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强直性脊柱炎患者外周血环状RNA的表达谱研究
编辑人员丨5天前
目的:筛选AS患者PBMCs中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其表达谱以探讨circRNAs在AS发病中的作用。方法:采用circRNA微阵列芯片技术检测3例AS活动期(ASA)患者,3例AS稳定期(ASS)患者和3名健康对照者(HC)PBMCs中circRNAs的表达并通过倍数变化(FC)和 P值进行筛选,找到差异表达的circRNAs;从差异表达靠前的circRNAs中随机选择4个circRNAs,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证芯片结果;对差异表达的circRNAs进行基因本体论(GO)分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,并通过微RNA(miRNA)靶标预测软件对circRNA/miRNA相互作用关系进行预测。采用 t检验和Mann-Whitney U检验等方法对数据进行统计分析。 结果:芯片结果显示,ASA组较HC组共有800个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中466种上调,334种下调;ASS组较HC组共有1 149个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中589种上调,560种下调;ASA组较ASS组间共有233个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中145种上调,88种下调。RT-qPCR验证结果提示,4个差异表达的circRNAs表达趋势与芯片结果一致。GO分析结果提示,这些差异表达的circRNAs主要参与无义介导的mRNA衰变、Rho GTPase酶结合等过程;KEGG分析结果在辅助性T细胞(Th)17细胞分化、趋化因子信号通路等处得到富集;miRNA靶标预测软件结果提示差异表达的circRNAs可能靶向结合miR-650、let-7b-5p等miRNAs发挥作用。 结论:和HC组相比AS患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs,推测这些circRNAs可能参与AS的发病。
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编辑人员丨5天前
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miR-193b-3p通过靶向RORα抑制新生脓毒症大鼠的神经炎症反应
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miR)-193b-3p在新生脓毒症大鼠海马组织中的表达情况,以及其在脓毒症神经炎症反应中的作用及可能机制。方法:将24只2 d龄SD大鼠按随机数字表法分为对照组与脂多糖组及阴性对照组与miR-193b-3p组,每组6只。脂多糖组、阴性对照组及miR-193b-3p组通过腹腔注射脂多糖(2.5 mg/kg)制备脓毒症模型,miR-193b-3p组和阴性对照组分别于脂多糖注射前3 d将5 μL miR-193b-3p模拟物或阴性对照物(20 nmol/L)注入大鼠侧脑室。将PC12细胞分为对照组、脂多糖组、miR-193b-3p组和脂多糖+miR-193b-3p组,其中miR-193b-3p组和脂多糖+miR-193b-3p组将miR-193b-3p模拟物转染入细胞内,脂多糖组和脂多糖+miR-193b-3p组细胞暴露于100 ng/mL脂多糖中孵育。采用基因芯片检测及双荧光素酶报告分析方法明确miR-193b-3p的靶基因。采用神经行为学评分评估各组大鼠特定时间点的神经功能,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测各组大鼠海马组织或各组PC12细胞中 miR-193b-3p及炎性细胞因子白细胞介素(IL)-1β、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)-α mRNA的表达,采用免疫荧光双标染色检测各组大鼠海马组织中视黄酸受体相关孤儿受体α(RORα)与神经元特异性核蛋白(NeuN)、离子钙接头蛋白-1(IBA-1)或胶质纤维酸性蛋白(GFAP)的共表达情况,采用免疫荧光染色检测各组PC12细胞中RORα的荧光强度。 结果:(1)基因芯片检测及双荧光素酶报告分析确定 RORα为miR-193b-3p的靶基因。(2)与对照组相比,脂多糖组大鼠的神经行为学评分自脂多糖注射后6 h开始明显降低,24 h时达最低,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组相比,脂多糖组大鼠海马组织中 IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显升高, miR-193b-3p的表达明显降低,差异均有统计学意义( P<0.05)。(3)与阴性对照组[(3.23±0.92)分]相比,miR-193b-3p组大鼠脂多糖注射后48 h的神经行为学评分[(7.51±0.84)分]明显增高,差异有统计学意义( P<0.05)。与阴性对照组相比,miR-193b-3p组大鼠海马组织中 IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显降低, miR-193b-3p的表达明显增高,差异均有统计学意义( P<0.05)。(4)与对照组相比,脂多糖组大鼠海马组织中NeuN(+)RORα(+)细胞数量明显减少,差异有统计学意义( P<0.05);与阴性对照组相比,miR-193b-3p组大鼠海马组织中NeuN(+)RORα(+)细胞数量明显增加,差异有统计学意义( P<0.05)。(5)与对照组相比,脂多糖组PC12细胞中RORα的荧光强度明显降低, IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显升高,差异均有统计学意义( P<0.05);与脂多糖组相比,脂多糖+miR-193b-3p组PC12细胞中RORα的荧光强度明显增加, IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显降低,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:miR-193b-3p通过调控其靶基因 RORα在海马神经细胞中的表达,抑制新生脓毒症大鼠的神经炎症反应。
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编辑人员丨5天前
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睑板腺癌差异表达miRNA筛选及miR-3907功能机制研究
编辑人员丨5天前
目的:筛选睑板腺癌(MGC)差异表达微小RNA(miRNA)并探究微小RNA-3907(miR-3907)对MGC增殖和迁移的影响及作用机制。方法:实验研究。收集2011年7月至2019年1月于天津医科大学眼科医院经组织病理学确诊的MGC患者的癌组织样本及癌旁组织样本。应用miRNA芯片对其中5份MGC与癌旁组织差异表达的miRNA进行筛选。选取MGC中表达显著上调的miR-3907为观察对象,通过生物数据库和双荧光素酶实验预测并鉴定miR-3907靶基因。采用免疫组织化学染色法测定18份MGC组织及6份癌旁组织样本中靶基因的蛋白表达水平。在培养的MGC原代细胞中分别进行miR-3907过表达、miR-3907敲减、靶基因敲减、miR-3907敲减+靶基因敲减转染并分别设组,采用荧光定量PCR和Western印迹法检测转染后各基因mRNA和蛋白的表达水平,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和划痕实验评估转染后MGC细胞的增殖和迁移能力,并进行比较。统计学方法主要为Fisher确切概率检验、独立样本 t检验、双因素重复测量方差分析。 结果:与癌旁组织样本相比,MGC样本共筛选出表达上调的miRNA 22个,表达下调的miRNA 5个,其中miR-3907表达显著上调。生信数据库与双荧光素酶报告显示血小板凝血蛋白酶1(THBS1)为miR-3907的下游靶基因。癌旁组织中THBS1蛋白阳性表达率(6/6)显著高于MGC组织(5/18),差异有统计学意义( P=0.003)。与对照组比较,miR-3907过表达组48、72 h细胞增殖能力显著增强( F=3.70、2.65);24 h后细胞迁移率显著增高(54.6%±3.4%与34.2%±0.6%比较; t=8.34);miR-3907敲减组24、48、72 h细胞增殖能力降低( F=3.10、2.17、3.09)、24 h细胞迁移率显著降低(40.8%±2.8%与69.7%±2.7%比较; t=10.42);THBS1敲减组24、48和72 h细胞增殖能力增强( F=3.84、3.79、2.24)、24 h后细胞迁移率显著增加(82.5%±1.9%与37.6%±5.1%比较; t=11.74);miR-3907敲减+THBS1敲减组24、48 h细胞增殖能力增强( F=3.97、3.31)、24 h细胞迁移率显著增高(56.9%±2.2%与41.9%±4.3%比较; t=3.53);差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:MGC与癌旁组织之间存在差异表达miRNA,其可能与MGC发生和发展有关;其中差异显著的miR-3907可以促进MGC增殖和迁移,并主要通过抑制THBS1表达发挥作用。
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编辑人员丨5天前
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微小RNA-494对促进脊髓损伤后功能恢复和抑制细胞凋亡的研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-494在脊髓损伤中的作用及其意义。方法:应用脊髓表面挫伤的方法建立大鼠脊髓损伤模型。分为1个假损伤对照组和5个脊髓损伤组,每组5只大鼠(购自复旦大学实验动物中心)。用miRNA芯片分析脊髓损伤后不同时间miRNA的表达。用agomiR-494鞘内治疗后,评定大鼠运动功能。正态性采用Shapiro-Wilk正态检验,组间差异采用单因素方差分析和双侧 t检验。 结果:与假损伤对照组比较,有14个miRNA上调,有46个miRNA下调2倍,而miR-494是最显著下调的miRNA之一。与单纯SCI组比较,agomiR-494鞘内治疗后的SCI+agomiR-494组,大鼠运动功能明显改善,剩余组织(甲酚紫染色评估)增多,TUNEL阳性细胞减少。agomiR-494对miR-494的上调可促进脊髓损伤后大鼠的功能恢复,减小病变大小并抑制凋亡细胞。脊髓组织中miR-494的表达与第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶基因(PTEN)的表达呈负相关( r=-0.834, P<0.05)。此外,miR-494通过直接靶向BV-2细胞中的3’端非编码区(3’UTR)来抑制蛋白激酶B(Akt)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)途径的负调节剂PTEN。 结论:在大鼠脊髓损伤模型中miR-494的过表达通过抑制PTEN的表达来激活Akt/mTOR信号通路,对脊髓损伤具有保护作用。
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编辑人员丨5天前
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miR-223-3p靶向RIPK3调控胶质瘤微环境中巨噬细胞恶性转化的实验研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨miRNAs介导的胶质瘤肿瘤微环境(TME)中巨噬细胞(Mφ)的恶性转化及其机制。方法:应用集落刺激因子诱导表达绿色荧光蛋白(GFP)的小鼠骨髓来源细胞(BMDCs)分化,获得Mφ-GFP。将胶质瘤干细胞(GSCs)与Mφ-GFP体外共培养,筛选具备无限增殖潜能的Mφ-GFP,即恶变巨噬细胞(t-Mφ)。通过miRNAs芯片分析获取t-Mφ与正常Mφ的miRNAs差异表达谱。分别比较目标miRNA在中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)不同世界卫生组织(WHO)分级胶质瘤组织、来源于手术切除的10例胶质瘤组织与瘤旁组织、t-Mφ与正常Mφ中的表达水平,并分析目标miRNA表达水平与患者生存期的相关性。采用流式细胞术、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、蛋白质免疫印迹法(WB)及荧光素酶活性实验探讨目标miRNA调控TME中Mφ恶变的分子机制。结果:通过建立双色荧光示踪共培养体系,成功获得具备无限增殖潜能的单克隆GFP +细胞,并表达Mφ标志物F4/80和CD11b。miRNAs芯片差异表达谱和qRT-PCR结果证实,与正常Mφ相比,miR-223-3p在t-Mφ中的表达显著升高。临床分析中,胶质瘤组织样本中miR-223-3p的表达水平显著高于配对的瘤旁组织( P<0.01)。对CGGA的分析结果发现,胶质母细胞瘤中的miR-223-3p表达水平显著高于低级别胶质瘤(WHO 2/3级)( P<0.001)。生存分析结果提示,低表达miR-223-3p胶质瘤患者的总体生存期显著优于高表达组( P<0.01)。下调miR-223-3p可促进t-Mφ的凋亡( P<0.01)。生物信息学分析显示,受体相互作用蛋白激酶(RIPK3)基因3′-UTR区存在miR-223-3p潜在的结合位点。荧光素酶活性实验结果显示,与共转染miR-223-3p模拟物对照和RIPK3-WT的细胞相比,共转染miR-223-3p模拟物和RIPK3-WT的t-Mφ细胞荧光强度显著降低( P<0.01)。qRT-PCR和WB实验结果证实,miR-223-3p下调的t-Mφ中RIPK3的表达水平显著高于对照组( P<0.01),而miR-223-3p过表达的t-Mφ中RIPK3的表达水平显著低于对照组( P<0.05)。此外,miR-223-3p抑制剂/RIPK3抑制剂组t-Mφ的凋亡细胞比例显著低于miR-223-3p抑制剂组( P<0.01)。 结论:GSCs可诱导TME中Mφ的恶性转化,而miR-223-3p可靶向抑制t-Mφ中RIPK3的表达,进而抑制t-Mφ的细胞凋亡。
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编辑人员丨5天前
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结肠癌转移相关基因1调控β-连环蛋白通路在肺腺癌侵袭转移中的作用
编辑人员丨5天前
目的:探讨结肠癌转移相关基因1(MACC1)在侵袭转移中的作用及其机制。方法:收集2016年7月至2017年9月于江南大学附属医院手术切除肺癌组织及其对应的癌旁组织180例,构建组织微阵列免疫组织化学检测组织中MACC1与β-连环蛋白(β-catenin)的表达情况。采用慢病毒介导的小干扰RNA(siRNA)下调MACC1在A549细胞中的表达,分为对照组、慢病毒空载体组和敲低组。构建短发卡RNA(shRNA)质粒实现MACC1-shRNA干扰质粒后慢病毒感染H1299细胞(购自美国ATCC公司)使MACC1基因的沉默,分为质粒转染组与慢病毒空载体组,采用5-乙炔基-2’脱氧尿嘧啶核苷(EdU)法、Transwell小室实验、划痕试验分别检测细胞增殖能力、侵袭性和迁移性。组间比较采用两独立样本 t检验。 结果:组织芯片免疫组织化学显示肺腺癌组织中MACC1与β-catenin的表达水平呈正相关(相关系数0.397, P<0.05);慢病毒介导A549细胞MACC1下调后引起β-catenin表达下降[对照组(0.83±0.04)比空载体组(0.91±0.09, t=-0.241, P>0.05;空载体组(0.91±0.09)比敲低组(0.24±0.02, t=1.940, P<0.05);对照组(0.83±0.04)比敲低组(0.24±0.02, t=1.699, P<0.05];沉默MACC1后行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测H1299的β-catenin表达显著下降(0.79±0.07比0.38±0.08, t=3.267, P<0.05),且质粒转染组H1299细胞平均穿膜细胞数[(18.3±2.36)个]少于慢病毒空载体组[(36.2±2.1)个, t=-13.460, P<0.05];划痕实验显示24 h后质粒转染组[(266±27) μm]距离明显小于慢病毒空载体组[(931±36) μm, t=2.631, P<0.01]。 结论:MACC1在肺腺癌中高表达,促进癌基因β-catenin的表达,从而促进肺腺癌的侵袭转移。
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编辑人员丨5天前
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微小RNA-151-5p通过转化生长因子-β通路参与骨折愈合的早期调控过程
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-151-5p在骨折愈合方面的作用。方法:建立标准的大鼠股骨干骨折愈合模型(郑州大学动物中心),基因芯片分析血浆miRNA的表达。应用生物信息学方法模拟miRNA与靶基因配对,并寻找相关的靶通路。细胞实验验证miR-151-5p对成骨细胞(大鼠颅骨提取)的影响。最后,再次建立骨折愈合模型,给予miR-151-5p模仿物和抑制物,利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测转化生长因子-β(TGF-β)通路主要蛋白的表达。正态分布数据应用student- t检验,miRNA数据应用Benjamini & Hochberg方法进行比对。 结果:在大鼠骨折模型血浆结果显示miR-151-5p在骨折愈合7 d时显著高于对照组(对照比7 d为58.16±8.17比201.40±7.23, F=25.09, P<0.01),GSE93083数据集中骨折患者miRNA-151-5p表达量较健康组明显升高(骨折患者比健康人为12.25±0.17比12.00±0.19, t=2.446, P<0.01)。通过生物信息学分析,miR-151-5p的靶基因参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路,胰岛素信号通路,上皮细胞间质转型(EMT)信号通路,Ras信号通路以及TGF-β信号通路的调控。文献分析富集结果提示,miR-151-5p的靶基因主要参与TGF-β信号通路的调控。细胞实验提示miR-151-5p可以抑制成骨细胞增值活性,并抑制成骨细胞TGF-β通路表达。骨折愈合模型中,miR-151-5p模仿物PLCG1(miR-151-5p模仿物比抑制物组为3.99±2.06比10.36±2.87, q=4.596, P<0.05)和MAPK8(miR-151-5p模仿物比抑制物组为4.93±1.543比17.49±5.328, q=4.533, P<0.01)较抑制物组显著增高。 结论:miR-151-5p是通过TGF-β参与骨折愈合的早期调控过程。
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编辑人员丨5天前
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轻症和重症流感肺炎患者外周血单个核细胞环状RNA表达谱差异分析
编辑人员丨5天前
目的:探索轻症和重症流感肺炎患者外周血单个核细胞(PBMC)环状RNA(circRNA)表达谱差异。方法:选取2018年12月至2019年3月北京朝阳医院感染和临床微生物科收治的轻症和重症流感肺炎住院患者各10例,采用Clariom? D基因芯片检测两组患者PBMC中的circRNA表达谱,以差异倍数(FC)绝对值>2且 P<0.05为标准筛选差异表达circRNA,进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组大百科全书数据库(KEGG)信号通路富集分析。 结果:轻症患者年龄[ M( P25, P75)]为 62.0(34.5,69.8)岁,其中男性4例;重症患者年龄[ M( P25, P75)]为50.0(37.0,60.0)岁,均为男性。共筛选出轻、重症患者PBMC差异表达circRNA 137个,其在轻症患者中表达上调和下调的个数分别为101和36个,其中上调表达最显著的是hsa_circ_0091073(FC=160.898, P<0.05),下调表达最显著的是hsa_circ_0092219(FC=-17.630, P<0.05)。GO富集分析显示,与差异表达circRNA相关的GO二级条目共111个( P<0.05);与上调表达circRNA相关的包括DNA转录模板、DNA转录模板调控、RNA聚合酶Ⅱ转录调节等;与下调表达circRNA相关的包括中细粒细胞脱颗粒、杀死其他生物的细胞和防御真菌等。KEGG信号通路分析显示,与差异表达circRNA相关的代谢通路共37条( P<0.05);与上调表达circRNA相关信号通路包括核转录因子-κB(NF-κB)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等;与下调表达circRNA相关的信号通路包括癌症的转录失调、叶酸碳库和其他类型O-聚糖生物合成等。 结论:轻症与重症流感肺炎患者PBMC中circRNA表达存在明显差异,可能通过多个信号通路在流感肺炎致病机制中发挥作用。
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编辑人员丨5天前
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转移性结直肠癌免疫微环境及预后相关的免疫相关差异表达基因分析
编辑人员丨5天前
目的:通过生物信息学方法,分析转移性结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的免疫微环境差异,筛选与预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因。方法:从基因表达综合(GEO)数据库中下载结直肠癌及转移灶基因芯片数据集GSE131418,包括莫菲特癌症中心MCC队列的样本数据517例和Consortium队列样本数据618例;从免疫学数据库和分析门户IMMPORT中下载免疫相关基因集,包含免疫相关的基因2 483个。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载结直肠癌组织及癌旁组织的RNA测序数据共695例,临床信息627例。采用ESTIMATE算法计算转移灶组织和原发肿瘤组织的基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分,并用CIBERSORT反卷积算法对结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的22种免疫细胞浸润情况进行比较分析。筛选免疫相关差异表达基因并进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。根据各免疫相关差异表达基因表达水平的中位数将患者分为高、低表达组,分别使用Kaplan-Meier法和Cox比例风险模型对免疫相关差异表达基因进行分析,筛选两种方法结果中与预后显著相关的基因(均 P<0.01),用Cox回归进行多因素分析。比较TCGA数据库和GEO数据库GSE131418数据集中各基因在肿瘤组织和癌旁组织、原发肿瘤组织和转移灶组织中的表达差异,并进行生存分析。 结果:转移性结直肠癌转移灶组织基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分均低于原发肿瘤组织(均 P<0.001)。与原发肿瘤组织相比,转移灶组织中活化的自然杀伤(NK)细胞、单核细胞、CD8 + T细胞、T细胞、活化的树突细胞比例增高,而未活化的肥大细胞、未活化的树突细胞、未活化的NK细胞、活化的记忆CD4 + T细胞、M1型巨噬细胞以及中性粒细胞比例降低。转移性结直肠癌转移灶组织与原发肿瘤组织免疫相关差异表达基因289个,其中上调基因101个,下调基因188个。KEGG信号通路富集结果显示,在转移性结直肠癌转移灶组织的免疫微环境中,发生了血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、程序性死亡受体配体1(PD-L1)表达与程序性死亡受体1(PD-1)检查点通路、辅助性T细胞(Th)1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、NF-κB信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路的富集。筛选出7个预后相关的免疫相关差异表达基因,分别为ANGPTL5、FPR1、HSPA8、NR2E3、PSMD2、PSMD8、SBDS。Cox回归多因素分析结果显示,转移性结直肠癌免疫相关差异表达基因ANGPTL5( HR=2.69,95% CI 1.22~5.92, P<0.05)、HSPA8( HR=0.57,95% CI 0.33~0.97, P<0.05)、SBDS( HR=2.23,95% CI 1.18~4.21, P<0.05)是转移性结直肠癌独立的预后影响因素。ANGPTL5在肿瘤组织中表达低于正常组织,在转移灶组织中的表达高于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达ANGPTL5的患者预后更差。HSPA8在肿瘤组织中表达高于正常组织,在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达HSPA8的患者预后更好。SBDS在肿瘤组织中表达低于正常组织,在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织,而肿瘤组织高表达SBDS的患者预后更差。 结论:转移性结直肠癌的免疫微环境与原发肿瘤相比存在较大差异,其免疫细胞浸润程度降低,整体处于免疫抑制状态,筛选出预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因可能是新的转移性结直肠癌治疗靶点。
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编辑人员丨5天前
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支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定
编辑人员丨5天前
目的:筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA),并构建了调控网络。方法:从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756,筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析,筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs,并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队,最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络,进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果:共筛选出201个差异表达基因,KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用,GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个,负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论:本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络,从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。
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编辑人员丨5天前
