目的:探讨先天性巨结肠（Hirschsprung disease，HD）与巨结肠小肠结肠炎（Hirschsprung-associated enterocolitis, HAEC）患儿肠道微生物群的差异及口服益生菌对肠道菌群的优化和预防HAEC的作用。方法:收集2017年10月至2020年10月在上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心住院的35例患儿共62份肠道内容物样本。将具有便秘、腹胀等症状、钡剂灌肠检查提示并通过病理诊断为HD的27例患儿作为HD术前组，其中男24例，女3例，年龄为（13.0±19.6）个月。将已诊断为HD且术前已出现发热、腹泻、腹胀、粪便奇臭等临床表现被确诊为HAEC的8例患儿作为HAEC术前组，其中男6例，女2例，年龄为（6.8±4.5 ）个月。将HD术前组患儿根据术后是否摄入益生菌分为HD术后益生菌组（15例）和HD术后对照组（12例）。利用宏基因组学技术进行DNA测序以评价各组样本肠道微生物的多样性及构成分布，并分析HD术后益生菌组和HD术后对照组的HAEC发病率、复发率等。结果:HAEC术前组患儿肠道菌群多样性明显低于无HAEC的HD术前组患儿，HD术前组的shannon指数明显高于HAEC术前组（2.049比1.226），差异具有统计学意义（ P= 0.047），simpson指数在两组之间的差异无统计学意义（0.320比0.527， P=0.07）。在菌群门水平上，变形菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组高（45.3%比31.3%），但差异无统计学意义（ P=0.76）；放线菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组更少（8.7%比14.1%），差异具体统计学意义（ P= 0.047 ）；拟杆菌门丰度在两组的差异无统计学意义（ P=0.100 ）。在HD术后对照组及HD术后益生菌组中，变形菌门丰度在HD术后对照组较多（39.1%比10.3%），差异无统计学意义（ P=0.085 ）；放线菌门丰度HD术后益生菌组显著高于HD术后对照组（50.4%比11.8%），差异具有统计学意义（ P= 0.003 ）。在菌群属水平上，HD术前组患儿其肠道菌群中双歧杆菌属的丰度明显较HAEC术前组高（4.3%比0.3%），差异具有统计学意义（ P=0.004），HD术后益生菌组与HD术后对照组相比双歧杆菌属的优势更加明显（48.2%比11.1%），差异具有统计学意义（ P=0.004 ）。克雷伯菌属在HAEC术前组中的丰度显著高于HD术前组，且在菌群中占较大优势（0.2%比37.5%），差异具有统计学意义（ P=0.013）。在术后HAEC的发病率方面，HD术后对照组高于HD术后益生菌组（41.7%比13.3%），益生菌的摄入可能会减少HAEC的发病率，差异无统计学意义（ P=0.185）。 结论:HD、HAEC患儿的菌群存在差异，益生菌制剂的使用可能是一种保护因素，能够减少HAEC的发生。

目的:探讨白癜风患者肠道微生物菌群特点，分析肠道菌群变化与白癜风发病的关系，为临床治疗提供新思路。方法:2017年4－12月，杭州市第三人民医院皮肤科收集30例白癜风患者及30例健康对照粪便标本，通过Roche/45高通量测序平台对其16S rRNA V3区进行定性分析；用宏基因组学对5例白癜风患者粪便及5例健康对照者粪便进行分析，明确其潜在调控通路。结果:与健康对照比较，白癜风患者粪便中细菌物种相似，但白癜风患者肠道微生物多样性富集明显减少( P<0.05)；在门水平上，变形杆菌和梭杆菌丰度明显降低；在属水平上，7个种属(拟杆菌、大肠杆菌志贺菌、罗氏囊菌、相炭疽杆菌、梭杆菌、柔膜细菌-RF9、普氏菌-7)丰度明显降低( P<0.05)，4个种属(瘤胃球菌-1、瘤胃球菌科UCG、毛螺菌科、链球菌)明显增加( P<0.05)；链球菌属及相炭疽杆菌在白癜风患者表达差异尤为明显，前者增加10.8倍，后者减少6.517倍。通过构建一个基于11个白癜风相关属的肠道微生物菌群的随机森林模型，显示该判别模型在ROC中AUC为0.89；宏基因组分析显示，白癜风相关菌群失调主要与免疫相关通路(如WNT通路、Notch通路等)、能量代谢、线粒体功能、氨基酸代谢(如苯丙氨酸代谢)通路相关。 结论:白癜风患者肠道微生态环境中细菌群落多样性与健康对照存在明显差异，其菌群失调可能参与白癜风的发病发展，补充益生菌可能有益于白癜风治疗。

近年来，我国结直肠癌发病率和死亡率逐年上升，结直肠癌的早期筛查与早诊早治是遏制该趋势的有效措施。目前普遍应用的结直肠癌筛查手段还存在一定的局限性。肠道微生态在结直肠癌的发生发展中发挥重要的作用，通过粪便检测基于宏基因组学的微生物标志物有望成为结直肠癌早期筛查的新型无创检测手段。本文综述了粪便宏基因组学在结直肠癌早期筛查中多种微生物标志物的研究进展及其应用前景。

目的:通过宏基因组分析观察不同炎症类型哮喘患者肠道菌群的特点和差异。方法:选取2021年8月1日至2022年8月31日期间在北京大学第三医院呼吸内科就诊且主要诊断为哮喘的≥18岁成人作为研究对象。最终纳入病情稳定的哮喘患者29例，男13例、女16例，年龄（63±15）岁。留取新鲜粪便标本，提取粪便DNA进行肠道菌群16sRNA高通量测序，比较不同分组哮喘患者肠道菌群的多样性及群落结构，通过物种随机森林和LEfSe分析物种间差异。结果:不同炎症类型哮喘患者存在性别差异，中性粒细胞性哮喘患者中女性患者占比更高（ χ2=4.14， P=0.042）。不同炎症类型哮喘患者肠道菌群Alpha多样性无明显组间差异，但微生物组间存在明显差异，中性粒细胞性哮喘患者芽孢杆菌目（ Bacillales）（ P=0.029）、颤螺菌科（ Oscillospiraceae）（ P=0.015）相对丰度更高，在物种LEfSe分析中，嗜酸粒细胞性哮喘患者真菌（Fungi）相对丰度更高。 结论:不同炎症类型哮喘患者肠道菌群微生物存在组间差异，真菌是区分嗜酸粒细胞性哮喘和中性粒细胞性哮喘患者肠道菌群差异的生物标志物。

目的:基于健康老年人群的肠道菌群组成特征，探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法:采用定群研究设计，对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量，采集粪便样本并提取基因组DNA，分别进行宏基因组与16S rDNA测序，比较两种测序肠道菌群的组成与多样性；采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性，普氏分析判断β多样性的相关性。结果:76名老年人年龄（65.07±2.75）岁，体重指数为（25.03±2.40）kg/m 2；男、女各38名；5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序，宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多，且水平越低，两种测序物种数量相差越大；两种测序的物种丰度存在差异，但在门（ r=0.88， P<0.001）、属（ r=0.77， P<0.001）水平上物种丰度呈高度相关，其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种；老年人肠道菌群多样性分析显示，两种测序的α多样性指数存在显著正相关（ r=0.70， P<0.001），两组β多样性也呈显著相关（ M 2= 0.84， P<0.05）； 结论:宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序；两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

目的:探讨西北地区绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis，PMOP)患者肠道微生物(gut microbiota，GM)组分和基因功能变化，及其与骨密度(bone mineral density，BMD)的相关性。方法:以2018年11月—2019年10月到我院就诊的绝经后女性作为初筛对象，选取首次诊断为骨质疏松症(OP)患者24例、低骨量者30例及骨量正常者9例，收集粪便样本并提取微生物DNA，借助Illumina平台进行16S rRNA基因和宏基因组高通量测序分析。结果:GM结构在不同组中存在差异，消化链球菌科、罗姆布茨菌属、梭菌目未确认属、巨单胞菌属、 Erysipelatoclostridium、克雷伯氏菌属和 Erysipelatoclostridium ramosum为OP组差异菌群。GM基因注释结果显示基因数目与BMD值呈正相关，基因KEGG功能注释结果显示新陈代谢、碳水化合物代谢、淀粉和蔗糖代谢、氧化磷酸化基因功能条目均与BMD值呈负相关。受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve, ROC)分析提示，碳水化合物代谢、淀粉和蔗糖代谢、氨基糖和核苷酸糖代谢、氧化磷酸化对鉴别OP分别具有较好的灵敏度和特异度，ROC曲线下面积(area under curve, AUC)分别为0.70、0.72、0.73和0.75。 结论:高通量测序技术有助于分析PMOP患者GM组成、分布和基因功能改变，为研究GM调控BMD变化进而影响OP的发生发展提供依据。

目的 基于不同地域2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者数据,解析T2DM特有的肠道菌群特征,为T2DM的临床诊断提供可参考,也为T2DM患者的精准益生菌干预提供数据支持.方法 利用公共数据库下载89例T2DM患者(T2DM组)和48例健康人(HC组)粪便宏基因组测序数据进行分析,解析T2DM患者肠道菌群的特点.结果 T2DM患者肠道菌群紊乱,主要表现为肠道菌群多样性增加,肠道中长链多尔菌、产甲酸多尔菌和Coprococcus catus等有害菌的丰度增加,短链脂肪酸产生菌(如粪考拉杆菌)的丰度显著降低.肠道中能量代谢、碳水化合物代谢和氨基酸代谢等通路以及脱氧胆酸和石胆酸等次级胆汁酸代谢物均发生显著变化.此外,不同地域(北方患者46人和南方患者43人)T2DM患者的疾病特征微生物及其代谢通路存在显著差异,这可能与居住地、饮食和生活习惯等因素相关.结论 研究结果明确了 T2DM患者的特征肠道菌群与代谢通路,为基于肠道菌群对T2DM患者进行精准营养干预提供了数据参考.

目的 通过建立干燥综合征(Sjogren's syndrome,SS)动物模型,探究初发SS大鼠的肠道菌群变化,确定SS肠道微生物群的特征,为该疾病的早发现、早治疗提供新方向.方法 建立SPF级6～7周龄雄性Wistar大鼠初发SS模型,采集实验组(n=6)与对照组(n=6)大鼠粪便样本,进行宏基因组分析,探讨初发SS肠道微生态的变化.结果 与对照组相比,初发SS组大鼠厚壁菌门(t=2.933,P=0.025)、Uroviricota(t=3.077,P=0.012)、虹吸病毒科(t=7.653,P＜0.001)、消化链球菌科(t=2.243,P=0.049)、毛螺菌科(t=4.134,P=0.005)、乳杆菌属(t=6.720,P=0.001)、约氏乳杆菌(t=6.881,P=0.001)和丝状病毒(t=8.356,P＜0.001)等相对丰度均显著升高;拟杆菌门(t=3.347,P=0.018)、拟杆菌科(t=7.260,P＜0.001)、爱格菌科(t=3.214,P=0.009)、坦纳菌科(t=4.477,P=0.005)、阿克曼菌科(t=3.566,P=0.005)、粘液乳杆菌属(t=9.096,P＜0.001)、拟杆菌属(t=4.956,P=0.002)、阿德勒菌属(t=3.221,P=0.009)、居海事城球杆菌属(t=4.546,P=0.003)、副拟杆菌属(t=4.477,P=0.005)、罗伊氏粘液乳杆菌(t=9.896,P＜0.001)、阿德勒克罗伊茨菌(t=3.227,P=0.009)、单性拟杆菌(t=14.189,P＜0.001)、Bacteroides_caecimuris(t=8.745,P＜0.001)和Phocaeicola_vulgatus(t=4.936,P=0.002)等丰度均显著降低.结论 SS的初发阶段,肠道菌群不同水平的结构和多样性已发生改变;乳杆菌可能为SS个体潜在的肠道微生态治疗提供新的手段.

目的 研究藏族糖尿病人群、糖尿病前期人群、正常人群的肠道微生物物种组成和功能组成差异,可为藏族人群预防和治疗2型糖尿病提供研究基础.方法 基于西南自然人群队列的随访人群,根据纳入和排除标准选择111名拉萨藏族居民作为研究对象,收集其人口学和人体测量信息、血和粪便样本,根据空腹血糖和糖化血红蛋白值分为糖尿病组、糖尿病前期组和正常组.通过宏基因组测序测定粪便中的微生物组,采用生物信息学比较不同人群肠道微生物组的组成差异和功能差异,并使用Spearman秩相关和线性回归分析人群表型与肠道微生物的相关性.结果 糖尿病人群肠道的普拉梭菌丰度显著低于糖尿病前期人群和正常人群(FDR＜0.050),而栖异地克雷伯菌在糖尿病人群中富集(LDA=3.015,P=0.015).核苷和核苷酸生物合成类通路在糖尿病人群中富集,而与短链脂肪酸生物合成相关的通路在正常人群中富集.格氏乳球菌与血糖显著正相关(r=0.094,P=0.328),罗斯拜瑞菌与血糖显著负相关(r=0.148,P=0.122).结论 藏族2型糖尿病人群的肠道微生物失调,呈现有益菌减少,有害菌增多,短链脂肪酸合成相关通路减少的特征,与2型糖尿病的发生发展密切相关.

目的 探讨硫酸庆大霉素介导的大鼠肠道菌群影响糖脂代谢和炎症改善高血压的关系.方法 将Sprague-Dawley大鼠(8周龄)分为正常饮食组(ND组,n=11)、高脂肪饮食组(HFD组,n=13)和HFD联合硫酸庆大霉素灌胃组(GS组,n=13).第5～13周每周监测血压,并在第13周评估胰岛素、白细胞介素(IL)-1β、IL-6、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、脂多糖(LPS)、总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白-胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白-胆固醇(HDL-C)水平和稳态模型胰岛素抵抗指数(HOMA-IR),对来自大鼠结肠粪便的DNA标本进行宏基因组分析.结果 第1周,3组血压比较差异无统计学意义(P>0.05).第5～10周,GS组血压高于ND组,差异有统计学意义(P<0.05).第5～13周,HFD组血压高于ND组,第10～13周,GS组血压低于HFD组,差异有统计学意义(P<0.05).与ND组比较,HFD组TC、TG、LDL-C水平、HOMA-IR更高,HDL-C水平更低,差异有统计学意义(P<0.05).与HFD组比较,GS组TG、LDL-C水平、HOMA-IR更低,HDL-C水平更高,差异有统计学意义(P<0.05).HFD组LPS、IL-1β、IL-6、TNF-α水平高于ND组,而GS组低于HFD组(P<0.05).偏最小二乘判别分析结果表明,HFD组、GS组肠道微生物群在结构上与ND组不同.家族水平结果显示,3组肠道微生物群结构发生了变化,包括24个发生明显变化的微生物群.层次分析显示,HFD组f-脱硫弧菌比例高于ND组,而GS组低于HFD组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 口服抗生素硫酸庆大霉素可改善HFD引起的糖脂代谢异常和炎症,机制可能为通过调节肠道菌群结构、丰度及LPS水平来缓解高血压.