目的 对贵阳市某学校由产气荚膜梭菌引起发的食源性疾病暴发事件开展流行病学调查和病因食品和病原的溯源分析,探讨全基因组测序新技术在食源性疾病暴发溯源中的应用.方法 采用现场流行病学分析,采集可疑生物样本,食品样本和外环境样本进行常规的实验室病原分离及沙门菌、致泻大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌和产气荚膜梭菌的病原鉴定.对分离的病原菌进行毒素基因检测和全基因组测序溯源分析.结果 22名病例症状以腹痛(95.45％,21/22)、腹泻(95.45％,21/22)为主;流行曲线为点源暴露模式,潜伏期为6-15 h.在5份肛拭子样本、3份粪便样本和1份留样早餐肉末食品样本中分离出产气荚膜梭菌,且均检出肠毒素cpe基因,所有样本均未检出沙门菌、致泻大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌.其中早餐肉末食品样品中经全基因组测序分析对比发现产气荚膜梭菌为3.5×105 CFU/g,经全基因组测序分析比对发现,来源于早餐肉末食品和肛拭子样本的产气荚膜梭菌,其分子分型为ST 139型,菌株均携带cpe毒力基因.结论 通过现场调查和溯源分析,判定产气荚膜梭菌污染早餐肉末是导致此次食源性疾病暴发的原因.全基因组测序新技术在食源性疾病暴发中可起到精准溯源作用.

目的:分析脓毒症儿童肠道菌群特征及益生菌的干预作用。方法:采用前瞻性观察性研究方法，纳入收住我院儿童重症医学科(PICU)的脓毒症患儿34例随机分为两组，一组予以常规治疗(常规组，A组， n＝17)，另一组在常规治疗基础上添加益生菌辅助治疗(益生菌组，B组， n＝17)，同时选取健康儿童20例作为对照组(C组)。入组24 h内记录所有脓毒症患儿的一般情况及序贯器官衰竭评分(SOFA)，并于入组后5～7 d，采集患儿的粪便样本，同期留取健康患儿粪便样本，运用高通量16S rRNA基因测序技术进行肠道菌群检测，进行生物信息学分析并预测肠道菌群功能，比较组间差异。 结果:α多样性指数及β多样性指数分析显示，两组脓毒症患儿肠道菌群的丰度均较健康儿童明显下降，同时菌群的个体差异也呈加大趋势，但是服用益生菌后，上述指标得到了显著改善( P<0.05)；在菌门水平上，常规治疗组的拟杆菌门和放线菌门比例最低，变形菌门的数量明显增加( P<0.05)；在菌属水平上，肠球菌成为常规治疗组中的优势菌种，而在益生菌组中双歧杆菌、普氏粪杆菌及丹毒丝菌、扭链胃球菌的比例明显提高( P<0.05)；益生菌组与常规组相比，两者在线粒体合成、外泌体、mRNA转录降解及半胱氨酸代谢等通路的丰度存在明显差异。 结论:脓毒症儿童肠道菌群的多样性下降，结构稳定性差，同时拟杆菌减少伴变形杆菌增多，而添加益生菌辅助治疗后可增加患儿双歧杆菌及普氏粪杆菌等有益菌的比例，减少肠球菌等机会致病菌的数量，其差异性代谢通路可能与益生菌的作用机制相关。

目的:对高尿酸血症(hyperuricemia，HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析，探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法:在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者，其中HUA患者25例，健康对照人群38例，采集他们的粪便样本，通过使用全长16S rRNA测序技术，对所有受试者粪便样本进行分析，研究不同尿酸水平人群的肠道菌群构成特征。结果:HUA组与健康对照组肠道菌群的整体组成存在差异，α多样性指数在HUA组明显降低，β多样性分析可以看出两组间存在明显差异。在菌群组成上，HUA组表现为拟杆菌门增多，厚壁菌门降低。通过LEfSe差异分析，发现HUA组具有独特的菌群结构，以普拉梭菌( Faecalibacterium prausnitzii)为代表的多种短链脂肪酸(SCFAs)产生菌明显降低；唾液链球菌( Streptococcus salivarius)、脆弱拟杆菌( Bacteroides fragilis)、 Fusobacterium hwasookii、 Flavonifractor plautii、黏液分枝杆菌( Mycobacterium mucogenicum B)、 Blautia sp003287895在HUA组明显升高。此外，通过PICRUSt2功能基因预测发现HUA组人群肠道菌群短链脂肪酸合成途径等相关代谢降低，与特有的菌群结构一致。 结论:HUA人群与健康对照人群比较，存在特有的肠道菌群构成和代谢特征。

目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布，探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法，回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料（复杂性肛瘘组），并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组（健康对照组）。病例纳入标准：（1）符合腺源性肛瘘诊断的标准，且症状持续3个月以上；（2）术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等；（3）复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者：瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌；包含两个以上的外口或瘘管；既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准：（1）合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等；（2）克罗恩病、外伤、特殊感染（如放线菌病和结核病）等引起的肛瘘；（3）近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者；（4）认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA，扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区，利用Illumina Miseq平台进行高通量测序，最后进行操作分类单元（OTU）聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析，其中Chao指数或ACE指数越大，表明微生物区系的预期物种丰度越高，Simpson指数越小或Shannon指数越大，表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数（BMI）、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义（均 P>0.05），说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门，分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%；在属水平上，复杂性肛瘘组的普雷沃菌属（4.9%±7.4%比0.1%±1.1%， P<0.001）、巨细胞菌属（3.9%±8.2%比0.5%±4.2%， P<0.05）和毛螺菌属（2.6%±5.7%比0.1%±3.4%， P<0.05）的丰度明显更高，而变形菌属（0.02%±4.2%比9.3%±14.4%， P<0.01）、肠球菌属（0.02%±2.3%比9.3%±19.6%， P<0.05）、拟杆菌属（24.7%±9.9%比29.8%±9.1%， P<0.05）和克雷伯菌属（0.4%±4.2%比3.9%±7.3%， P<0.05）相对更低。与健康对照组相比，复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富，表现为ACE指数更高［（293.30±44.00）比（218.75±33.83）， t=102.069， P<0.001］，Chao指数也更高［（318.40±41.99）比（250.00±46.38）， t=77.818， P=0.028］，Shannon指数更高［（3.36±0.29）比（2.43±0.34）， t=9.657， P=0.001］；而Simpson指数更低［（0.103±0.013）比（0.131±0.013）， t=5.551， P=0.046］，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲（均属于厚壁菌门）的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大（LDA 值均>4）。 结论:与健康对照组相比，复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富，提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。

目的:探讨白癜风患者肠道微生物菌群特点，分析肠道菌群变化与白癜风发病的关系，为临床治疗提供新思路。方法:2017年4－12月，杭州市第三人民医院皮肤科收集30例白癜风患者及30例健康对照粪便标本，通过Roche/45高通量测序平台对其16S rRNA V3区进行定性分析；用宏基因组学对5例白癜风患者粪便及5例健康对照者粪便进行分析，明确其潜在调控通路。结果:与健康对照比较，白癜风患者粪便中细菌物种相似，但白癜风患者肠道微生物多样性富集明显减少( P<0.05)；在门水平上，变形杆菌和梭杆菌丰度明显降低；在属水平上，7个种属(拟杆菌、大肠杆菌志贺菌、罗氏囊菌、相炭疽杆菌、梭杆菌、柔膜细菌-RF9、普氏菌-7)丰度明显降低( P<0.05)，4个种属(瘤胃球菌-1、瘤胃球菌科UCG、毛螺菌科、链球菌)明显增加( P<0.05)；链球菌属及相炭疽杆菌在白癜风患者表达差异尤为明显，前者增加10.8倍，后者减少6.517倍。通过构建一个基于11个白癜风相关属的肠道微生物菌群的随机森林模型，显示该判别模型在ROC中AUC为0.89；宏基因组分析显示，白癜风相关菌群失调主要与免疫相关通路(如WNT通路、Notch通路等)、能量代谢、线粒体功能、氨基酸代谢(如苯丙氨酸代谢)通路相关。 结论:白癜风患者肠道微生态环境中细菌群落多样性与健康对照存在明显差异，其菌群失调可能参与白癜风的发病发展，补充益生菌可能有益于白癜风治疗。

目的:分析山西省肿瘤医院恶性肿瘤患者血流感染病原菌的分布及其耐药特点。方法:回顾性病例系列研究。选取2019年1月至2021年12月山西省肿瘤医院送检血培养的恶性肿瘤患者8 654例，抽取静脉血进行血液培养，采用WHONET 5.6软件和SPSS 23.0软件对其血流感染病原菌分布及耐药情况进行分析。结果:共分离病原菌600株（6.9%），其中革兰阴性菌413株（68.8%），革兰阳性菌168株（28.0%）；真菌19株（3.2%）。革兰阴性菌前5位分别为大肠埃希菌（37.7%）、肺炎克雷伯菌（14.2%）、阴沟肠杆菌（4.5%）、铜绿假单胞菌（3.0%）、鲍曼不动杆菌（2.5%），革兰阳性菌前5位分别为金黄色葡萄球菌（4.2%）、屎肠球菌（4.0%）、人葡萄球菌（3.8%）、表皮葡萄球菌（3.5%）、链球菌属（3.0%）；2019年至2021年除肺炎克雷伯菌外，其他主要病原菌构成比差异均无统计学意义（均 P>0.05）。大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、阴沟肠杆菌对氨苄西林的耐药率分别为94.7%（214/226）、100.0%（85/85）、96.3%（26/27），对环丙沙星的耐药率分别是61.9%（140/226）、17.6%（15/85）、7.4%（2/27），对头孢哌酮的耐药率分别为62.4%（141/226）、30.6%（26/85）、25.9%（7/27）。铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类抗生素耐药率分别为5.5%（1/18）、93.3%（14/15）。葡萄球菌属细菌以金黄色葡萄球菌、人葡萄球菌、表皮葡萄球菌为主，肠球菌属细菌以屎肠球菌与粪肠球菌为主。血培养阳性标本主要分布于血液科与重症监护病房（ICU），非霍奇金淋巴瘤（39株）与急性髓系白血病（12株）为主要病种。 结论:该地区恶性肿瘤患者血流感染病原菌以革兰阴性菌为主，耐药状况普遍，医院应结合药敏试验合理使用抗菌药物。

目的:基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法:本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果:(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36( P<0.05或 P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期( Z值均为2.023， P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期( Z值均为2.023， P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期( Z＝3.326、2.570、2.690， P<0.05或 P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。 结论:特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

目的:研究吴茱萸碱对四氯化碳（CCl 4）诱导肝纤维化小鼠的改善作用及其对肠道菌群的影响。 方法:于2019年8月，将30只SPF级雄性C57BL/6小鼠平均分为正常组、模型组及吴茱萸碱组。正常组小鼠腹腔注射橄榄油（2 ml/kg），模型组和吴茱萸碱组小鼠腹腔注射20%的CCl 4（2 ml/kg），每周2次，连续6周；成功建立肝纤维化模型后，吴茱萸碱组小鼠每天灌胃吴茱萸碱18 mg/kg，连续4周。检测各组小鼠血清谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）、白蛋白（ALB）及总蛋白（TP）水平，观察小鼠肝组织病理学改变，测定吴茱萸碱对肝纤维化小鼠肠道菌群丰度及多样性的影响，检测各组小鼠肝脏组织中炎症因子白细胞介素6（IL-6）、白细胞介素1β（IL-1β）及肿瘤坏死因子α（TNF-α）的mRNA及蛋白表达水平。 结果:与正常组相比，模型组小鼠体重和血清中ALB、TP水平降低，肝指数和ALT、AST水平升高，肠道菌群Shannon和Simpson指数降低（ P<0.01）；与正常组相比，模型组小鼠粪便中乳酸菌属（ Lactobacillus）、阿克曼氏菌（ Akkermansia）、拟杆菌属（ Bacteroides）丰度降低，肠球菌属（ Enterococcus）、腔隙杆菌属（ Lachnoclostridium）丰度升高（ P<0.01）；与正常组相比，模型组小鼠肝组织中IL-6、IL-1β、TNF-α mRNA和蛋白表达明显上调（ P<0.01）。与模型组相比，吴茱萸碱能降低肝纤维化小鼠肝指数和血清中ALT、AST水平，提高ALB及TP水平（ P<0.05），改善肝组织炎细胞浸润及纤维化程度，上调肝纤维化小鼠肠道菌群Shannon和Simpson指数（ P<0.05）；与模型组相比，吴茱萸碱可提高乳酸菌属、阿克曼氏菌、拟杆菌属丰度，降低肠球菌属、腔隙杆菌属丰度（ P<0.05）；与模型组相比，吴茱萸碱可降低肝纤维化小鼠肝组织中IL-6、IL-1β及TNF-α mRNA和蛋白表达水平（ P<0.05）。 结论:吴茱萸碱对肝纤维化具有改善作用，其机制可能与改善肠道菌群、抑制肝脏炎症反应有关。

目的:探究平潭东岸近岸海水中的主要细菌种类、分布及其与人类健康的关系。方法:采用基因测序和细菌培养的方法，对平潭东岸近岸提取的7个海水样本进行微生物学分析。结果:采样时，平潭沿岸海水的气温为28.00 ℃，水温为24.30 ℃，溶解氧浓度为8.76 mg/L；码头水温为26.60 ℃，溶解氧浓度为7.12 mg/L。海水细菌培养后，共分离出29株弧菌科细菌，包括溶藻弧菌、副溶血弧菌和沙鱼弧菌等，以及20种其他科细菌，包括大肠埃希菌、阴沟杆菌和粪肠球菌等致病菌。海水细菌基因测序显示，变形菌门在平潭东岸近岸海水中约占70%；弧菌属在平潭东北区域海水中占26.08%～31.14%。结论:平潭东岸近岸海水中的细菌主要是革兰阴性菌，以弧菌为主。在进行海水浸泡伤的救治时，应优先考虑针对革兰阴性菌的抗生素。

目的:了解皖南医学院弋矶山医院2022年临床分离菌的分布及其耐药情况。方法:收集皖南医学院弋矶山医院2022年1至12月临床分离的非重复细菌7 253株，进行菌株鉴定和药敏试验。按照美国临床实验室标准化协会2021版标准判定药敏结果。采用WHONET 5.6软件进行数据统计分析。结果:7 253株菌株中，革兰阳性菌1 364株，占18.8%，革兰阴性菌5 889株，占81.2%。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)和耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)的检出率分别为25.0%(121/484)和73.0%(313/429)。未检测到对万古霉素、利奈唑胺耐药的葡萄球菌。肠球菌属中屎肠球菌和粪肠球菌分别占36.4%(90/247)和60.7%(150/247)，屎肠球菌对大部分抗菌药物的耐药率高于粪肠球菌，粪肠球菌对利奈唑胺的耐药率为4.7%。大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)菌株检出率分别为39.6%(549/1 386)和13.9%(215/1 543)。肠杆菌目细菌对碳青霉烯类抗生素耐药率较低，肺炎克雷伯菌对亚胺培南、美罗培南及厄他培南的耐药率分别为2.3%、7.1%和2.5%。铜绿假单胞菌对亚胺培南、美罗培南的耐药率分别为26.8%和24.9%，鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类抗生素的耐药率高达45.0%以上。结论:临床常见耐药菌以革兰阴性菌为主，碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌检出率较低，但碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌分离率相对较高。