均<0.05),且高于该指征在非X单体类的检出率[25.7%(18/70)]( χ2=71.55, P<0.001)。非X单体类中,血清学筛查高风险和NIPT性染色体异常高风险的TS检出率[54.7%(29/53)和68.3%(28/41)]高于其他2类指征[超声异常为25.7%(18/70),其他指征为14.3%(10/70)]( P值均<0.05)。(3)133例以超声异常为产前诊断指征者中,65例(48.9%)存在单个、68例(51.1%)存在多个超声异常征象。早孕期超声异常的95例和中晚孕期超声异常的38例中,X单体淋巴水囊瘤和水肿的发生率均高于非X单体类[早孕期:71.8%(61/85)与1/10、34.1%(29/85)与0/10;中晚孕期:73.3%(22/30)与0/8、50.0%(15/30)与0/8;Fisher精确概率法, P值均<0.05]。X单体的NT厚度大于非X单体类[7.5 mm(1.0~17.4 mm)与1.7 mm(0.8~9.5 mm)]( Z=-5.25, P<0.001)。(4)72例以超声异常以外的指征行产前诊断者中,68例完成血清学筛查,61例完成NIPT。血清学筛查高风险、NIPT性染色体异常高风险及其他指征(高龄、不良孕产史和夫妻双方携带地中海贫血基因)的检出率分别为54.4%(37/68)、59.0%(36/61)和22.2%(16/72);3部分病例产前诊断指征检出率差异有统计学意义( χ 2=22.40, P<0.001)。血清学筛查高风险和NIPT性染色体异常高风险的检出率均高于其他指征( χ 2值分别为18.77和15.40, P值均<0.001)。72例中,19例(26.4%)为X单体,53例(73.6%)为非X单体类;嵌合体共42例(58.3%)。(5)205例TS病例中,185例随访成功(X单体123例,非X单体类62例)。X单体中1例活产(0.8%,1/123),非X单体类中17例活产(27.4%,17/62)。2组妊娠结局差异有统计学意义( χ 2=33.22, P<0.001)。获随访的超声未见异常的63例TS病例(X单体18例,非X单体类45例)中,18例X单体均引产;而非X单体类13例活产(28.9%,13/45),32例引产(71.1%,32/45)。18例活产病例中,1例(非X单体类)于孕36周早产,其余均足月出生。对11例病例完成随访,其中的1例X单体患儿身高低于同龄同性别儿童平均身高的-2 SD;10例非X单体类患儿身高位于同龄同性别儿童平均身高的-1 SD~+3 SD。这11例儿童智力运动发育良好,未见其他结构异常。7例拒绝随访。 结论:胎儿TS病例中,X单体最常见的产前诊断指征为超声异常,非X单体类最常见的产前诊断指征为血清学筛查高风险和NIPT性染色体异常高风险。与非X单体类相比,X单体的终止妊娠率更高。
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编辑人员丨6天前
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Idic (Y)(p11.32)性发育异常患者1例的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨1例性发育异常(DSD)患者的遗传学机制。方法:选取2022年4月6日因"原发闭经"就诊于临沂市人民医院的1例女性患者作为研究对象。应用染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)、染色体微阵列分析(CMA)、荧光定量PCR、Sanger测序等技术对其进行检测。结果:患者为14岁女性,表现为身材矮小、多痣、原发闭经。染色体分析初步判定其核型为46,X,idic(Y)(p11.3)[59]/45,X[39]/47,X,idic(Y)(p11.3)×2[2];FISH检测结果为46,X,der(Y).ish idic(Y)(p11.3)( SRY+)[59]/45,X[39]/47,X,der(Y)×2.ish idic(Y)(p11.3)( SRY+)[2];CMA检测结果为arr[GRCh37](X)×1,(Y)×0-1,arr[GRCh37]Yp11.32(118552_472090)×1,结果显示为45,X[35%]/46,XY[65%]嵌合;荧光探针PCR显示Y染色体 AZF区无缺失;Sanger测序未发现 SRY基因致病变异。综合各种检测的结果,患者的分子细胞核型被确定为mos 46,X,idic(Y)(p11.32)[59]/45,X[39]/47,X,idic(Y)(p11.32)×2[2].ish 46,X,idic(Y)(p11.32)( DXZ1+, DYZ1++, DYZ3++, SRY+)[59]/45,X( DXZ1+, DYZ1-, DYZ3-, SRY-)[39]/47,X,der(Y)×2.ish idic(Y)(p11.32)( DXZ1+, DYZ1++, DYZ3++, SRY+)[2].arr[GRCh37](X)×1, (Y)×0-1,arr[GRCh37]Yp11.32(118552_472090)×1,判定为携带idic(Y)(p11.32)但表型为女性的嵌合型DSD患者。 结论:上述嵌合型染色体异常核型可能为该DSD患者的遗传学病因。
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编辑人员丨6天前
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三例22号染色体异常胎儿的产前遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:应用超声以及多种遗传学检测技术对3例产前筛查提示染色体可能异常的胎儿进行分析,为遗传咨询提供依据。方法:对3例孕妇进行胎儿超声检查、核型分析、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism-based microarray,SNP-Array)检测,并通过荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)对结果进行验证。 结果:三例胎儿均发现22号染色体存在异常。例1在22q13.2q13.33区存在7.1 Mb的杂合缺失,涉及SHANK3、FBLN1等54个OMIM基因;例2为嵌合体核型,约12%的细胞22q13.31q13.33区存在6.6 Mb的杂合缺失,覆盖SHANK3、PPARA等48个OMIM基因,另有5%的细胞22q11.1q13.2区存在26.1 Mb的拷贝重复,覆盖285个OMIM基因;例3在22q11.1q11.21区存在1.7 Mb的二次重复,涉及CECR1、CECR2、ATP6V1E1等10个OMIM基因。三例胎儿父母的核型及SNP-Array检测结果均未见异常,提示胎儿为新发变异。结论:22号染色体微缺失/微重复所致疾病的严重性不仅与其范围有关,还与染色体结构、基因剂量及环境等密切相关。在产前诊断中综合运用超声和多种遗传学检测技术可以显著提高表型变异较大的遗传学异常的检出率。
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编辑人员丨6天前
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罕见常染色体嵌合型缺失3例患者的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:对3例临床罕见的常染色体嵌合型缺失女性病例进行遗传学分析,为其生育提供遗传咨询。方法:运用细胞染色体G显带核型分析结合染色体拷贝数变异(copy number variation, CNV)和染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis, CMA)技术,对3例女性患者进行检测。结果:病例1核型:46,XX,del(2)(?q34q35)[43]/46,XX[57]; CNV检查结果:arr[hg19]2q35q36.3嵌合缺失11.76 Mb。病例2核型:46,X,inv(X)(p22.1q13),del(6)(q23)[2]/46,X,inv(X)(p22.1q13)[17]/46,XX,del(6)(q23)[1]/46,XX[80]。病例3核型:46,XX,del(13)(q21q33)[79]/46,XX[21];CMA检查结果:arr[hg19]13q21.32q33.3(66418332-108051084)×1-2,嵌合缺失41.6 Mb。结论:存活至孕龄的常染色体嵌合型缺失患者在临床极为罕见。本研究为此类患者的诊断及生育指导提供理论依据。
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编辑人员丨6天前
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NIPT、CMA、高分辨染色体核型分析技术在珠海市产前诊断中的联合应用
编辑人员丨6天前
目的:评估无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)、染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)、高分辨染色体核型分析技术在珠海市产前诊断中联合应用的临床价值。方法:对26 882例符合NIPT筛查指征孕妇进行NIPT检测,对其中205例NIPT高风险孕妇进行羊水高分辨染色体核型分析及CMA检测。结果:205例NIPT高风险确诊124例,总阳性预测值60.5%;高分辨核型分析检出传统技术易漏检的3~5 Mb左右结构异常5例;CMA检出正常核型结果中致病或可能致病性微缺失/微重复3例、单亲二体(uniparental disomy,UPD)2例,明确不确定染色体结构1例,因方法学局限性未检测出核型分析中4例倒位、5例易位、7例低比例嵌合体。结论:高分辨染色体核型制备技术较传统技术能有效提高染色体病的检出率。NIPT、CMA、高分辨染色体核型分析3种技术具有互补性,在产前诊断中联合应用,可以有效提高胎儿染色体病检出率,减少出生缺陷。
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编辑人员丨6天前
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4号环状染色体嵌合体综合征的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:对1例以"自幼身材矮小"为主要临床特征的患儿进行分子细胞遗传学分析。方法:对患儿进行外周血常规染色体G显带核型检测、染色体微阵列检测和高通量测序,并进行生物信息学分析。结果:染色体G显带核型分析结果为45,XY,-4[3]/46,XY,r(4)(p16q35)[84]/47,XY,-4,r(4)(p16q25)*2[7]/ 48,XY,-4,r(4)(p16q35)*3[1]/46,XY,dic r(4;4)(p16q35;p16q35)[2]/46,XY,add(4)(p16)[3],染色体微阵列分析结果显示患儿染色体4p16.3区域发生647 kb的缺失,生物信息学分析发现该区域包含 ZNF141、PIGG、PDE6B、ATP5I、PCGF3和 MYL5等6个功能基因。高通量测序未检测到与患儿临床症状相符的致病性/疑似致病性变异。 结论:综合传统的染色体核型分析技术、染色体微阵列技术和高通量测序技术发现1例罕见的4号环状染色体嵌合体综合征。传统的细胞遗传学检测和现代分子遗传学检测各有优缺点,环状染色体的检测需要联合传统的细胞遗传学检查技术和分子遗传学检测技术进行综合分析。
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编辑人员丨6天前
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嵌合型18号环状染色体综合征1例
编辑人员丨6天前
男,3个月9日龄,因"竖头不稳、反应迟钝"于2022年6月13日就诊我院。患儿系G 2P 2,足月剖宫产娩出,出生时有羊水污染和缺氧症状,黄疸出现后自行消退。主要表现为反应慢、竖头不稳、会对视、追视,可逗笑。入院体格检查:精神好,呼吸平稳,头围39.5 cm,咽无充血,肺音清,心音有力,腹软,肠鸣音正常。下肢肌张力稍低,俯卧位时支撑抬头好,坐位全前倾,立位双下肢支持体重差,屈髋,降落伞反射未建立,双膝及跟腱反射可引出,Vojta姿势反射见手握举,拇指内收,脚小。头颅MRI检查结果提示蛛网膜下腔增宽(图1),脑白质发育符合0 ~ 2月龄,听力检查未见异常。入院遗传学检查:采集患儿及其父母的外周静脉血样各2 ~ 3 mL,常规培养淋巴细胞72 h,制片,G显带核型分析,计数并分析47个中期分裂相,根据《人类细胞基因组学国际命名体系》(ISCN 2020)描述染色体核型。患儿核型为46,XY,r(18)(p11.21q22.1)[40]/46,XY[7](嵌合比例为85%)(图2),其父母核型均未见异常。为明确缺失区域的大小及断裂点的位置,进一步对患儿进行拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq),结果显示其染色体18p11.21p11.32和18q22.q23区分别存在14.86 Mb和14.02 Mb的杂合缺失(图3)。本研究通过了本院医学伦理委员会的审查(2023-K-013),患儿监护人均签署了知情同意书。
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编辑人员丨6天前
