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单细胞TCR测序在肿瘤免疫治疗中的应用
编辑人员丨1周前
T细胞受体(TCR)序列可作为分辨T细胞特异性的唯一标签,因其多样性的特征,在特定时间内个体循环系统中所有TCR构成的TCR组库可以反映个体的抗肿瘤免疫状态.单细胞TCR测序技术能够在单细胞水平上检测编码TCR双链的基因序列和表达量等信息,包括获得TCR的α链和β链的配对信息,从而在细胞水平上更为准确地探索TCR组库的异质性,还可结合其他技术将TCR序列与基因组、转录组、蛋白质组等多组学信息成套配对,精准展现细胞水平上的多角度信息.因该技术具有高通量、高分辨率的优势而被广泛应用于肿瘤免疫治疗相关研究,为探索TME中T细胞功能、发展T细胞受体工程化T细胞(TCR-T)疗法、预测免疫检查点抑制剂(ICI)疗效等提供重要依据,成为重要的筛选工具,期待该技术的发展使更多肿瘤患者受益.
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编辑人员丨1周前
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DNM1L基因变异致线粒体过氧化物酶体裂殖缺陷型致死性脑病1型三例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:探讨DNM1L基因R403C位点变异所致儿童期起病的线粒体过氧化物酶体裂殖缺陷型致死性脑病1型(EMPF1)的临床特征。方法:回顾性总结2018年2月至2020年2月于中南大学湘雅医院儿科就诊的3例DNM1L基因R403C位点变异导致的EMPF1患儿的临床资料。以“DNM1L”“EMPF1”“encephalopathy,lethal,due to defective mitochondrial peroxisomal fission 1”或“线粒体过氧化物酶体裂殖缺陷型致死性脑病1型”为检索词分别查阅在线人类孟德尔遗传数据库、PubMed数据库、中国知网数据库及万方数据库建库至2020年7月相关文献,总结DNM1L基因R403C位点变异患儿临床表现、实验室及影像学检查、治疗及预后特点。结果:例1 男,7岁时咳嗽不伴发热9 d后出现抽搐,表现为全面强直阵挛发作,后转变为局灶性癫痫持续状态、局灶性肌阵挛,多种抗癫痫药物及止惊药物联合治疗后无效,起病后第2周死亡。例2 男,7岁时“扁桃体炎”10 d后出现抽搐,表现为局灶继发全面强直阵挛发作,后转变为局灶性癫痫持续状态、局灶性肌阵挛,多种抗癫痫药物及止惊药物、生酮饮食、甲泼尼龙治疗后反应欠佳,监护室治疗期间合并多重耐药菌感染,起病1个月后死亡。例3 女,3岁5月龄时“病毒性肺炎”2周后出现抽搐,表现为局灶性阵挛发作,后转变为局灶性癫痫持续状态,多种抗癫痫药物及止惊药物、生酮饮食治疗后改善不佳,起病3个月后死亡。3例患儿起病后早期头颅磁共振成像均提示颅内多发T1加权像低信号,T2加权像、液体衰减反转恢复序列、弥散加权像高信号灶,急性期后头颅磁共振成像可见弥漫性脑萎缩。血代谢、脑脊液免疫相关检查均无异常。遗传学检查提示DNM1L基因存在NM_012062.4:c.1207C>T,p.R403C新发、杂合、错义变异,结合临床表现,均明确诊断为EMPF1。文献检索未见国内报道,R403C位点变异国外文献8篇11例,总结包含本组3例的14例患儿临床表现,其中起病前有感染病史8例,轻、中度智力或运动发育落后8例。14例患儿均有癫痫发作,其发作形式主要包括局灶性癫痫持续状态(9例)、局灶性肌阵挛发作(6例)、全面强直阵挛发作(5例)以及局灶性阵挛发作(4例)。14例均为药物难治性癫痫,文献无推荐有效抗癫痫治疗药物。早期头颅磁共振成像见多发异常信号灶10例,以丘脑(7例)、海马(5例)、基底节区(4例)、额叶(3例)、顶叶(2例)多见,病程后期可见弥漫性进行性脑萎缩10例。14例患儿中5例死亡。 结论:DNM1L基因R403C位点变异常导致线粒体裂殖障碍,患儿可表现为轻微感染刺激后或无明显诱因突发的难治性癫痫持续状态,伴智力运动发育倒退、脑萎缩。
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编辑人员丨1周前
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老年人肾性骨病血液透析患者联合血液灌流对甲状旁腺激素的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨老年肾性骨病血液透析患者联合血液灌流对甲状旁腺激素的影响。方法:收集2020年3月至2021年3月在烟台山医院进行治疗的160例老年肾性骨病患者为研究对象,分为观察组和对照组,每组80例。对照组给予常规血液透析治疗,每周3次;观察组在对照组治疗的基础上增加血液灌流(每月2次)治疗。连续透析及灌流治疗6个月后对两组患者的临床疗效、血清钙、血清磷、全段甲状旁腺激素、肾功能指标、骨代谢指标、不良反应发生率等进行统计分析。结果:观察组患者总有效率92.5%(74/80)高于对照组81.3%(65/80),差异有统计学意义( χ2=6.699, P=0.035);治疗后观察组血清钙水平高于对照组,血清磷、全段甲状旁腺激素水平低于对照组,差异有统计学意义( t=8.59、8.96、9.21, P=0.023、0.001、0.001);治疗后观察组β 2微球蛋白(β 2-MG)低于对照组,差异有统计学意义( t=5.29, P=0.036)。治疗后观察组骨代谢指标:N端中段骨钙素(N-MIDOs)、β-胶原特殊序列(β-Crossl)、总Ⅰ型胶原氨基端延长肽(PINP)水平均低于对照组,差异均有统计学意义( t=7.26、6.16、8.23, P=0.007、0.018、0.003)。治疗期间观察组、对照组不良反应发生率分别为20.00%(16/80)、18.75%(15/80),差异无统计学意义( χ2=0.725、 P=0.615)。 结论:血液透析联合血液灌流用于治疗老年人肾性骨病疗效显著,可提升血清钙水平、降低血清磷和全段甲状旁腺激素水平,还可降低β 2-MG水平和骨代谢指标N-MIDOs、β-Crossl、PINP,提示此种疗法可以有效地改善老年患者钙磷代谢状态,延缓肾性骨病的发展,值得临床推广。
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编辑人员丨1周前
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大鼠RNAi-A2aR慢病毒载体的构建及鉴定
编辑人员丨1周前
目的:构建大鼠RNAi-腺苷A2a受体(A2aR)慢病毒载体并进行鉴定。方法:首先构建3对短发夹RNA(shRNA)-A2aR序列(shRNA-A2aR 1、shRNA-A2aR 2、shRNA-A2aR 3),在shRNA慢病毒载体中分别插入3对双链shRNA oligo,shRNA慢病毒重组质粒构建成功后,将重组质粒、包装载体、穿梭载体共转染293T细胞,从而获得病毒液。实验Ⅰ 采用随机数字表法将大鼠原代心肌细胞分为3组( n=6):空载组(V组)、shRNA-A2aR 1组和shRNA-A2aR 3组,各组分别转染MOI为10的相应病毒液,转染48 h时,Western blot法检测A2aR表达水平,确定干扰效率,以筛选最佳慢病毒载体。实验Ⅱ 采用随机数字表法将大鼠原代心肌细胞分为5组( n=36):空载组(V组)、MOI5组、MOI10组、MOI15组和MOI20组,各组分别转染相应MOI的病毒液(最佳慢病毒载体),于转染24、48和72 h时,采用CCK-8法测定细胞存活率,荧光显微镜下观察细胞活力和细胞死亡情况,Western blot法检测A2aR表达水平,确定干扰效率。 结果:实验Ⅰ 成功构建了2种shRNA-A2aR慢病毒载体(shRNA-A2aR 1、3)。shRNA-A2aR 3病毒液滴度为3.5×10 8 TU/ml。与V组和shRNA-A2aR 1组比较,shRNA-A2aR 3组心肌细胞A2aR表达下调( P<0.01),shRNA-A2aR 3慢病毒载体干扰效率73%。实验Ⅱ 选择shRNA-A2aR 3慢病毒载体转染24 h时,各组细胞存活率均>85%;转染48 h时,MOI5组和MOI10组细胞存活率>80%;转染72 h各组细胞存活率<70%。倒置荧光显微镜下可见,MOI5组荧光密度稍低,MOI10组转染48 h及MOI20组转染24 h时,荧光密度较高且细胞状态较好;转染72 h时各组心肌细胞活力明显下降、死亡细胞增加。Western blot显示:MOI10组转染48 h、MOI15组转染48 h、MOI20组转染24和48 h时干扰效率均>70%。 结论:成功构建了大鼠shRNA-A2aR慢病毒载体,且MOI为10、转染48 h或MOI为20、转染24 h为最佳转染方案。
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编辑人员丨1周前
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一对双胞胎血型嵌合体的特性分析
编辑人员丨1周前
目的:对一对ABO血型鉴定困难的双胞胎进行血清学和分子机制研究。方法:采用凝胶卡法进行血型血清学试验,序列特异性引物PCR进行 ABO基因分型,DNA直接测序和克隆测序分析 ABO基因外显子和远端转录调控区(-nt3988~-nt3645),短串联重复序列位点分析16个位点的遗传状态。 结果:该双胞胎的红细胞与抗-A、抗-A1和抗-E均表现为2+混合凝集, ABO基因分型和外显子测序提示为 ABO*O.01.01/ABO*O.01.02基因型,微卫星增强子序列测定提示含有A基因,短串联重复序列位点特异性检测的16个位点中9个有两个以上的单倍体存在,红细胞分群后两群表型分别为:A型,CcDEe和O型,CcDee。 结论:通过血清学和分子生物学技术展示了这对双胞胎血型嵌合体的特性。
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编辑人员丨1周前
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单细胞RNA测序技术在食管鳞状细胞癌辅助诊疗中的应用
编辑人员丨1周前
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术可以描述单个肿瘤细胞中基因表达的变化,揭示肿瘤细胞的状态和功能,捕捉细胞群中广泛的转录组异质性。利用scRNA-seq可监测食管鳞状细胞癌(ESCC)体内特异性高表达的基因和肿瘤细胞中具有某些放、化疗抗性相关的基因,有助于为ESCC提供更精准的辅助诊断依据,评估患者的复发风险和生存时间。深入地研究ESCC中肿瘤细胞与肿瘤微环境间的关系,将为开发出新的ESCC免疫治疗方案提供理论基础。
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编辑人员丨1周前
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p-AKT-mTOR-P70S6K信号通路在多倍体子宫颈癌细胞放射治疗中的作用
编辑人员丨1周前
目的:探讨p-AKT-mTOR-P70S6K信号通路在多倍体子宫颈癌细胞放射治疗中的作用。方法:取人子宫颈癌HeLa细胞株,使用7 Gy的6 MV X线照射HeLa细胞,诱导第5天后用倒置显微镜观察细胞的形态变化。将细胞分为7 Gy组(经7 Gy X线照射且未经转染的多倍体Hela细胞)和对照组(未经放射诱导且未经转染的Hela细胞)。另外分别将载有pcDNA3阴性对照序列的质粒和载有pcDNA3-TT-AKT序列的质粒转染至HeLa细胞中,转染48 h后经7 Gy X线照射诱导,记为pcDNA3+7 Gy组、pcDNA3-TT-AKT+7 Gy组。采用CCK-8法检测细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞周期,线粒体膜电位法检测细胞凋亡能力,蛋白印迹法检测细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡和细胞自噬相关蛋白的相对表达情况。结果:7 Gy组HeLa细胞在放射诱导第5天大部分正常细胞已死亡,少部分存活的细胞体积增大,细胞核呈多个核状态。蛋白印迹法检测结果显示,7 Gy组HeLa细胞p-AKT、p-mTOR、p-P70S6K的相对表达水平均低于对照组(均 P<0.05)。CCK-8法检测结果显示,pcDNA3+7 Gy组和pcDNA3-TT-AKT+7 Gy组在培养48、72 h后,吸光度( A)值分别为0.45±0.06、0.65±0.06和0.75±0.05、1.05±0.02,差异均有统计学意义(均 P<0.05),pcDNA3-TT-AKT+7 Gy组均高于pcDNA3+7 Gy组。流式细胞术检测结果显示,pcDNA3+7 Gy组、pcDNA3-TT-AKT+7 Gy组G 0/G 1期、G 2/M期细胞比例分别为(29.2±3.6)%、(26.7±1.7)%和(29.6±1.6)%、(30.3±0.6)%,差异均无统计学意义(均 P>0.05);S期细胞比例分别为(10.2±0.9)%、(14.6±1.5)%,差异有统计学意义( t=2.86, P=0.043)。线粒体膜电位法检测显示,pcDNA3+7 Gy组、pcDNA3-TT-AKT+7 Gy组的绿色荧光比例分别为(23.1±2.5)%、(14.3±1.9)%,差异有统计学意义( t=4.82, P=0.009)。蛋白质印迹法检测结果显示,pcDNA3-TT-AKT+7 Gy组p-cdc25c(Ser216)的相对表达水平高于pcDNA3+7 Gy组( P<0.001);Bak、LC3Ⅱ/Ⅰ的相对表达水平均低于pcDNA3+7 Gy组(均 P<0.05)。 结论:p-AKT-mTOR-P70S6K信号通路可能参与调控放射诱导的多倍体HeLa细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡。
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编辑人员丨1周前
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某三级医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因检测与传播关系的调查
编辑人员丨1周前
目的:开展耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)全基因组测序,揭示CRKP院内耐药基因流行状态,指导医院感染防控的开展。方法:收集蚌埠市第三人民医院2018年11月至2019年3月临床分离的CRKP,用VITEK-2 Compact分析仪进行菌种鉴定和药敏实验,筛选出的CRKP用Illumina Hiseq 2500平台全基因组测序,SPAdes-2.0序列拼接,采用cgMLST分型法,分析提取核心基因与耐药基因型、SCOTTI软件构建菌株关联图与传播图。结果:19株CRKP菌株中CT3176基因型13株、CT1313型与CT1689型各2株,其他型2株,CT3176型主要分布在重症医学科,呈流行状态;菌株主要携带β-内酰胺酶(耐碳青霉烯类)中的blaKPC-2(19/19)、blaCTX-M-65(19/19)、blaSHV-11(16/19)、blaTEM-1B(14/19),耐氨基糖苷类中的aadA2(14/19)、rmtB(14/19)、AAC(3)-Ⅱd(12/19)、armA(11/19),耐链霉素中的mph(E)(11/19)、msr(E)(11/19)、mph(A)(10/19),耐磷霉素中的fosA6(19/19)等耐药基因;软件分析出编号7与29菌株之间有42%、编号12与17菌株有37%的传播概率,其他菌株间传播概率较低。结论:利用微生物全基因组测序可获得菌株分型与耐药基因携带等基本信息,判定菌株的同源性,编制菌株关联图与传播图,可有效指导医院感染防控工作的开展。
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编辑人员丨1周前
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异基因造血干细胞移植后Wernicke脑病1例
编辑人员丨1周前
患者,女,40岁,2020年1月诊断为"骨髓增生异常综合征EB-2(WPSS评分3分)",分别于2020年1月、2020年3月和2020年5月应用地西他滨去甲基化治疗。移植前骨髓原始粒细胞占0.020,微小残留病(MRD)0.77%,WT1基因定量18.658%,NPM1-A基因突变定量1.244%。预处理方案:阿糖胞苷4 g·m -2·d -1,移植前10 d(-10 d)、-9 d,地西他滨20 mg·m -2·d -1,-10 d~-6 d,白消安3.2 mg·kg -1·d -1,-8 d~-6 d,环磷酰胺1.8 g·m -2·d -1,-5 d、-4 d,兔抗人胸腺细胞球蛋白2.5 mg·kg -1·d -1,-5 d~-2 d,司莫司汀250 mg/m 2,-3 d,移植物抗宿主病(GVHD)预防方案:西罗莫司、霉酚酸酯联合短程甲氨蝶呤。患者于2020年8月18日行单倍型造血干细胞移植(女供母,HLA 6/12,AB+供A+),回输供者外周血干细胞单个核细胞(MNC)9.63×10 8/kg,CD34 +细胞3.84×10 6/kg。移植后11 d(+11 d)粒细胞及血小板植活。+3 d患者发生呕血,给予禁食水、抑酸治疗。患者高热,血培养、病毒、细菌、真菌筛查均为阴性,给予广谱抗生素抗感染治疗后体温未降。+8 d,患者出现皮疹。+9 d,患者发生上腹部烧灼感伴腹泻,考虑急性GVHD,加用甲泼尼龙2 mg·kg -1·d -1,体温降至正常。+13 d,患者血脂明显升高(甘油三酯38.18 mmol/L,总胆固醇8.65 mmol/L)。患者间断恶心、呕吐伴上腹不适,+14 d,患者出现乳糜血(甘油三酯41.70 mmol/L,总胆固醇7.49 mmol/L),停西罗莫司(此时西罗莫司浓度17.7 μg/L),改为环孢素A治疗GVHD,甘油三酯降至3.80 mmol/L,总胆固醇降至6.15 mmol/L。+25 d,患者出现嗜睡,恶心、呕吐好转,血巨细胞病毒、EB病毒DNA阴性,环孢素A浓度165.5 μg/L。+26 d,患者昏睡,定向力、计算力障碍、四肢肌力下降,腰穿脑脊液压力100 mmH 2O,氯114.3 mmol/L,葡萄糖8.30 mmol/L,蛋白0.55 g/L。脑脊液细菌培养、真菌培养及抗酸杆菌均阴性,脑脊液神经免疫病检测:血清和脑脊液中AQP4、MOG、MBG抗体均为阴性。脑脊液和外周血病毒PCR筛查均阴性,脑脊液病原体二代测序(NGS)阴性。TMA筛查阴性。头颅平扫+增强磁共振成像(MRI):双侧颞叶深部(海马区)及室管膜下区、左侧颞叶皮层多发异常信号并下丘对侧斑片明显强化灶。右侧小囊幕增厚并明显强化。结合患者近1个月进食差,伴有恶心、呕吐、腹泻,考虑不除外Wernicke脑病,给予维生素B 1 200 mg每8 h 1次治疗,+27 d患者神志转清,肢体肌力明显好转。患者维生素B 1<1.0 μg/L,明确诊断为Wernicke脑病,继续补充维生素B 1治疗。复查头颅MRI:双侧颞叶(及海马区)及室管膜下区多发异常信号并双侧下丘、右侧小脑幕明显强化灶,较前部分病变信号明显减低,范围减小。+30 d,复查骨髓完全缓解(CR),MRD阴性,NPM1基因突变阴性,短串联重复序列-聚合酶链反应(STR-PCR)完全供者型。+36 d,间断谵妄,给予奥氮平对症治疗后好转,+50 d,患者谵妄好转,停用奥氮平。随访至移植后8个月,患者无明显神经、精神症状及体征,环孢素A血浓度50 μg/L,原发病处于完全缓解状态,MRD阴性,STR-PCR完全供者型。头颅MRI:双侧颞叶(及海马区)及室管膜下区多发异常信号并双侧下丘脑、右侧小脑幕病变强化灶明显减低,范围明显缩小。
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编辑人员丨1周前
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RNA-seq技术及其在糖尿病视网膜病变中的应用
编辑人员丨1周前
RNA-seq技术是一种使用深度测序技术的转录组学分析方法,利用高通量下一代测序技术来调查、表征和量化转录组,可以迅速全面检测某一物种特定组织特定细胞在某一状态下的几乎所有的转录本和基因序列,已广泛应用于基础研究、临床诊断以及药物研发等领域。多项研究证实其测量精度可与微阵列和定量聚合酶链式反应相媲美。RNA-seq技术可以准确检测在糖尿病视网膜病变(DR)的发病机制中发挥重要作用的mRNA和非编码RNA。利用这一技术研究DR的基因调控及分子机制,有助于寻找DR早期诊断和预测预后的生物标志物,全面系统的研究并分析特定生物学过程中的分子作用机制并寻找新的治疗靶点,对DR的基础研究和临床治疗都将具有重要意义。本文从RNA-seq技术的优势、测序平台的选择、文库制备和数据分析3个方面对该技术进行全面系统的阐述,并对该技术在DR中取得的进展进行总结和分析。
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编辑人员丨1周前
