目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征，为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本，提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段，对扩增产物进行核苷酸序列测定，获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树，分析核苷酸和氨基酸同源性；对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株，其中H1a基因型531株，疫苗株5株，B3基因型1株，D8基因型9株，其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%～100.0%和73.6%～100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人，其中2例为一起暴发疫情，其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型；2015—2019年随着麻疹发病下降，本土基因型H1a已经不占优势，而其他不同基因型输入，形成混合流行的趋势，建议在消除麻疹工作中，不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播，更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播，避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）是由2019新型冠状病毒（2019 novel coronavirus, 2019-nCoV）感染引起的一种急性传染性疾病，基于实时荧光逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法的病毒核酸检测是临床确诊的重要手段，但目前临床通过2019-nCoV的核酸检测结果确诊COVID-19存在阳性率偏低的现象。为明确这一问题出现的原因，本文在充分肯定核酸检测用于确诊COVID-19应用价值的基础上，从患者病程、标本采集、标本运输与保存、标本处理、核酸提取与扩增、病毒核酸变异等方面进行了分析，找出了影响核酸检测结果准确可靠的可能因素并提出了相应的建议。

病理科常规开展的基因扩增检测工作，主要是基于非传染性组织样本的基因检测。新型冠状病毒肺炎疫情的暴发及进展要求提升病毒核酸检测能力，符合要求的基因扩增实验室会越来越多地承担核酸检测工作。因此尽快评估与改造实验室、明确实验室设施要求与安全规范极为重要。该科室结合实验室设施要求以及承担新型冠状病毒核酸检测工作的经验，对病理科基因扩增实验室开展核酸检测工作的设施要求进行分析，为申请开展核酸检测的实验室提供指导和参考。

目的:分析云南省昆明市2016－2018年MSM中HIV-1分子网络的特征，探讨HIV-1传播网络的危险因素，为干预的有效实施提供依据。方法:2016－2018年在昆明市连续收集新报告的感染HIV-1的MSM的样品540份，通过巢式PCR扩增HIV-1的 pol区基因，按照最大似然进化树中bootstrap值>95%和基因距离<3%构建分子网络，对研究对象进入网络和网络增长的相关因素进行分析。 结果:459份样品获得 pol序列，检测到7种HIV-1基因型，其中以CRF07_BC（49.2%，226/459）和CRF01_AE（40.3%，185/459）为主，其他基因型包括URFs（4.8%，22/459）、CRF08_BC（3.1%，14/459）、CRF55_01B（1.7%，8/459）、B亚型（0.7%，3/459）和CRF68_01B（0.2%，1/459）。共163条序列进入网络，入网率为35.5%（163/459），形成56个簇，簇内个体数在2～13个之间。对研究对象进入网络的影响因素分析，发现已婚和多性伴者在网络中检测到的比例较大；多因素logistic回归分析结果显示，性伴数是MSM感染者分子网络增长的影响因素；按照每年出现≥3个新增感染者的网络为活跃传播簇的标准，有6个传播簇可判定为活跃传播簇，外地、有STD史、离异和学生的MSM是活跃传播簇干预的关键对象。 结论:昆明市MSM中HIV-1基因型日趋复杂，进入分子网络的相关因素包括已婚和多性伴，活跃传播簇中外地、有STD史、离异和学生MSM需要加强干预，本研究为分子网络运用于该人群的干预提供了基础。

目的:制备靶向甲型流感病毒血凝素(hemagglutinin，HA)蛋白的广谱抗体FHA3，并对其进行鉴定。方法:依据单链抗体(single-chain antibody fragment，scFv)序列信息，PCR扩增FHA3重链和轻链可变区序列，连入抗体哺乳细胞表达载体pFRT-IgG1κ，构建重组表达质粒pFRT-IgG1κ-FHA3。利用瞬时高效表达系统ExpiCHO以及亲和纯化技术获取抗体蛋白FHA3。ELISA检测FHA3与甲型流感病毒HA的结合。假病毒感染宿主细胞试验检测抗体FHA3的体外中和活性。结果:蛋白质电泳结果显示制备获取了高纯度FHA3。FHA3与甲型流感病毒H1N1 HA、H2N2 HA、H3N2 HA、H5N1 HA、H7N9 HA以及H9N2 HA均识别结合，且呈浓度依赖效应。FHA3具有较好的体外中和活性，在低浓度下(5 μg/ml)能有效阻断H5N1以及H7N9假病毒入侵靶细胞，在0.012 5 μg/ml浓度下能有效阻断H1N1假病毒入侵靶细胞。结论:获得1株具有体外中和活性的靶向甲型流感病毒HA蛋白的广谱抗体。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:了解河南省漯河市2017—2022年急性呼吸道感染（ARIs）病例中鼻病毒（RV）的感染状况及其分子型别组成。方法:于2017年10月至2022年6月，收集河南省漯河市中心医院2 270例ARIs病例的临床和流行病学资料，并采集病例咽拭子标本，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）筛选RV阳性标本，随后对阳性标本使用巢式逆转录聚合酶链式反应（nested RT-PCR）扩增VP1区全长，并使用MEGA软件结合国际病毒分类委员会推荐的169条RV参考株序列构建系统进化树以确定RV分型。结果:2 270例ARIs病例中，男性病例1 283例（56.52%）；年龄 M（ Q 1， Q 3）为3（1，6）岁，5岁以下人群占68.59%（1 557/2 270）；137例病例（6.04%）检出RV，其中68例病例（49.64%）与其他病毒合并检出，与肠道病毒的合并检出最常见，占14.60%（20/137）。0~4岁、5~14岁、15~59岁和≥60岁年龄组中RV检出率分别为6.42%（100/1 557）、4.69%（21/448）、3.80%（6/158）和9.35%（10/107），差异无统计学意义（ χ2=5.310， P=0.150）。新型冠状病毒感染疫情前（2017—2019年）和期间（2020—2022年），RV总体检出率差异无统计学意义（ χ2=1.823， P=0.177）。共获得109条VP1序列，包含62个型别，其中RV-A、RV-B和RV-C三个种分别检出42、3和17个型别。 结论:RV为2017—2022年河南省漯河市ARIs病例中主要流行的病原体之一，存在多个RV型别共流行，无明显优势型别。

目的:建立复制型慢病毒(replication competent lentivirus, RCL) VSV-G qPCR检测方法，并进行方法学性能验证及初步应用。方法:以慢病毒载体包膜VSV-G基因为目标序列，建立荧光定量PCR检测方法，并对方法的专属性、线性、扩增效率、精密度、准确度、线性范围、检测限、定量限及耐用性进行验证。利用所建立的方法进行CAR-T细胞、慢病毒载体生产终末细胞及慢病毒载体收获液样品的初步应用性研究。结果:建立的VSV-G荧光定量PCR法，专属性较好，对293T细胞、PBMC细胞及C8166细胞均无特异性扩增，线性范围为1×10 2拷贝/test～1×10 9拷贝/test， R2能够达到0.998以上，扩增效率在93%～98%之间，精密度RSD<12%，准确度回收率为85%～106%，最低检出限和最低定量限分别为5拷贝/test和40拷贝/test。另外，该方法的耐用性较好。各项验证结果均表明该方法能够满足检测的要求。利用该方法对54批样品(包括CAR-T细胞、慢病毒载体及载体生产终末细胞)进行RCL C8166细胞培养法的终点检测，结果显示54批样品均为阴性。 结论:成功建立了VSV-G实时荧光定量PCR法，各项验证参数均可满足检测要求，该方法的应用将进一步提高慢病毒载体相关产品的安全性。

目的:研究献血者和慢性乙肝患者(chronic hepatitis B，CHB)隐匿性乙型肝炎病毒感染(occult hepatitis B infection，OBI)血清学和分子生物学特征与差异。方法:收集19份献血者OBI样本与19份CHB患者OBI样本，分别设为A组和B组，采用化学发光方法进行乙肝五项检测，荧光定量PCR方法进行乙型肝炎病毒(hepatitis B virus，HBV)DNA定量，巢式PCR扩增HBV S基因并测序。结果:A组HBV DNA载量显著低于B组( P<0.05)，两组血清学结果无明显差异，B组S基因的"a"决定簇突变率明显高于A组( P<0.05)。 结论:与CHB患者相比，OBI献血者病毒复制水平更低、S基因突变几率更小，血液筛查过程中使用高灵敏度的核酸检测试剂和方法才能最大限度保障输血安全。

目的:建立一种人星状病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR(real-time reverse transcription-polymerase chain reaction)快速检测方法。方法:根据人星状病毒 ORF1 b基因的保守序列设计扩增引物和特异性荧光探针，建立星状病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR快速检测方法，并对该方法的特异性、灵敏度和稳定性进行评价，同时应用该方法对实际临床样本中的星状病毒进行检测。 结果:所建立的人星状病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法具有良好的特异性和稳定性，灵敏度可达10 2拷贝/μl，对星状病毒临床样本检测后，检出率达100%。 结论:本文所建立的人星状病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR法具有简单快速、灵敏度高、特异性强、稳定性好的特点，可应用于临床星状病毒的病原检测和流行病学调查。