随着分子遗传学机制研究的深入和基因筛查技术的发展，越来越多的遗传性心血管疾病的致病基因和变异位点被发现。心脏猝死相关的基因变异，特别是核纤层蛋白A/C、受磷蛋白、细丝蛋白-C等致病基因的基因型和表型关联分析的结果，为遗传性心血管疾病的诊断和风险评估提供了依据，已被2019、2022年国际专家共识和2021年国际指南推荐用于指导心脏植入性器械［如植入式心律转复除颤器（ICD）］的临床应用，以预防心脏猝死、改善预后、降低死亡率。

目的:通过生物信息学分析结直肠癌组织与正常癌旁组织的基因表达数据集，筛选出参与并影响结直肠癌发生发展的关键差异表达基因。方法:从基因表达谱(GEO)数据库中下载3个结直肠癌组织信使RNA(mRNA)芯片数据集，为数据集GSE35279，数据集GSE50746和数据集GSE87211，共包括173个正常癌旁组织和297个结直肠癌组织。进行分析筛选，获得差异表达基因(DEGs)。使用标注可视化和集成发现数据库(DAVID)用于富集分析。通过STRING和Cytoscape数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络，并得到关键DEGs。利用UALCAN、基因表达谱动态分析(GEPIA)等数据库分析关键基因的表达和生存分析，使用Log-rank检验方法。结果:在结直肠癌和正常癌旁组织中共识别出212个DEGs和10个核心基因。GEPIA总生存期曲线显示，金属蛋白酶抑制剂-1(TIMP1)、分泌型磷蛋白1(SPP1)、蜗牛家族转录抑制因子1 (SNAI1)和胰高血糖素(GCG)的表达水平与结直肠癌患者总体生存率有关。高表达组TIMP1、SPP1和SNAI1结直肠癌患者总体生存率分别显著低于低表达组患者，并且低表达组GCG结直肠癌患者总体生存率显著低于高表达组患者，其结果具有统计学意义( P<0.05)。 结论:筛选出4个结直肠癌临床诊断和预后的生物标志物，为进一步研究结直肠癌发病分子机制以及早期诊断和预后提供基础依据。

人副流感病毒(human parainfluenza viruses，HPIVs)包含四个血清型(HPIV1-4)，是引发全球婴幼儿严重急性呼吸道疾病的第二大病原体，也是导致器官移植患者、免疫功能低下患者、慢性疾病患者和老年人严重呼吸道感染甚至死亡的病原体之一。HPIVs属于副黏病毒科( Paramyxoviridae family)，其中HPIV1和HPIV3属于呼吸道病毒属( Respirovirus genus)，HPIV2和HPIV4属于腮腺炎病毒属( Rubulavirus genus)。HPIVs基因组全长约15~17 kb，编码6种主要的结构蛋白，包括核蛋白、磷蛋白、基质蛋白、融合蛋白、血凝素－神经氨酸酶蛋白和RNA聚合酶蛋白。此外，不同血清型的HPIVs基因组还编码一些小分子蛋白参与病毒复制。本文就目前HPIVs基因组编码蛋白的结构和功能，参与病毒基因组转录和复制的调控机制，与宿主细胞相互作用等方面的研究进展加以综述，以完善对HPIVs基因组编码蛋白功能的认识。

目的:分析基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中食管腺癌(EAC)基因表达数据,阐明EAC发病的潜在核心基因与肿瘤淋巴细胞浸润的关系,为EAC的诊断和治疗提供分子靶标.方法:在GEO数据库检索"esophageal adenocarcinoma",下载包括EAC和食管正常组织的高通量芯片数据集GSE13898、GSE26886、GSE74553和GSE92396.采用R软件的limma包筛选EAC组织和食管正常组织的差异表达基因(DEGs),并通过韦恩图获取共同DEGs,采用STRING数据库分析后导入Cytoscape软件筛选核心基因并构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库验证核心基因表达水平,采用阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(UALCAN)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因与EAC患者预后和临床资料的关联性,采用肿瘤免疫评价资源(TIMER)数据库分析核心基因与肿瘤免疫浸润的关系,采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对LinkedOmics数据库获得的核心基因中正相关表达基因进行功能和信号通路富集分析.结果:对GEO获得的4个数据集的DEGs取交集,共获得340个DEGs,其中上调基因127个,下调基因213个.经STRING数据库和Cytoscape软件筛选后,最终获得评分最高的关键核心基因分泌型磷蛋白1(SPP1)和转化生长因子β1(TGFB1).GEPIA数据库分析,与食管正常组织比较,癌组织中SPP1和TGFB1 mRNA表达水平明显升高(P＜0.01);SPP1低表达组EAC患者1、3和5年总体生存期均高于SPP1高表达组(HR=10.1,P＜O.05;HR=3.09,P＜0.05;HR=2.32,P＜0.05),TGFB1低表达组EAC患者5年总体生存期高于TGFB1高表达组(HR=2.36,P＜0.05).UALCAN数据库分析,与食管正常组织比较,Ⅱ-Ⅲ期及N1-N2期淋巴结转移的EAC患者癌组织中SPP1和TGFB1mRNA表达水平明显升高(P＜0.01).TIMER分析,SPP1和TGFB1 mRNA表达水平与EAC患者癌组织中巨噬细胞(r=0.353,P＜0.01;r=0.187,P＜0.05)和树突状细胞(r=0.236,P＜0.01;r=0.221,P＜0.01)浸润呈正相关关系.GO功能和KEGG信号通路富集分析,SPP1和TGFB1及其排名前50位正相关基因主要参与细胞迁移、细胞活性和血管发育等生物学过程及肿瘤蛋白多糖、细胞外基质(ECM)-受体互作和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)等信号通路.结论:SPP1和TGFB1与EAC患者临床分期、淋巴结转移和总体生存期有密切关联.SPP1和TGFB1高表达可能导致巨噬细胞和树突状细胞浸润,从而改变肿瘤微环境.SPP1和TGFB1可能成为EAC诊断和治疗的新靶点.

目的 探讨骨肉瘤原癌基凶同源物B(FOSB)、分泌性磷蛋白1(SPP1)基因表达对经肝动脉介入化疗栓塞术治疗的中晚期肝癌患者术后生存期的预测价值.方法 回顾性分析2016年1月—2017年10月在西安医学院第一附属医院进行诊治的中晚期肝癌患者115例作为研究对象,根据FOSB、SPP1基因表达水平分为FOSB高表达组(n=52)、FOSB低表达组(n=63)及SPP1高表达组(n=89)、SPP1低表达组(n=26).同时选取115例健康体检者为健康对照组.分析FOSB、SPP1表达与中晚期肝癌患者临床病理特征的关系.对纳入研究的患者进行为期60个月的随访,Logistics风险回归模型分析影响患者生存期的危险因素.Kaplan-Meier生存曲线分析FOSB、SPP1表达水平与患者生存预后的关系.结果 肝癌患者外周血单个核细胞中FOSB mRNA表达水平明显低于健康对照组,SPP1 mRNA表达水平明显高于健康对照组,差异具有统计学意义(P＜0.05).FOSB、SPP1表达在中晚期肝癌患者肿瘤大小、Child-Pugh 分级、淋巴转移、BCLC分期方面比较差异具有统计学意义(P＜0.05).单因素分析结果显示,存活组和死亡组在肿瘤大小、Child-Pugh分级、淋巴转移、BCLC分期、FOSB、SPP1表达方面比较,差异均具有统计学意义(P＜0.05).肿瘤大小、Child-Pugh分级、淋巴转移、BCLC分期、FOSB低表达、SPP1高表达均为中晚期肝癌患者生存期的独立危险因素(P＜0.05).随访时间60个月,患者生存率为17.39％(20/115),FOSB高表达组中位生存时间为39.7个月,明显高于FOSB低表达组的19.3个月(P＜0.05);SPP1低表达组中位生存时间为40个月,明显高于SPP1高表达组的18个月(P＜0.05).结论 FOSB在中晚期肝癌患者中表达明显下调,SPP1表达上调,其对预测中晚期肝癌患者肝动脉介入化疗栓塞术治疗生存期具有一定的价值.FOSB、SPP1有望成为评估介入术治疗患者预后的潜在指标,可协同肿瘤大小、Child-Pugh分级、淋巴转移、BCLC分期等临床指标预测或评估肝癌患者术后生存情况.

目的 明确女性乳腺癌中核仁磷蛋白(NPM)乙酰化修饰水平,并通过修饰位点突变体的构建探讨其功能.方法 蛋白质修饰组学方法检测对比人乳腺癌组织及癌旁正常组织(各 3 例)NPM乙酰化水平及乙酰化位点;基因定点突变PCR构建NPM乙酰化突变体,限制性内切酶(DpnI)消化及大肠埃希菌转化获得特异性突变体重组质粒;双酶切与测序验证各突变体序列准确性;瞬时转染及 RT-PCR 方法检测各突变体过表达效果.Western blotting验证NPM乙酰化水平,蛋白质定量组学及生物信息学分析NPM乙酰化功能.结果 乳腺癌组织样本中NPM第 27 及第 32 位赖氨酸乙酰化水平分别为癌旁正常组织的 2.76 及 2.22 倍;构建的NPM乙酰化位点突变体与野生型NPM分子量一致且出现预期突变位点;转染NPM各突变体的BT-549 细胞相应NPM mRNA表达水平明显升高.随着野生型NPM表达水平增加,蛋白乙酰化水平增加,27 位赖氨酸发生负向突变后,修饰水平下降.NPM乙酰化可使BT-549 细胞中101 种蛋白表达水平发生明显变化,上述蛋白在细胞大分子生物合成,以DNA为模板的转录过程,RNA生物合成以及RNA代谢过程中富集.结论 乳腺癌NPM呈高乙酰化水平并可能在细胞大分子生物合成,转录过程,RNA生物合成以及RNA代谢过程中发挥关键功能.

目的:分期一致的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者其预后可能不同,其分子生物学机制仍不明确.本研究旨在鉴定影响肝癌预后的关键核心基因.方法:在TCGA-LIHC和GSE14520数据集中,对HCC样本与正常样本、总生存期(overall survival,OS)长与OS短的患者进行差异表达基因分析.采用Kaplan-Meier法结合log-rank检验评价分泌型磷蛋白2(secreted phosphoprotein 2,SPP2)在HCC患者预后中的作用;基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)了解SPP2分层的HCC亚组间富集信号通路的差异;基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测SPP2可能参与的信号分子通路.结果:与正常组织相比,肿瘤组织中分泌的SPP2明显下调,且与长OS相比,短OS肿瘤样本中分泌的SPP2明显下调[表达倍数>2和伪发现率(false discovery rate,FDR)<0.05].SPP2低表达与较差的临床病理特征相关,如血管侵犯(P=1.6e-05)、较差的肿瘤状态(合并肿瘤)(P=0.021)、较晚期的T期(T3或T4期)(P=4.5e-04)、较晚期的TNM期(Ⅲ或Ⅳ期)(P=3.1e-04)、较差的预后(较短的生存期)(P=0.002).基因富集分析表明SPP2可能参与了HCC的代谢稳态以及肝纤维化和肝硬化的发生、发展.结论:SPP2可能抑制肝纤维化和肝硬化的发展以及HCC的肿瘤发生,且SPP2类似物可能是预防肝硬化和肝细胞癌发生的潜在药物.

目的:利用生物信息学分析筛选缺血性脑卒中(IS)的差异表达基因,构建竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨IS的相关分子机制.方法:从GEO数据库下载IS相关的miRNA、mRNA和lncRNA测序数据,借助R软件获取差异基因,通过starBase、miRDB和miRwalk数据库进行lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA关系预测,并构建ceRNA网络.预测与差异分析的结果取交集后筛选出差异靶基因(DETmRNAs),利用DAVID数据库进行KEGG和GO富集分析,String数据库构建蛋白互作网络(PPI),采用Cytoscape软件识别核心靶基因.结果:共筛选出存在明显差异表达的miRNAs 20个,mRNAs 1512个,lncRNAs 278个,并成功构建了51ncRNAs-6miRNAs-102mRNAs互作的ceRNA网络.筛选出的285个DETmRNAs所富集的功能主要包括染色质的组织、磷蛋白磷酸酶活性的负向调节和细胞周期等生物学过程,涉及白细胞经内皮迁移、血小板激活等信号通路,最终识别出排名前 10 的核心靶基因为 CREB1、MAPK1、GSK3B、SP1、PIK3R1、NR3C1、NCOR1、NFATC1、SETD2、NSD1.结论:构建ceRNA网络有助于进一步认识IS的分子机制和筛选潜在的生物标志物,为后续康复治疗靶点的确定和制定康复策略提供一些线索.

目的:探讨活化α7乙酰胆碱受体(alpha 7 nicotinic acetylcholine receptor,α7-nAChR)联合钙离子(calcium ion,Ca2+)对LPS刺激的人牙髓干细胞(dental pulp stem cell,DPSC)牙/骨向分化的影响.方法:分离培养DPSC,流式细胞术对DPSC进行表面标志物表达鉴定.CCK-8检测α7-nAChR激动剂PNU-282987和Ca2+对DPSC增殖的影响.通过碱性磷酸酶(alkaline phos-phatase,ALP)活性和染色筛选PNU-282987促进DPSC表达ALP活性的最佳浓度.用大肠杆菌脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)模拟炎性微环境刺激DPSC.采用免疫印迹分析(Western blot,WB)、实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-qPCR)和茜素红染色等方法检测牙/骨向分化的相关蛋白:Ⅰ型胶原(typeⅠcollagen,COL-I)、牙本质涎磷蛋白(dentin sialoprotein,DSPP)、骨钙素(osteopontin,OPN)、ALP、核心转录因子-2(runt-related transcription factor 2,RUNX2)、成骨细胞特异性转录因子(osterix,OSX),相关基因(COL-I、DSPP、OPN、ALP、RUNX2、OSX)和矿化基质表达情况.Fura-2AM用于检测细胞内Ca2+流动情况.结果:CCK-8实验显示,PNU-282987浓度低于10 μmol/L时对细胞增殖无抑制作用,且此浓度处理LPS刺激的DPSC后ALP活性增加最明显;Ca2+浓度低于2 mmol/L对细胞增殖无抑制作用;Western blot和RT-qPCR实验显示,PNU-282987及Ca2+处理后的LPS刺激的DPSC牙/骨向分化相关蛋白(COL-I、DSPP、OPN、ALP、RUNX2、OSX)和相关基因(COL-I、DSPP、OPN、ALP、RUNX2、OSX)的表达及矿化基质形成均明显上调,二者联合后上调最显著(P<0.001).Fura-2 AM钙离子探针结果显示DPSC细胞内Ca2+浓度增加.结论:10 μmol/L PNU-282987联合2 mmol/L Ca2+可以促进LPS刺激的DPSC的牙/骨向分化能力.

目的 探讨低浓度氟化钠对人牙髓细胞(human dental pulp cells,hDPCs)成骨/成牙本质分化的影响.方法 本研究已通过单位伦理委员会审查批准.原代培养hDPCs,采用MTT法检测不同浓度氟化钠对hDPCs增殖的影响;选取合适浓度的氟化钠加入成骨/成牙本质分化诱导培养液中,对hDPCs进行体外诱导,通过茜素红染色检测hDPCs成骨/成牙本质分化能力的变化,RT-qPCR检测分化相关基因的mRNA表达;同时通过RT-qPCR和Western blot检测hDPCs成骨/成牙本质分化过程中内质网应激相关基因的表达.结果 低浓度氟化钠(0.1 mmol/L)在体外可刺激hDPCs增殖,高浓度氟化钠(5～10 mmol/L)可抑制hDPCs增殖(P＜0.05).选取0.1 mmol/L氟化钠体外混合成骨/成牙本质分化诱导培养后hDPCs的茜素红染色增加,成骨/成牙本质分化相关基因牙本质涎磷蛋白(dentin sialophosphoprotein,DSPP)、骨涎蛋白(bone sialoprotein,BSP)和骨钙蛋白(osteocalcin,OCN)mRNA表达水平升高(P＜0.05).同时在此过程中RT-qPCR检测出mRNA水平hDPCs内质网应激相关基因:剪切x盒结合蛋白1(splicing x-box binding protein-1,sXBP1)、葡萄糖调节蛋白78(glucose-regulated protein 78,GRP78)以及活化转录因子4(activating transcription factor 4,ATF4)表达升高(P＜0.05);Western blot检测出氟化钠混合成骨/成牙本质分化培养后细胞磷酸化真核起始因子-2α(phosphorylated eukary-otic initiation factor-2α,p-eIF2α)、磷酸化蛋白激酶样内质网激酶(phosphorylated the RNA-activated protein kinase-like ER-resident kinase,p-PERK)和ATF4蛋白表达增加(P＜0.05).结论 低剂量氟化钠促进人牙髓细胞的成骨/成牙本质分化并伴有内质网应激水平的升高.