人类肠道拥有复杂而丰富的菌群,肠道菌群参与营养吸收、免疫防御、调节代谢等生理功能.肠道微生物群落的变化涉及许多疾病如缺血性卒中、帕金森病的发生发展,甚至与疾病的严重程度相关.而针刺作为中国传统医学中重要的组成部分,被证实对肠道菌群具有调节作用.针刺可以通过调节肠道菌群的群落多样性、丰度调控宿主代谢、免疫应答,影响相关疾病的发展.肠道微生物群靶向治疗相关疾病的机制和模式仍需继续探索.

稻田是甲烷(CH4)的重要排放源之一,其对全球气候变化有着重要影响.大气CO2浓度升高(e[CO2])对稻田生态系统碳循环具有重要作用,阐明e[CO2]对稻田CH4排放及相关微生物过程的影响对稻田生态系统的固碳和减排具有重要意义.本文综述了 e[CO2]对稻田CH4排放及碳循环相关功能微生物活性、丰度、群落组成和多样性的影响,梳理了 e[CO2]背景下不同微生物过程在稻田CH4减排中的作用及其主要环境影响因素.总体而言,不同e[CO2]平台类型、熏蒸年限、浓度梯度以及增加方式均对稻田CH4排放有着一定影响.e[CO2]促进了稻田CH4排放,但会随着CO2熏蒸年限的增加而逐渐降低,这说明稻田CH4排放相关微生物对e[CO2]具有一定适应性;e[CO2]对稻田CH4排放的促进作用呈先减弱后增强的趋势;骤增处理可能会高估稻田CH4排放.e[CO2]对相关微生物过程的影响主要表现为:e[CO2]提高了产甲烷菌、甲烷好氧氧化菌和厌氧氧化菌活性及主要功能微生物丰度;e[CO2]使甲烷氧化菌群落组成和多样性发生显著改变,但对产甲烷菌和甲烷厌氧氧化菌群落组成和多样性影响不大.最后,本文对未来相关的研究方向进行了展望:1)可综合探究e[CO2]对稻田CH4排放及产甲烷过程、甲烷好氧和厌氧氧化过程的影响,以更好地揭示气候变化对稻田CH4排放的机理;2)应在长期条件下探究e[CO2]对稻田CH4排放及相关微生物过程的影响机制,结果将更为真实、准确;3)需进行多尺度(时间和空间)、多要素(CO2浓度、温度、大气氮沉降和水分管理措施)以及多方法(观测、数据与模型相结合)等综合研究,以有效降低未来气候变化情景下稻田CH4排放及相关微生物过程对e[CO2]响应评估的不确定性.

背景:肠道微生态紊乱是腹泻型肠易激综合征(IBS-D)发病的重要因素,合生元可有效调节人体肠道微生态.目的:探讨合生元制剂对IBS-D患者临床症状和肠道菌群的影响.方法:纳入2022年7月—2023年5月云南省第一人民医院收治的75例IBS-D患者,随机分为试验组和对照组.除常规治疗外,试验组给予含有益生元和多种益生菌的合生元制剂,对照组给予安慰剂.比较两组治疗前后消化道症状评分、生活质量(QOL)评分、精神症状评分和肠道菌群组成.结果:治疗4周后,试验组腹部疼痛评分、自主排便次数、IBS评分、焦虑评分和抑郁评分明显降低(P<0.05),IBS-QOL评分明显升高(P<0.05),而粪便性状评分无明显差异(P>0.05).与对照组相比,治疗后试验组肠道菌群组成、菌群多样性无明显差异(P>0.05),螺杆菌、志贺菌、紫单孢菌、瘤胃球菌科UCG-009丰度明显降低(P<0.05),双歧杆菌和乳杆菌丰度明显升高(P<0.05).结论:合生元对IBS-D患者有良好的治疗效果,可改善肠道菌群,减轻消化道症状,同时可提高患者的生活质量,减轻焦虑、抑郁等精神症状.

目的:创伤和危重症可能影响微生物群。许多关于危重症微生物群的研究局限于单一身体部位或时间点，并受先前存在疾病的影响。本研究报道既往体健儿童发生严重创伤性脑损伤(traumatic brain injury，TBI)后微生物群的时间和空间变化。设计:研究人员于入院72 h内收集患儿口腔、直肠和皮肤拭子标本，之后每周采集两次至患儿离开PICU。采用16S rRNA基因扩增测序法分析样本。择期门诊手术患儿为对照组。采用Phyloseq进行α和β多样性比较，采用微生物组组成分析法预测群落丰度差异。场所:5家4级监护PICU。对象:因严重TBI需要放置颅内压监测装置的18岁以下患儿。干预措施:无。测量方法与主要结果:共分析来自23例TBI患儿和35例对照组儿童的327份样本。TBI组和对照组患儿初始口腔( F＝3.275 6， R2＝0.053 5， P＝0.012)和直肠( F＝3.070 2， R2＝0.064 9， P＝0.007)微生物群落组成不同。TBI患儿直肠标本中瘤胃球菌科、拟杆菌科和毛螺菌科的共生菌减少，葡萄球菌科菌增多( P<0.05)。探索性分析发现，抗生素暴露、气管插管和感染与TBI组和对照组患儿组间直肠和口腔微生物群差异增大有关，而肠内营养则与差异缩小有关( P<0.05)。 结论:严重TBI患儿微生物群变化特点为共生细菌早期减少、位置特异性丧失，以及潜在致病菌增多。需要更多研究来确定这些变化对临床预后的影响。

目的:探讨大承气汤对轻症急性胰腺炎（MAP）患者的疗效及其治疗机制。方法:采用平行分组随机对照研究方法，选择2018年3月至2021年2月上海市中西医结合医院收治的68例急性胰腺炎（AP）患者。结合患者入院时病情及是否同意使用大承气汤，按照1∶1等量随机原则分为常规治疗组和大承气汤组；同时招募20例健康志愿者作为对照。两组患者均予以奥曲肽+禁食、胃肠减压、解热镇痛、抗炎、抑制胃酸和胰液分泌、维持电解质平衡等常规西医治疗；大承气汤组在常规治疗基础上口服大承气汤，每次100 mL，每日2次，连续观察7 d。记录患者治疗前后炎症指标〔白细胞计数（WBC）、C-反应蛋白（CRP）、降钙素原（PCT）、白细胞介素-6（IL-6）〕和胃肠功能恢复时间（首次排气时间、恢复肠鸣音时间、首次排便时间），并对粪便样本进行16S rRNA基因测序，对经质量控制等相关处理后获得的归一化数据进行多样性分析（Alpha多样性和Beta多样性）及线性判别分析效应量分析（LEfSe分析），观察MAP患者肠道微生物区系变化；采用Spearman等级相关系数分析炎症指标与肠道属水平微生物的相关性。治疗期间监测MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图，以评估安全性。结果:68例AP患者中，排除中重症AP患者16例、未收集到标本或自动放弃治疗患者4例，最终48例MAP患者纳入分析，常规治疗组和大承气汤组各24例。两组治疗7 d炎症指标均较治疗前明显降低，其中大承气汤组CRP、PCT、IL-6水平显著低于常规治疗组〔CRP（mg/L）：8.50（3.50，13.00）比16.00（9.25，29.75），PCT（μg/L）：0.06（0.03，0.08）比0.09（0.05，0.11），IL-6（ng/L）：6.36（3.96，10.79）比13.24（6.69，18.87），均 P<0.05〕；且大承气汤组胃肠功能恢复时间也较常规治疗组明显缩短〔首次排气时间（d）：1.62±0.65比2.80±0.65，恢复肠鸣音时间（d）：1.13±0.58比2.31±0.76，首次排便时间（d）：3.12±0.75比4.39±0.76，均 P<0.05〕。肠道菌群多样性分析显示，无论是微生物群落的多样性还是丰富度，健康对照组均最高，常规治疗组均最低；且健康对照者微生物群落与MAP患者的重合度均较小，而不同治疗方法间MAP患者的重合度相对较大。LEfSe分析显示，大承气汤降低了大肠埃希菌-志贺菌属和丹毒梭状芽孢杆菌属的相对丰度，同时提高了乳杆菌属、罗姆布茨菌属、布劳特菌属3个有益菌属的相对丰度；在MAP患者肠道中，黏液乳杆菌属和联合乳杆菌属均明显富集。相关性分析显示，大肠埃希菌-志贺菌属与WBC、CRP、PCT、IL-6这4个炎症指标均呈显著正相关（ r值分别为0.31、0.41、0.57、0.43，均 P<0.05）；其他菌属与炎症指标无明显相关性。治疗过程中，MAP患者血、尿、粪三大常规及肾功能和心电图指标均未见明显异常。 结论:大承气汤可通过调节MAP患者肠道微生物区系的组成，抑制炎症反应，促进肠道微生态平衡和胃肠功能恢复，改善肠道屏障功能；治疗期间未出现明显的不良反应。

目的:通过高通量测序技术比较晚发型败血症(LOS)及肺炎的早产儿肠道菌群的特点及差异，探讨肠道菌群与LOS之间的关系。方法:通过病例对照的方法，选择2018年8月至2019年10月在湖南省儿童医院新生儿科住院诊断为LOS的早产儿作为病例组( n＝8)，同时选取诊断为肺炎的早产儿作为对照组( n＝8)。收集16例早产儿入院第1次的粪便样本并提取DNA，利用PCR技术扩增目标区域DNA，使用NovaSeq 6000平台进行高通量测序，分析两组间肠道菌群的组成和多样性。 结果:(1)Alpha多样性分析显示两组间肠道菌群丰度及多样性差异无统计学意义(均 P>0.05)。(2)LOS组和对照组早产儿肠道菌群在门水平上均以厚壁菌门和变形菌门为主，在属水平上以肠球菌属、埃希菌-志贺菌属等兼性厌氧菌为优势菌群。进行Metastas统计分析，两组在门水平上菌群组成差异无统计学意义( P>0.05)。(3)在目、科、属、种水平进行Metastas统计分析，LOS组放线菌目、消化链球菌科、梭菌属相对丰度高于肺炎组，差异有统计学意义(均 P<0.05)。(4)LOS组葡萄球菌相对丰度大于对照组，但Metastas统计分析显示两组葡萄球菌相对丰度差异无统计学意义( P>0.05)。(5)8例LOS中有3例早产儿血培养阳性，分别为无乳链球菌、缓症链球菌、粪肠球菌。粪肠球菌属于肠球菌属，而肠球菌属在LOS组属于优势菌属。 结论:不同部位感染对早产儿肠道微生态存在影响。LOS与肺炎早产儿肠道菌群构成有差异。

目的:探讨先天性巨结肠（Hirschsprung disease，HD）与巨结肠小肠结肠炎（Hirschsprung-associated enterocolitis, HAEC）患儿肠道微生物群的差异及口服益生菌对肠道菌群的优化和预防HAEC的作用。方法:收集2017年10月至2020年10月在上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心住院的35例患儿共62份肠道内容物样本。将具有便秘、腹胀等症状、钡剂灌肠检查提示并通过病理诊断为HD的27例患儿作为HD术前组，其中男24例，女3例，年龄为（13.0±19.6）个月。将已诊断为HD且术前已出现发热、腹泻、腹胀、粪便奇臭等临床表现被确诊为HAEC的8例患儿作为HAEC术前组，其中男6例，女2例，年龄为（6.8±4.5 ）个月。将HD术前组患儿根据术后是否摄入益生菌分为HD术后益生菌组（15例）和HD术后对照组（12例）。利用宏基因组学技术进行DNA测序以评价各组样本肠道微生物的多样性及构成分布，并分析HD术后益生菌组和HD术后对照组的HAEC发病率、复发率等。结果:HAEC术前组患儿肠道菌群多样性明显低于无HAEC的HD术前组患儿，HD术前组的shannon指数明显高于HAEC术前组（2.049比1.226），差异具有统计学意义（ P= 0.047），simpson指数在两组之间的差异无统计学意义（0.320比0.527， P=0.07）。在菌群门水平上，变形菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组高（45.3%比31.3%），但差异无统计学意义（ P=0.76）；放线菌门丰度在HAEC术前组比HD术前组更少（8.7%比14.1%），差异具体统计学意义（ P= 0.047 ）；拟杆菌门丰度在两组的差异无统计学意义（ P=0.100 ）。在HD术后对照组及HD术后益生菌组中，变形菌门丰度在HD术后对照组较多（39.1%比10.3%），差异无统计学意义（ P=0.085 ）；放线菌门丰度HD术后益生菌组显著高于HD术后对照组（50.4%比11.8%），差异具有统计学意义（ P= 0.003 ）。在菌群属水平上，HD术前组患儿其肠道菌群中双歧杆菌属的丰度明显较HAEC术前组高（4.3%比0.3%），差异具有统计学意义（ P=0.004），HD术后益生菌组与HD术后对照组相比双歧杆菌属的优势更加明显（48.2%比11.1%），差异具有统计学意义（ P=0.004 ）。克雷伯菌属在HAEC术前组中的丰度显著高于HD术前组，且在菌群中占较大优势（0.2%比37.5%），差异具有统计学意义（ P=0.013）。在术后HAEC的发病率方面，HD术后对照组高于HD术后益生菌组（41.7%比13.3%），益生菌的摄入可能会减少HAEC的发病率，差异无统计学意义（ P=0.185）。 结论:HD、HAEC患儿的菌群存在差异，益生菌制剂的使用可能是一种保护因素，能够减少HAEC的发生。

目的:探讨慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者鼻腔微生物多样性，以及术后复发者鼻腔微生物组学特征和炎性细胞及因子特点，以了解微生物组学因素对CRSwNP手术预后的影响。方法:2017年12月至2018年12月期间，招募于四川大学华西医院耳鼻咽喉科接受手术治疗的77例CRSwNP患者，其中男34例，女43例，年龄29~76岁。收集患者的鼻腔分泌物和鼻息肉组织。于分泌物中提取鼻腔微生物DNA，基于16S核糖体RNA（16S rRNA）进行高通量测序，检测细菌群落组成。使用Luminex分析鼻息肉组织中白细胞介素（IL）-5、IL-8、IL-17A、IL-17E、IL-18、IL-27和干扰素γ（IFN-γ）等细胞因子。计数外周血和鼻息肉组织中嗜酸粒细胞和中性粒细胞含量。术后随访1年，记录鼻息肉的复发情况，分析鼻息肉复发与炎性因子、炎性细胞计数及鼻腔微生物多样性特征的相关性。对二分类变量采用卡方检验，对连续变量采用Mann-Whitney U检验，两组之间平均相对丰度的差异比较采用Wilcoxon秩和检验。结果:随访1年时复发患者12例，其中男5例，女7例。复发组与未复发组患者在年龄、性别、哮喘、变应性鼻炎、湿疹等方面的差异无统计学意义。复发组的鼻部症状总分［42.3（30.2，67.1）， M（ Q1， Q3），后同］明显高于未复发组［37.8（29.4，50.3）］， Z=-4.930， P<0.001。鼻息肉组织中，复发组患者嗜酸粒细胞［40.83（22.33，102.00）个/HP，HP为高倍视野，后同］和中性粒细胞［30.83（20.33，56.44）个/HP］数量显著高于未复发组［13.72（13.50，48.33）个/HP和18.50（12.00，26.08）个/HP， Z值分别为-6.997、-8.243， P值均<0.001］。复发组IFN-γ、IL-17A、IL-17E、IL-18的表达量明显高于未复发组，但阳性率差异无统计学意义。属水平上，未复发组患者鼻腔棒状杆菌属的平均相对丰度为（11.90±20.31）%，高于复发组的（0.15±0.20）%，但校正后差异无统计学意义（FDR P=0.638）。未复发组葡萄球菌属平均相对丰度为（8.17±27.70）%，低于复发组的（8.99±15.89）%，但校正后差异无统计学意义（FDR P=0.638）。 结论:CRSwNP患者中性粒细胞介导的炎性反应与鼻息肉复发密切相关。鼻内镜术后鼻息肉的复发可能与保护性微生物丰度的减少和致病微生物数量的增加有关。

目的:分析活动性肺结核患者与健康对照者肠道菌群在物种组成、丰度上的差异，识别并评估特定菌群作为生物标志物区分两组人群的潜能。方法:以2017年9月至2019年9月在四川、江苏、上海3个市区级结核病定点医疗机构收治的活动性肺结核患者88例为病例组，其中男65例，女20例，年龄（44.2±15.7）岁。同期在当地体检人群中招募无结核病史的健康人62名为对照组，其中男33名，女29名，年龄（41.4±11.9）岁。采用16S rRNA基因测序技术检测两组人群的粪便样本，分析两组研究对象肠道菌群的多样性差异，以及门和属水平上的物种组成和丰度差异，采用随机森林方法构建预测模型，探索特定菌群是否可以作为区分结核病患者和健康人群的生物标志物。结果:α多样性分析结果表明，病例组肠道菌群物种丰富度和均匀度低于对照组，差异有统计学意义（ P<0.001），两组人群的肠道菌群整体构成差异有统计学意义（基于Bray-Curtis距离， P<0.001）。与对照组相比，病例组肠道菌群中机会致病菌相对富集，而部分产生短链脂肪酸的有益菌丰度较少，由毛螺菌属（ Lachnospira）、毛螺菌科ND3007组（ Lachnospiraceae ND3007 group）、罗斯拜瑞菌属（ Roseburia）3个菌属训练的随机森林分类器判别两组人群的准确率为76.67%，曲线下面积（AUC）=75.29%（95% CI：0.661~0.845）。 结论:活动性肺结核患者与健康人群的肠道菌群存在差异，特定菌群有作为生物标志物区分两组人群的潜能。

目的:描述炎症性肠病患者的粪便微生物群落组成，找出与炎症性肠病相关的菌群，为疾病的治疗和诊断提供新思路。方法:收集克罗恩病( n＝20)、溃疡性结肠炎( n＝10)和健康对照组( n＝30)的粪便样本，利用16S rRNA测序法，测定粪便样品中微生物群落组成。 结果:炎症性肠病患者肠道菌群与正常对照组有显著差异。炎症性肠病患者变形菌门、Epsilonbacteraeota、酸杆菌门、志贺氏菌丰度显著升高；普氏菌属_9、巨单胞菌属、Lachnoclostridium丰度显著降低。克罗恩病组Lachnoclostridium丰度显著高于溃疡性结肠炎组，酸杆菌门、普氏菌属_9丰度显著低于溃疡性结肠炎组。厚壁菌门、拟杆菌门丰度在炎症性肠病患者中降低，但差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:炎症性肠病患者肠道微生物失调，IBD患者肠道菌群中致病菌增多(主要为变形菌门和大肠埃希菌志贺菌)。克罗恩病组和溃疡性结肠炎组的差异菌群可能和疾病相关。