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一株H3N2亚型流感病毒株的全基因序列测定及其分子特征分析
编辑人员丨1周前
目的:了解1株人流感H3N2毒株的全基因组序列特征、遗传进化及生物学特性。方法:对浙江省丽水市分离的1株H3N2流感毒株进行全基因组测序,从美国国立生物信息中心(NCBI)和全球倡议分享流感数据库(GISAD)获取其他流感毒株基因组全序列,通过BioEdit7.0.9将该毒株8节段基因与其他序列比对,MEGA7.0软件邻接法构建进化树,并全面分析该毒株的进化、致病力和抗原性等特征。结果:测序得到该毒株为人流感分离株A/Homo sapien/China/LS340/2019(H3N2)株(LS340),LS340为典型的季节性人流感病毒,血凝素基因属于3C.2a1进化分支,具备人际传播能力,部分位点呈现高传播性和高致病性特征,对金刚烷胺耐药。与当季推荐疫苗株相比,抗原区出现涉及A、B两个表位3个位点突变。结论:LS340未出现重组、缺失等较大变异,但与当季推荐疫苗株相比已经发生抗原漂变,应及时更新疫苗,同时加强此类病毒变异监测,防止流感大流行发生。
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编辑人员丨1周前
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2015年福建省莆田市G基因型腮腺炎病毒全基因组序列测定及分析
编辑人员丨1周前
目的:了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus,MuV)全基因组序列特征。方法:选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究,命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增,并对产物进行测序拼接,结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果:福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸,与其它基因型毒株相比,全基因组核苷酸差异在3.7%~6.0%之间,其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大,与N和B基因型的遗传差异最小;在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上,SH基因变异最大,M和L基因最为保守;在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异;相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论:现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异,提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测,为更好的腮腺炎防控提供科学依据。
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编辑人员丨1周前
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HLA-G 3′UTR基因多态性与不明原因复发性流产发生风险的相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨人类白细胞抗原G 3′非翻译区(human leucocyte antigen-g 3′ untranslated region,HLA-G 3′ UTR)基因单核苷酸多态性以及单倍型在不明原因复发性流产患者中的分布情况及可能的预测作用。方法:采用病例对照研究。选择2017年6月至2018年7月温州市中医院70例不明原因复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)妊娠患者(病例组)以及54例产前检查健康妇女(对照组),采集外周全血和血清。离心柱法提取外周全血基因DNA,PCR扩增HLA-G 3′UTR DNA。Sanger测序法测得基因序列并进行基因分型。SHEsis在线软件分析单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点等位基因和基因型的频率,比较分析对照组和病例组的分布差异。Phase软件构建单倍型。ELISA检测血清可溶性HLA-G(soluble human leucocyte antigen-G,sHLA-G)浓度。两组间SNP位点基因型及单倍型比较采用χ 2检验,两组sHLA-G浓度比较采用 t检验。 结果:URSA组和对照组均检测出8个多态性位点,包括14bp ins/del、+3003C/T、+3010G/C、+3027A/C、+3035C/T、+3142C/G、+3187A/G及+3196C/G,均符合哈迪-温伯格平衡(Hardy-Weinberg,H-W)检验平衡检验,比较分析显示+3010G/C、+3142C/G、+3187A/G三个位点在两组间的分布差异有统计学意义(χ 2=8.514, P=0.004;χ 2=0.552, P=0.021;χ 2=8.183, P=0.005)。携带+3010C等位基因、+3142G等位基因患病风险相对较高( OR=2.131,95 %CI=1.278~3.552,χ 2=8.514, P=0.004; OR=1.813,95 %CI=1.091~3.013,χ 2=0.552, P=0.021);携带+3187G等位基因患病风险相对较低( OR=0.476,95 %CI=0.285~0.794,χ 2=8.183, P=0.005)。8个位点紧密连锁,单倍型分析显示UTR-1(DTGCCCGC)可能是URSA的保护因素( OR=0.497,95 %CI=0.295~0.837,χ 2=6.987, P=0.008),UTR-3(DTCCCGAC)可能是URSA的危险因素( OR=1.732,95 %CI=1.009~2.974,χ 2=3.998, P=0.045)。UTR-1/UTR-1纯合子频率在URSA患者中显著低于健康妊娠人群( OR=0.381,95 %CI=0.165~0.879,χ 2=5.292, P=0.024),可能是URSA的一个保护因素。未发现血清sHLA-G与HLA-G 3′UTR基因单倍型的关联性( t=1.578, P=0.119)。 结论:HLA-G 3′UTR基因多态性及单倍型与URSA具有一定相关性,可能为临床诊疗和预测提供依据。
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编辑人员丨1周前
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2019新型冠状病毒刺突蛋白表位预测及变异分析
编辑人员丨1周前
目的:预测2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)刺突蛋白的抗原表位,分析刺突蛋白的变异规律。方法:从基因库(GenBank)和全球共享禽流感数据倡议组织数据库下载2019-nCoV的基因序列(截至2020年3月4日)。应用ClustalW、MEGA 7.0、免疫表位数据库等生物信息学软件,预测刺突蛋白潜在的B淋巴细胞和T淋巴细胞表位,分析比较刺突蛋白的变异在表位区与非表位区的特点。统计学分析采用 χ2检验。 结果:刺突蛋白有130个潜在表位,包括25个线性B淋巴细胞表位、18个非线性B淋巴细胞表位、71个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)Ⅰ类限制性T淋巴细胞表位和16个HLA Ⅱ类限制性T淋巴细胞表位。S 404-426肽段有较高的抗原性,且在中国的人群覆盖率达73.4%。与1月31日之前的2019-nCoV刺突蛋白相比,其在1月31日之后的变异频率在非表位区(15.4%比21.7%)和表位区(6.2%比8.7%)都有所增加,但差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:2019-nCoV刺突蛋白有多个抗原表位,为2019-nCoV疫苗的研究提供了参考依据。刺突蛋白的变异有增加趋势,需进一步关注和研究。
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编辑人员丨1周前
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一例无偿献血者间歇性检出乙肝病毒DNA的血清学及S区基因特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析一例无偿献血者乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)DNA间歇性检出的血清学特征及其S基因测序情况,为正确解释间歇性检出献血者HBVDNA、更好的保证血液安全提供依据。方法:收集HBV DNA呈间歇性检出的献血者两次献血标本,使用酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assays,ELISA)双试剂检测HBV表面抗原(HBsAg),血筛核酸检测(nucleic acid testing,NAT)筛查HBV DNA。使用电化学发光法进行乙肝五项检测。使用巢式PCR扩增HBV S基因并进行基因测序和分析。结果:针对两次标本,ELISA双试剂检测HBsAg均为阴性;NAT结果一次为无反应性,一次为反应性(Ct值为40.52);乙肝五项结果显示HBV e抗体(anti-HBe)、HBV核心抗体(anti-HBc)均为阳性;该献血者两次标本经扩增测序均得到相同的S基因序列,分型为HBV基因型C;与S基因同基因型参考序列比对未发现基因突变。结论:该献血者存在隐匿性HBV感染(occult hepatitis B infection,OBI),且表现为常规血筛核酸检测试剂间歇性检出的情况,极易发生HBV漏检,严重影响输血安全。灵敏度高的血筛检测试剂和方法对输血安全至关重要。
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编辑人员丨1周前
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侧链二氧酸脱氢酶复合体E2蛋白关键性氨基酸在原发性胆汁性胆管炎诊断中的意义
编辑人员丨1周前
目的:探究与自身抗体抗线粒体抗体Ⅱ型(AMA-M2)发生反应的侧链二氧酸脱氢酶复合体E2蛋白(BCOADC-E2)关键性氨基酸在原发性胆汁性胆管炎(PBC)诊断中的价值。方法:克隆能够表达BCOADC-E2蛋白抗原表位同源目的基因序列BCKD,与工程质粒pGEX-4T1进行DNA重组,通过PCR获得15个点突变质粒,转入原核表达菌株中进行蛋白表达与纯化;ELISA法、蛋白质印迹法鉴定其与PBC患者血清AMA-M2特异性反应程度并进行分析比较,定位出对BCOADC-E2蛋白和AMA-M2特异性反应有关键影响的氨基酸,探讨其在PBC诊断中的价值。统计学处理采用单因素方差分析、两两比较采用LSD- t检验。 结果:共获得14个突变型蛋白、1个野生型蛋白。突变型蛋白pGEX-BCKD-S1A和pGEX-BCKD-C3A与PBC患者血清AMA-M2特异性反应程度均高于野生型蛋白pGEX-BCKD与AMA-M2特异性反应程度;突变型蛋白pGEX-BCKD-S1A(1.634±0.328)和pGEX-BCKD-C3A(1.744±0.345)与PBC患者血清AMA-M2特异性反应程度均高于野生型蛋白pGEX-BCKD(1.000±0.000)与AMA-M2特异性反应程度;突变型蛋白pGEX-BCKD-E4A(0.157±0.067)、pGEX-BCKD-V5A(0.057±0.029)、pGEX-BCKD-Q6A(0.580±0.166)、pGEX-BCKD-S7A(0.744±0.125)、pGEX-BCKD-D8A(0.351±0.135)、pGEX-BCKD-S10A(0.496±0.158)、pGEX-BCKD-V11A(0.149±0.089)、pGEX-BCKD-T12A(0.061±0.043)、pGEX-BCKD-I13A(0.007±0.017)、pGEX-BCKD-T14A(0.198±0.101)、pGEX-BCKD-S15A(0.156±0.087)、pGEX-BCKD-R16A(0.884±0.099)与AMA-M2特异性反应程度均低于野生型蛋白pGEX-BCKD(1.000±0.000)与AMA-M2特异性反应蛋白。结论:BCOADC-E2蛋白的1号和3号位半胱氨酸是提高蛋白BCOADC-E2与PBC患者血清AMA-M2特异性反应关键性氨基酸;4、5、6、7、8、10、11、12、13、14、15、16号位氨基酸被丙氨酸代替后形成突变型蛋白会降低其与AMA-M2特异性反应程度;5号位和13号位氨基酸是影响蛋白BCOADC-E2与AMA-M2特异性反应关键性氨基酸,对BCOADC-E2蛋白功能有着重要影响,对BCOADC-E2关键性氨基酸进行深入研究对PBC诊治有重要意义。
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编辑人员丨1周前
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2017—2021年贵州省乙型流感病毒遗传进化分析
编辑人员丨1周前
目的:了解贵州省乙型流感病毒BY系和BV系毒株 HA和 NA基因分子进化特征,为流感的科学防控提供依据。 方法:统计贵州省2017—2021年流感各型别阳性比例,提取乙型流感病毒核酸,RT-PCR扩增 HA和 NA基因,进行序列测定14株,并从GISAID获取83株序列,对合计97株乙型流感病毒的序列进行同源性、遗传进化和氨基酸位点变异分析。 结果:贵州省存在甲型、BY系和BV系流感病毒的流行,BV系为优势流行型别;BY系流感病毒 HA和 NA基因与参考疫苗株B/PHUKET/3073/2013相比同源性分别为98.7%~99.4%和98.4%~99.6%,BV系毒株与参考疫苗株B/Colorado/06/2017相比分别为98.3%~99.3%和98.9%~99.6%;贵州省BY系毒株主要属于Y3遗传群, HA基因处于Y3-H1~2两个分支, NA基因处于Y3-N1~3三个分支,发现3株Y3系内重配株;BV系毒株主要属于V1A-2遗传群, HA基因处于V1A-2 H1~4四个分支, NA基因处于V1A-2 N1~5五个分支,发现20株V1A-2系内重配株,未发现系间重配株;关键氨基酸位点变异分析显示抗原决定簇区域位点Y3遗传群无突变,V1A-2遗传群4个主要的抗原决定簇均存在点突变且190螺旋存在移码突变,耐药位点均未发生突变。 结论:贵州省流感流行型别多样,乙型流感病毒与疫苗株同源性差异在增大, HA和 NA基因已进化出不同分支,基因序列存在多种形式的突变,存在系内重配株和新的变种,应持续加强乙型流感病毒的监测研究。
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编辑人员丨1周前
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类孟买表型 FUT1新等位基因的鉴定及家系研究
编辑人员丨1周前
目的:报告1例类孟买血型并探讨其分子机制。方法:对1例ABO血型常规检测正反定型不相符的就诊者,采用吸收放散试验检测红细胞弱表达的ABH血型抗原,唾液酸实验检测唾液中血型物质。采用PCR产物直接测序法进行 ABO基因第6、7外显子和 FUT1和 FUT2基因序列分析。 结果:ABO血型正定型为O型,反定型为AB型,唾液中检测到有H和A、B物质,直接测序发现先证者 FUT1基因存在c.35C>T、c.328G>A、c.504delC复合杂合变异,单倍型序列分析表明先证者的 FUT1基因型为h 328A/h 35T+504delC,已上传NCBI,序列号为MW323551。 结论:本研究发现了1例由 FUT1基因复合杂合新变异c.504delC引起的类孟买表型AB mh,该变异可能影响糖基转移酶的活性,导致其酶的功能缺陷。
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编辑人员丨1周前
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两种呼吸道合胞病毒PreF三聚体重组蛋白疫苗的制备和免疫原性评价
编辑人员丨1周前
目的:通过基因序列设计及优化,构建质粒并表达纯化出4种呼吸道合胞病毒(RSV) PreF蛋白,对其免疫原性进行评价。方法:分别用Human和CHO密码子优化Coronin-1A和T4三聚体蛋白基因序列,并添加到RSV F蛋白序列后,将上述质粒转染Expi293F细胞进行蛋白质表达,收获上清经镍柱纯化后,制备出4种三聚体蛋白,并进行SDS-PAGE分析及Western blot鉴定。于0周和3周免疫动物,采血后进行结合抗体和中和抗体活性检测。结果:SDS-PAGE分析及Western blot鉴定结果表明,制备及表达的4种蛋白质具有稳定的三聚体结构;抗原抗体亲和力试验表明,4种三聚体蛋白与RSV特异性单抗8897、D25、Motavizumab、AM14和Palivizumab的亲和力均很强;免疫血清的结合抗体效价和中和抗体效价结果表明,初次免疫后,两种T4三聚体蛋白诱导的抗体水平更高,再次免疫后,Human密码子优化的三聚体蛋白抗体增长幅度较高。结论:两种不同的异源三聚体基序添加均可产生有效的三聚体PreF蛋白,并能在小鼠体内诱导出有效的结合抗体和中和抗体。
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编辑人员丨1周前
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α-1,3- N-乙酰半乳糖胺基转移酶基因新变异的家系研究
编辑人员丨1周前
目的:通过对一例ABO亚型家系血清学和基因序列分析,研究该家系中α-1,3- N-乙酰半乳糖胺基转移酶基因新变异位点的特征。方法:收集先证者及其3名家系成员血液标本,血清学方法进行ABO表型检测,荧光PCR进行ABO血型基因分型。通过对先证者ABO基因全编码区直接测序及第6、7外显子克隆测序方法进行基因序列及单体型分析。结果:先证者血型为AxB亚型,ABO血型基因分型为A/B。克隆测序结果显示A新等位基因在 ABO* A1.02序列基础上存在第7外显子c.797_798 insT变异。家系调查发现,先证者及其姐姐新变异均遗传自其父亲。c.797_798insT新变异序列已注册基因数据库(MK125137)。 结论:α-1,3- N-乙酰半乳糖胺基转移酶基因第7外显子c.797_798insT新变异为可遗传变异,可导致A抗原表达减弱。
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编辑人员丨1周前
