目的:总结肺咽峡炎链球菌群致感染患者的临床特征。方法:回顾性分析2014年1月至2019年10月在济宁医学院附属医院26例确诊为咽峡炎链球菌群致肺部感染患者的临床资料，包括一般资料、临床症状、辅助检查、治疗及转归。微生物学标本基于胸穿刺活检、支气管镜、人工气道吸引、胸腔穿刺术或胸腔镜检查时收集的。结果:26例患者中男23例（88.5%），女3例（11.5%），年龄（63.0±12.5）岁，有21例（80.8%）存在潜在疾病。临床主要表现为发热21例（80.8%）、胸痛13例（50.0%）、咳嗽13例（50.0%）、咳痰13例（50.0%）。胸部CT主要表现为结节18例（69.2%）、胸腔积液18例（69.2%）、斑片影17例（65.4%）、实变影12例（46.2%）、空洞4例（15.4%）、气胸3例（11.5%）。微生物培养结果：星座链球菌13例（50.0%）、咽峡炎链球菌12例（46.2%）、中间链球菌1例（3.8%）。患者经过抗感染及有创操作（包括气管镜、胸腔镜、肺穿刺及胸腔穿刺置管引流）治疗，24例（92.3%）预后良好，死亡2例（7.7%）。结论:肺咽峡炎链球菌群感染患者主要见于患有基础疾病的男性患者，临床表现无特异性，CT显示常有以下征象：肺内结节、斑片、实变影及胸腔积液。

目的:创伤和危重症可能影响微生物群。许多关于危重症微生物群的研究局限于单一身体部位或时间点，并受先前存在疾病的影响。本研究报道既往体健儿童发生严重创伤性脑损伤(traumatic brain injury，TBI)后微生物群的时间和空间变化。设计:研究人员于入院72 h内收集患儿口腔、直肠和皮肤拭子标本，之后每周采集两次至患儿离开PICU。采用16S rRNA基因扩增测序法分析样本。择期门诊手术患儿为对照组。采用Phyloseq进行α和β多样性比较，采用微生物组组成分析法预测群落丰度差异。场所:5家4级监护PICU。对象:因严重TBI需要放置颅内压监测装置的18岁以下患儿。干预措施:无。测量方法与主要结果:共分析来自23例TBI患儿和35例对照组儿童的327份样本。TBI组和对照组患儿初始口腔( F＝3.275 6， R2＝0.053 5， P＝0.012)和直肠( F＝3.070 2， R2＝0.064 9， P＝0.007)微生物群落组成不同。TBI患儿直肠标本中瘤胃球菌科、拟杆菌科和毛螺菌科的共生菌减少，葡萄球菌科菌增多( P<0.05)。探索性分析发现，抗生素暴露、气管插管和感染与TBI组和对照组患儿组间直肠和口腔微生物群差异增大有关，而肠内营养则与差异缩小有关( P<0.05)。 结论:严重TBI患儿微生物群变化特点为共生细菌早期减少、位置特异性丧失，以及潜在致病菌增多。需要更多研究来确定这些变化对临床预后的影响。

目的:探讨肺移植受者术后早期肺内细菌菌群丰度、多样性和结构变化，更好地认识移植肺及气道微生态，为临床合理诊疗提供理论依据。方法:招募2020年10月至2022年5月在广州医科大学附属第一医院接受肺移植手术的40例受者进行研究。所有受者，在手术前4周内均未接受抗生素治疗，术后所有受者接受统一的免疫抑制方案和抗感染方案。留取来自离断自体肺以及术后第7、14天和1个月移植肺的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid，BALF)进行16S核糖体RNA测序及菌群分析。结果:40例受者中男性35例，原发病为阻塞性肺疾病者14例，间质性肺疾病者19例，职业性肺疾病者3例，其他4例。术后第1周时移植肺与离断自体肺BALF中微生物α( P<0.05)和β多样性差异有统计学意义( R2＝0.08， P＝0.001)，移植肺内菌群α多样性低于离断自体肺。术后第2周开始，移植肺菌群丰度与物种多样性逐渐增加。菌种结构也随术后时间发生变化，在不同的时间点同一菌种相对丰度不同。离断自体肺与术后移植肺的BALF中均以变形菌门为主要菌群。葡萄球菌属与不动杆菌属在移植肺BALF"属"水平中相对丰度高于离断自体肺样本，但其相对丰度在术后随时间变化而降低。 结论:移植肺术后早期肺内细菌菌群α多样性低于离断自体肺，术后第2周移植肺细菌菌群丰度与物种多样性逐渐增加，移植肺菌种结构随时间发生复杂变化。

目的:研究酪酸梭菌对db/db小鼠肾组织的保护作用及机制。方法:14周龄db/db小鼠按数字表法随机分为糖尿病肾病组(db/db组， n＝10)和酪酸梭菌治疗组(db/db+Cb组， n＝7)，选用同周龄db/m小鼠为正常对照组(db/m组， n＝10)。db/m和db/db小鼠给予0.9%氯化钠溶液灌胃，db/db+Cb小鼠给予等量的酪酸梭菌溶液灌胃，连续灌胃8周。检测血肌酐、空腹血糖和尿白蛋白/肌酐比值(ACR)等指标；HE染色观察肾组织病理变化；实时荧光定量PCR检测肾组织过氧化物酶体增殖物活化受体γ协同刺激因子-1α(PGC-1α) mRNA表达情况；免疫组化及蛋白免疫印迹法测定肾组织核因子-κB(NF-κB)、胰升糖素样肽1受体(GLP-1R)、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)蛋白的表达。采用16S rRNA法、液相色谱质谱联用和气相色谱质谱联用分别测定肠道菌群、血清和粪便短链脂肪酸(SCFAs)水平。 结果:与db/db小鼠相比，db/db+Cb小鼠通过补充酪酸梭菌后一般状态改善，空腹血糖、血尿素氮、ACR、血肌酐、肾脏组织中白细胞介素6(IL-6)水平降低(均 P<0.05)；病理显示，小鼠肾组织损伤有不同程度的改善；肾组织中PGC-1α mRNA表达量上升( P<0.05)；肾组织NF-κB蛋白表达下降，GLP-1R、磷酸化腺苷酸活化激酶(p-AMPK)/AMPK蛋白表达上调(均 P<0.05)；酪酸梭菌调节了肠道微生物群的组成，血清和粪便中总SCFAs含量升高(均 P<0.05)。 结论:酪酸梭菌能增加肾组织GLP-1R表达，促进AMPK磷酸化，减轻小鼠肾组织损伤，推测与调节富产SCFAs菌群有关。

目的:探讨大承气汤对轻症急性胰腺炎（MAP）患者的疗效及其治疗机制。方法:采用平行分组随机对照研究方法，选择2018年3月至2021年2月上海市中西医结合医院收治的68例急性胰腺炎（AP）患者。结合患者入院时病情及是否同意使用大承气汤，按照1∶1等量随机原则分为常规治疗组和大承气汤组；同时招募20例健康志愿者作为对照。两组患者均予以奥曲肽+禁食、胃肠减压、解热镇痛、抗炎、抑制胃酸和胰液分泌、维持电解质平衡等常规西医治疗；大承气汤组在常规治疗基础上口服大承气汤，每次100 mL，每日2次，连续观察7 d。记录患者治疗前后炎症指标〔白细胞计数（WBC）、C-反应蛋白（CRP）、降钙素原（PCT）、白细胞介素-6（IL-6）〕和胃肠功能恢复时间（首次排气时间、恢复肠鸣音时间、首次排便时间），并对粪便样本进行16S rRNA基因测序，对经质量控制等相关处理后获得的归一化数据进行多样性分析（Alpha多样性和Beta多样性）及线性判别分析效应量分析（LEfSe分析），观察MAP患者肠道微生物区系变化；采用Spearman等级相关系数分析炎症指标与肠道属水平微生物的相关性。治疗期间监测MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图，以评估安全性。结果:68例AP患者中，排除中重症AP患者16例、未收集到标本或自动放弃治疗患者4例，最终48例MAP患者纳入分析，常规治疗组和大承气汤组各24例。两组治疗7 d炎症指标均较治疗前明显降低，其中大承气汤组CRP、PCT、IL-6水平显著低于常规治疗组〔CRP（mg/L）：8.50（3.50，13.00）比16.00（9.25，29.75），PCT（μg/L）：0.06（0.03，0.08）比0.09（0.05，0.11），IL-6（ng/L）：6.36（3.96，10.79）比13.24（6.69，18.87），均 P<0.05〕；且大承气汤组胃肠功能恢复时间也较常规治疗组明显缩短〔首次排气时间（d）：1.62±0.65比2.80±0.65，恢复肠鸣音时间（d）：1.13±0.58比2.31±0.76，首次排便时间（d）：3.12±0.75比4.39±0.76，均 P<0.05〕。肠道菌群多样性分析显示，无论是微生物群落的多样性还是丰富度，健康对照组均最高，常规治疗组均最低；且健康对照者微生物群落与MAP患者的重合度均较小，而不同治疗方法间MAP患者的重合度相对较大。LEfSe分析显示，大承气汤降低了大肠埃希菌-志贺菌属和丹毒梭状芽孢杆菌属的相对丰度，同时提高了乳杆菌属、罗姆布茨菌属、布劳特菌属3个有益菌属的相对丰度；在MAP患者肠道中，黏液乳杆菌属和联合乳杆菌属均明显富集。相关性分析显示，大肠埃希菌-志贺菌属与WBC、CRP、PCT、IL-6这4个炎症指标均呈显著正相关（ r值分别为0.31、0.41、0.57、0.43，均 P<0.05）；其他菌属与炎症指标无明显相关性。治疗过程中，MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图指标均未见明显异常。 结论:大承气汤可通过调节MAP患者肠道微生物区系的组成，抑制炎症反应，促进肠道微生态平衡和胃肠功能恢复，改善肠道屏障功能；治疗期间未出现明显的不良反应。

支气管肺发育不良（bronchopulmonary dysplasia，BPD）是早产儿常见的呼吸系统疾病之一。早产儿呼吸道定植微生物因受自身生理基础及外界因素影响出现菌群多样性下降和物种组成变化，直接或间接参与了炎症反应和免疫调节等过程，在BPD的发生发展过程中起了重要作用。本文综述了BPD早产儿呼吸道微生物的特点及其在BPD发生发展过程中作用的研究进展，并就微生物在BPD预测和治疗中的应用前景进行探讨。

目的:探讨人乳头瘤病毒（HPV）16亚型感染的子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群的分布及特征。方法:前瞻性横断面研究。选取2019年8月至2020年6月就诊于中国医学科学院肿瘤医院的6例HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者（子宫颈癌组），选取同期体检人群中液基薄层细胞学检查未见异常且HPV阴性6名健康女性为健康对照组。患者抗肿瘤治疗前、健康对照者体检时用无菌棉拭子采集子宫颈后穹窿处分泌物，采用高通量测序技术扩增细菌16S rRNA基因V1-V2高变区，分析菌群分布及特征。结果:子宫颈癌组和健康对照组年龄分别为（51±8）岁、（48±3）岁，差异无统计学意义（ t=0.63， P=0.540），两组均有孕产史，无吸烟史。α多样性分析结果显示，与健康对照组比较，子宫颈癌组sobs指数（ t=3.25， P=0.009）及chao指数（ t=2.91， P=0.016）均高，差异均有统计学意义；子宫颈癌组shannon指数高（ t=2.07， P=0.065），simpson指数低（ t=1.74， P=0.113），但差异均无统计学意义。采用基于bray-curtis距离的主坐标分析（PCoA）进行数据降维分析显示，子宫颈癌组与健康对照组间β多样性差异具有统计学意义（ R2=0.154， P=0.018）。门水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组厚壁菌门占比低（30.21%比68.28%），拟杆菌门占比略低（6.87%比8.11%），而放线菌门（26.91%比14.42%）及变形菌门（27.33%比0.67%）占比高。属水平上，与健康对照组相比，子宫颈癌组乳杆菌属及棒状菌属占比低，失去优势菌群，而红球菌属、克雷伯菌属、气球菌属等占比明显高，且子宫颈癌组菌群种类较健康对照组多。线性判别分析（LDA）显示，属水平上，红球菌属（LDA=5.04）、克雷伯菌属（LDA=4.71）、肠杆菌属（LDA=4.29）、罗尔斯通菌属（LDA=4.28）、苍白杆菌属（LDA=4.23）、韦荣球菌属（LDA=4.14）为子宫颈癌组特征菌群；门水平上，健康对照组厚壁菌门（LDA=5.23）可为标志性物种；种水平上，子宫颈癌组红球菌（ P=0.025）、罗尔斯通菌（ P=0.045）、韦荣氏球菌（ P=0.044）、卡氏伯克霍尔德菌（ P=0.045）、假单胞菌（ P=0.043）等均较健康对照组多，差异均有统计学意义。 结论:HPV16单一型别阳性子宫颈鳞状细胞癌患者下生殖道菌群多样性、丰富度较健康女性增加，乳杆菌属丰度下降；红球菌属、克雷伯菌属可作为其标志性下生殖道菌群，但仍需进一步验证。

目的:探讨肺移植术后肺部感染的病原学特点及供肺来源的微生物与移植预后的相关性。方法:回顾性分析2015年1月至2019年12月同济大学附属上海市肺科医院完成肺移植手术的88例受者的临床资料及肺部感染病原学资料，对气道内病原微生物的种类、检出比例和耐药性变迁进行分析。根据是否检出耐药菌，将受者分为耐药菌阳性组(71例)和耐药菌阴性组(17例)，对比分析术后3年存活率，并用Log-rank法进行统计学分析。前瞻性分析2020年4月11日至2020年9月5日完成的14例肺移植供肺气道菌群和受者预后，用单因素方差分析和Pearson卡方检验，对供肺和受者的气道菌群多样性、受者术后1年间的血常规和生化指标及肺功能指标等进行统计学分析。结果:回顾性分析的88例肺移植受者，5年间共检出992株菌，包括细菌796株，其中革兰氏阴性菌占88.4%(704/796)；真菌196株。2019年革兰氏阳性球菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌和念珠菌属的检出比例均高于2015年(8.2%比5.3%，13.6%比13.2%，33.2%比17.5%，6.5%比5.3%，26.6%比20.2%)。革兰氏阴性菌对亚胺培南耐药情况分析结果显示，肺炎克雷伯菌在2019年耐药率最高，为68.18%，同年鲍曼不动杆菌的耐药率为98.44%。耐药菌阳性组与耐药菌阴性组术后3年存活率分别为46.3%和35.3%，组间比较，差异无统计学意义( P＝0.410)。前瞻性分析的14例肺移植受者的供肺气道分泌物经二代测序均检出细菌。其中5例受者在移植后1个月内在气道分泌物中检测出与供肺相同的细菌，随访1年，死亡2例；余9例未检出与供肺相同的细菌，随访1年，死亡2例。Pearson卡方检验显示，气道菌群多样性Shannon指数与肺移植后1年的预后情况无明显相关。 结论:移植术后肺部感染的病原体仍然是革兰氏阴性菌占主导，并且耐药比例始终居于高位，供肺病原微生物对肺移植受者的短期预后无明显影响。

目的:探讨肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中微生物菌群的多样性和群落差异等特征及其临床意义。方法:以回顾性研究方法采集9例肺炎型肺癌、11例结节型(最大径≤3 cm)早期肺癌患者与7例健康人的BALF，提取BALF菌群的总DNA，经通用引物扩增16s rRNA基因，利用高通量测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4)区高通量二代测序(NGS)分析后，分析微生物菌群分数量及分布特征，并比较肺炎型、结节型肺癌患者及对照组3组间BALF中微生物菌群差异。采用受试者工作特征曲线(ROC)检测肺炎型肺癌诊断预测价值。结果:肺炎型组患者BALF中中位细菌序列数量为9 235(3 498，30 743)，高于对照组[382(98，2 508)]及结节型组[486(96，780)]( P值均＝0.001)；中位细菌菌种种类肺炎型组[9(6.5，10.5)]高于对照组[2(2，6)]及结节型组[4(2，7)]，肺炎型组较对照组和结节型组细菌菌种增多( P＝0.015及 P＝0.021)；肺炎型组中肺炎链球菌属、普雷沃菌属的检出阳性率(9/9，100.0%)、(8/9，88.9%)，均高于对照组(3/7，42.9%)、(2/7，28.6%)及结节型组(4/11，36.4%)、(4/11，36.4%)( P值均<0.05)；肺炎型组检出占优势菌黑普雷沃菌8例(8/9，88.9%)，较结节型组3例(3/11，27.3%)及对照组1例(1/7，14.3%)优势患者占比增高，差异有统计学意义( P值均<0.01)；产黑普雷沃菌序列数为2 392(521.3，11 715)高于对照组(219)及结节型组[48(9，498)]( P值均<0.05)。以普雷沃菌属序列数占比为37.3%或产黑普雷沃菌序列数263为临界值，预测肺炎型肺癌诊断的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.84(0.663，1.000， P＝0.004 7)和0.92(0.785，1.000， P＝0.000 5)。 结论:肺炎型肺癌患者下呼吸道微生物菌属菌种、数量较健康人复杂，微生物菌群种群分布与局部早期肺癌患者及健康对照组存在差异，其中以普雷沃菌属及产黑普雷沃细菌分布较为普遍，占明显优势，普雷沃菌属占比及产黑普雷沃细菌序列数对肺炎型肺癌可能具有一定的诊断预测价值。

目的:探讨胆总管结石患者小肠动力、小肠细菌过度生长(SIBO)和肠道菌群的变化。方法:选择2020年1月至2020年12月在中国人民解放军联勤保障部队第九〇九医院(厦门大学附属东南医院)就诊的21例胆总管结石患者作为观察组，抽取同期在该院接受健康体检的21例受试者作为对照组。采用氢甲烷呼气试验检测SIBO发生率，采用钡餐检测小肠动力，采用16S rRNA检测粪便菌群变化。结果:观察组每个样本的物种丰富度低于使用相同序列的对照组，观察组Shanon指数显著低于对照组(3.04±0.32 vs 3.41±0.25， P＝0.008)。β多样性分析显示两组患者肠道微生物种和进化方面均存在显著差异。两组患者门水平以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门为主，观察组厚壁菌门丰度低于对照组( P<0.05)；属水平两组患者拟杆菌属丰度比较差异无统计学意义( P>0.05)，观察组普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属、真杆菌属丰度低于对照组(均 P<0.05)，观察组毛螺菌属丰度高于对照组( P<0.05)。各个时间点观察组氢气浓度值和甲烷浓度值均高于对照组，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。观察组SIBO阳性患者17例，阳性率80.95%；对照组SIBO阳性患者6例，阳性率28.57%，两组患者SIBO阳性率比较差异有统计学意义(连续校正χ 2＝9.611， P＝0.002)。观察组小肠运行时间长于对照组( P<0.05)。 结论:胆总管结石患者存在小肠动力障碍、小肠细菌过度生长和肠道菌群结构丰度变化，进一步深入研究肠动力和肠道菌群在胆结石发病中的机制，对胆结石的防治具有重要临床意义。