目的:筛选结直肠癌发生发展中的关键基因,并分析其与生存预后和肿瘤免疫浸润的关系.方法:从GEO数据库下载结直肠癌基因表达谱GSE178145.用R软件筛选结直肠癌组织与正常组织样本间的差异表达基因(DEGs),通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析这些基因以确定它们的生物学作用.构建蛋白相互作用网络(PPI)鉴定结直肠癌进展的关键基因,然后通过GEPIA2 数据库验证其表达水平及生存预后情况.最后利用TIMER数据库分析预后相关基因与免疫浸润细胞的相关性.结果:共筛选出 897 个DEGs.GO分析表明,DEGs主要集中在调控金属离子输运、离子通道活性、收缩纤维等过程.KEGG通路分析表明DEGs主要参与细胞因子-受体相互作用、钙信号传导等通路.通过PPI分析得到10 个关键基因,使用GEPIA2 数据库验证发现,其中CXCL2、IL-1β、CXCL10 和UPS18 的差异方向一致且有显著性差异.生存分析显示CXCL2 和IL-1β延长结直肠癌患者的生存率.免疫浸润分析得出,CXCL2 和IL-1β的表达与巨噬细胞的浸润相关.结论:CXCL2、IL-1β为结直肠癌发生发展中的关键基因,并与结直肠癌的生存预后和免疫浸润有关.

目的:探讨miR－451通过靶向巨噬细胞移动抑制因子(MIF)对人结直肠癌细胞SW480增殖和迁移的影响及其作用机制。方法:微阵列分析筛选SW480细胞中差异表达的微小RNA和信使RNA，实时定量PCR法检测miR－451和MIF在SW480细胞中的表达以及转染miR－451、MIF后miRNA－451和MIF的表达，细胞克隆形成实验检测miR－451和MIF的表达对SW480细胞增殖能力的影响，Transwell实验检测miR－451和MIF的表达对SW480细胞侵袭能力的影响，细胞划痕实验检测miR－451和MIF的表达对SW480细胞迁移能力的影响，TargetScan数据库分析miR－451与MIF的相关性，双荧光素酶报告基因检测miR－451与MIF的相互作用，四甲基偶氮唑蓝法检测MIF过表达对SW480细胞活力的影响。结果:与人正常结直肠黏膜细胞FHC(1.00)比较，SW480细胞中miR－451的表达(0.36±0.18)下调( P<0.001)。miR－451过表达抑制SW480细胞的增殖和迁移，miR－451低表达促进SW480细胞的增殖和迁移。与人正常结直肠黏膜细胞FHC(1.00)比较，SW480细胞中MIF的表达(2.28±0.45)上调( P<0.001)；MIF低表达抑制SW480细胞的增殖、侵袭和迁移。miR－451与MIF 3′UTR特异性结合，调控MIF的表达活性。miR－451过表达降低SW480细胞的活力，MIF过表达使SW480细胞的活力增加。MIF过表达能促进SW480细胞的增殖和迁移( P<0.01)，MIF过表达逆转miR－451过表达对SW48细胞增殖和迁移的作用。 结论:miR－451通过靶向MIF可能调控人结直肠癌细胞的增殖和迁移。

目的:利用生物信息学技术筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因（FRG）。方法:使用癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载RNA测序数据，共545例结直肠腺癌患者临床信息，602例数据集。从FerrDb数据库下载FRG基因集。取FRG基因集与TCGA数据库基因集交集，得到FRG表达数据集。使用R软件筛选结直肠腺癌组织与癌旁组织间差异表达FRG和预后相关基因，获得影响结直肠腺癌预后的FRG。通过在线蛋白互作网络工具分析蛋白之间的互作关系及蛋白质表达的相关性。使用LASSO回归分析构建患者5年总生存率的预后风险模型，计算TCGA数据库509例结直肠腺癌样本的风险值，以中位风险值为临界值，将患者分为高风险组（≥中位风险值）、低风险组（<中位风险值），并绘制生存曲线。绘制依据FRG预后模型的风险值预测TCGA数据库中结直肠腺癌患者5年总生存率时间依赖的受试者工作特征（ROC）曲线，使用Cox比例风险模型进行单因素和多因素生存分析，筛选影响预后的因素。基于基因本体（GO）数据库和京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库对与结直肠腺癌预后相关的FRG进行通路富集分析。结果:数据库中545例患者临床信息，602个数据集中，通过比较发现199个在结直肠腺癌中差异表达的FRG，28个预后相关的FRG，取交集后发现21个影响结直肠腺癌患者预后的FRG。DUOX2、NOX4、NOX1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、ULK1、ATG3与WIPI1基因间可能有相关性；NOX4、NOX5、PLIN4和ATP6V1G2基因表达呈正相关，ULK1与MAPK1、MYB、FANCD2、ATG3、ATP5MC3基因表达呈负相关。使用LASSO回归分析，最终筛选出15个FRG（ATP5MC3、NOX4、NOX5、ALOX12B、ATG3、WIPI1、MAPK1、MYB、AKR1C1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、DRD4、SLC2A3、PLIN4），构建风险模型，风险值=NOX4×0.139-ATP5M3×0.108+NOX5×1.486+ALOX12B×0.475-ATG3×0.030-WIPI1×0.170-MAPK1×0.271-MYB×0.063+AKR1C1×0.021+DDIT3×0.186+JDP2×0.292+ATP6V1G2×0.777+ DRD4×0.294+SLC2A3×0.059+PLIN4×0.113。高风险组患者总生存较低风险组差（ P<0.001），低风险组5年总生存率为76.8%，高风险组5年总生存率为48.2%。多因素生存分析显示年龄和风险值是预后的独立影响因素。使用预后相关FRG构建的风险模型能够较好地预测患者5年总生存率（曲线下面积0.728）。高、低风险组患者中的差异表达基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、局部黏附等基因通路有关。 结论:依据筛选的FRG构建的预后风险模型可较好评估结直肠腺癌患者预后，这些FRG有望成为结直肠腺癌预后相关新的候选生物标志物。

目的:探讨基于脂代谢相关基因（LMRG）预测局部晚期直肠癌（LARC）新辅助放化疗疗效的价值。方法:于基因表达数据库获得接受新辅助放化疗的LARC的全基因组表达数据GSE46862，进行差异表达分析以获得差异表达基因。于分子标签数据库（MSigDB数据库）搜集LMRG并与差异表达基因取交集获得差异表达的LMRG。基于最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）、随机森林（RF）三种机器学习算法筛选获得候选LMRG。采用基因本体论（GO）与京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析进行功能富集分析以获得潜在的功能与作用通路。采用受试者操作特征（ROC）曲线分析评估候选LMRG预测LARC新辅助放化疗疗效的准确性。结果:共筛选出8个候选LMRG（ ALOX5AP、 FADS2、 GALC、 PLA2G12A、 AGPAT1、 AACS、 DGKG、 ACSBG2），这些LMRG主要涉及脂质代谢相关生物进程，并参与调控多个重要的脂质代谢相关信号通路。此外，这8个候选LMRG拥有较高的预测LARC新辅助放化疗疗效的曲线下面积（AUC）值。 结论:基于3种机器学习算法鉴定出的8个LMRG拥有较高的预测LARC新辅助放化疗疗效的准确性，可为寻找LARC术前新辅助放化疗疗效评估的分子标志物及潜在的治疗靶点提供线索。

目的:探讨微小RNA(miRNA)-3126-5p抑制靶基因LIM和SH3蛋白1(LIM and SH3 protein 1，LASP1)对结直肠癌细胞增殖和迁移能力的影响。方法:采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)法检测结直肠癌细胞株(HT-29、HCT116、LoVo、SW480)和正常肠黏膜上皮细胞(HIEC)中miR-3126-5p的表达水平。选择表达水平最低的细胞株作为实验对象，实验分为2组：阴性对照组(转染miR-NC)和miR-3126-5p组(转染miR-3126-5p)，转染48 h后收集各组细胞。qRT-PCR法检测各组细胞miR-3126-5p的表达水平。采用MTS法和划痕愈合实验分别检测各组细胞的增殖水平和迁移能力。采用生物信息学软件microRNA.org和双荧光素酶报告基因实验分别预测和验证miR-3126-5p的靶基因。采用qRT-PCR和Western blot检测各组细胞靶基因的表达水平。计量资料以均数±标准差( Mean± SD)表示，两两组间比较采用 t检验，多组间比较采用单因素方差分析。 结果:与正常肠黏膜上皮细胞(HIEC)相比，结直肠癌细胞株miR-3126-5p的表达水平显著降低( P<0.05)，表达水平最低的细胞株是HCT116细胞( P<0.01)。阴性对照组和miR-3126-5p组HCT116细胞中miR-3126-5p的表达分别为(1.05±0.16)和(7.91±1.26)，差异具有统计学意义( t＝5.40, P<0.01)。与阴性对照组相比，miR-3126-5p组HCT116细胞的增殖能力显著降低( P<0.05)，迁移能力显著下降( t＝4.52, P<0.01)。microRNA.org显示miR-3126-5p与LIM和SH3蛋白1(LASP1)基因mRNA存在互补结合位点。miR-3126-5p和 LASP1 mRNA能够靶向结合( P<0.01)。与阴性对照组相比，miR-3126-5p组HCT116细胞中 LASP1基因表达显著降低( t＝4.56, P<0.01)。 结论:结直肠癌细胞株中miR-3126-5p呈低表达，miR-3126-5p能够通过抑制靶基因 LASP1降低结直肠癌HCT116细胞的增殖和迁移能力。

目的:观察长基因间非蛋白质编码RNA525(LIN00525)在结直肠癌中的表达及其对结直肠癌细胞体外增殖、侵袭的影响。方法:收集2018年8月至2018年12月于复旦大学附属肿瘤医院大肠外科诊治患者的50对结肠癌及癌旁组织，通过实时定量聚合酶链式反应(Real time-PCR)检测50对样本中LINC00525的表达并分析其表达水平与临床病理参数的相关性；将LINC00525的过表达质粒转染SW480细胞，敲减质粒转染HCT-8细胞，通过细胞计数试剂盒(CCK-8)增殖实验、Transwell侵袭实验观察LINC00525对SW480及HCT-8细胞体外增殖、侵袭力的影响；通过蛋白质印迹法(Western blot)实验检测增殖相关分子增殖细胞核抗原(PCNA)及侵袭相关分子基质金属蛋白酶(MMP)-2的表达探索LINC00525调控结直肠癌细胞增殖、侵袭的分子机制；应用SPSS 20.0统计软件分析，临床资料分析使用 χ2检验，两样本均数间的比较采用Student’ t检验。 结果:50对结直肠癌组织中LINC00525的表达显著高于癌旁组织(0.721±0.028比0.204±0.016， t＝15.860， P<0.01)，差异有统计学意义；LINC00525的表达水平与结直肠癌淋巴转移呈正相关( χ2＝10.092， P<0.01)，差异有统计学意义；CCK-8实验结果显示LINC00525高表达组的吸光度( A)值显著高于对照组(2.163±0.101比1.250±0.035， t＝8.525， P<0.01)，差异有统计学意义；敲减LINC00525组的 A值显著低于对照组(0.717±0.102比1.483±0.103， t＝5.305， P<0.01)，差异有统计学意义；Transwell侵袭实验结果提示过表达LINC00525组的侵袭细胞数量显著高于对照组(45.670±6.936比87.670±4.910， t＝4.942， P<0.01)，差异有统计学意义；敲减LINC00525组的细胞侵袭数量显著低于对照组(81.670±8.570比43.330±5.364， t＝3.791， P<0.05)，差异有统计学意义；Western blot显示过表达LINC00525组PCNA及MMP-2的的表达量分别高于对照组(1.72比1.00， t＝5.971， P<0.01；1.58比1.00， t＝7.197， P<0.01)，差异有统计学意义；敲减LINC00525组PCNA及MMP-2的表达量分别低于对照组(0.39比1.00， t＝7.739， P<0.01；0.33比1.00， t＝12.170， P<0.01)，差异有统计学意义。 结论:LINC00525在结直肠癌组织中高表达，LINC00525通过调控PCNA及MMP-2的表达影响结直肠癌细胞增殖和侵袭。

目的:通过生物信息学方法，分析转移性结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的免疫微环境差异，筛选与预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因。方法:从基因表达综合（GEO）数据库中下载结直肠癌及转移灶基因芯片数据集GSE131418，包括莫菲特癌症中心MCC队列的样本数据517例和Consortium队列样本数据618例；从免疫学数据库和分析门户IMMPORT中下载免疫相关基因集，包含免疫相关的基因2 483个。从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载结直肠癌组织及癌旁组织的RNA测序数据共695例，临床信息627例。采用ESTIMATE算法计算转移灶组织和原发肿瘤组织的基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分，并用CIBERSORT反卷积算法对结直肠癌原发肿瘤组织及转移灶组织的22种免疫细胞浸润情况进行比较分析。筛选免疫相关差异表达基因并进行京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。根据各免疫相关差异表达基因表达水平的中位数将患者分为高、低表达组，分别使用Kaplan-Meier法和Cox比例风险模型对免疫相关差异表达基因进行分析，筛选两种方法结果中与预后显著相关的基因（均 P<0.01），用Cox回归进行多因素分析。比较TCGA数据库和GEO数据库GSE131418数据集中各基因在肿瘤组织和癌旁组织、原发肿瘤组织和转移灶组织中的表达差异，并进行生存分析。 结果:转移性结直肠癌转移灶组织基质细胞评分、免疫细胞评分、基质免疫总评分均低于原发肿瘤组织（均 P<0.001）。与原发肿瘤组织相比，转移灶组织中活化的自然杀伤（NK）细胞、单核细胞、CD8 + T细胞、T细胞、活化的树突细胞比例增高，而未活化的肥大细胞、未活化的树突细胞、未活化的NK细胞、活化的记忆CD4 + T细胞、M1型巨噬细胞以及中性粒细胞比例降低。转移性结直肠癌转移灶组织与原发肿瘤组织免疫相关差异表达基因289个，其中上调基因101个，下调基因188个。KEGG信号通路富集结果显示，在转移性结直肠癌转移灶组织的免疫微环境中，发生了血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、程序性死亡受体配体1（PD-L1）表达与程序性死亡受体1（PD-1）检查点通路、辅助性T细胞（Th）1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、NF-κB信号通路、白细胞介素17（IL-17）信号通路、趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路的富集。筛选出7个预后相关的免疫相关差异表达基因，分别为ANGPTL5、FPR1、HSPA8、NR2E3、PSMD2、PSMD8、SBDS。Cox回归多因素分析结果显示，转移性结直肠癌免疫相关差异表达基因ANGPTL5（ HR＝2.69，95% CI 1.22~5.92， P<0.05）、HSPA8（ HR＝0.57，95% CI 0.33~0.97， P<0.05）、SBDS（ HR＝2.23，95% CI 1.18~4.21， P<0.05）是转移性结直肠癌独立的预后影响因素。ANGPTL5在肿瘤组织中表达低于正常组织，在转移灶组织中的表达高于原发肿瘤组织，而肿瘤组织高表达ANGPTL5的患者预后更差。HSPA8在肿瘤组织中表达高于正常组织，在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织，而肿瘤组织高表达HSPA8的患者预后更好。SBDS在肿瘤组织中表达低于正常组织，在转移灶组织中的表达低于原发肿瘤组织，而肿瘤组织高表达SBDS的患者预后更差。 结论:转移性结直肠癌的免疫微环境与原发肿瘤相比存在较大差异，其免疫细胞浸润程度降低，整体处于免疫抑制状态，筛选出预后相关的转移性结直肠癌特异性免疫相关差异表达基因可能是新的转移性结直肠癌治疗靶点。

目的:探讨结直肠癌中错配修复蛋白缺陷（dMMR）与NTRK基因融合的相关性。方法:收集南京大学医学院附属鼓楼医院病理科2015—2019年诊断为结直肠癌的组织蜡块830例，分别运用免疫组织化学和荧光原位杂交（FISH）检测830例甲醛固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤组织中错配修复蛋白表达情况以及NTRK1/2/3基因断裂情况。比较dMMR型和错配修复蛋白无缺陷（pMMR）结直肠癌中NTRK1/2/3基因融合的发生率，进一步运用FFPE样本进行RNA Seq二代测序检测，分析融合伴侣和融合方式。结果:830例原发性结直肠癌FFPE样本均成功进行免疫组织化学和FISH检测。dMMR病例82例（9.88%），pMMR病例748例（90.12%）。其中MLH1蛋白缺失比例为9.04%（75/830），PMS2蛋白缺失比例为9.04%（75/830），MSH2蛋白缺失比例为2.53%（21/830），MSH6蛋白缺失比例为4.10%（34/830），MLH1和PMS2共缺失比例为8.67%（72/830），MSH2和MSH6共缺失比例为2.17%（18/830）。伴有dMMR肿瘤与pMMR肿瘤相比较，在发生部位、组织学分型、分化程度、美国癌症联合会（AJCC）分期、N分期及NTRK基因融合的发生频率上差异有统计学意义（ P<0.05）。在82例dMMR的病例中共检测到6例（7.32%）携带NTRK基因融合；而在748例pMMR的病例中共检测到7例（0.94%）携带NTRK基因融合。二代测序进一步证实13例FISH检测阳性的病例均为携带了NTRK基因融合，NTRK基因融合阳性组仅在分化程度上与融合阴性组差异有统计学意义（ P<0.05）。 结论:在原发性结直肠癌中，携带dMMR的肿瘤其NTRK基因融合的比例远高于pMMR的肿瘤。

目的:探讨血浆SEPT9基因甲基化联合血清癌胚抗原（CEA）、糖类抗原724（CA724）检测在结直肠癌诊断中的临床应用价值。方法:选取2018年5月至2021年10月陕西省宝鸡市中心医院和云南省新昆华医院收治的219例结直肠病变患者，包括病理诊断结直肠癌149例、结直肠息肉70例，选择同期体检健康者100名作为健康对照组。采用实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）测定血浆SEPT9基因甲基化状态，电化学发光法测定血清CEA和CA724的水平。比较各组3项指标表达情况，采用受试者工作特征（ROC）曲线分析3项指标单独及联合诊断结直肠癌的效果。结果:结直肠癌组SEPT9基因甲基化阳性率（74.50%，111/149）高于结直肠息肉组（22.86%，16/70）和健康对照组（1.00%，1/100），差异有统计学意义（ P<0.001）；结直肠癌组CEA阳性率（46.98%，70/149）高于结直肠息肉组（40.00%，28/70）和健康对照组（3.00%，3/100），差异有统计学意义（ P<0.001）；结直肠癌组CA724阳性率（38.93%，58/149）高于结直肠息肉组（32.86%，23/70）和健康对照组（2.00%，2/100），差异有统计学意义（ P<0.001）。SEPT9基因甲基化、CEA和CA724单独诊断结直肠癌的ROC曲线下面积（AUC）分别为0.823（95% CI 0.753~0.891）、0.788（95% CI 0.725~0.852）、0.689（95% CI 0.624~0.754）。SEPT9基因甲基化诊断结直肠癌的最佳临界Ct值为36.5，灵敏度为90.30%，阳性预测值为84.68%，均高于CEA和CA724；CEA诊断结直肠癌的最佳临界值为8.80 ng/ml，特异度（77.50%）和阴性预测值（78.48%）均高于SEPT9基因甲基化和CA724；3项指标联合检测的临界值取3项指标单项最佳临界值时的灵敏度（97.66%）、阳性预测值（93.98%）、阴性预测值（81.25%）、AUC（0.846，95% CI 0.749~0.944）均较单项指标高。 结论:血浆SEPT9基因甲基化、血清CEA和CA724联合检测诊断结直肠癌，灵敏度和准确度高，三者可以优势互补，提高诊断效率，对于结直肠癌的诊断具有较高的临床价值。

目的:探讨直肠癌患者组织中长链非编码核糖核酸C5orf66反义链1(lncRNA C5orf66-AS1)表达水平与患者临床病理参数及预后的关系。方法:选取2015年4月至2016年4月于南京医科大学第一附属医院确诊的74例直肠癌患者肿瘤组织作为直肠癌组，选取直肠癌患者相应癌旁正常组织(距离肿瘤>10 cm)作为癌旁对照组，随访5年记录患者生存情况。癌症基因组图谱(TCGA)数据库检索直肠癌中lncRNA C5orf66-AS1表达水平，采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测直肠癌患者组织lncRNA C5orf66-AS1表达水平；分析肿瘤组织lncRNA C5orf66-AS1表达水平与直肠癌患者临床病理参数及预后的关系；分析影响直肠癌患者预后的因素。采用 t检验及 χ2检验比较组间差异。 结果:TCGA数据库中直肠癌组织lncRNA C5orf66-AS1表达水平低于正常组织(0.44±0.12比0.95±0.21， t＝17.155， P<0.05)，差异有统计学意义。RT-qPCR检测结果显示，直肠癌组lncRNA C5orf66-AS1表达水平(0.48±0.19)低于癌旁对照组(1.01±0.23， t＝15.283， P<0.05)，差异有统计学意义。lncRNA C5orf66-AS1高表达组和lncRNA C5orf66-AS1低表达组肿瘤大小、淋巴结转移、TNM分期比较，差异有统计学意义( χ2＝0.041、0.012、0.605、1.655、0.962， P<0.05)。lncRNA C5orf66-AS1高表达的直肠癌患者术后5年生存率高于lncRNA C5orf66-AS1低表达患者( χ2＝12.404， P<0.05)，差异有统计学意义。淋巴结转移是影响直肠癌患者死亡的独立危险因素[风险比( HR)＝2.134，95%可信区间( CI)：0.850～1.524， P<0.05]，差异有统计学意义，lncRNA C5orf66-AS1是影响直肠癌患者死亡的保护因素( HR＝0.745，95% CI：0.610～0.910， P<0.05)，差异有统计学意义。 结论:lncRNA C5orf66-AS1表达水平与直肠癌患者病情进展及预后可能有密切联系。