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骨关节炎软骨中铁死亡相关微小RNA-信使RNA调控网络的构建及生物信息学分析
编辑人员丨1天前
目的:使用生物信息学方法构建铁死亡相关微小RNA(miRNAs)-信使RNA(mRNAs)的调控网络并探讨其在骨关节炎(OA)中的分子作用机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载软骨相关数据集GSE175961和GSE1140007,利用生物信息学方法筛选铁死亡相关miRNAs和mRNAs,并进行富集分析、miRNA-mRNA网络构建以及诊断价值分析。最后采用荧光实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证关键基因表达,并采用独立样本 t检验比较其差异。 结果:GSE175961数据集中共筛选获得了15个差异表达miRNAs。使用TargetScan和miRDB数据库分别预测差异表达miRNAs的下游靶基因,共获得了5 115个共存的靶基因。与GSE1140007数据集中19个差异表达铁死亡基因取交集后共获得了4个下游铁死亡基因(PARP15、KLF2、CDKN1A、PDK4)。基于上述研究结果构建了由15个差异表达的miRNAs和4个下游铁死亡基因组成的miRNA-mRNA调控网络。进一步富集分析表明,4个下游铁死亡基因与多种生物学功能和信号途径有关,如脂肪酸代谢、细胞周期调控、FOXO信号途径以及P53信号途径等。受试者工作曲线分析表明,4个下游铁死亡基因具有良好的诊断价值。此外,使用外部数据集证实,CDKN1A和PDK4在OA软骨组织中表达降低。而列线图表明,OA发生率随CDKN1A和PDK4表达降低而升高。qRT-PCR证实,正常组和OA组中,CDKN1A相对表达量分别为1.322±0.890、0.035±0.031;PDK4相对表达量分别为1.085±0.567、0.393±0.180。结论:本研究构建的铁死亡相关miRNA-mRNA调控网络与软骨退变密切相关。
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编辑人员丨1天前
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牙周炎相关关键微生物的网络分析构建与预测
编辑人员丨1天前
菌斑微生物之间存在复杂的相互作用,在环境因素的影响下可使群落产生重构,促进牙周炎的发生与发展。关键微生物在调节微生物群落动态变化中十分重要。在牙周微生态中,共存网络构建和分析的方法有助于筛选牙周炎相关的关键微生物以便进一步进行实验研究。这些微生物如牙龈卟啉单胞菌等可以作为微生物成员的重要联络者协同调节群落毒力等特征,或作为响应环境因素的重要调控因子如介导免疫失衡推动群落结构和功能重塑。本文将从微生物共存网络构建、应用网络拓扑分析技术进行关键微生物筛选与预测,以及与牙周炎发生发展相关的关键微生物等方面进行综述,为进一步确定关键微生物以及研究此类微生物在群落动态变化中的作用提供参考。
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编辑人员丨1天前
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基于科学知识图谱的多病共存研究趋势与热点可视化分析
编辑人员丨1天前
目的:展示与分析多病共存的研究趋势和研究热点主题。方法:以“多病共存”“慢病共病”“慢性病共病”“multimorbidity”“multiple chronic conditions”等为检索词,检索中国知网、万方数据及Web of Science发表的多病共存相关的中英文文献,检索年限为建库至2022年7月,运用科学知识图谱软件VOSviewer从地区、中英文关键词、突现词等多个方面进行科学知识图谱共现网络分析,总结和比较国内外多病共存研究的现状和热点趋势。结果:共纳入251篇中文文献和6 351篇英文文献。从研究趋势上看相关文献发表量总体呈波动上升趋势,但发展步伐不一;美国、英国、加拿大、中国、日本、澳大利亚等国家为代表的合作网络为最大的地区合作网络,德国、荷兰、美国、澳大利亚等为最早开展多病共存研究的地区。关键词聚类图谱结果显示,多病共存相关中文文献主要围绕多病共存诊疗与照护相关研究、多病共存研究常见疾病管理、多病共存研究方法3个主题聚类进行研究;英文文献主要以多病共存诊疗与照护相关研究、多病共存管理模式研究、共存疾病相关研究3个主题聚类为热点方向展开研究。突现词分析结果显示,多病共存近期研究热点主要为公共卫生(public health)、机器学习(machine learning)、老年医学(geriatric medicine)等。结论:国内外多病共存相关研究数量快速增加,我国在该领域研究相较于国外仍处在初级发展阶段。在研究热点上,多病共存研究主题从现象描述,逐步向多病共存医疗服务、研究方法等主题发展。
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编辑人员丨1天前
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孑遗植物半日花叶际真菌群落的多样性与构建机制
编辑人员丨2024/6/15
叶际微生物在维持植物健康生长方面具有重要的作用,然而,目前我们对珍稀孑遗植物半日花(Helianthemum songaricum)叶际真菌的多样性和群落结构等知之甚少.因此,本研究利用Illumina高通量测序技术检测西鄂尔多斯自然保护区半日花叶片表生和内生真菌的多样性,探究其网络结构特征以及群落构建的机制.结果显示:棋盘井地区的叶际表生真菌丰富度指数(156.38±8.42)显著高于内生真菌(111.13±5.57),棋盘井叶际表生真菌丰富度指数显著高于拉僧庙(125.57±7.20)和千里山(114.75±10.35),而拉僧庙的内生真菌丰富度指数(155.71±15.40)显著高于棋盘井.叶际真菌以子囊菌门、毛霉菌门和担子菌门为优势门,叶际表生真菌和内生真菌分别在3个不同地点具有显著的指示类群,叶片部位(即叶表和叶内)和地点显著影响叶片真菌的群落组成.共存网络分析表明,叶际表生和内生真菌主要是协同作用,拮抗作用较小.半日花叶际表生和内生真菌群落的构建主要由随机性过程驱动.综上所述,半日花叶际表生和内生真菌的多样性和群落组成受到叶片部位(叶表和叶内)和地点的显著影响,随机性过程主导叶际表生和内生真菌的群落构建.研究结果可为珍稀濒危植物的保护和合理利用提供一定的科学基础和实践指导.
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编辑人员丨2024/6/15
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多类群水鸟共存栖息地网络结构稳定性及其优化方案
编辑人员丨2023/12/30
作为新设立的世界自然遗产地,盐城滨海湿地水鸟栖息地保护受到广泛关注.鉴于该区域在全球生物多样性与水鸟栖息地保护中重要性,针对具有空间隔离特征的水鸟栖息地开展网络稳定性研究,对提高遗产地栖息地保护质量具有重要的示范意义.基于此,利用复杂网络理论、生态踏脚石原理和电流模型,分析了盐城滨海湿地多类群水鸟栖息地网络结构现状及不同情景下网络鲁棒性.研究结果显示,三类水鸟重要生境区主要分布在各栖息地内部以及大丰至条子泥栖息地一带,其中,北部生境区数量为 18 个,南部生境区 6 个.北部生境区总面积相当于南部生境区的 1/2,而平均面积仅相当于 1/6.从踏脚石分布来看,其主要分布在重要生境区附近,不同栖息地存在差异.研究区踏脚石网络由 35 个重要节点和 153 个一般节点组成,南北部网络结构要素存在差异.最佳保护情景下,网络鲁棒性表现较好,中心度值大的节点对整个网络连通性的支撑作用良好.提出了栖息地网络优化方案.
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编辑人员丨2023/12/30
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玉米和花生间作根际细菌群落结构与PICRUSt的功能预测
编辑人员丨2023/11/11
禾本科/豆科作物间作能够促进作物生长与产量形成,而根际微生物组被认为与间作产量优势形成关系密切.将玉米和花生进行盆栽间作并设置以下三种根系分隔方式:塑料膜分隔(即全隔玉米与全隔花生)、尼龙网分隔(即网隔玉米与网隔花生)、无分隔处理(即无隔玉米与无隔花生),采用基于16S rRNA基因的高通量测序技术及PICRUSt功能预测分析不同模式下二者根际细菌群落结构与功能类群的变化,以期从土壤微生物组角度阐明玉米/花生间作产量优势形成的内在机制.结果显示:玉米/花生间作明显改变了二者根际细菌群落结构,无隔、网隔玉米的根际细菌群落结构更为相似并区别于全隔玉米,而网隔花生根际细菌群落结构明显区别于无隔、全隔花生.而且,无隔、网隔玉米根际放线菌门的相对丰度显著高于全隔玉米,网隔花生根际放线菌门、厚壁菌门的相对丰度显著高于全隔、无隔花生,而芽单胞菌门呈现相反的变化趋势.在玉米和花生根际,无隔、网隔处理高于全隔处理的OTU也均主要注释为放线菌门.共存网络分析发现,作为玉米根际细菌网络重要节点的Streptomyces、Actinomadura、Arthrobacter、Bacillus等菌属其丰度变化表现为无隔、网隔处理高于全隔处理;类似地,花生根际Streptomyces、Actinomadura、Arthrobacter等重要节点也呈现网隔处理高于无隔、全隔处理的变化趋势.最后,PICRUSt功能预测分析发现,玉米/花生间作显著提高了膜转运、碳水化合物代谢等功能类的相对丰度而降低了复制与修复等功能类的相对丰度.综上可见,玉米/花生间作选择塑造了二者的根际细菌群落结构,增加了特定潜在有益菌群的丰度,改善了根际微生态环境与功能,进而促进间作下产量优势的形成.
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编辑人员丨2023/11/11
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2020年湖北省医疗机构归档病案管理质量控制指标现状调查
编辑人员丨2023/10/28
目的 了解2020年湖北省医疗机构归档病案质量管理质量控制现状,为提高病案质量提供依据.方法 通过全国医疗质量数据抽样调查网络平台,获得2020年1月1日-2020年12月31日湖北省二级及以上医疗机构归档病案管理质量控制指标,使用Exce12010对数据进行整理和描述性分析.结果 纸质病案和电子病历2个归档方式共存的医疗机构数占62.39%,纸质病案和电子病历2日归档率分别为51.82%和58.33%;出院患者病案归档完整率为97.44%,甲级病案率为96.64%,知情同意书的规范签署率为98.56%;医师填写主要诊断和主要手术正确率分别为89.42%和89.54%,编码正确率则为91.05%和92.17%.结论 大部分医疗机构采用纸质和电子病历同时归档技术,病案2日归档率偏低;病案质控抽检率低;主要诊断和主要丰术编码正确率略高干填写正确率.
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编辑人员丨2023/10/28
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共存网络分析揭示抑郁症患者肠道微生物改变
编辑人员丨2023/9/23
目的:建立肠道微生物共存网络,探究抑郁症(MDD)患者肠道微生物与健康对照(HC)的不同.方法:招募MDD患者和HC组受试者,各35例,收集临床症状进行评估,并采集粪便样本进行宏基因组测序,计算微生物物种之间的相关性,构建肠道微生物共存网络,分析组间网络拓扑属性差异以及关键节点的改变.结果:对2组使用同种方法构建的肠道微生物共存网络的分析提示,MDD组肠道群落微生态发生变化,网络中平均度和连接性下降,种间相互作用减少,微生态关键成员改变.HC网络的模块中心节点是Rumi-nococcus flavefaciens,连接节点是Clostridium CAG 389和Lachnospiraceae bacteriumA2;被识别为MDD网络模块中心节点的是uncultured Blautia sp,Bacteroides mediterraneensis和Parabacteroides distasonis.Rumi-nococcus flavefaciens和Clostridium CAG 389丰度与临床抑郁和焦虑量表得分之间存在显著相关.结论:MDD人群的肠道微生物共存网络和健康人群不同.共存网络分析有必要在肠道微生物相关研究中进一步推广和发展,以期获得更多纯丰度以外的发现.
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编辑人员丨2023/9/23
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基于综合任务模型探索HIV/AIDS患者的疾病适应过程和体验
编辑人员丨2023/9/16
目的:艾滋病毒/艾滋病(human immunodeficiency virus/acquired immunodeficiency syndrome,HIV/AIDS)患者在疾病适应过程中面临着诸多困难.本研究基于综合任务模型,深入阐释该人群与HIV共存的疾病适应过程和体验,以及该过程中患者面临的适应任务,为促进该人群的疾病适应提供参考.方法:采用诠释现象学设计,使用目的抽样选取研究对象,在43例HIV/AIDS患者中开展半结构式访谈,采用Van Manen的资料分析法分析数据.结果:最终提取意义单元1 307个,形成主题6个,副主题14个;其中,HIV/AIDS患者的疾病适应过程总结为"阳光之下,阴影相加",适应任务方面表现为心理锚定的方向、身体任务管理、社会网络与支持、就业益处和困境、关于未来的考虑等.结论:HIV/AIDS患者的疾病适应过程是共性化和个性化特征并存的,构建干预策略时需要关注适应任务的相互影响和整体性,促进共性和个性问题的解决,从而助力该人群获得良好的适应结局.
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编辑人员丨2023/9/16
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心血管疾病老年患者社会隔离影响因素及管理策略进展
编辑人员丨2023/8/26
目的 分析心血管疾病老年患者社会隔离的影响因素,提出管理策略,为相关研究或制定临床干预对策提供参考依据.方法 检索国内外相关文献,从影响因素和管理策略进行总结和分析,并提出展望.结果 心血管疾病老年患者社会隔离发生的影响因素包括:人口学变量、生活活动能力下降与慢病共存状态、衰弱和消极情绪、家庭环境、社会环境.管理策略包括:同伴支持干预、团队心理干预、社会网络干预、心脏康复、动物辅助干预等.结论 未来可结合我国心血管疾病老年患者情况,全面分析我国心血管疾病老年患者社会隔离的影响因素和社会需求;构建有效的社会隔离管理方案减轻其社会隔离感.
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编辑人员丨2023/8/26
