目的 探讨序列相似性家族107成员A(FAM107A)调控缺氧诱导因子3A(H1F3A)对前列腺癌(PCa)迁移、侵袭、凋亡的影响.方法 通过生物信息学技术筛选目的基因并进行分析.体外培养人PCa细胞PC-3,采用反转录病毒稳定转染,采用蛋白质印迹法(Western blot)技术验证HIF3A及DNA甲基转移酶1(DNMT1)的表达量;流式细胞仪检测细胞周期及凋亡;焦磷酸测序检测启动子甲基化程度;细胞功能试验验证对PCa迁移和侵袭的影响.两组间差异表达采用独立样本t检验方法比较.结果 生信分析提示FAM107A基因在PCa组织中表达低于正常前列腺组织(P＜0.01),Gleason评分(GS)越高,FAM107A表达量越低(P＜0.01).划痕实验、Transwell侵袭实验提示过表达 FAM107A会抑制 PCa 细胞的迁移(C4-2:0.337±8.930 比 29.334±2.651,t=-7.260,P＜0.05;PC-3:18.672±10.494 比 52.043±3.512,t=-6.024,P＜0.05)、侵袭(DU145:117.703±12.845 比 242.303±21.401,t=10.273,P＜0.05;PC-3:51.674±9.502 比 139.303±13.394,t=16.025,P＜0.05),促进凋亡(17.180±0.700 比 0.527±0.121,t=40.600,P＜0.05).细胞周期实验表明oe-FAM107A-ENZ组细胞G1期比例高于对照组(80.410±0.786比35.583±0.714,t=73.130,P＜0.05),S 期比例低于对照组(11.233±0.374 比 38.747±1.809,t=25.790,P＜0.05),细胞分裂被阻滞在S期.蛋白免疫印迹实验证明过表达FAM107A组的DNMT1表达量低于对照组(0.277±0.032 比 0.900±0.026,t=25.93,P＜0.05),HIF3A 表达量高于对照组(0.657±0.040 比0.523±0.043,t=4.041,P＜0.05).sh-FAM107A-5-aza 组的 HIF3A 的表达量明显恢复(0.550±0.020比0.427±0.067,t=3.073,P＜0.05).蛋白免疫印迹实验证明过表达FAM107A时E-钙黏蛋白(E-cadherin)表达量高于对照组(0.773±0.095 比 0.307±0.046,t=7.683,P＜0.05),N-钙黏蛋白(N-cadherin)表达量低于对照组(0.380±0.060 比 0.733±0.045,t=8.154,P＜0.05),波形蛋白(Vimentin)表达量低于对照组(0.347±0.107 比 0.700±0.040,t=5.361,P＜0.05).结论 FAM107A高表达可抑制HIF3A启动子甲基化促进其表达,进而抑制PCa的迁移、侵袭,是PCa进展的生物标志物.

目的 探讨DNA甲基转移酶-1(DNMT1)在人脑胶质瘤细胞中的生物学功能及其调控机制.方法 利用中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)、肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)中脑胶质瘤相关转录组测序(mRNA-seq)数据、单细胞测序数据,对迁移调控蛋白1(SHTN1)进行生存分析、临床相关分析等生物信息学分析;采用慢病毒转染构建DNMT1稳定低表达的人脑胶质瘤细胞株,以DNMT1-NC为对照,使用实时定量聚合酶链反应检测各组细胞SHTN1 mRNA水平,以验证DNMT1与SHTN1的表达相关性;BSAS测序验证DNMT1对SHTN1的甲基化调控作用,采用Kruskall-Wallis检验比较每个CpG位点甲基化差异.结果 SHTN1高表达组脑胶质瘤患者生存优于低表达组(P＜0.05);SHTN1在胶质母细胞瘤(GBM)中的表达水平显著低于正常脑组织,并且SHTN1在不同脑胶质瘤WHO分级和不同病理亚型中表达差异有统计学意义;人脑胶质瘤中SHTN1与DNMT1的表达水平呈负相关;体外实验DNMT1敲减组中SHTN1的mRNA水平显著高于对照组[U251:敲减组SHTN1表达丰度高于对照组(1.692比1.000,P＜0.01);U87:敲减组SHTN1表达丰度高于对照组(1.420比1.002,P＜0.05)].BSAS测序验证SHTN1的3个CpG位点在DNMT1敲减组的甲基化水平下调(P＜0.05).结论 SHTN1的低表达可能与脑胶质瘤患者不良预后相关,DNMT1能通过DNA甲基化作用调控SHTN1的表达.

目的 分析甲基化转移酶抑制剂SGI-1027对肺腺癌A549细胞迁移、侵袭能力的抑制作用及痉挛性截瘫-20(SPG20)基因甲基化水平的调节作用,以探讨甲基化转移酶抑制剂对肺腺癌细胞迁移、侵袭的影响及机制.方法 以不同浓度甲基化转移酶抑制剂SGI-1027作用于肺腺癌A549细胞,MTT法测算细胞增殖活力,筛选得到SGI-1027最佳作用浓度为7.5 μmol/L,作为后续实验的作用浓度.将A549细胞分为SGI-1027组和二甲基亚砜(DMSO)组,SGI-1027组培养基中加入SGI-1027培养,对照组培养基中加入DMSO培养.两组培养48 h时,采用划痕愈合实验观察细胞迁移能力,Transwell小室实验观察细胞侵袭能力;采用qRT-PCR法检测细胞DNA甲基转移酶3b(DNMT3b)、SPG20 mRNA,焦磷酸测序法检测细胞SPG20基因甲基化水平,Western blotting法检测细胞DNMT3b、SPG20蛋白.结果 培养48 h时,与DMSO组比较,SGI-1027组细胞迁移距离小、穿膜细胞数少(P均<0.05).与DMSO组比较,SGI-1027组DNMT3b mRNA及蛋白相对表达量下降,SPG20 mRNA及蛋白相对表达量升高(P均<0.05).SGI-1027组SPG20基因甲基化率较DMSO组降低(P<0.05).结论 甲基化转移酶抑制剂SGI-1027可抑制肺腺癌A549细胞迁移、侵袭能力,降低细胞SPG20基因甲基化水平;SGI-1027可能通过下调细胞内SPG20基因甲基化水平进而抑制肺腺癌细胞的迁移、侵袭能力.

目的:研究Delta样典型Notch配体3(DLL3)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义，进而探索其在脑胶质瘤中的生物学功能。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(CGGA)的两套mRNA测序数据集及其匹配的临床数据，其中数据集1包含325例样本，数据集2包含693例样本。应用R软件分析DLL3在不同世界卫生组织(WHO)分级、不同分子分型脑胶质瘤的表达模式，并应用免疫组织化学染色检测方法验证DLL3蛋白在不同WHO级别脑胶质瘤中的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线评价DLL3不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者总体生存期的因素。通过Pearson相关性检验分析与DLL3表达相关的基因。采用功能富集分析方法分析与DLL3表达相关基因的生物学功能。结果:在数据集1中，DLL3的表达随着WHO级别的升高而下调，差异有统计学意义( P<0.001)；DLL3在异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型患者中的表达量高于IDH野生型患者( P<0.001)；DLL3在IDH野生型患者中的表达量低于IDH突变型且染色体1p/19q共缺失患者和IDH突变型且染色体1p/19q非共缺失患者( P<0.001)；DLL3在O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化患者中的表达量高于非甲基化患者( P<0.001)；通过免疫组织化学染色方法验证DLL3表达随着WHO级别的升高而下调( P<0.01)；DLL3的上述结果在数据集2中得到相似结果。在两个数据集中，DLL3高表达组患者的总体生存期均长于低表达组患者(均 P<0.01)。多因素Cox回归分析结果显示，WHO分级(WHO Ⅲ级： HR＝2.861，95% CI：1.910～4.287；Ⅳ级： HR＝4.655，95% CI：3.010～7.199)、染色体1p/19q共缺失( HR＝0.439，95% CI：0.293～0.657)以及DLL3高表达( HR＝0.593，95% CI：0.427～0.823)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均 P<0.001)。与DLL3表达相关的基因有661个(| r|≥0.4， P<0.05)；生物信息学分析提示，DLL3可能与脑胶质瘤患者的轴突发生、突触组织、负向调控神经系统发育等功能相关。 结论:随着脑胶质瘤病理学级别的升高，DLL3的表达水平下调；DLL3表达水平与脑胶质瘤患者的生存期密切相关，可作为判断脑胶质瘤患者预后的潜在指标和治疗靶点。

目的:分析序列相似家族3成员C(FAM3C)在胰腺癌中的表达以及对胰腺癌细胞增殖、迁移、侵袭等影响和相关机制。方法:收集2022年7月至2023年6月在江南大学附属医院手术切除的4例胰腺癌患者的癌组织和癌旁组织。聚合酶链反应和Western印迹检测组织和胰腺癌细胞PANC-1、MIA PaCa-2中FAM3C的表达。选取PANC-1、MIA PaCa-2细胞(FAM3C高表达)设置FAM3C-siRNA干扰组和甲基转移酶样蛋白3(METTL3)-siRNA干扰组，予以相应干扰小RNA处理，同时设置阴性对照组。细胞计数检测增殖能力，Transwell检测细胞迁移及侵袭。免疫共沉淀甲基化抗体检测FAM3C是否发生甲基化以及METTL3是否介导此甲基化。结果:4例胰腺癌患者癌组织中FAM3C的mRNA相对表达为(1.29±0.19)，高于癌旁组织(0.47±0.17)，差异有统计学意义( t＝－6.48， P＝0.001)。与阴性对照A组相比，FAM3C-siRNA干扰组增殖能力下降，迁移和侵袭细胞数减少，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。在PANC-1细胞阴性对照B组中，IgG处理的细胞FAM3C mRNA相对表达为(1.05±0.53)，低于甲基化抗体处理组的(30.57±1.09)，差异有统计学意义( t＝－42.04， P＝0.001)。PANC-1细胞经甲基化抗体处理后，阴性对照B组FAM3C mRNA相对表达高于METTL3-siRNA干扰组(30.57±1.09)比(18.17±0.50)，差异有统计学意义( t＝17.89， P＝0.001)。与阴性对照B组相比，METTL3-siRNA干扰组PANC-1细胞增殖能力、迁移和侵袭细胞数降低，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。MIA PaCa-2与PANC-1细胞检测结果一致。 结论:FAM3C在胰腺癌中高表达，且促进胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭，METTL3通过甲基化修饰FAM3C影响其表达，进一步影响胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭。

N 6-腺苷酸甲基化（m6A）是真核细胞中最丰富、分布最广泛的RNA内部修饰，参与多种细胞基因表达调控与生物学过程。近年来，m6A修饰在口腔领域中的作用研究逐渐增多。研究显示，多种m6A相关蛋白参与调控口腔鳞状细胞癌的发生发展及其对药物的耐受性；甲基化转移酶样蛋白3参与调控软骨细胞的凋亡和自噬、内皮祖细胞的血管生成和成骨能力、牙髓细胞的炎症反应、牙髓干细胞的分化和成骨过程、牙根的发育过程以及骨髓间充质干细胞的方向等；m6A修饰亦可能与牙周炎、口腔溃疡及口腔黏膜下纤维化的发病有关。这些研究为多种口腔疾病的发病机制和口腔骨组织修复及再生的研究提供了新思路。本文总结近年 m6A 修饰在口腔领域中的作用相关研究现状及进展，旨在为进一步研究m6A在口腔领域中的作用和机制提供参考。

目的:探讨类甲基转移酶3（METTL3）通过促进叉头框蛋白O（FOXO）3的N6-甲基腺苷修饰（m6A）及其表达参与糖尿病诱导的内皮细胞凋亡的机制。方法:构建晚期糖基化终末产物（AGE）诱导的人主动脉内皮细胞（HAEC）损伤模型，将HAEC分为6组：细胞对照组、细胞AGE组、细胞对照+阴性对照小干扰RNA（siRNA）组、细胞AGE+阴性对照siRNA组、细胞AGE+ FOXO3 siRNA组、细胞AGE+ METTL3 siRNA组，每组设置3个平行组。采用甲基化RNA免疫沉淀测序（MeRIP-Seq）及生物信息学技术检测并分析其m6A修饰谱，采用RNA结合蛋白免疫沉淀（RIP）检测 FOXO3 mRNA的m6A修饰水平，采用流式细胞术检测细胞凋亡，采用实时荧光定量PCR（RT-PCR）检测 FOXO3 mRNA表达水平，Western blotting法检测FOXO3和METTL3蛋白水平。6只6周龄载脂蛋白E基因敲除雄性小鼠按随机数字表法分为单纯动脉粥样硬化组和糖尿病动脉粥样硬化组，每组均为3只。通过Western blotting检测小鼠FOXO3、METTL3蛋白表达，采用免疫荧光共定位检测小鼠FOXO3、METTL3在内皮细胞中的表达。采用两独立样本 t检验进行组间比较。 结果:与细胞对照组相比，细胞AGE组的总m6A修饰及FOXO3的m6A修饰显著升高（ P<0.001），FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高（ P<0.05）。与单纯动脉粥样硬化组相比，糖尿病动脉粥样硬化组小鼠主动脉斑块区域内皮细胞的FOXO3和METTL3的蛋白表达显著升高（ P<0.05）。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比，细胞AGE+ FOXO3 siRNA组的凋亡显著降低（ P<0.01）。与细胞AGE+阴性对照siRNA组相比，细胞AGE+ METTL3 siRNA组FOXO3的m6A修饰（ P<0.001）及FOXO3蛋白表达均显著下降（ P<0.05），且凋亡显著降低（ P<0.001）。 结论:AGE诱导的HAEC中m6A修饰发生了显著变化，METTL3通过促进 FOXO3 mRNA的m6A修饰并调控其表达，从而参与糖尿病诱导的血管内皮细胞凋亡。

目的:鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法:选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析，获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息，从基因表达综合（GEO）数据库下载2012年胆管癌甲基化数据（GSE32879），从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存（OS）及无病生存（DFS）差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点（DMP）和差异甲基化区域（DMR）结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因，在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析，交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小 P值法确定基因表达的临界值，分为差异性甲基化基因高、低表达组，比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存（DSS）、无病间隔（DFI）、无进展间隔（PFI）。进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。 结果:8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP，DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个；交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖（N-乙酰）转移酶1（GCNT1）和神经营养受体酪氨酸激酶3（NTRK3）。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织，差异有统计学意义（ P=0.040）；NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织，差异无统计学意义（ P=0.790）。采用最小 P值法，以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后，按两基因表达量总和排序，以排序的30%为临界值时，胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著（ P<0.001）；两组间OS差异无统计学意义（ P=0.065）。GO功能分析结果显示，GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关；NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示，GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联，NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。 结论:胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。

目的:研究肿瘤坏死因子α诱导蛋白6(TNFAIP6)基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义，从而探讨其在脑胶质瘤进展中的生物学功能。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中309例脑胶质瘤样本的转录组数据及其临床资料，并应用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库的脑胶质瘤患者(550例)进行验证。应用R软件分析 TNFAIP6在不同级别、不同分子分型脑胶质瘤中的表达情况，并应用免疫组织化学检测方法验证TNFAIP6蛋白在不同级别脑胶质瘤中的表达情况。通过Kaplan-Meier生存曲线分析 TNFAIP6不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析判断 TNFAIP6的表达水平对不同级别脑胶质瘤患者预后的影响。通过Pearson相关性检验分析 TNFAIP6与其他基因表达的相关性。通过基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析方法评估 TNFAIP6表达相关基因的生物学功能。 结果:在CGGA和TCGA数据库中， TNFAIP6在世界卫生组织(WHO)分级Ⅱ级、Ⅲ级及Ⅳ级胶质瘤中的表达水平逐渐升高(均 P<0.01)；通过免疫组织化学染色验证的结果与上述结果一致( P<0.01)。 TNFAIP6在WHO不同级别的异柠檬酸脱氢酶( IDH)野生型胶质瘤患者中的表达水平均高于 IDH突变型(均 P<0.01)； TNFAIP6在经典型和间质型胶质瘤患者中的表达水平均高于前神经元型和神经元型(均 P<0.01)； TNFAIP6在O 6-甲基鸟嘌呤甲基转移酶启动子甲基化胶质瘤患者中的表达水平显著高于非甲基化者(均 P<0.01)。在CGGA和TCGA数据库中， TNFAIP6高表达组患者的总生存期均短于低表达组(均 P<0.001)；多因素Cox回归分析结果显示，病理级别( HR＝2.371，95% CI：1.686～3.335)、放疗( HR＝0.431，95% CI：0.286～0.651)及 TNFAIP6的表达水平( HR＝1.305，95% CI：1.041～1.636)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均 P<0.05)。CGGA和TCGA数据库中，与 TNFAIP6表达呈正相关的基因分别为1 064个和1 954个( r≥0.5， P<0.01)。生物信息学分析结果显示，基因功能主要富集在血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等。 结论:随着脑胶质瘤病理级别的升高， TNFAIP6的表达水平逐渐升高； TNFAIP6主要参与血管外基质组成、血管生成、细胞黏附及炎症应答等生物学过程，其可作为脑胶质瘤患者预后的预测因素及潜在的研究和治疗靶点。

目的:基于芯片数据并通过细胞实验验证鼻咽癌受m6A甲基化调控的关键放射抗拒基因。方法:从GEO数据库分别下载鼻咽癌放射抗拒基因与鼻咽癌m6A调控基因以及鼻咽癌基因mRNA表达谱芯片数据，使用R软件进行差异基因的筛选与统计学分析，采用生物信息学方法对这些基因进行生物学过程、信号通路及互作网络分析。分别通过敲低m6A调控因子、放射抵抗株构建，以实时反转录PCR（qRT-PCR）和蛋白质印迹法对上述鼻咽癌m6A差异放射抗拒基因进行筛选验证。甲基化RNA免疫共沉淀后实时定量PCR（MeRIP-qPCR）验证筛选基因的m6A修饰及与甲基转移酶3（METTL3）直接结合的能力。在鼻咽癌细胞中转染筛选基因的siRNA，电离辐射处理后，用CCK-8、EdU法检测细胞增殖，流式细胞术检测细胞凋亡和细胞周期，克隆形成实验检测放射敏感性。通过配对 t检验，比较电离辐射处理后对照组与EGLN3敲减组Fe 2+丰度及脂质过氧化程度的差异趋势。 结果:芯片数据GSE48501与GSE200792、GSE53819交集得到6个差异基因，分别是 EGLN3、 FOSL2、 ADM、 JUN、 VEGFA、 PRDM1。经TNMplot、KMplot等生信数据平台进一步筛选得到目标基因 EGLN3、 FOSL2。目标基因mRNA直接与METTL3结合并受到其介导的m6A修饰。目标基因在电离辐射后的亲代细胞中呈现剂量、时间梯度上调；在放射抵抗细胞中也显著上调。沉默 EGLN3/ FOSL2后的鼻咽癌细胞经照射处理后，细胞增殖活性下降更多，与未下调者的放射增敏比的差异有统计学意义。沉默 EGLN3后的鼻咽癌细胞经照射处理后，显著下调谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）表达，并进一步增加Fe 2+丰度及脂质过氧化程度，通过诱发铁死亡发挥放疗增敏作用。 结论:EGLN3、FOSL2在鼻咽癌中通过METTL3介导的m6A甲基化修饰发挥放射抵抗作用；下调EGLN3并联合电离辐射可以增加鼻咽癌细胞内Fe 2+丰度、脂质过氧化程度并降低GPX4表达，以铁死亡途径增鼻咽癌放射敏感性。