目的:构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络，探索胃癌发生、发展的分子机制。方法:应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)表达谱，应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图，基于miRNA－lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系，采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA－miRNA－mRNA ceRNA网络，根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因)。运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)，对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在OncoLnc数据库中，选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目，输入hub基因，以标准化后基因表达量中位数为界值，将样本分为高表达组和低表达组，并进行生存分析。结果:共筛出差异表达的mRNA 766个，miRNA 10个，lncRNA 110个，其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络，20个hub基因中有2个与患者预后有关。经TCGA胃癌数据库验证，LncRNA MAP3K20的反义RNA 1(MLK7－AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1)hsa－miR－1307－3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达，金属硫蛋白2A(MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达，与TCGA胃癌数据库一致。生物学功能和通路分析显示，差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集。在TCGA胃癌数据中，碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR－183－5p均与患者生存时间有关，CHST1表达量越高患者生存时间越短，而miR－183－5p表达量越高患者生存时间越长。结论:胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制，CHST1和mi－183－5p可作为胃癌预后的预测指标。

目的 探讨临床无功能腺瘤中碳水化合物硫转移酶(CHST)家族基因的RNA表达水平及其临床意义.方法 收集90例临床无功能腺瘤的组织样本,反转录实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测样本中的CHST1、CHST2、CHST7、CHST8、促卵泡激素亚单位p(FSHb)、POU结构域转录因子1(POU1F1)和类固醇生成因子1(SF-1)mRNA的表达水平;分析CHST家族mRNA水平和患者临床病理特征的关系;受试者工作特征(ROC)筛选具有诊断无功能腺瘤谱系分化的CHST分子.结果 体积大的肿瘤CHST1基因和CHST7基因表达水平高于体积小的肿瘤(P=0.014,P=0.044),女性患者CHST2基因表达水平高于男性患者(P=0.016),侵袭性肿瘤的CHST8基因表达水平低于非侵袭肿瘤(P=0.044).按照SF-1染色强弱分组,各组CHST1、CHST2、CHST7、CHST8基因表达水平的差异有统计学意义(P＜0.05);按照PIT1染色强弱分组,各组CHST1、CHST7基因表达水平的差异有统计学意义(P＜0.01).相关性分析显示,CHST1水平与肿瘤体积和POU1F1水平呈正相关(r=0.322,P=0.002;r=0.686,P＜0.001),与NR5A1水平呈负相关(r=-0.227,P=0.032);CHST7 水平与 POU1F1 水平呈正相关(r=0.774,P＜0.001);CHST8 与 FSHb、NR5A1 水平呈正相关(r=0.485,P＜0.001;r=0.725,P＜0.001).诊断未成熟 POU1F1 谱系,CHST1 的ROC 曲线下面积(AUC)为 0.750(P=0.023);诊断 SF-1 谱系,CHST8 的 AUC 为 0.776(P=0.008),CHST1联合CHST8的AUC为0.823(P=0.002).结论 CHST家族参与临床无功能腺瘤的增殖和分化,CHST1联合CHST8具有诊断SF-1谱系分化的价值.

目的 分析Citrin缺陷致新生儿胆汁淤积症(NICCD)患儿的临床表现、实验室检查及预后.方法 对2012年1月至2017年6月中山市博爱医院经血串联质谱和/或基因检测诊断的7例NICCD患儿临床表现、实验室检查进行回顾性分析,电话随访患儿一般情况、喂养方式、生长发育及肝功能等.结果 7例NICCD患儿均因生后黄疸不退入院,4例为足月小样儿;实验室检查提示7例患儿的天门冬氨酸氨基转移酶、总胆汁酸、总胆红素、结合胆红素、γ-谷氨酰转肽酶、血氨、甲胎蛋白均有升高;总蛋白及血清白蛋白均有下降;6例患儿的丙氨酸氨基转移酶升高及凝血功能障碍.7例患儿均进行了肝脏穿刺病理学检查,所有病理改变均提示有肝细胞内胆汁淤积,其中3例合并胆管内胆栓形成;肝细胞明显水肿变性者5例(合并脂肪变性2例)、空泡样变性1例、气球样变1例.血串联质谱提示甲硫氨酸、瓜氨酸、苏氨酸、酪氨酸以及长链酰基肉碱C16、C18升高为主,尿气-相色谱主要表现为4-羟基苯乳酸升高.7例随访患儿中6例患儿予无乳糖+高中链甘油三酯奶粉喂养后1岁内症状缓解,肝功能恢复正常,4例年龄超过2岁的患儿有明显喜食肉类、拒食或少食高碳水化合物食物偏好,1例患儿未行饮食调整,于7个月大时确诊癫痫.结论 NICCD患儿主要表现为早期黄疸;对合并甲胎蛋白升高、低蛋白血症、高氨血症、凝血功能异常者,应及早完善串联质谱及基因检查;NICCD患儿的肝脏病理改变主要为肝细胞变性及胆汁淤积.进行饮食干预后,多数NICCD患儿预后良好,但也可能早期出现神经系统症状,对NICCD患儿进行长期随访非常重要.

目的 分析Citrin缺陷致新生儿肝内胆汁淤积症(NICCD)患儿的临床表现、实验室检查特点及预后.方法 对2012年7月至2015年2月重庆医科大学附属儿童医院经血串联质谱和/或基因检测诊断的29例NICCD患儿临床表现、实验室检查结果进行回顾性分析,随访患儿一般情况、喂养方式、肝功能、生长发育、饮食偏好等.结果 29例NICCD患儿黄疸出现时间早,伴肝大(20/29例)、脾大(13/29例)、贫血(14/29例)、生长发育落后(9/29例)等主要临床表现.实验室检查提示29例患儿结合胆红素、总胆红素、碱性磷酸酶、γ-谷氨酰转肽酶升高,28例天门冬氨酸氨基转移酶明显升高,大部分患儿(20/22例)有凝血功能障碍,伴血氨(20/25例)、乳酸(22/26例)、血脂(9/20例)、甲胎蛋白(14/14例)升高,清蛋白(24/29例)、血糖(17/22例)、铜蓝蛋白(4/4例)降低等异常改变.1例肝脏病理学检查提示肝细胞水肿变性、胆汁色素沉着及汇管区少量纤维组织增生.血串联质谱示甲硫氨酸、酪氨酸、苏氨酸、瓜氨酸、精氨酸及游离肉碱、长链酰基肉碱升高,尿气相-色谱以4-羟基苯乳酸、4-羟基苯丙酮酸升高为主.20例随访患儿中,18例患儿予无乳糖+高中链甘油三酯奶粉喂养后1岁内症状缓解,肝功能明显好转或恢复正常,1例因肝硬化死亡.3例＞1岁的患儿有喜食高蛋白低碳水化合物的饮食偏好.结论 对于黄疸出现早,以肝脾大、贫血、生长发育落后、凝血功能异常、低血糖、低蛋白血症、高氨血症、高脂血症、高乳酸及甲胎蛋白异常升高为特点的患儿,应及时鉴别NICCD,完善血串联质谱、尿气相-色谱及基因检查.

[目的]蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原.MicroRNA(miRNA)作为一类重要的基因表达调控因子,能够广泛参与真菌及其宿主的相互作用过程.本研究通过比较分析球囊菌孢子(AaCK)和侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)6日龄幼虫肠道内的球囊菌(AaT)的small RNA (sRNA)组学数据对球囊菌的差异表达miRNA (differentially expressed miRNA,DEmiRNA)、靶mRNA及二者间的调控网络进行全面解析,旨在揭示miRNA介导的球囊菌对中蜂幼虫的侵染机制.[方法]对于球囊菌侵染的中蜂6日龄幼虫肠道的small RNA-seq (sRNA-seq)数据,利用BLAST工具连续比对东方蜜蜂(Apis cerana)和球囊菌的参考基因组筛滤得到AaT的sRNA组学数据.分别将AaCK和AaT的sRNA组学数据比对miRBase数据库,对球囊菌侵染宿主前后miRNA的数量和结构特征进行分析.联用RNAhybrid+svm_light、Miranda和TargetScan软件预测AaCK vs AaT比较组中DEmiRNA的靶mRNA,进而利用相关生物信息学软件对上述靶mRNA进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析.通过Cytoscape软件对DEmiRNA-mRNA调控网络进行可视化.利用Stem-loop RT-PCR、RT-qPCR和分子克隆验证测序结果的可靠性.[结果]在AaCK和AaT中分别鉴定到380和387个miRNA.结构特征分析结果显示,AaCK和AaT的miRNA皆集中分布在18-25 nt,且首位碱基主要偏向于U.AaCK vs AaT比较组共有270个DEmiRNA,包含155个上调miRNA和115个下调miRNA,分别靶向结合6091和6145个mRNA.GO分类结果显示,上述靶mRNA主要涉及代谢进程、细胞进程、应激反应等15个生物学进程;细胞、细胞组分、细胞器等12个细胞组分;催化活性、结合、转运子活性等11个分子功能.KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述靶mRNA富集在123条代谢通路,参与对氨基酸代谢、碳水化合物代谢以及核苷酸代谢等物质代谢,氧化磷酸化、硫代谢、氮代谢等能量代谢,以及MAPK和Hippo等信号通路的调控.球囊菌DEmiRNA与靶mRNA之间存在复杂的调控关系,其中miR-29-x、miR-250-x、miR-4968-y、miR-11200-x、novel-m0023-5p、novel-m0130-5p和novel-m0135-5p等DEmiRNA可靶向结合与球囊菌的半胱氨酸蛋白酶、DNA甲基化转移酶以及几丁质酶相关的mRNA;此外,miR-7-x、miR-9-z、miR-319-y和miR-5951-y等同时参与调控MAPK信号通路;进一步分析发现,miR-250-x同时参与对DNA甲基化转移酶、MAPK信号通路及其他酶类合成与代谢途径的调控,并可能参与球囊菌与中蜂6日龄幼虫之间的跨界调控.通过Stem-loop RT-PCR和RT-qPCR验证了4个DEmiRNA的差异表达,并利用分子克隆和Sanger测序证实miR-7-x的序列与测序结果一致.[结论]本研究解析了侵染中蜂6日龄幼虫的球囊菌的miRNA差异表达谱及DEmiRNA的调控网络,揭示了球囊菌DEmiRNA可能通过调控病原的物质和能量代谢、增殖、毒力、信号通路及相关mRNA参与对中蜂幼虫的侵染过程.miR-7-x、miR-250-x、novel-m0023-5p等关键DEmiRNA有望作为白垩病治疗的新型分子靶点.