-
基于蛋白质-蛋白质相互作用网络的燃煤污染型氟暴露人群血浆微小RNA靶基因模块化分析
编辑人员丨6天前
目的:建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA(microRNA,miRNA)靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法:将本课题组前期筛选的燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA(hsa-miRNA-3131、hsa-miRNA-4516、hsa-miRNA-6501-5p、hsa-miRNA-10b-5p、hsa-miRNA-4683)的靶基因定位到STRING在线数据库(https://string-db.org),筛选PPI网络。使用Cytoscape v3.6.0软件对PPI网络可视化,通过NetworkAnalyzer插件得到拓扑属性值度和拓扑属性值介数,筛选PPI网络的中心节点(度和介数均最高的节点)。同时,采用CytoHubba插件中的最大团中心(MCC)分析方法来确定PPI网络中的重要节点。通过MCODE插件进行聚类分析,筛选PPI网络的基因模块。将基因模块所包含的蛋白质名称在线提交KOBAS v3.0数据库(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/),对MCODE插件筛选出的基因模块进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:靶基因的PPI网络由1 035个节点和4 346个边组成。泛素蛋白A-52残基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)的度(101)和介数(0.010 723 89)均最高,为PPI网络的中心节点。经MCC分析,UBA52为PPI网络中的重要节点。从PPI网络中选择排名前5的基因模块,5个基因模块的KEGG通路富集分析中高度富集的基因通路分别为泛素介导的蛋白水解、剪接体、内吞作用、神经活性配体-受体相互作用、囊泡转运。结论:成功建立了燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA靶基因的PPI网络,筛选出UBA52基因和5个基因模块主要通路。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
牙周炎症环境中内皮细胞焦亡现象的体内外研究初探
编辑人员丨6天前
目的:通过体内外模型观察牙周炎局部组织内皮细胞在炎症环境下是否发生焦亡,为探究牙周炎发病机制提供实验依据。方法:根据牙周病2018年新分类标准收集无全身疾病、牙周健康者及Ⅲ~Ⅳ期C级牙周炎患者的牙龈组织,免疫组化染色检测牙龈组织中焦亡标志性蛋白消皮素D(GSDMD)的表达水平及分布情况;每组通过结扎3只小鼠上颌第二磨牙2周建立牙周炎模型(结扎组),使用显微CT(micro-CT)检测小鼠牙槽骨吸收情况(以不做结扎处理的小鼠作为对照组);使用免疫荧光染色对健康及炎症小鼠牙龈组织中血管内皮细胞血小板内皮细胞黏附分子(CD31)与GSDMD共定位进行定量分析;体外培养人脐静脉内皮细胞(HUVECs),分别以质量浓度为0.5、1.0、2.5、5.0、10.0 mg/L牙龈卟啉单胞菌(Pg)脂多糖(LPS)联合腺苷三磷酸(ATP)处理HUVECs,同期设置0 mg/L Pg-LPS组为对照组。使用扫描电镜观察 HUVECs形态,蛋白质印迹法检测GSDMD的N端结构域(GSDMD-N)蛋白表达,细胞免疫荧光染色检测GSDMD蛋白表达及分布,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测HUVECs的增殖能力,碘化丙啶(PI)染色检测HUVECs细胞膜的完整性。结果:免疫组化结果显示,牙周炎患者牙龈组织中GSDMD主要分布于血管周围,且表达水平较健康组织显著升高;micro-CT结果显示,结扎组小鼠上颌第二磨牙周围牙槽骨吸收较对照组小鼠显著增多( t=8.88, P<0.001);免疫荧光染色结果显示,结扎组小鼠牙龈组织中血管内皮细胞GSDMD与CD31存在明显的共定位;扫描电镜结果显示,在不同浓度Pg-LPS联合ATP模拟的炎症环境中,HUVECs细胞膜上出现不同大小的孔洞,呈现典型的细胞焦亡形态,其中2.5 mg/L Pg-LPS+ATP组细胞膜上孔洞最多且扩张融合,细胞有裂解死亡的趋势。蛋白质印迹法结果显示,2.5和5.0 mg/L Pg-LPS+ATP组焦亡标志性蛋白GSDMD-N表达显著高于对照组( F=3.86, P<0.01);细胞免疫荧光结果显示,2.5 mg/L Pg-LPS+ATP组较对照组GSDMD平均荧光强度升高最显著( F=35.25, P<0.001)。CCK-8结果显示,0.5、1.0、2.5、5.0和10.0 mg/L Pg-LPS+ATP组细胞增殖相对值(分别为0.52±0.07、0.57±0.10、0.58±0.04、0.55±0.04和0.61±0.03)均显著低于对照组(1.00±0.02)( F=39.95, P<0.001)。PI染色结果显示,PI阳性细胞数占比在2.5 mg/L Pg-LPS+ATP组最高[(56.07±3.22)%]( F=88.24, P<0.001)。 结论:牙周炎症环境中内皮细胞发生明显的焦亡现象,提示内皮细胞焦亡可能是造成牙周炎发生的重要致病因素。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
基于基因表达综合数据库筛选调控急性T淋巴细胞白血病超高剂量率放疗敏感性的枢纽基因
编辑人员丨6天前
目的:通过生物信息学方法对基因表达综合(GEO)数据库中超高剂量率(FLASH)放疗的数据进行分析,寻找参与调控急性T淋巴细胞白血病FLASH放疗敏感性的枢纽(Hub)基因。方法:从GEO数据库中下载和提取接受FLASH放疗恶性肿瘤基因表达谱芯片数据,采用R软件进行差异基因的筛选,并对这些基因进行生物学功能、信号传导通路等分析。通过STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用(PPI) 网络,Cytoscape插件筛选Hub基因。最后,应用肿瘤基因组图谱(TCGA)和GTEx数据库验证Hub基因在急性T淋巴细胞白血病中的表达情况。结果:自GEO数据库中获得GSE100718芯片数据,共有12 800个基因与急性T淋巴细胞白血病放疗敏感性相关。选择表达量显著改变的61个基因进行进一步分析,这些基因参与代谢、应激反应、免疫应答等生物学过程。主要涉及氧化磷酸化、未折叠蛋白应答、脂质代谢等信号转导通路。通过PPI分析筛选出的Hub基因及后续验证表明HSPA5及SCD参与调控FLASH放疗敏感性,且在合并TRD/LMO2融合基因的急性T淋巴细胞白血病中显著高表达。结论:通过生物信息学分析可以有效筛选出调控FLASH放疗敏感性的Hub基因,基因表达谱可用于指导肿瘤患者分层以实现精准放疗。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
血红素加氧酶-1通过调控bHLH亮氨酸拉链转录因子E3/高尔基体应激反应减轻小鼠内毒素性急性肺损伤
编辑人员丨6天前
目的:探讨在小鼠内毒素性急性肺损伤(ALI)中血红素加氧酶-1(HO-1)对bHLH亮氨酸拉链转录因子E3(TFE3)表达与核转位以及高尔基体应激反应的影响。方法:将24只雄性C57BL/6小鼠按随机数字表法分为4组(每组6只):空白对照组(Ctrl组)、内毒素[脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)]急性肺损伤组(LPS组)、内毒素性急性肺损伤+HO-1激动剂氯高铁血红素(Hemin)组(LPS+Hemin组)和Hemin组。Ctrl组尾静脉注射生理盐水0.5 ml;LPS组尾静脉注射LPS 10 mg/kg建立小鼠内毒素性ALI模型;LPS+Hemin组腹腔注射Hemin 50 mg/kg,1 h后尾静脉注射LPS 10 mg/kg建立内毒素性ALI模型;Hemin组腹腔注射Hemin 50 mg/kg。造模12 h后对小鼠进行断颈处死,收取肺组织。苏木精-伊红染色(H-E染色)观察小鼠肺组织病理学变化并行肺损伤评分;计算肺组织湿重/干重(W/D)值;脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法(TUNEL)检测肺组织细胞凋亡指数;酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测肺组织白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)-α含量;流式细胞仪检测肺组织活性氧(ROS)的含量;免疫荧光染色观察TFE3核转位情况;蛋白质免疫印迹法(Western blot)测定HO-1、TFE3、高尔基体基质蛋白130(GM130)、高尔基体重组和堆叠蛋白65(GRASP65)、囊泡转运蛋白小GTP酶20(RAB20)、突触融合蛋白3(STX3A)、WD重复结构域与磷酸肌醇相互作用蛋白1(WIPI1)的表达水平。结果:与Ctrl组比较,LPS组小鼠肺组织病理学损伤加重,肺损伤评分、W/D值及细胞凋亡指数升高,ROS、IL-6及TNF-α含量明显升高,TFE3表达及核转位增多,HO-1、GRASP65、RAB20、STX3A的表达水平增加,WIPI1、GM130表达水平减少(均 P<0.05),Hemin组小鼠上述各指标差异无统计学意义(均 P>0.05)。与LPS组比较,LPS+Hemin组小鼠肺组织病理学损伤减轻,肺损伤评分、W/D值及细胞凋亡指数下降,ROS、IL-6及TNF-α含量减少,TFE3表达及核转位减少,HO-1、WIPI1、GM130表达水平增加,GRASP65、RAB20、STX3A表达水平减少(均 P<0.05)。 结论:HO-1能够减轻内毒素诱导的小鼠ALI,其机制可能与其调控TFE3表达、核转位及高尔基体应激反应有关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
急性淋巴细胞白血病融合基因表达特点分析
编辑人员丨6天前
目的:分析初诊急性淋巴细胞白血病(ALL)患者融合基因的表达情况,进一步探讨融合基因阳性患者的实验室检查特点。方法:回顾性分析2016年9月至2020年12月天津见康华美医学诊断中心1 994例初诊ALL患者的融合基因筛查结果,同时对表达不同融合基因患者的基因突变筛查结果、免疫表型特点及染色体核型结果进行系统分析。结果:(1)1 994例ALL患者,中位年龄为12岁(15 d至89岁)。44.3%(884/1 994)的ALL患者检测到15种不同的融合基因,其表达呈现典型的“幂律分布”。(2)急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者融合基因的阳性率显著高于急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)患者(48.48%∶18.71%),B-ALL和T-ALL的融合基因分布具有重现性的特点,交叉少见。(3)融合基因的表达高峰分别出现在<1岁、3~5岁和35~44岁;儿童患者融合基因的种类明显多于成人;MLL-FG、TEL-AML1及BCR-ABL1分别是婴儿、儿童和成人患者最常见的融合基因。(4)融合基因阳性ALL患者以伴随信号通路相关基因突变为主,其中以NRAS和KRAS突变率最高;携带不同融合基因的B-ALL患者早期标记和B系标记表达有差异;BCR-ABL1阳性患者复杂核型检出率明显高于其他融合基因阳性患者。结论:不同年龄及类型的ALL患者,其融合基因的表达特点明显不同;携带不同融合基因的ALL患者,突变基因、免疫表型及染色体核型特点也存在差异。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
外泌体miRNA在慢性阻塞性肺疾病中的研究进展
编辑人员丨6天前
外泌体是直径为40~100 nm的囊泡样小体,能通过与靶细胞的细胞膜融合、胞吞作用等方式将其携带的微小RNA(miRNA)、蛋白质等传递至靶细胞中,介导细胞间的信息交流并调控细胞的生理功能。近年来研究发现,外泌体miRNA在慢性阻塞性肺疾病(COPD)的发生、发展及诊断中具有重要作用,有望为COPD的诊断和治疗提供新的思路。文章结合国内外研究现状,对外泌体miRNA在COPD中的作用进行综述。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
粪肠球菌介导的日本血吸虫重组疫苗的构建、鉴定及表达
编辑人员丨6天前
目的:构建粪肠球菌(Efs)介导的日本血吸虫(Sj)重组疫苗(rEfs-Sj26GST疫苗),并研究Sj26GST-GST融合蛋白在重组疫苗中的表达情况。方法:将pGEX-Sj26GST重组质粒电穿孔转化Efs ATCC47077株感受态,构建rEfs-Sj26GST疫苗,提取质粒进行PCR鉴定;经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达后,用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质印迹法(Western blot)对表达产物进行分析和鉴定。结果:经PCR鉴定,扩增出大小约676 bp的片段,与Sj26GST扩增片段长度相符。经SDS-PAGE分析,得到相对分子质量约52 × 10 3的条带,与Sj26GST-GST融合蛋白条带相符。Western blot结果显示,rEfs-Sj26GST疫苗表达的Sj26GST-GST融合蛋白可被Sj感染者血清特异性识别。 结论:成功构建了rEfs-Sj26GST疫苗,Sj感染者血清可特异性识别重组疫苗表达的Sj26GST-GST融合蛋白。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
定量检测BCR-ABL(P210)转录本水平室内质控体系的完善及多中心推广应用
编辑人员丨6天前
目的:建立完善的BCR-ABL(P210)监测室内质控体系,确保检测结果的长期稳定性和室间可比性,并在3家医院进行推广应用。方法:山东大学齐鲁医院血液病研究室(H1)利用实时定量PCR(RQ-PCR)检测质控物的BCR-ABL(P210)转录本水平,完善质控体系的可靠性和稳定性;赴其他3家医院(H2~H4)现场进行测定前质量控制检查,同时邮寄给各家医院25套质控物进行检测;采用Levey-Jennings质控图结合Westgard多规则方法,对各家医院的标准曲线斜率、截距及检测结果进行统计学的质量判断,作出质控评价。结果:①成功建立并完善了测定前质控检查、测定中质控统计判断、测定后质控评价的BCR-ABL(P210)转录本水平监测的室内质控体系。②4家医院标准曲线的斜率、截距均在控。③多中心质控物判断结果:H1医院中、低浓度质控物各出现1次"1 2s"警告,判断为在控;H2医院3种浓度质控物各出现1次"1 2s"警告,判断为"2 2s"失控;H3医院高浓度质控物违反1次"1 3s"规则,低浓度质控物出现1次"1 2s"警告,判断为"1 3s"失控;H4医院各质控物均在控。④质控评价及纠正:2家医院在控,另2家医院各出现1次失控,查找原因进行纠正后未再出现失控。⑤多中心质控物原始数值比较:4家医院之间高浓度质控物结果差异有统计学意义,中、低浓度质控物结果差异无统计学意义。⑥多中心质控物国际标准值(IS值)比较:H2、H3医院的IS数值显著高于H1医院,H2医院显著高于H3医院。 结论:建立了一套完善稳定的BCR-ABL(P210)转录本室内质控体系,有效地保证临床检测结果的稳定性和室间可比性,并成功完成了多中心的推广应用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
费城染色体阳性急性髓系白血病3例并文献复习
编辑人员丨6天前
目的:分析费城染色体阳性急性髓系白血病(Ph + AML)的临床特点。 方法:收集2021年9月至2022年9月盐城市第一人民医院收治的3例Ph + AML患者资料,分析诊疗经过,并复习相关文献。 结果:3例患者经形态学及免疫分型检查诊断为急性髓系白血病(AML),且检测到t(9;22)。其中例2合并近四倍体染色体核型,例3合并+8号染色体。例1及例3均检测到BCR-ABL p210;例2 BCR-ABL检测阴性,考虑与其复杂核型相关。例1检测到IDH1突变,例2合并WT1高表达(表达量2.28%),且检测到RUNX1、IDH1、STAG2突变。例1采用传统"3+7"方案化疗后达完全缓解(CR),后因经济原因于第2个周期巩固治疗后放弃,仅口服达沙替尼,2022年7月28日复发后死亡;例2采用伊马替尼、阿扎胞苷联合HAG(高三尖杉酯碱、阿糖胞苷、粒细胞集落刺激因子)方案化疗后达CR,截至2022年9月仍处于缓解状态;例3采用伊马替尼、阿扎胞苷联合维奈克拉治疗未达CR,截至2022年9月仅口服伊马替尼靶向治疗。结论:Ph + AML发病率较低,预后不佳,目前尚无统一治疗方案,酪氨酸激酶抑制剂(TKI)联合化疗可提高CR率,CR后尽早行异基因造血干细胞移植,可改善患者预后。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
-
斜外侧腰椎椎间融合术对退行性腰椎椎管狭窄症患者炎症因子的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨斜外侧腰椎椎间融合术(OLIF)对退行性腰椎椎管狭窄症(DLSS)患者炎症因子的影响。方法:回顾性分析2016年6月-2018年6月冀中能源峰峰集团有限公司总医院骨科收治的64例DLSS患者的临床资料,其中男性35例,女性29例;年龄(60.70±6.27)岁,年龄范围40~73岁。根据手术方式不同分为腰椎后路减压内固定融合术(PLIF)组( n=32)和OLIF组( n=32)。比较术前、术后3个月及末次随访两组患者手术时间、术中出血量、术后卧床时间、住院时间、腰腿疼痛视觉模拟评分法(VAS)、腰椎日本骨科协会(JOA)评分及血清炎症因子[肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素1α(IL-1α)、C反应蛋白(CRP)]水平。采用门诊或电话方式进行随访,随访时间截至2019年3月。计量资料以均数±标准差( Mean± SD)表示,组间比较采用独立样本 t检验或重复测量数据的方差分析,组内比较采用配对 t检验。计数资料以百分比(%)表示,用χ 2检验。 结果:OLIF组的手术时间与PLIF组比较差异无统计学意义( P>0.05);OLIF组术中出血量(119.72±30.41) mL、术后卧床时间(2.16±0.35) d、术后住院时间(5.18±2.06) d均显著低于PLIF组[(318.26±94.62) mL,(3.17±0.54) d,(7.35±1.24) d],两组比较差异具有统计学意义( P<0.05)。所有患者均获得8个月的随访时间,术后3个月和末次随访OLIF组腰疼痛VAS评分[(1.93±0.54)分,(1.74±0.63)分]显著低于PLIF组[(4.05±0.62)分,(3.87±0.74)分],腿疼痛VAS评分[(1.56±0.71)分,(1.37±0.52)分]显著低于PLIF组[(3.74±0.79)分,(2.53±0.59)分],腰椎JOA评分[(22.57±1.83)分,(24.38±1.65)分]显著高于PLIF组[(20.35±1.78)分,(22.14±1.35)分],两组比较差异具有统计学意义( P<0.05)。术后3个月OLIF组血清TNF-α(16.95±3.92) ng/L、IL-1α(9.17±3.78) ng/L及CRP(1.97±0.24) mg/L水平均显著低于PLIF组[(20.46±4.27) ng/L,(11.51±4.25) ng/L,(2.36±0.32) mg/L]( P<0.05);末次随访OLIF组血清TNF-α(13.47±3.54) ng/L、IL-1α(6.52±2.09) ng/L及CRP(1.42±0.16) mg/L水平均显著低于PLIF组[(18.08±3.84) ng/L,(8.73±5.43) ng/L,(2.04±0.25) mg/L],两组比较差异具有统计学意义( P<0.05)。 结论:与PLIF相比,OLIF治疗DLSS能够降低术中出血量、缩短患者恢复时间,同时降低患者术后炎症因子表达水平,改善患者预后。
...不再出现此类内容
编辑人员丨6天前
