目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株（LS8细胞），根据氟化钠（NaF）终浓度分为对照组（0.0 mmol/L NaF）和染氟组（1.6 mmol/L NaF）。对两组细胞进行转录组测序，筛选差异表达基因（DEGs），对DEGs进行基因本体（GO）分析及基因集富集分析（GSEA）。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化，筛选关键模块和关键基因。同时，使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平，并通过基因表达数据库（GEO数据库）对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较，共有709个DEGs，其中上调基因223个，下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能，细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分，外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现，白细胞介素-17（IL-17）信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB（NF-κB）信号通路处于激活状态，脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后，得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1（Col1a1）、Ⅰ型胶原α2（Col1a2）、Ⅴ型胶原α1（Col5a1）和纤维蛋白原-1（Fbn1）]。与对照组比较，染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低（ P均< 0.05），与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。

目的:探索使用网络药理学方法和动物实验研究黄连治疗龋齿的作用机制。方法:通过中药系统药理学（TCMSP）数据库与分析平台筛选出黄连有效成分及其靶点，并通过GeneCards数据库在线检索疾病靶点。在Venny 2.1网站筛选出黄连和龋齿的交集靶点，并将交集靶点在线进行蛋白-蛋白相互作用分析和基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。然后，使用Cytoscape制作"成分-靶点-通路"网络图。将大鼠随机分为模型组和黄连组，建立龋齿大鼠模型。模型组大鼠用浸有150 μl 0.9%氯化钠溶液小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min，黄连组大鼠将浸有黄连（5.8 mg黄连融入150 μl 0.9%氯化钠溶液）的小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min。2组大鼠每周处理1次，连续处理4周。对变异链球菌菌落数进行计数，并采用酶联免疫法检测血清丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、JUN、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、B淋巴细胞瘤-2（Bcl-2）蛋白表达。结果:黄连中有11个有效成分，通过干预54个靶点，调节多个分子通路，从而治疗龋齿。槲皮素、小檗碱、黄藤素、小檗浸碱和四氢小檗碱等是核心成分，AKT1、JUN、IL-6、TNF、Bcl-2为核心靶点。GO分析显示，BP主要包括细胞因子活性、信号受体激活剂活性、信号受体调节剂活性、细胞因子受体结合和受体配体活性等；CC主要包括对脂多糖的反应、对细菌分子的反应、细胞对脂质的反应、炎症反应和细胞群体增殖负调控等；MF主要包括膜筏、膜微区、细胞外基质、外部封装结构和质膜蛋白复合物等。KEGG分析显示晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、TNF、IL-17、Toll样受体、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、核因子-κB（NF-κB）、表皮生长因子受体（EGFR）、Janus激酶-信号转导子与转录激活子（JAK-STAT）、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）等信号通路与黄连治疗龋齿相关。动物实验结果显示，黄连治疗后血清Bcl-2蛋白表达增加，血清AKT1、JUN、IL-6、TNF等蛋白表达减少。结论:黄连可以通过多种通路参与调控龋齿的靶点，具有良好的治疗效果和广泛的作用机制，有望成为开发治疗龋齿的中成药的重要组分。

目的:基于网络药理学探讨川芎嗪治疗急性坏死性胰腺炎(ANP)大鼠的核心靶点及其潜在的分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及人类疾病信息相关数据库(CTD、DisGeNET、GeneCards、OMIM)筛选出川芎嗪作用靶点与ANP相关靶点，利用Uniprot数据库进行交集，导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，再导入Cytoscape软件进一步分析，利用cytoHubba插件得到关键靶点。对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后通过PyMol和AutoDockTools软件进行分子对接。将30只雄性SD大鼠随机分为对照组、ANP组和川芎嗪治疗组(川芎嗪组)。采用胰胆管逆行注射4%牛磺胆酸钠建立ANP大鼠模型，川芎嗪组在制模后经腹腔注射10 ml/kg川芎嗪注射液。造模后12 h，取胰腺组织，常规行病理学检查，免疫组织化学染色观察关键靶点在胰腺组织中的蛋白表达；眼眶取血，采用酶联免疫吸附测定法(ELISA)测定血清IL-6和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平。结果:药物平台筛选出137个川芎嗪作用靶点，疾病数据库筛选出513个ANP相关靶点，通过交集得到的25个靶点，最终获得白蛋白(ALB)、表皮生长因子受体(EGFR)、胱天蛋白酶3(CASP3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和B细胞淋巴瘤样蛋白1(BCL2L1)共5个关键靶点。GO功能富集分析生物学过程主要涉及生殖结构、系统发育，对抗生素、化学应激和活性氧的反应等，细胞组成主要为囊泡腔、膜筏、膜微区和分泌颗粒腔等靶蛋白，分子功能主要包括SH2域、磷酸酪氨酸残基、蛋白酶结合及蛋白酪氨酸激酶和核受体活性等；KEGG通路富集分析主要为Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路、铂类药物耐药、磷脂酶D信号通路和EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等。5个关键靶点分子对接的平均结合能为-4.20 kcal/mol。胰腺组织病理学检查结果示ANP组大鼠腺体结构较紊乱，小叶间隙明显增大，腺泡、血管周围以及腺体间隙均可见中性粒细胞浸润；川芎嗪组大鼠胰腺小叶间隙略微增大，中性粒细胞轻度浸润。ANP组大鼠胰腺组织EGFR、CASP3和MAPK1蛋白表达量较对照组显著升高，川芎嗪组表达量较ANP组显著降低( P值均<0.01)；ANP组BCL2L1蛋白表达量较对照组显著升高，川芎嗪组又较ANP组显著升高( P值均<0.05)。ANP组大鼠血清IL-6和TNF-α水平较对照组显著增高，川芎嗪组则均较ANP组显著降低( P值均<0.01)。 结论:川芎嗪可以通过激活多种信号通路，减轻ANP后的炎症反应和氧化应激损伤，增强抗凋亡基因的表达，阻断细胞凋亡半胱天冬酶解级联反应，对ANP大鼠胰腺组织起保护性作用。

"LR微区域"又称LR(lipid raft,LR)是细胞膜上的一类功能区域,富含糖脂、鞘磷脂以及胆固醇.在机体的免疫和炎症过程中,LR是重要的参与者.癌症、神经系统疾病、传染病和心血管等疾病常伴随LR的失调或缺陷等病理表现.本文基于细胞和及分子层面概述LR的结构及组成,挖掘靶向LR治疗相关疾病的方法和机制并探讨其相关性,对比了基于LR机制的中药和西药发挥药效的差异,以期对相关疾病的研究和临床治疗提供新的思路.

目的 通过网络药理学及分子对接技术,筛选环丙沙星调控主动脉夹层发生发展的关键靶点基因,并通过动物及细胞实验进一步探究其潜在致病机制.方法 通过 TargetPrediction、PharmMapper、GeneCards、CTD 数据库分别筛选环丙沙星及主动脉夹层的相关靶点,二者取交集后得到环丙沙星调控主动脉夹层的潜在靶点;使用基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING)构建蛋白质相互作用(PPI)网络分析潜在靶点间的关联.通过对潜在靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)功能富集分析,构建"药物-靶点-通路-疾病"网络.利用Cytoscape软件及蛋白质复合物聚类算法(MCODE)等插件进一步筛选出关键靶点,通过AutoDock vina和PyMol软件把环丙沙星化学结构与筛选出的关键靶点进行分子对接及可视化呈现.最后结合动物模型构建、苏木精-伊红(HE)染色法、细胞增殖和毒性检测实验、体内外实时荧光定量反应(RT-qPCR)实验及蛋白质免疫印迹(Western blotting),检测小鼠主动脉组织及人主动脉平滑肌细胞(HASMCs)关键靶点基因表达.结果 本研究筛选出 515 个环丙沙星相关靶点,9 004 个主动脉夹层相关靶点,并得到 412 个环丙沙星介导主动脉夹层的潜在靶点.KEGG通路富集分析结果显示,主要富集于血脂与动脉粥样硬化、白细胞介素(IL)-17 信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等.GO功能富集分析结果显示,细胞定位(CC)主要富集于膜筏、膜微区等;分子功能(MF)主要富集于受体结合、异生物跨膜转运蛋白活性等;生物学过程(BP)主要富集于对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等.STRING及Cytoscape分析构建PPI网络图及关键子模块,获得了 15 个关键靶点,分别为B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、转录因子AP-1(JUN)、CD44、胱天蛋白酶3(CASP3)、Toll样受体 4(TLR4)、γ干扰素(IFNG)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、白蛋白(ALB)、基质金属蛋白酶 9(MMP9)、白细胞介素(IL)-6、IL-10、IL-1β、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、肿瘤坏死因子(TNF).分子对接结果显示,环丙沙星与MMP9、ALB、GAPDH、Akt1、TP53、CASP3、IL-1β的对接模式较好.体内实验表明,相较于模型组,模型+环丙沙星组在成膜率和死亡率上均增加,管壁弹性结构破坏也更加严重;促凋亡基因及促炎基因的mRNA表达水平及蛋白表达水平均增加.体外实验发现,相较于对照组,不同浓度环丙沙星刺激HASMCs细胞后,MMP9、IL-6、CASP3、JUN、IL-1β、TP53 和TLR4表达水平明显上调,Akt1 表达水平明显下调.结论 环丙沙星是介导主动脉夹层发生发展的重要因素之一,可能通过刺激炎症因子表达及VASMCs凋亡发挥调控作用.

目的:探讨活血化瘀中药药对川芎-赤芍拮抗动脉粥样硬化的潜在分子机制及药理过程.方法:使用R语言Limma包分析GEO数据库GSE43292 数据集,对有表达差异的动脉粥样硬化基因进行筛选和提取.川芎-赤芍药对所含的化学活性组分及靶点通过中药系统药理学数据库与分析平台检索.合并差异基因和药物作用靶点以获得共同的靶点.利用在线分析工具STRING和Cytoscape构建药物和靶点的调控网络以及靶点间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.然后利用R语言注释靶点基因的基因本体(GO)功能,分析京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,再进行基因集富集分析(GSEA)以验证KEGG的通路和富集的情况,确定靶点基因的调控功能和参与基因调控功能的信号转导通道.结果:共筛选出动脉粥样硬化差异基因 1244 个,川芎-赤芍药对含 36 个生物活性成分,其中靶点为环加氧酶 1、肾上腺素受体、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ、激酶插入域受体、孕激素受体、基质金属蛋白酶 9、CXC趋化因子配体 8、蛋白激酶Cβ、白细胞介素 6、CD14、二肽基肽酶-4、PIK3CG、肾上腺素受体α1B、微管相关蛋白 2、尿激酶纤溶酶原激活剂和单胺氧化酶 B.靶点在GO中主要富集在合成DNA过程的调控、DNA生物合成的过程、含胶原的细胞外基质、细胞外基质、蛋白酶结合、细胞迁移、血管形成过程、膜筏结构、转录的调节等与动脉粥样硬化炎症、脂肪代谢及血管生成相关的生物学注释.脂质与动脉粥样硬化通路和核因子κB信号通路与动脉粥样硬化关系最为密切,并且在KEGG信号通路和GSEA均显示出富集.结论:川芎-赤芍药对通过潜在的 13 个活性成分作用于可能的 16 个靶点调控相关信号转导通路,通过抗炎、调脂和保护血管等方式产生抗动脉粥样硬化的作用.

鞘脂是构成细胞膜的基本组分之一,参与介导信号传递的脂筏结构的形成[1-2].研究已经证实鞘脂与肝脏病之间有密切的关系,最近的国内外研究包括我们的一系列研究都发现,鞘脂参与到丙肝病毒(hepatitis C virus,HCV)的慢性感染过程,本文结合国内外进展及我们的研究结果,将鞘脂在慢性HCV感染中的作用综述如下.一、鞘脂概述在结构上,鞘脂是以鞘氨醇为骨架的复杂化合物,其家族中包括神经酰胺,鞘氨醇,鞘氨醇-1-磷酸,神经酰胺-1-磷酸等.其中神经酰胺是鞘脂的基本组成单位,处在鞘脂的代谢中心.目前研究证实鞘脂参与细胞膜形成的同时还作为信使参与调节细胞增殖,分化以及凋亡的信号通路.

概要:本文旨在对flotillins在相关细胞进程中的作用、在多种肿瘤中的作用和机制及其在肿瘤分子诊断和靶向治疗等方面的潜在应用价值进行综述.图1以示意图的形式直观地展示flotillin-1和flotillin-2的蛋白结构;表1对flotillin-1和flotillin-2在各种肿瘤中的表达异常情况、发挥的生物学功能及其机制进行汇总;在图2中,以模式图的形式展示flotillin-1和flotillin-2在肿瘤细胞中参与的信号通路及导致肿瘤细胞出现的不同表型.许多研究表明,flotillins在多种肿瘤中过表达,并且与肿瘤的发生发展、分期和转移密切相关.转移标志着肿瘤由局部病变发展为不可治愈的系统病变,是肿瘤预后的一个重要影响因素,但是其机制尚未完全阐述.因此,对其机制进行进一步探索有助于促进恶性肿瘤分子诊断、预后和精准治疗的发展.

1 细胞外囊泡(extracellular vesicles,EVs)概述随着对EVs生物学特性的深入理解,描述EVs的术语已经发生了很大变化,过去常互换使用的“微泡”、“外泌体”和“微粒”等术语已被重新定义[1].现在认为外泌体、微泡和微粒都是属于EVs的亚群,它们共同组成了EVs群体[1].外泌体是起源于多泡体、直径为50～150 nm的匀质小囊泡[2];微泡则是由细胞膜直接产生,直径为100～1 000 nm[3];凋亡小体形态类似细胞碎片,直径为500～2 000 nm[3].在这些亚群的相互鉴别方面,一些蛋白质,如脂筏结构蛋白1、热休克蛋白70或主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ类和Ⅱ类蛋白质等,曾被视为区分不同EVs亚群的标记物,然而新近研究表明这些标记物并不具有特异性[4].随着组织化学技术的迅速发展,特定的分子模式未来将有助于对不同类型囊泡的认识和鉴别,但由于提取技术、鉴定方法及命名学的混乱等原因,现在区分这些亚群仍然很困难.因此,在本文中使用统一的术语“EVs”来特指微泡和外泌体[1].

目的 鞘糖脂微结构域1相关磷酸化蛋白(phosphoprotein associated with glycosphingolipid microdomains 1,PAG1)是定位于细胞膜脂筏的跨膜接头蛋白,与肿瘤的发生发展有着密切关系.本研究探讨抑制PAG1表达对喉癌细胞原发性放射抗拒的影响.方法 针对人PAG1 mRNA序列,设计3条特异性shRNA序列,与酶切后的GV248质粒连接形成表达载体.测序鉴定正确后,经脂质体介导分别转染原发性放射抗拒喉癌细胞Hep-2max,荧光定量PCR及蛋白质印迹法验证干扰效果,筛选出最佳靶向序列.进而使用含最佳靶向序列的载体转染Hep-2max细胞,嘌呤霉素筛选稳定表达的细胞.8 Gy放射线处理后,流式细胞术检测细胞周期分布和凋亡情况.结果 荧光定量PCR及蛋白质印迹结果显示,PAG1-shRNA1干扰位点的质粒干扰效果最佳,并获得稳定转染细胞模型.流式细胞术检测结果显示,空白对照组、阴性质粒对照组和PAG1干扰组G2/M期细胞所占比例分别为(39.17±1.62)％、(35.58±1.94)％和(45.28±1.68)％,F=9.837,P=0.0131;细胞凋亡率分别为(28.46±2.43)％、(29.25±2.89)％和(43.68±1.78)％,F=12.67,P=0.0111.结论 抑制PAG1的表达可促进原发性放射抗拒喉癌细胞Hep-2max凋亡,增加G2/M期细胞比例,从而逆转细胞原发性放射抗拒,并为喉癌放射增敏研究提供新的靶点.