目的:探讨RNA结合蛋白Musashi-1（MSI1）在前列腺癌（PCa）中的表达及其调控功能。方法:基于肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库对目的基因MSI1进行差异分析、生存分析和临床相关性分析。通过在DU145细胞中敲低目的基因，探究MSI1其对前列腺癌细胞DU145增殖、迁移和侵袭能力的影响，组间比较采用独立样本 t检验。 结果:MSI1在前列腺癌中表达水平明显高于正常前列腺组织，差异有统计学意义（7.75±1.01比4.56±0.54， t＝ 4.82， P<0.01）。且生存分析结果显示，低表达MSI1组的无病生存期明显长于高表达组[风险比（ HR）：1.71（1.15～2.53）， P<0.01]。T1＋T2期MSI1表达水平和T3＋T4期表达水平无统计学意义（ t＝0.38， P>0.05）。MSI表达水平[ HR：1.47（1.02～2.10）， P<0.05]、T分期[ HR：1.93（1.02～3.60）， P<0.05]及Gleason评分[HR：3.17（1.59～6.30）， P<0.01]可作为前列腺癌的预后因素。细胞计数试剂盒（CCK-8）结果，第4天Ctrl DU145细胞在波长450 nm吸光度（ A）值为0.929±0.085，而shMSI1#1和shMSI1#2 DU145实验组第4天 A值分别为0.687±0.005和0.711±0.018，与对照组比较差异有统计学意义（ t＝42.21、44.19， P<0.01）。DU145中ctrl组伤口愈合面积显著高于si-MSI1#1和si-MSI1#2组，组间比较差异有统计学意义（ P<0.01）。同时前列腺癌细胞迁移侵袭实验发现，ctrl组及si-MSI1#1和si-MSI1#2组PC3迁移细胞分别为790.9±80.7、403.3±49.9和504.6±117.3，组间比较差异有统计学意义（ t＝21.80、13.55， P<0.01）。 结论:MSI1在前列腺癌组织中高表达且与前列腺癌患者的不良预后明显相关。抑制MSI1可有效抑制前列腺癌细胞的增殖、侵袭能力。

观察ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌及癌旁组织中的表达，探讨ProEXC和PRMT5的表达与宫颈腺癌辅助诊断及临床病理参数间的关系。收集苏州大学附属第二医院2015—2020年确诊的宫颈腺癌标本88例，采用免疫组化的方法分别检测宫颈腺癌及癌旁组织中ProEXC和PRMT5的表达并进行分析。利用肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）分析ProEXC和PRMT5与宫颈腺癌患者的预后相关性及其相关的基因通路。选取基因表达数据库（GEO）中GSE39293数据集，对宫颈腺癌细胞株（HELA）经抗病毒药物处理前后ProEXC和PRMT5的表达量进行了对比分析。在宫颈腺癌组织中，ProEXC蛋白表达率（95.5%比4.6%， P<0.001）和PRMT5蛋白表达率（81.8%比26.1%， P<0.001）均高于癌旁组织，且其表达均与肿瘤的T分期、有无淋巴结转移及有无人乳头瘤病毒（HPV）感染相关（ P<0.05）。TCGA数据库分析显示，PRMT5和ProEXC中MCM2高表达患者的总体生存率较低表达患者低（均 P<0.05）。在GSE39293数据集中，经西多福韦处理后细胞中MCM2的表达减少（9.34比9.68， P<0.001），PRMT5表达量下降，但差异无统计学意义（8.16比8.26， P=0.087），TOP2A表达无明显改变（8.54比8.42， P=0.056）。耐药组中PRMT5（8.42比8.16， P=0.002）和MCM2（9.51比9.34， P=0.029）表达增加，而TOP2A表达下降（8.06比8.54， P<0.001）。GSEA分析提示ProEXC高表达主要影响细胞周期通路，而PRMT5高表达主要影响RNA剪接体通路。本研究发现，ProEXC蛋白和PRMT5蛋白在宫颈腺癌组织中呈高表达且高表达组预后更差，与宫颈腺癌临床病理特征有一定相关性，可能与其影响细胞周期和RNA合成通路有关，提示其可能在宫颈腺癌的进展中发挥重要作用。

目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱，为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据，根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组，每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析，应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法，通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分，根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT－qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示，AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因，其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调，451个基因表达下调。GO功能分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关，而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体－受体相互作用、细胞因子－细胞因子受体相互作用通路，而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集，该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15，其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关，且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r＝0.475， P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT－qPCR检测结果显示，特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达，其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关，但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展，其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用，并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。

目的:探讨同型异型盒C11(HOXC11)基因在结肠癌增殖中的作用及其机制。方法:在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库检索结肠癌相关基因进行分析。定量聚合酶链反应(qPCR)法检测河北医科大学第四医院胃肠外科2019年1月至2019年12月行结肠癌根治术的70例临床结肠癌组织、癌旁正常黏膜组织中HOXC11表达；检测结肠癌细胞株人类肿瘤细胞系116(HCT116)、人类大肠癌H-29细细胞(HT-29)、人结肠癌SW480细胞(SW480)及肠上皮细胞株新型人肠胚胎细胞模型(HIEC)(均购自中国科学院上海细胞资源中心)中HOXC11表达，对数据库结果进行验证。用HOXC11-小干扰RNA(siRNA)转染SW480细胞，检测转染对SW480细胞活性及增殖的影响；同时检测抑制HOXC11后SW480细胞增殖相关基因表达。使用STRING数据库对结肠癌中HOXC11的功能进行蛋白相互作用(PPI)网络分析及富集分析。两组间比较采用独立样本 t检验，多组间比较采用单因素方差分析。 结果:TCGA数据库结果显示HOXC11在结肠癌高表达(|logFC| >2， P<0.05)，高表达HOXC11是患者预后差的标志( χ2＝3.92， P<0.05)，验证结果与数据库结果一致。结肠癌细胞株HOXC11水平在SW480为1.073±0.190、HT-29为0.743±0.029，明显高于HIEC(0.247±0.042)，SW480细胞中HOXC11水平最高( F＝40.221， P<0.05)，差异均有统计学意义。PPI网络分析显示HOXC11与其相邻节点呈现出共表达趋势，功能富集分析显示HOXC11的靶基因影响了生长、发育、增殖等很多生物学过程。HOXC11-siRNA转染后SW480细胞活性低于对照物及无关序列组，细胞活性在对照组、无关序列组、HOXC11-siRNA组分别为0.993±0.114、0.980±0.077、0.468±0.077( F＝65.011， P<0.05)、细胞周期处于G 0/G 1期的细胞比例高于对照物及无关序列组，处于S期的比例明显低于对照物及无关序列组，处于G 0/G 1期3组数值分别为53.767±9.150、53.433±6.240、79.300±6.252( F＝12.248， P<0.05)；处于S期3组数值分别为33.200±7.529、36.167±7.731、13.367±4.565( F＝10.071， P<0.05)；G 2/M期3组数值分别为12.967±3.584、10.367±1.620、7.300±2.022( F＝3.700， P<0.05)。HOXC11-siRNA转染后SW480细胞Cyclin D1、CDK4表达分别为1.032±0.142、0.967±0.058、0.439±0.101；1.028±0.139、0.964±0.091、0.467±0.075明显低于对照组及无关序列组( F＝18.798， P<0.05； F＝17.011， P<0.05)，而p21的表达分别为0.457±0.105、0.486±0.132、0.847±0.060( F＝8.932， P<0.05)，明显高于对照组及无关序列组，差异均有统计学意义。 结论:HOXC11在结肠癌中表达增强与预后有关，并可能通过促进细胞增殖导致肿瘤进展。

目的:基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库建立肝细胞癌(HCC)的氧化应激相关长链非编码RNA(lncRNA)预后风险模型。方法:通过TCGA数据库下载HCC基因表达谱数据和临床信息(374个HCC组织和50个癌旁组织)，获取lncRNAs表达数据。从GeneCards网站获取了807个氧化应激相关的基因和lncRNAs进行共表达分析确定氧化应激相关lncRNAs。通过单因素、多因素Cox分析和LASSO回归建立氧化应激相关lncRNAs预后风险模型，并对模型的预测能力进行评估，计算风险评分，根据风险评分中位值将HCC患者分为高、低风险组，分析两组患者生存时间、免疫浸润的差异性；构建列线图以便个性化预测HCC患者预后。两组间比较通过Wilcoxon检验完成。结果:使用Pearson相关分析确定了712个氧化应激相关lncRNAs，进一步分析其差异性，筛选出291个差异表达lncRNAs；研究并确定7个氧化应激相关的lncRNAs用于构建HCC的预后风险模型；受试者工作特征(ROC)曲线对lncRNAs预测模型的1、3、5年的生存预测性能评价曲线下面积(AUC)分别为0.82、0.716和0.70；Kaplan-Meier生存分析显示低风险组患者生存率明显高于高风险组患者( P<0.01)；列线图个性化预测HCC患者预后，证实构建的预后模型具有良好的预测能力；研究分析结果表明，免疫细胞和功能在高、低风险组中存在不同程度差异。 结论:成功构建7个氧化应激相关lncRNAs组成的风险预测模型，能有效预测HCC的生存预后。

目的:应用大样本临床测序数据联合体外细胞筛选放疗抵抗相关基因，探讨放疗诱导含锌指和BTB结构域蛋白质7A(ZBTB7A)过表达在胶质母细胞瘤(GBM)放疗抵抗中的作用。方法:纳入中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库中966例脑胶质瘤标本的测序和临床数据筛选及验证GBM放疗抵抗候选基因：(1)纳入226例原发GBM(pGBM)与134例手术＋放疗后复发的GBM(rGBM)非配对肿瘤标本，以及15例首次诊断为pGBM、手术＋放疗后复发再次行手术切除的配对肿瘤标本的测序数据筛选GBM放疗抵抗候选基因，并验证ZBTB7A是否为放疗抵抗相关基因；(2)比较异柠檬酸脱氢酶(IDH)野生型与突变型胶质瘤标本ZBTB7A mRNA表达量的差异(数据集1样本量分别为286、356例，数据集2分别为149、175例)；(3)比较ZBTB7A高表达组(148例)与低表达组(148例)GBM患者生存期的差异。纳入2019年4月至2022年12月于首都医科大学附属北京天坛医院手术并经病理学诊断的pGBM与rGBM肿瘤标本(各12例)，采用免疫组织化学染色法检测两组肿瘤组织中ZBTB7A蛋白表达水平的差异。采用高能X线照射人脑GBM细胞株U87、LN229和U251(单次13 Gy，照射6.5 min)，4、8 h后采用定量PCR方法检测细胞ZBTB7A mRNA的表达量；照射U87和LN229细胞(单次5 Gy，照射2.5 min)，1、2、4、8、12 h后采用蛋白质免疫印迹法检测ZBTB7A蛋白及DNA损伤标志物H2AX蛋白的表达量。采用小干扰RNA慢病毒(shRNA)感染法敲低U87细胞ZBTB7A的表达后，采用高能X线照射(单次照射剂量为5 Gy，照射2.5 min)，1 h后行彗星实验检测细胞的DNA损伤情况；采用平板克隆实验检测细胞的增殖情况。结果:非配对和配对肿瘤标本测序数据交叉筛选显示，rGBM组ZBTB7A mRNA的表达量均高于pGBM组(均 P<0.05)。IDH野生型ZBTB7A mRNA表达量高于IDH突变型；ZBTB7A高表达GBM患者的生存期短于低表达者；免疫组织化学染色证实ZBTB7A蛋白在rGBM肿瘤标本中的表达量高于pGBM，上述数据差异均有统计学意义(均 P<0.05)。与未照射组比较，照射组细胞的ZBTB7A mRNA和蛋白的表达量均升高(均 P<0.05)；H2AX蛋白表达量在照射1 h后开始增加，4 h后逐渐降低。X线照射后，慧星实验结果显示，与阴性对照组比较，ZBTB7A敲低组的DNA损伤显著增加；平板克隆实验结果显示，ZBTB7A敲低组细胞增殖活性显著降低(均 P<0.05)。 结论:ZBTB7A在rGBM中高表达，表达量高与患者的生存期短有关；放疗可诱导GBM细胞ZBTB7A过表达；ZBTB7A可能参与GBM的放疗抵抗。

目的:观察AFAP1L1基因在胃癌中的表达及与患者预后的相关性，并探讨其在胃癌发生、发展中的相关功能及可能机制。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据分析AFAP1L1在泛癌中的表达差异情况，并通过Kaplan-Meier分析AFAP1L1与胃癌及其他肿瘤预后的相关性。在胃癌中选择与AFAP1L1正相关的前300个基因进行基因本体(GO)富集、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。最后利用RNA干扰技术沉默胃癌细胞中AFAP1L1表达后进行细胞计数试剂盒(CCK-8)测定，集落形成测定和裸鼠皮下移植瘤实验评估AFAP1L1对胃癌细胞增殖的影响。多组间比较应用单因素方差分析，两组间比较采用 t检验。 结果:TCGA数据分析显示，AFAP1L1在包括胃癌在内的多种肿瘤中高表达。生存分析结果显示AFAP1L1高表达与胃癌的预后差相关( P<0.05)。基因富集与功能分析显示ALKBH1高表达与细胞增殖相关基因密切相关，沉默AFAP1L1能抑制胃癌细胞的增殖和克隆形成能力，差异有统计学意义( F＝23.412、29.153， P<0.05)，同时沉默AFAP1L1后裸鼠移植瘤的体积和重量也明显小于对照组，差异有统计学意义( t＝12.462、9.541， P<0.05)。 结论:AFAP1L1在胃癌组织中高表达可作为患者预后不良的分子标志物，可通过促进细胞增殖促进胃癌发生和发展。

肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)涵盖了多种癌症组学数据，包括转录组数据、表观遗传组学数据、基因突变数据和疾病样本临床数据等，是肿瘤研究中不可或缺的工具。文章介绍近年来围绕TCGA数据库进行的消化系统、呼吸系统部分肿瘤学研究成果，期望利用数据库资源为相关科研人员提供肿瘤基因组学研究的新思路。

目的:基于生物信息学分析的自噬相关基因构建肺鳞状细胞癌（SqCLC）预后模型并验证。方法:从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载268例SqCLC患者的表达谱数据和临床信息，从基因型组织表达（GTEx）数据库下载336名健康人正常肺组织的数据集；从人类自噬数据库（HADb）及分子特征数据库（MSigDB）6.2中的GO_AUTOPHAGY基因组中获得自噬相关基因组。应用R 4.0.3软件分析TCGA数据库中SqCLC组织与GTEx数据库中正常肺组织间差异表达基因。使用R 4.0.3软件筛选TCGA数据库SqCLC组织和正常肺组织间差异表达的自噬相关基因（简称：差异表达自噬基因）。应用Cox比例风险模型分析TCGA数据库SqCLC患者差异表达自噬基因与预后的关系，构建预后模型。依据预后模型风险评分中位数将TCGA数据库SqCLC患者分为高风险组和低风险组，采用Kaplan-Meier法比较两组总生存；绘制应用预后模型预测的TCGA数据库268例患者3、5、10年总生存率的时间相关受试者工作特征（ROC）曲线。采用Cox回归分析TCGA数据库SqCLC患者总生存的独立影响因素，建立预后指数公式，根据一致性指数和受限平均生存（RMS）曲线，比较单独预后模型风险评分的预后指数与风险评分联合独立影响因素的预后指数预测TCGA数据库患者生存效果；采用R 4.0.3软件构建预测患者3、5、10年总生存率的列线图。结果:筛选出6个预后相关差异表达自噬基因，并构建预后模型为：风险评分＝PEX14×0.337+CASPASE-8×（-0.280）+TM9SF1×0.292+UBB×0.472+P4HB×0.163+CTSA×0.173。TCGA数据库中高风险组总生存较低风险组差（ P<0.001）。时间依赖性ROC曲线分析显示，预后模型风险评分预测TCGA数据库中268例患者3、5、10年总生存率的曲线下面积（AUC）分别为0.715、0.715、0.831。多因素Cox回归分析显示，年龄、分期和预后模型风险评分为TCGA数据库SqCLC患者总生存的独立影响因素，预后指数＝0.998 ×风险评分+0.725 ×分期+ 0.559 ×年龄。RMS曲线显示，相对于预后模型风险评分预测总生存，3个独立预后影响因素相结合的预后指数预测总生存效果更佳（一致性指数：0.68比0.65， P＝0.045）。采用年龄、分期和预后模型风险评分构建了预测SqCLC患者生存的列线图，其校正曲线接近理想曲线。 结论:成功建立了基于6个特征性差异表达自噬相关基因的SqCLC预后模型，内部验证显示该模型结合其他临床病理因素可对SqCLC患者生存的预测提供一定帮助。

目的:探讨自噬相关长链非编码RNA(LncRNA)在肺腺癌(LUAD)中的预后作用，并构建LUAD自噬相关LncRNA预后风险模型。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)获取LUAD转录组数据和临床资料，从HADb网站下载自噬基因列表，采取Pearson相关性分析法筛选与自噬基因相关的LncRNA，采用单因素Cox回归分析和Kaplan-Meier法筛选具有预后意义的LncRNA，而后应用多因素Cox回归分析筛选出具有预后价值的自噬相关LncRNA，并构建预后风险模型。使用多因素Cox回归系数计算LUAD患者的风险评分，分为低风险组、高风险组，对比两组患者的生存差异，采用受试者工作特征曲线评价模型的灵敏性和特异性。结果:共筛选LUAD自噬相关LncRNA 257个(相关系数|R|>0.5， P<0.001)，通过单因素Cox回归分析筛选出14个自噬相关LncRNA对LUAD患者具有预后价值( P<0.05)，多因素Cox回归分析筛选出7个具有预后价值的自噬相关LncRNA，其中，UGDH-AS1、AC090559.1、HCG18、AC026355.1和LINC00996与LUAD患者的总生存期呈负相关，而ABALON和AC099850.3与LUAD患者总生存期呈正相关；另构建LUAD预后风险模型，低风险组与高风险组间患者生存期差异有统计学意义( P<0.01)，预测模型受试者工作特征曲线下面积(AUC)>0.7( P<0.05)，预后模型的风险评分是LUAD的独立预测因子，风险评分与肿瘤分期、T分期、淋巴结转移显著相关( P<0.05)。 结论:基于7个自噬相关LncRNA构建的预后风险模型可能有效预测LUAD患者预后，有助于LUAD患者的精准化治疗。