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基于宏基因组学比较分析乙型肝炎肝硬化伴或不伴腹水患者肠道菌群的分布特征
编辑人员丨22小时前
目的:采用宏基因组测序比较乙型肝炎肝硬化伴或不伴有腹水患者肠道菌群物种及代谢通路差异,并探讨差异菌群与临床指标及代谢通路间相关性。方法:在前期16S rRNA研究样本中选择20例乙型肝炎肝硬化(HBLC)患者[10例无腹水(HBLC-WOA),10例伴腹水(HBLC-WA)]及5名健康人作为健康对照(HC),对其肠道菌群样本进行宏基因组测序。采用Kruskal–Wallis秩和检验及Spearman检验发现差异菌群及代谢通路并分析其相关性。结果:(1)3组间肠道菌群的总体结构存在显著差异( R = 0.19, P = 0.018);在门水平上,HC组厚壁菌门的丰度最高,而变形菌门的丰度较低;肝硬化患者伴随腹水的出现,厚壁菌门丰度显著下降( Pfdr < 0.01),而变形菌门丰度显著增加( Pfdr < 0.01);(2)LEfSe分析表明29个菌属(HBLC-WA组18个,HBLC-WOA组11个)在疾病组中发挥主要作用。肠道菌群与临床变量的相关性分析结果显示,HBLC-WA组的未分类肠杆菌、克雷伯菌属以及HBLC-WOA组的肠杆菌属与Child-Turcotte-Pugh(CTP)评分、凝血酶原时间、国际标准化比值评分呈正相关,与白蛋白、血红蛋白水平呈负相关( P值均< 0.05);且HBLC-WA组的埃希菌属和志贺菌属与CTP评分呈正相关( P < 0.05);(3)关键差异KEGG通路与29个特定菌属相关性分析结果显示,在脂质代谢通路中,肠杆菌科菌属与花生四烯酸、α-亚麻酸、甘油脂代谢及脂肪酸降解呈正相关;在氨基酸代谢通路中,多数肠杆菌科菌属与支链氨基酸降解正相关,与芳香族氨基酸生物合成呈负相关。 结论:肠杆菌科细菌在HBLC-WA患者肠道中明显增加,影响肝脏的储备功能,并与脂质、氨基酸代谢通路密切相关。因此,对乙型肝炎肝硬化患者尤其是伴有腹水的患者应注意调节肠道菌群,预防并发症,改善患者的预后。
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编辑人员丨22小时前
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白癜风患者肠道微生物菌群特征研究
编辑人员丨22小时前
目的:探讨白癜风患者肠道微生物菌群特点,分析肠道菌群变化与白癜风发病的关系,为临床治疗提供新思路。方法:2017年4-12月,杭州市第三人民医院皮肤科收集30例白癜风患者及30例健康对照粪便标本,通过Roche/45高通量测序平台对其16S rRNA V3区进行定性分析;用宏基因组学对5例白癜风患者粪便及5例健康对照者粪便进行分析,明确其潜在调控通路。结果:与健康对照比较,白癜风患者粪便中细菌物种相似,但白癜风患者肠道微生物多样性富集明显减少( P<0.05);在门水平上,变形杆菌和梭杆菌丰度明显降低;在属水平上,7个种属(拟杆菌、大肠杆菌志贺菌、罗氏囊菌、相炭疽杆菌、梭杆菌、柔膜细菌-RF9、普氏菌-7)丰度明显降低( P<0.05),4个种属(瘤胃球菌-1、瘤胃球菌科UCG、毛螺菌科、链球菌)明显增加( P<0.05);链球菌属及相炭疽杆菌在白癜风患者表达差异尤为明显,前者增加10.8倍,后者减少6.517倍。通过构建一个基于11个白癜风相关属的肠道微生物菌群的随机森林模型,显示该判别模型在ROC中AUC为0.89;宏基因组分析显示,白癜风相关菌群失调主要与免疫相关通路(如WNT通路、Notch通路等)、能量代谢、线粒体功能、氨基酸代谢(如苯丙氨酸代谢)通路相关。 结论:白癜风患者肠道微生态环境中细菌群落多样性与健康对照存在明显差异,其菌群失调可能参与白癜风的发病发展,补充益生菌可能有益于白癜风治疗。
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编辑人员丨22小时前
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不同严重程度阻塞性睡眠呼吸暂停低通气患者肠道菌群特征初步分析
编辑人员丨22小时前
目的:分析不同严重程度阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)患者肠道菌群多样性、丰度及结构组成等特征,并初步探讨其在OSAHS发生发展过程中的潜在作用。方法:纳入2018年12月至2019年9月山西医科大学第二医院体检中心的27名健康志愿者[男19例,女8例,年龄22~78(44.4±2.7)岁,简称N组]和山西医科大学第二医院睡眠医学中心确诊的100例OSAHS患者[男86例,女14例,年龄19~78(49.1±1.3)岁],收集相关睡眠监测数据及病史资料,根据睡眠呼吸暂停低通气指数(AHI)分级和有无并发症将OSAHS患者分为单纯轻度组(简称L组)、单纯中度组(简称M组)、单纯重度组(简称S组)和重度并发症组(简称Sc组),运用16S rRNA高通量测序技术对肠道菌群进行特征分析,生物信息学相关统计用QIIME2软件进行分析,临床资料采用SPSS 25.0软件统计分析。结果:各组间肠道菌群Alpha和Beta多样性差异无统计学意义( P>0.05)。门水平分析,OSAHS各组拟杆菌门菌群相对丰度较N组低(N:24.96%,L:18.31%,M:12.95%,S:15.78%,Sc:16.48%)。属水平分析,拟杆菌属(N组:16.03%,L组:10.82%,M组:9.79%,S组:9.29%,Sc组:8.25%)和粪杆菌属(N组:11.21%,L组:10.42%,M组:10.21%,S组:8.54%,Sc组:6.27%)的相对丰度与OSAHS疾病严重程度呈负相关( r值分别为-0.887、-0.945)。而双歧杆菌属(N组:3.20%,L组:2.47%,M组:4.10%,S组:4.93%,Sc组:6.27%)和布劳特氏菌属(N组:2.52%,L组:3.59%,M组:3.81%,S组:4.11%,Sc组:5.86%)相对丰度与OSAHS疾病严重成正相关( r值分别为0.916、0.940)。与S组相比,Sc组的罗氏菌属(S组:10.22%,Sc组:6.65%)相对丰度降低,志贺菌属(S组:4.64%,Sc组:10.01%)相对丰度升高。冗余分析(RDA分析)示AHI、最低血氧饱和度(SpO 2min)、平均血氧饱和度(SpO 2mean)及最长呼吸暂停时间(Tmax)等指标与肠道菌群整体丰度差异无统计学意义( P>0.05),但不同菌属菌群丰度与睡眠监测各指标差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:OSAHS患者存在肠道菌群紊乱,主要为产生短链脂肪酸的益生菌相对丰度降低和致病菌的增多,提示其可能与OSAHS的发生发展有关。
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编辑人员丨22小时前
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基于16S核糖体RNA高通量测序的严重烧伤患者早期肠道菌群变化分析及代谢功能预测的前瞻性研究
编辑人员丨23小时前
目的:基于16S核糖体RNA(16S rRNA)高通量测序分析严重烧伤患者早期肠道菌群变化并进行代谢功能预测。方法:本前瞻性观察性研究将2018年1月—2019年12月江苏大学附属医院烧伤整形科收治的48例符合入选标准的严重烧伤患者纳入烧伤组,将同时期于江苏大学附属医院体检中心进行健康检查的符合入选标准的40名健康志愿者纳入健康组。收集烧伤组患者入院后1周左右的粪便标本及健康组志愿者体检当天粪便标本,进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;应用Mothur软件进行操作分类单元(OTU)划分,分析优势菌群;通过QIIME1.9.0软件分析粪便菌群OTU数目、Chao1指数、Ace指数、Shannon指数;采用Canoco Software 5.0对粪便菌群相对丰度做主成分分析;采用京都基因和基因组数据库预测粪便菌群代谢功能。对数据行独立样本 t检验、Mann-Whitney U检验。 结果:烧伤组患者粪便中拟杆菌属、肠球菌属、不动杆菌属、巨球型菌属、葡萄球菌属相对丰度明显高于健康组志愿者( Z=-5.20、-2.37、-5.17、-4.41、-6.03, P<0.05或 P<0.01),而健康组志愿者粪便中未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、盲杆菌属、未分类的瘤胃球菌科、假丁酸弧菌属、布劳特菌属、未分类的消化链球菌科( Z=-8.03、-3.21、-7.63、-5.88、-8.05、-8.05、-6.77, P<0.01)等19种菌属的相对丰度明显高于烧伤组患者。健康组志愿者粪便菌群多样性优于烧伤组患者,其主要优势菌群为拟杆菌属、未分类的毛螺杆菌科、普氏菌属、未分类的肠杆菌科、布劳特菌属、副拟杆菌属和大肠志贺杆菌属等,而烧伤组患者粪便主要优势菌群为拟杆菌属、普氏菌属、未分类的肠杆菌科和副拟杆菌属。烧伤组患者粪便菌群OTU数目、Ace指数、Chao1指数、Shannon指数分别为(149±47)个、199±45、190±45、2.0±0.9,显著少/低于健康组志愿者的(266±57)个、323±51、318±51、3.8±0.5( t=10.325、11.972、12.224、11.662, P<0.01)。健康组志愿者和烧伤组患者粪便菌群相对丰度在主成分1 被清晰地区分为2个群体,主成分1贡献率为32.50%, P<0.01;健康组志愿者粪便菌群在主成分2上较为集中,烧伤组患者粪便菌群在主成分2上散布较大,主成分2贡献率为13.44%, P>0.05。烧伤组患者粪便菌群氨基酸中丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸、精氨酸-脯氨酸、半胱氨酸-蛋氨酸、甘氨酸-丝氨酸-苏氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸以及碳水化合物中三羧酸循环、果糖和甘露糖、半乳糖、酵解/糖异生、淀粉和蔗糖代谢水平显著低于健康组志愿者( Z=-4.75、-4.54、-4.75、-4.62、-3.71、-3.28、-4.19,-3.82、-4.72、-4.35、-4.75、-4.71, P<0.01),硫辛酸代谢和辅酶Q合成水平明显高于健康组志愿者( Z= -6.07、-4.51, P<0.01),花生四烯酸代谢水平与健康组志愿者相近( P>0.05)。 结论:基于16S rRNA高通量测序得出,严重烧伤患者早期肠道菌群和健康人群存在明显差异,烧伤患者肠道菌群种类减少,多样性降低,营养代谢水平降低。
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编辑人员丨23小时前
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炎症性肠病患者肠道菌群的临床研究
编辑人员丨23小时前
目的:描述炎症性肠病患者的粪便微生物群落组成,找出与炎症性肠病相关的菌群,为疾病的治疗和诊断提供新思路。方法:收集克罗恩病( n=20)、溃疡性结肠炎( n=10)和健康对照组( n=30)的粪便样本,利用16S rRNA测序法,测定粪便样品中微生物群落组成。 结果:炎症性肠病患者肠道菌群与正常对照组有显著差异。炎症性肠病患者变形菌门、Epsilonbacteraeota、酸杆菌门、志贺氏菌丰度显著升高;普氏菌属_9、巨单胞菌属、Lachnoclostridium丰度显著降低。克罗恩病组Lachnoclostridium丰度显著高于溃疡性结肠炎组,酸杆菌门、普氏菌属_9丰度显著低于溃疡性结肠炎组。厚壁菌门、拟杆菌门丰度在炎症性肠病患者中降低,但差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:炎症性肠病患者肠道微生物失调,IBD患者肠道菌群中致病菌增多(主要为变形菌门和大肠埃希菌志贺菌)。克罗恩病组和溃疡性结肠炎组的差异菌群可能和疾病相关。
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编辑人员丨23小时前
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肠内延伸型胆管支架置入前后实验猪胆道菌群多样性分析
编辑人员丨23小时前
目的:通过动物实验对比肠内延伸型胆管支架(enteral extended biliary stent,EEBS)和传统塑料支架置入前后的胆道菌群变化,初步探索EEBS在预防支架堵塞中的可能机制。方法:12只健康巴马小型猪采用简单随机方法分为传统塑料支架组( n=6)和EEBS组( n=6),在支架置入前及置入后4周拔除支架时采集胆汁标本进行16S rRNA基因测序,分析比较不同支架置入前后胆汁菌群结构及多样性。 结果:12只实验猪均未发生急性胆管炎、穿孔、出血、死亡等并发症,支架置入8 d后内镜复查两组支架均已脱落,于此时采集胆汁标本进行菌群分析。两组实验猪的胆道菌群在门水平主要是变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门。Alpha多样性分析显示传统塑料支架组支架置入后Shannon指数( P=0.004)和Simpson指数( P=0.008)较前显著减小;Beta多样性分析也提示传统塑料支架置入前后菌群结构发生显著变化(Anosim: R=0.514 8, P=0.011)。EEBS组支架置入前后Observed species指数( P=0.095)、Chao1指数( P=0.136)、Shannon指数( P=0.353)和Simpson指数( P=0.227)及Beta多样性(Anosim: R=0.059 3, P=0.187)差异均无统计学意义。差异菌LEfSe分析显示,传统塑料支架组支架置入后脆弱拟杆菌、变形菌门-γ变形菌纲-肠杆菌目-肠杆菌科-埃希_志贺菌属-大肠埃希菌丰度显著升高,EEBS组支架置入后脱硫菌门-脱硫菌纲-脱硫菌目-脱硫菌科-嗜胆菌属丰度显著升高。 结论:EEBS短期置入后胆道菌群变化较小,可能通过延长反流路径达到了预防肠胆反流的效果。
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编辑人员丨23小时前
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2008年至2017年河南省睢县腹泻患儿志贺菌血清型分布及耐药研究
编辑人员丨23小时前
目的:了解2008年至2017年河南省睢县5岁以下腹泻患儿粪便标本中志贺菌的血清型分布和耐药情况。方法:采集2008年至2017年河南省睢县豆付元卫生室的4 721份5岁以下腹泻患儿粪便标本,细菌培养分离出志贺菌株。采用玻片凝集试验进行血清学分型。按比例选取271株志贺菌株,采用多重梯度聚合酶链反应检测毒力基因,Kirby-Bauer琼脂法进行药物敏感试验。采用趋势性卡方检验分析耐药性年度变化趋势。结果:4 721份粪便标本中志贺菌检出率为20.69%(977/4 721)。977株志贺菌共分为2群13种血清型,福氏志贺菌占77.79%(760/977),宋内志贺菌占22.21%(217/977),每年最常见的3种血清型呈交替变化。271株志贺菌中,福氏志贺菌优势基因携带模式为志贺菌肠毒素( Shigella enterotoxin, shET) -1+、 shET-2+、侵袭性质粒H抗原(invasion plasmid antigen H, ipaH)+、侵袭相关毒力基因(invasion-associated locus, ial)+,占84.04%(179/213);宋内志贺菌为 shET-1-、 shET-2+、 ipaH+、 ial+,占46.55%(27/58)。志贺菌对氨苄西林、萘啶酸、四环素的耐药率均>90%,对头孢吡肟和头孢他啶较敏感;对头孢噻肟、头孢吡肟、环丙沙星、氯霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率逐年上升,差异有统计学意义( χ2=24.027、7.232、6.039、4.764、6.809,均 P<0.05)。98.52%(267/271)的菌株对3种以上抗菌药物耐药,福氏志贺菌对环丙沙星、诺氟沙星、氯霉素的耐药率均高于宋内志贺菌;对庆大霉素和复方磺胺甲 唑的耐药率均低于宋内志贺菌,差异均有统计学意义( χ2=31.866、14.868、83.036、68.534、14.738,均 P<0.01)。 结论:2008年至2017年睢县5岁以下腹泻患儿志贺菌每年主要流行的血清型不断发生变化,不同血清分型的优势基因携带模式不同。大多数分离菌株产生了多重耐药,且不同血清型的志贺菌耐药谱不同。
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编辑人员丨23小时前
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肠道菌群与早产儿晚发型败血症关系的初步研究
编辑人员丨23小时前
目的:通过高通量测序技术比较晚发型败血症(LOS)及肺炎的早产儿肠道菌群的特点及差异,探讨肠道菌群与LOS之间的关系。方法:通过病例对照的方法,选择2018年8月至2019年10月在湖南省儿童医院新生儿科住院诊断为LOS的早产儿作为病例组( n=8),同时选取诊断为肺炎的早产儿作为对照组( n=8)。收集16例早产儿入院第1次的粪便样本并提取DNA,利用PCR技术扩增目标区域DNA,使用NovaSeq 6000平台进行高通量测序,分析两组间肠道菌群的组成和多样性。 结果:(1)Alpha多样性分析显示两组间肠道菌群丰度及多样性差异无统计学意义(均 P>0.05)。(2)LOS组和对照组早产儿肠道菌群在门水平上均以厚壁菌门和变形菌门为主,在属水平上以肠球菌属、埃希菌-志贺菌属等兼性厌氧菌为优势菌群。进行Metastas统计分析,两组在门水平上菌群组成差异无统计学意义( P>0.05)。(3)在目、科、属、种水平进行Metastas统计分析,LOS组放线菌目、消化链球菌科、梭菌属相对丰度高于肺炎组,差异有统计学意义(均 P<0.05)。(4)LOS组葡萄球菌相对丰度大于对照组,但Metastas统计分析显示两组葡萄球菌相对丰度差异无统计学意义( P>0.05)。(5)8例LOS中有3例早产儿血培养阳性,分别为无乳链球菌、缓症链球菌、粪肠球菌。粪肠球菌属于肠球菌属,而肠球菌属在LOS组属于优势菌属。 结论:不同部位感染对早产儿肠道微生态存在影响。LOS与肺炎早产儿肠道菌群构成有差异。
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编辑人员丨23小时前
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早产儿神经发育与肠道菌群关系的初步研究
编辑人员丨23小时前
目的:探讨早产儿神经发育与肠道菌群的关系。方法:纳入2018年9月至2019年9月在湖南省儿童医院新生儿科住院治疗的66例早产儿,收集其入院第1次的粪便样本及临床资料。根据神经发育情况分成神经发育正常组、神经发育不良组,通过16S rDNA高通量测序技术提取粪便样本细菌DNA后进行生物信息学分析,比较两组间肠道菌群的组成和多样性差异。结果:(1)神经发育正常组和神经发育不良组肠道菌群的Shannon指数分别为0.89(0.41,1.51)和1.01(0.47,1.31),两组多样性指数差异无统计学意义( P>0.05)。(2)神经发育正常组肠道菌群中双歧杆菌属、韦荣球菌属、Negativicutes纲菌群丰度显著较高(均 P<0.05),神经发育不良组肠道菌群中链球菌属丰度显著较高( P<0.05),两组肠道菌群均以肠球菌属、埃希菌-志贺菌属为主。 结论:早产儿早期肠道菌群在属水平上以肠球菌属、埃希菌属为优势菌群。肠道菌群与早产儿神经发育相关,链球菌属丰度增加,双歧杆菌属、韦荣球菌属、Negativicutes丰度降低可能是早产儿神经发育不良的危险因素,早产儿早期肠道菌群的多样性可能与神经发育无明显相关性。
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编辑人员丨23小时前
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大承气汤能够通过调节肠道微生物群抑制轻症急性胰腺炎患者炎症反应并促进胃肠功能恢复
编辑人员丨23小时前
目的:探讨大承气汤对轻症急性胰腺炎(MAP)患者的疗效及其治疗机制。方法:采用平行分组随机对照研究方法,选择2018年3月至2021年2月上海市中西医结合医院收治的68例急性胰腺炎(AP)患者。结合患者入院时病情及是否同意使用大承气汤,按照1∶1等量随机原则分为常规治疗组和大承气汤组;同时招募20例健康志愿者作为对照。两组患者均予以奥曲肽+禁食、胃肠减压、解热镇痛、抗炎、抑制胃酸和胰液分泌、维持电解质平衡等常规西医治疗;大承气汤组在常规治疗基础上口服大承气汤,每次100 mL,每日2次,连续观察7 d。记录患者治疗前后炎症指标〔白细胞计数(WBC)、C-反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、白细胞介素-6(IL-6)〕和胃肠功能恢复时间(首次排气时间、恢复肠鸣音时间、首次排便时间),并对粪便样本进行16S rRNA基因测序,对经质量控制等相关处理后获得的归一化数据进行多样性分析(Alpha多样性和Beta多样性)及线性判别分析效应量分析(LEfSe分析),观察MAP患者肠道微生物区系变化;采用Spearman等级相关系数分析炎症指标与肠道属水平微生物的相关性。治疗期间监测MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图,以评估安全性。结果:68例AP患者中,排除中重症AP患者16例、未收集到标本或自动放弃治疗患者4例,最终48例MAP患者纳入分析,常规治疗组和大承气汤组各24例。两组治疗7 d炎症指标均较治疗前明显降低,其中大承气汤组CRP、PCT、IL-6水平显著低于常规治疗组〔CRP(mg/L):8.50(3.50,13.00)比16.00(9.25,29.75),PCT(μg/L):0.06(0.03,0.08)比0.09(0.05,0.11),IL-6(ng/L):6.36(3.96,10.79)比13.24(6.69,18.87),均 P<0.05〕;且大承气汤组胃肠功能恢复时间也较常规治疗组明显缩短〔首次排气时间(d):1.62±0.65比2.80±0.65,恢复肠鸣音时间(d):1.13±0.58比2.31±0.76,首次排便时间(d):3.12±0.75比4.39±0.76,均 P<0.05〕。肠道菌群多样性分析显示,无论是微生物群落的多样性还是丰富度,健康对照组均最高,常规治疗组均最低;且健康对照者微生物群落与MAP患者的重合度均较小,而不同治疗方法间MAP患者的重合度相对较大。LEfSe分析显示,大承气汤降低了大肠埃希菌-志贺菌属和丹毒梭状芽孢杆菌属的相对丰度,同时提高了乳杆菌属、罗姆布茨菌属、布劳特菌属3个有益菌属的相对丰度;在MAP患者肠道中,黏液乳杆菌属和联合乳杆菌属均明显富集。相关性分析显示,大肠埃希菌-志贺菌属与WBC、CRP、PCT、IL-6这4个炎症指标均呈显著正相关( r值分别为0.31、0.41、0.57、0.43,均 P<0.05);其他菌属与炎症指标无明显相关性。治疗过程中,MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图指标均未见明显异常。 结论:大承气汤可通过调节MAP患者肠道微生物区系的组成,抑制炎症反应,促进肠道微生态平衡和胃肠功能恢复,改善肠道屏障功能;治疗期间未出现明显的不良反应。
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编辑人员丨23小时前