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木麻黄根际促生菌的筛选及对种子萌发和幼苗生长的影响
编辑人员丨1周前
为促进木麻黄生长并解决根际土壤微生物群落结构和功能异常问题,本研究从木麻黄根瘤中筛选出具备固氮(N)、产细胞壁降解酶(蛋白酶和纤维素酶)、产生长素(IAA)、产铁载体、产氨气(NH3)、溶解磷酸盐等多种功能的8株菌株,其中LB08、LB 18、LB 19、LB42、LB46、LB63和LB69为类芽孢杆菌,LQ10为布鲁氏菌.菌液浸种试验显示:8株菌株均对木麻黄幼苗生长具有促进效果,其中菌株LB69显著提高了木麻黄种子萌发率和幼苗活力,增幅分别达19.7%和28.3%;菌株LQ10显著提升了根长和根系活力,增幅分别为48.2%和334.4%;菌株LB18和LB42分别对初期芽长和生物量积累具有最显著的促进效果,增长率分别为22.4%和32.8%.此外,浸种后幼苗多酚氧化酶、超氧化物歧化酶、过氧化物酶等的同工酶谱条带数增多,个别条带增强,酶亚型多样性增加,抗逆能力增强.综上,本文所述8株菌株的添加对植物生长及抗氧化酶活性具有促进效果,有成为生物肥料的潜力.
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编辑人员丨1周前
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锌指蛋白在急性白血病中的研究进展
编辑人员丨1周前
目的 总结锌指蛋白(ZFPs)在急性白血病发生发展中的生物学功能以及在急性白血病患者预后中的意义,以期为临床研究提供借鉴.方法 以"锌指蛋白、急性白血病、急性淋巴细胞白血病、急性髓细胞白血病"为中文关键词,以"zinc finger proteins,acute leukemia,acute lymphoblastic leukemia,acute myeloid leukemia"为英文关键词,检索 中国知网、PubMed以及万方数据库2003-01-01-2023-12-31发表的相关文献.纳入标准:(1)ZFPs在急性白血病中生物学功能的研究;(2)ZFPs在急性白血病中表达及预后关系的研究.排除标准:(1)数据不完整的文献;(2)质量差的文献.根据纳入标准分析文献63篇.结果 ZFPs可通过下调抑癌基因p53表达,促进急性白血病细胞增殖;沉默急性白血病细胞株ZEB2、ZBTB46基因,细胞生长受到明显抑制.ZFPs通过调控细胞周期蛋白p21、p27、Cyc-A2表达,使急性白血病细胞周期阻滞在G0/G1期或S期.ZFPs通过影响凋亡相关蛋白Bcl-2、Bax、Bcl-xl表达,促进或抑制急性白血病细胞凋亡.ZFPs对维持ESCs和LSCs自我更新具有重要作用.ZFPs表达异常是判断急性白血病患者预后和生存的潜在指标.结论 ZFPs可通过影响细胞增殖、细胞凋亡、细胞周期、白血病干细胞等参与急性白血病的发生发展,对急性白血病临床预后具有重要指导意义.
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编辑人员丨1周前
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谷子CPP基因家族鉴定及外源硒响应分析
编辑人员丨1周前
[目的]探究谷子CPP基因家族成员特征及在外源硒处理下的响应模式,为谷子富硒高叶酸新品种选育提供遗传材料.[方法]借助生物信息学工具鉴定谷子CPP家族成员,用qRT-PCR技术对CPP基因在不同组织及外源硒处理下的表达水平进行检测.[结果](1)谷子基因组中包含9个CPP基因,定位于6条染色体上,分别命名为SiCPP1-SiCPP9,所有成员均定位在细胞核,蛋白质二级结构中无规则卷曲占比最重.(2)谷子CPP蛋白可分为4个亚家族,相同亚家族之间保守基序和结构域的数目及分布相似.(3)启动子分析发现谷子CPP家族中存在大量光、生长发育、激素及胁迫响应元件.(4)谷子CPP家族成员在根、茎、叶和穗中差异表达,SiCPP5、SiCPP6、SiCPP7和SiCPP8对外源硒响应最强烈.[结论]谷子CPP家族成员具有组织表达特异性,且对外源硒存在不同程度响应.
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编辑人员丨1周前
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碳黑纳米颗粒诱导人支气管上皮细胞炎症反应中环状RNA的表达改变
编辑人员丨1周前
目的:探索碳黑纳米颗粒(CBNPs)对人支气管上皮细胞(16HBE细胞)的毒性效应,并根据全转录组高通量测序对差异表达的环状RNA进行筛选与鉴定,为CBNPs暴露的生物标志物研发与其在表观遗传毒理学的应用提供依据。方法:于2020年6月,用20、40和80 μg/ml浓度的CBNPs对16 HBE细胞进行染毒处理,以不加任何干预的16HBE细胞作为对照组,通过CCK8与乳酸脱氢酶(LDH)实验检测CBNPs细胞毒性。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及ELISA法检测各浓度CBNPs染毒72 h后白细胞介素-6(IL-6)和白细胞介素-8(IL-8)mRNA及蛋白水平改变,Western blot检测核因子-κB(NF-κB)相关炎性蛋白[Toll样受体4(TLR4)、磷酸化核因子-κB(P-NF-κB)、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)和天冬氨酸蛋白水解酶1(Caspase-1)]的表达水平;根据高通量测序结果筛选并通过qRT-PCR鉴定差异表达的circRNA,选择稳定差异表达且与NF-κB通路关联性最强的circRNA进行环状性能鉴定。结果:与对照组比较,40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞细胞活力明显下降,20、40、80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HBE细胞LDH释放量明显上升( P<0.05)。与对照组比较,不同浓度CBNPs暴露72 h后16HBE细胞IL-6、IL-8 mRNA表达水平均增加,IL-6、IL-8蛋白水平均增高,TLR4、P-NF-κB、ASC、Caspase-1蛋白水平均明显上调,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组比较,共有492个差异性表达的环状RNA(|log 2 FC|>1),在验证出的5个差异表达( P<0.05)的环状RNA中,选择circ_002642作为后续环状RNA研究对象,80 μg/ml CBNPs暴露72 h后16HB细胞的circ_002642明显高表达( P<0.05)。 结论:CBNPs可引起16HBE细胞炎症反应并诱导炎症反应环状RNA的差异性表达。
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编辑人员丨1周前
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第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶基因在前列腺癌组织中的表达及荷载该基因的溶瘤腺病毒的构建
编辑人员丨1周前
目的:构建荷载第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶(PTEN)基因的溶瘤腺病毒验证其在前列腺癌中表达水平及靶向抗肿瘤效果。方法:挖掘公开数据库和利用Galaxy在线工具处理本中心去势抵抗性前列腺癌(CRPC)标本基因测序数据,分析PTEN基因在前列腺癌组织中的表达差异。收集2019年3月至2022年8月徐州医科大学附属医院79例前列腺癌患者的病理样本和临床信息,免疫组织化学法检测前列腺癌组织及癌旁组织中PTEN蛋白的表达。同源重组法构建溶瘤腺病毒ZD55-PTEN,细胞计数试剂盒(CCK-8)法、Hoechst-33258和划痕实验检测其靶向抗肿瘤效果。分别采用卡方检验和 t检验对定性资料和定量资料进行统计分析,不满足正态分布的数据采用Mann-Whitney U检验;Spearman分析PTEN表达水平与临床病理特征的关系。 结果:前列腺癌组织中PTEN表达水平明显低于癌旁组织,差异有统计学意义(501例比52例, Z=-19.25, P<0.05);PTEN的mRNA表达水平与淋巴结转移( n=425, rs=-0.98, P<0.05)和Gleason评分( n=497, rs=-1.25, P<0.05)呈负相关。CRPC阶段PTEN缺失明显高于激素敏感性前列腺癌(HSPC)阶段(79例比125例, Z=-0.89, P<0.05)。前列腺癌组织的PTEN蛋白缺失率高于癌旁组织(45.6%比16.5%, t=10.98, P<0.01),术前血清PSA水平( n=79, rs=-0.47, P<0.01)和术后Gleason评分( n=79, rs=-0.31, P<0.05)与PTEN的表达呈负相关。PTEN缺失的前列腺癌患者,确诊时PSA水平(36例比43例, χ2=12.22, P<0.05)和根治术后Gleason评分(36例比43例, χ2=6.92, P<0.05)显著高于PTEN蛋白完整患者。成功构建溶瘤腺病毒ZD55-PTEN,ZD55-PTEN组细胞存活率低于对照组[ZD55-EGFP组(49.67±4.19)%、ZD55-PTEN组(29.33±3.84)%, t=8.68, P<0.05];细胞凋亡率高于对照组[PBS组(12.86±5.23)%、ZD55-EGFP组(48.18±4.22)%、ZD55-PTEN组(68.93±5.88)%, t=5.90, P<0.05];划痕愈合率低于对照组[PBS组(79.13±3.98)%、ZD55-EGFP组(61.02±4.73)%、ZD55-PTEN组(47.92±5.97)%, t=6.34, P<0.05]。 结论:PTEN基因低表达于前列腺癌组织中,且具有抑制DU145细胞的增殖、迁移并诱导凋亡的功能。
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编辑人员丨1周前
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DISCO和MUSE-DWI联合前列腺特异性抗原密度在前列腺癌的诊断及危险分层中的价值
编辑人员丨1周前
目的:探究基于笛卡尔采集的K空间共享三维容积快速动态成像(DISCO)和复合灵敏度编码的高分辨率扩散成像(MUSE-DWI)联合前列腺特异性抗原密度(PSAD)在前列腺癌(PCa)的诊断及危险分层中的价值。方法:回顾性收集2020年7月至2021年8月宁夏医科大学总医院183例[年龄:48~86(68±8)岁]前列腺疾病患者的资料。根据疾病情况分为非PCa组115例,PCa组68例,其中PCa组又根据危险程度分为低危PCa组14例,中高危PCa组54例。分析组间容积转移常数(Ktrans)、速率常数(Kep)、血管外细胞外体积分数(Ve)、表观扩散系数(ADC)和PSAD的差异。采用受试者工作特征(ROC)曲线评估各定量参数值及PSAD鉴别非PCa和PCa、低危PCa和中高危PCa的诊断效能。采用多因素logistic回归模型对非PCa组和PCa组间差异有统计学意义的指标进行分析,筛选出PCa的预测因子。结果:PCa组的Ktrans、Kep、Ve值和PSAD均高于非PCa组,ADC值低于非PCa组,差异均有统计学意义(均 P<0.001);中高危PCa组的Ktrans、Kep值和PSAD均高于低危PCa组,ADC值低于低危PCa组,差异均有统计学意义(均 P<0.001)。鉴别非PCa和PCa时,联合模型(Ktrans+Kep+Ve+ADC+PSAD)的ROC曲线下面积(AUC)高于单一指标[0.958(95% CI:0.918~0.982)比0.881(95% CI:0.825~0.924)、0.836(95% CI:0.775~0.887)、0.672(95% CI:0.599~0.740)、0.940(95% CI:0.895~0.969)、0.816(95% CI:0.752~0.869),均 P<0.05];鉴别低危PCa和中高危PCa时,联合模型(Ktrans+Kep+ADC+PSAD)的AUC高于Ktrans、Kep和PSAD[0.933(95% CI:0.845~0.979)比0.846(95% CI:0.738~0.922)、0.782(95% CI:0.665~0.873)、0.848(95% CI:0.740~0.923),均 P<0.05]。多因素logistic回归分析显示Ktrans( OR=1.005,95% CI:1.001~1.010)和ADC值( OR=0.992,95% CI:0.989~0.995)是PCa的预测因子( P<0.05)。 结论:DISCO和MUSE-DWI联合PSAD可以鉴别前列腺良恶性病变,Ktrans和ADC值是PCa的预测因子;Ktrans、Kep、ADC值和PSAD有助于预测PCa的生物学行为。
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编辑人员丨1周前
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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低( P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
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编辑人员丨1周前
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同型异型盒C11基因在结肠癌细胞增殖中的作用及其机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨同型异型盒C11(HOXC11)基因在结肠癌增殖中的作用及其机制。方法:在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库检索结肠癌相关基因进行分析。定量聚合酶链反应(qPCR)法检测河北医科大学第四医院胃肠外科2019年1月至2019年12月行结肠癌根治术的70例临床结肠癌组织、癌旁正常黏膜组织中HOXC11表达;检测结肠癌细胞株人类肿瘤细胞系116(HCT116)、人类大肠癌H-29细细胞(HT-29)、人结肠癌SW480细胞(SW480)及肠上皮细胞株新型人肠胚胎细胞模型(HIEC)(均购自中国科学院上海细胞资源中心)中HOXC11表达,对数据库结果进行验证。用HOXC11-小干扰RNA(siRNA)转染SW480细胞,检测转染对SW480细胞活性及增殖的影响;同时检测抑制HOXC11后SW480细胞增殖相关基因表达。使用STRING数据库对结肠癌中HOXC11的功能进行蛋白相互作用(PPI)网络分析及富集分析。两组间比较采用独立样本 t检验,多组间比较采用单因素方差分析。 结果:TCGA数据库结果显示HOXC11在结肠癌高表达(|logFC| >2, P<0.05),高表达HOXC11是患者预后差的标志( χ2=3.92, P<0.05),验证结果与数据库结果一致。结肠癌细胞株HOXC11水平在SW480为1.073±0.190、HT-29为0.743±0.029,明显高于HIEC(0.247±0.042),SW480细胞中HOXC11水平最高( F=40.221, P<0.05),差异均有统计学意义。PPI网络分析显示HOXC11与其相邻节点呈现出共表达趋势,功能富集分析显示HOXC11的靶基因影响了生长、发育、增殖等很多生物学过程。HOXC11-siRNA转染后SW480细胞活性低于对照物及无关序列组,细胞活性在对照组、无关序列组、HOXC11-siRNA组分别为0.993±0.114、0.980±0.077、0.468±0.077( F=65.011, P<0.05)、细胞周期处于G 0/G 1期的细胞比例高于对照物及无关序列组,处于S期的比例明显低于对照物及无关序列组,处于G 0/G 1期3组数值分别为53.767±9.150、53.433±6.240、79.300±6.252( F=12.248, P<0.05);处于S期3组数值分别为33.200±7.529、36.167±7.731、13.367±4.565( F=10.071, P<0.05);G 2/M期3组数值分别为12.967±3.584、10.367±1.620、7.300±2.022( F=3.700, P<0.05)。HOXC11-siRNA转染后SW480细胞Cyclin D1、CDK4表达分别为1.032±0.142、0.967±0.058、0.439±0.101;1.028±0.139、0.964±0.091、0.467±0.075明显低于对照组及无关序列组( F=18.798, P<0.05; F=17.011, P<0.05),而p21的表达分别为0.457±0.105、0.486±0.132、0.847±0.060( F=8.932, P<0.05),明显高于对照组及无关序列组,差异均有统计学意义。 结论:HOXC11在结肠癌中表达增强与预后有关,并可能通过促进细胞增殖导致肿瘤进展。
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编辑人员丨1周前
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宏基因组二代测序技术对骨关节感染诊断的潜在应用价值
编辑人员丨1周前
目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本,分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养,结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准,比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能,同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对 t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:37例患者年龄32~90岁。感染部位:31例为脊柱,6例为其他骨关节。入院前症状:12例患者表现为感染部位疼痛和发热,11例表现为疼痛,5例表现为疼痛和活动受限,5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退,2例表现为疼痛、发热及活动受限,1例表现为疼痛伴体质量减轻,1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物,累计检出频次为42例次,其中细菌39例次(包括10个菌属),占92.8%(39/42);真菌2例次,占4.8%(2/42);柯克斯体1例次,占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例,占78.4%(29/37);单纯真菌感染2例,占5.4%(2/37);单纯柯克斯体感染1例,占2.7%(1/37);5例患者同时检测出两种及以上病原体,占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37),差异有统计学意义( χ2=13.987, P<0.05);29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29),差异有统计学意义( χ2=16.913, P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95% CI:0.866~1.000, P<0.05)、1.000(95% CI:1.000~1.000, P<0.05)和0.958(95% CI:0.866~1.000, P<0.05),诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗,其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日,1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×10 9/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L,均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×10 9/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L],差异均有统计学意义( t=6.536、8.302和6.373, P均<0.05)。 结论:mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。
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编辑人员丨1周前
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miR-18a-5p通过靶向调控PTEN影响膀胱癌增殖迁移能力的研究
编辑人员丨1周前
目的:探索miR-18a-5p影响膀胱癌(BC)增殖迁移能力的分子调控机制。方法:选取本院2019年至2021年行全膀胱切除手术的30例膀胱癌患者,收集癌组织和癌旁组织样本。根据转染不同的小分子物质,将T24和EJ细胞分为对照组、miR-18a-5p过表达组、miR-18a-5p干扰组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测miR-18a-5p和PTEN基因的表达。采用Western blot检测PTEN蛋白水平的表达。采用EdU实验检测细胞增殖。采用Transwell实验检测细胞迁移。采用双荧光素酶实验验证miR-18a-5p与PTEN靶向关系。通过裸鼠皮下移植瘤实验验证miR-18a-5p对BC细胞增殖能力的影响。结果:miR-18a-5p在癌组织与T24和EJ细胞中均高表达(均 P<0.05)。在PTEN-WT和miR-18a-5p模拟物共同转染后,双荧光素酶表达明显下降( P<0.05)。miR-18a-5p过表达会导致PTEN表达水平下调( P<0.05)。裸鼠成瘤实验结果显示,与对照组比较,miR-18a-5p过表达组的肿瘤体积和重量明显增加(均 P<0.05)。与对照组比较,miR-18a-5p过表达组的PTEN表达下调,而miR-18a-5p表达水平升高(均 P<0.05)。miR-18a-5p过表达增强了T24和EJ细胞的迁移能力和增殖能力(均 P<0.05)。干扰miR-18a-5p表达,抑制了T24和EJ细胞的迁移能力(均 P<0.05)。经EdU实验验证,干扰miR-18a-5p表达,抑制了T24和EJ细胞的增殖能力(均 P<0.05)。干扰miR-18a-5p表达后,T24和EJ细胞系中miR-18a-5p表达水平降低(均 P<0.05)。 结论:miR-18a-5p通过靶向PTEN基因促进T24和EJ细胞增殖和迁移能力;miR-18a-5p作为癌基因,有可能成为BC新的潜在生物标志物和治疗靶点。
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编辑人员丨1周前
